Currently available methods for the laboratory investigation of Legionella pneumophila outbreaks require organism culture. The ability to sequence L. pneumophila directly from clinical samples would significantly reduce delays. Here, we develop a method for targeted next-generation sequencing (NGS) of selected L. pneumophila genes utilizing a CRISPR/Cas9-based target enrichment system. We determine the method's utility by typing cultured L. pneumophila isolates and subsequently apply the method directly to patient samples. We sequenced 10 L. pneumophila isolates by 2 methods, (i) whole-genome
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has reignited global interest in animal coronaviruses and their potential for human transmission. While bats are thought to be the wildlife reservoir of SARS-CoV and SARS-CoV-2, the widespread human coronavirus OC43 is thought to have originated in rodents. Here, we sampled 297 rodents and shrews, representing eight species, from three municipalities of southern China. We report coronavirus prevalences of 23.3% and 0.7% in Guangzhou and Guilin, respectively, with samples from urban areas having significantly higher c
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Population studies suggest that genetic factors play an important role in refractive error development; however, the precise role of genetic background and the composition of the signaling pathways underlying refractive eye development remain poorly understood.
METHODS: Here, we analyzed normal refractive development and susceptibility to form-deprivation myopia in the eight progenitor mouse strains of the Collaborative Cross (CC). We used RNA-seq to analyze gene expression in the retinae of these mice and reconstruct genetic networks and signaling pathways underlying refractive e
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A common objective in microbial forensic investigations is to identify the origin of a recovered pathogenic bacterium by DNA sequencing. However, there is currently no consensus about how degrees of belief in such origin hypotheses should be quantified, interpreted, and communicated to wider audiences. To fill this gap, we have developed a concept based on calculating probabilistic evidential values for microbial forensic hypotheses. The likelihood-ratio method underpinning this concept is widely used in other forensic fields, such as human DNA matching, where results are readily interpretable
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Preterm birth (PTB), or birth before 37 weeks of gestation, is the leading cause of newborn death worldwide. PTB is a critical area of scientific study not only due to its worldwide toll on human lives and economies, but also due to our limited understanding of its pathogenesis and, therefore, its prevention. This systematic review and meta-analysis synthesizes the landscape of PTB transcriptomics research to further our understanding of the genes and pathways involved in PTB subtypes.
METHODS: We evaluated published genome-wide pregnancy studies across gestational tissues and pat
СтатьяМетаанализСистематический обзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The genus Listeria includes two closely related pathogenic and non-pathogenic species, L. monocytogenes and L. innocua. L. monocytogenes is an opportunistic human foodborne and animal pathogen that includes two common lineages. While lineage I is more commonly found among human listeriosis cases, lineage II appears to be overrepresented among isolates from foods and environmental sources. This study used the genome sequences for one L. innocua strain and four L. monocytogenes strains representing lineages I and II, to characterize the contributions of positive selection and recombi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Few naturally-occurring plasmids are maintained in mammalian cells. Among these are genomes of gamma-herpesviruses, including Epstein-Barr virus (EBV) and Kaposi's Sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), which cause multiple human malignancies (1-3). These two genomes are replicated in a licensed manner, each using a single viral protein and cellular replication machinery, and are passed to daughter cells during cell division despite their lacking traditional centromeres (4-8). Much work has been done to characterize the replications of these plasmid genomes using methods such as Southern blott
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Staphylococcus aureus sequence type (ST) 188 is a globally distributed lineage frequently associated with colonization and bloodstream infection in both humans and animals, yet its evolutionary dynamics and genomic adaptations remain poorly understood. In this study, we conducted a comprehensive genomic analysis of 808 ST188 isolates collected from 24 countries between 2004 and 2023. Phylogenetic reconstruction identified seven clades, with clades I and VII showing independent clonal expansions in China. Frequent cross-regional, international, and cross-host transmission events wer
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human granulocyte-macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF) is a 22,000-dalton glycoprotein that stimulates the growth of myeloid progenitor cells and acts directly on mature neutrophils. A full-length complementary DNA clone encoding human GM-CSF was used as a probe to screen a human genomic library and isolate the gene encoding human GM-CSF. The human GM-CSF gene is approximately 2.5 kilobase pairs in length with at least three intervening sequences. The GM-CSF gene was localized by somatic cell hybrid analysis and in situ hybridization to human chromosome region 5q21-5q32, which is invo
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The global rise of extended-spectrum β-lactamase (ESBL) and plasmid-borne cephalosporinase (pAmpC) producing Enterobacterales is a major health concern. Their increasing prevalence in both humans and animals underscores the need for One Health surveillance, for which Escherichia coli has been recognized as a key indicator. While many studies have investigated the circulation of ESBL/pAmpC-producing E. coli (ESBL/pAmpC-Ec) across human, animal, and environmental sectors, the extent to which animals contribute to human acquisition remains unclear.
OBJECTIVES: This review provides an
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mixta calida is a rare environmental Erwiniaceae organism with limited evidence of invasive human infection. We report cerebrospinal fluid infection in a 6-year-old girl with recurrent CIC-rearranged central nervous system sarcoma after neurosurgery, chemotherapy, stem-cell transplantation, and Ommaya reservoir access. Turbid cerebrospinal fluid showed severe neutrophilic inflammation and Gram-negative bacilli with leukocyte phagocytosis. Pure culture yielded an isolate identified by MALDI-TOF mass spectrometry. Four genomic 16S rRNA sequences showed 99.93% identity to the M. calida type strai
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Age-related hearing loss (ARHL) is a prevalent concern in the elderly population. Recent genome-wide and phenome-wide association studies (GWASs and PheWASs) have delved into the identification of causative variants and the understanding of pleiotropy, highlighting the polygenic intricacies of this complex condition. While recent large-scale GWASs have pinpointed significant SNPs and risk variants associated with ARHL, the detailed mechanisms, encompassing both genetic and epigenetic modifications, remain to be fully elucidated. This review presents the latest advances in association studies,
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A respiratory outbreak associated with human adenovirus type 7 (HAdV-7) occurred among unvaccinated officer candidates attending initial military training. Respiratory infections associated with HAdV-7 can be severe, resulting in significant morbidity. Genomic sequencing revealed HAdV-7d, a genome type recently remerging in the United States as a significant respiratory pathogen, following reports from Southeast Asia. Twenty-nine outbreak cases were identified; this likely represents an underestimate. Although the HAdV type 4 and 7 vaccine is currently given to US military enlisted recruit tra
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rapid evolution of anthelmintic resistance in a number of parasites of livestock and domesticated animals has occurred in response to widespread use of anthelmintics for parasite control, and threatens the success of parasite control of species that infect humans. The genetic basis of resistance to most anthelmintics remains poorly resolved. Genome-wide approaches are now accessible due to recent advances in high-throughput sequencing, and are increasingly applied to characterize traits including drug resistance. Here, we discuss why traditional candidate gene studies have largely failed t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The analysis of the whole-genome sequences of Vibrio cholerae strains from previous and current cholera pandemics has demonstrated that genomic changes and alterations in phage CTX (particularly in the gene encoding the B subunit of cholera toxin) were major features in the evolution of V. cholerae. Recent studies have revealed the genetic mechanisms in these bacteria by which new variants of V. cholerae are generated from type-specific strains; these mechanisms suggest that certain strains are selected by environmental or human factors over time. By understanding the mechanisms and driving fo
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cholera, plague, and anthrax, the diseases that have accounted for millions of human victims, still endanger the entire mankind by possible development of epidemic outbreaks due to their spread or application as bioterrorist agents. Generalized results of research into the genomic features of the Vibrio cholerae, Yersinia pestis, and Bacillus anthracis are discussed. Despite different frequencies of evolutional transformations occurring in their genomes, that are likely to be associated with diverse life cycles of the pathogens, clones with altered diagnostic, and virulence characteristics wer
Сравнительное исследованиеСтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In human cells, efficient global genomic repair of DNA damage induced by ultraviolet radiation requires the p53 tumor suppressor, but the mechanism has been unclear. The p48 gene is required for expression of an ultraviolet radiation-damaged DNA binding activity and is disrupted by mutations in the subset of xeroderma pigmentosum group E cells that lack this activity. Here, we show that p48 mRNA levels strongly depend on basal p53 expression and increase further after DNA damage in a p53-dependent manner. Furthermore, like p53(-/-) cells, xeroderma pigmentosum group E cells are deficient in gl
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report the cloning and primary characterization of both cDNA and genomic fragments from the white gene of the yellow fever mosquito, Aedes aegypti. Comparisons of the conceptual translation product with white genes from four other species within the order Diptera show that the Ae. aegypti gene is most similar to the white gene of the mosquito vector of human malaria, Anopheles gambiae (86% identity and 92% similarity). The analysis of the primary sequence of genomic DNA at the 5'-end of the coding region revealed the presence of an intron that is also present in An. gambiae, but not in the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Энтеровирусы были связаны с стойкими инфекциями нервной системы и некоторыми паралитическими синдромами моторных нейронов. Энтеровиральная стойкость может зависеть от неправильной транскрипции, что приводит к ненормальному производству в равных количествах геномных и шаблонных нитей RNA, а не к нормальному соотношению 60-100:1. Инвитромодель стойкого вируса коксаки в мышечных клетках человеческого скелета была изучена с использованием гибридизации in situ и параллельной, дополнительной, обратной транскрипции полимеразы. Было установлено, что соотношение геномного и шаблонного RNA составляет пр
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиМашинный перевод · не проверен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Listeria monocytogenes is a ubiquitous Gram-positive bacterium responsible for listeriosis, a foodborne zoonotic disease affecting humans and animals. Although infection in immunocompetent individuals is often asymptomatic or limited to mild self-limiting gastroenteritis, Listeria monocytogenes may cause severe invasive disease in vulnerable groups, including pregnant women, neonates, elderly individuals, and immunocompromised patients. Although the incidence of listeriosis is relatively low compared with many other foodborne pathogens, the high hospitalization and mortality rates associated w
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования