Many of the gene regulatory processes of Plasmodium falciparum, the deadliest malaria parasite, remain poorly understood. To develop a comprehensive guide for exploring this organism's gene regulatory network, we generated a systems-level model of P. falciparum gene regulation using a well-validated, machine-learning approach for predicting interactions between transcription regulators and their targets. The resulting network accurately predicts expression levels of transcriptionally coherent gene regulatory programs in independent transcriptomic data sets from parasites collected by different
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Developing concise gene regulatory networks that accurately encode cellular decision-making processes remains a key area of research across biological dynamics. Here, this challenge is addressed by investigating the behavior of a minimal gene regulatory network comprising three transcription factors within deterministic and stochastic frameworks. The components of the network interact through self-activation of a single transcription factor, mutual inhibition between a pair, and additional cross-inhibition exerted by the third. Following a brief mathematical analysis of the deterministic model…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cellular decision-making and tissue homeostasis are governed by transcriptional networks shaped by chromatin accessibility. Using single-nucleus multi-omics, we jointly profile gene expression and chromatin accessibility in 10,335 cells from the Drosophila testis apical tip. This enables inference of 147 cell type-specific enhancer-gene regulons using SCENIC + . We functionally validate key transcription factors, including ovo and klumpfuss, known from other stem cell systems but not previously linked to spermatogenesis. CRISPR-mediated knockout reveals their essential roles in germline stem c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vascular dementia (VaD) is the second largest type of dementia in the world after Alzheimer's disease, characterized by selective loss of neurons caused by cerebrovascular disease, dysfunction of cortical subcortical circuits, and cognitive domain specific damage. This article systematically analyzes some gene expression regulation issues in VaD pathogenesis from five dimensions: abnormal gene expression profile, epigenetic modification abnormality, transcription factor (TF) cascade regulation, non coding RNA (ncRNA) regulatory axis disorder, and gene environment interaction. For the first tim
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene expression programs that establish and maintain specific cellular states are orchestrated through a regulatory network composed of transcription factors, cofactors, and chromatin regulators. Dysregulation of this network can lead to a broad range of diseases by altering gene programs. This article presents LaGrACE, a novel method designed to estimate dysregulation of gene programs combining omics data with clinical information. This approach facilitates the grouping of samples exhibiting similar patterns of gene program dysregulation, thereby enhancing the discovery of underlying molecula
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Pseudomonas aeruginosa infections are one of the leading causes of death in immunocompromised patients with cystic fibrosis, diabetes, and lung diseases such as pneumonia and bronchiectasis. Furthermore, P. aeruginosa is one of the main multidrug-resistant bacteria responsible for nosocomial infections worldwide, including the multidrug-resistant CCBH4851 strain isolated in Brazil.
METHODS: One way to analyze their dynamic cellular behavior is through computational modeling of the gene regulatory network, which represents interactions between regulatory genes and their targets.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Upon exposure to different stimuli, resting macrophages undergo classical or alternative polarization into distinct phenotypes that can cause fatal dysfunction in a large range of diseases, such as systemic infection leading to sepsis or the generation of an immunosuppressive tumor microenvironment. Investigating gene regulatory and metabolic networks, we observed two metabolic switches during polarization. Most prominently, anaerobic glycolysis was utilized by M1-polarized macrophages, while the biosynthesis of inosine monophosphate was upregulated in M2-polarized macrophages. Moreover, we ob
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deciphering complex gene-gene interactions remains challenging in transcriptomics as traditional methods often miss higher-order and nonlinear dependencies. This study introduces a quantum-inspired framework leveraging tensor networks to optimally map expression data into a lower dimensional representation preserving biological locality. Using quantum mutual information (QMI), a nonparametric measure natural for tensor networks, we quantify gene dependencies and establish statistical significance via permutation testing. From those values, we construct optimal network where genes are positione
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Septicemia triggers a profound systemic inflammatory response, ultimately leading to cellular senescence. Understanding the mechanisms underlying intercellular interactions associated with sepsis is crucial for developing therapeutic strategies targeting sepsis and its associated complications. Neonatal septicemia (NS) is a critical condition characterized by systemic infection in newborns. Currently, there are no effective indicators for the early identification of sepsis and precise screening of newborns who truly require antibiotic treatment, which results in delayed diagnosis of neonatal s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The construction of gene regulatory networks based on single-cell transcriptomics (scRNA-seq) data provides crucial technical support for decoding cell fate determination mechanisms at the single-cell level, elucidating molecular mechanisms underlying disease progression, and developing targeted therapeutics. Existing methods for constructing GRNs often rely excessively on gene expression features, struggling to achieve an effective balance between local direct regulatory signals and global multi-step regulatory pathways. This imbalance results in insufficient utilization of topological inform…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute myeloid leukemia (AML) is characterized by cellular and genetic heterogeneity, which correlates with clinical course. Although single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) reflects this diversity to some extent, the low sample numbers in individual studies limit the analytic potential when comparing specific patient groups. We performed large-scale integration of published scRNA-seq datasets to create a unique single-cell transcriptomic atlas for AML (AML scAtlas), totaling 748,679 cells, from 159 AML patients and 51 healthy donors from 20 different studies. This is the largest single-cell dat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Organisms cope with environmental changes by modifying gene expression. To understand how regulatory networks controlling expression plasticity evolve, we analyzed RNAseq data from Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces paradoxus, and their F1 hybrids at multiple timepoints after transferring cells from standard laboratory conditions to five environments (low phosphorus, low nitrogen, hydroxyurea shock, heat stress, and cold stress) and during the diauxic shift. In each of the six datasets, we identified genes that changed expression following the transition to the new environment and used hi
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The first wave of primordial follicle activation occurs around postnatal day 2.5 (P2.5), with the remaining follicles entering a dormant state to ensure a continuous supply of fertilizable oocytes. However, the molecular characterization and underlying mechanisms of this critical fate commitment remain poorly understood. Here, we employ SMART-seq2 to profile transcriptional dynamics in individual perinatal female C57BL/6 mouse germ cells across three developmental stages: cyst stage at embryonic day 17.5 (E17.5), primordial-follicle stage at P2.5, and primary-follicle stage at P6.5. Unsupervis
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neuroblastoma is a heterogeneous pediatric malignancy with marked molecular diversity and variable clinical behavior. Although current risk stratification incorporates clinical and genomic factors, additional biomarkers are needed to improve tumor characterization and advance precision oncology. The present study investigated the expression of miR-141-3p, miR-150-5p, miR-181a-5p, and miR-182-5p and their predicted target genes in pediatric neuroblastoma. Tumor samples from 58 neuroblastoma and 13 ganglioneuroma patients were compared with 41 adjacent non-tumor tissues, while an independent coh
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A central determinant of successful reproduction is pregnancy establishment and maintenance that relies on proper development of the concept … omatin regions, facilitating the identification of transcription factor binding sites and candidate gene regulatory networks involved with trophoblast differentiation. Several transcription factors, known for their involvement in trophoblast differentiation in other mammalian species, were identified as candidate regulators of uninucleate to binucleate trophoblast differe …
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Chromosomal structural variations (CSVs) that comprise multiple gene mutations are important determinants for multiple diseases. However, the relationship between CSVs, rheumatoid arthritis (RA), and lung cancer is not well understood.
MATERIALS AND METHODS: In this study, we analyzed CSV associations and differences between RA and RA with lung cancer (RA LC) using genome sequencing, with RA-associated interstitial lung disease (RA ILD) as a disease control. First, we analyzed the CSVs of each individual. Then, we identified common CSVs within each disease group and finally analyz
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neural tube defects (NTDs) remain among the most common congenital anomalies. Contributing risk factors include genetics and nutrient deficiencies, however, a comprehensive assessment of nutrient-gene interactions in NTDs is lacking. We applied a nutrient-focused gene expression analysis pipeline to identify nutrient-sensitive gene regulatory networks in amniocyte gene expression data (GSE4182) from fetuses with NTDs (cases; n = 3) and fetuses with no congenital anomalies (controls; n = 5). Differentially expressed genes (DEGs) were screened for having nutrient cofactors. Nutrient-dependent tr…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The etiology of cleft lip with/without cleft palate (CL/P), one of the most frequent craniofacial birth defects worldwide, is complicated by contributions of both genetic and environmental factors. Understanding the etiology of these conditions is essential for developing preventive strategies. This study thus aims to identify regulatory networks of microRNAs (miRNAs), transcriptional factors (TFs) and non-TF genes associated with cleft lip (CL) that are conserved in humans and mice. Notably, we found that miR-27b, miR-133b, miR-205, miR-376b and miR-376c were involved in the regulation of CL-
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The adult mammalian heart has limited capacity for regeneration following injury, whereas the neonatal heart can readily regenerate within a … ngle-cell ATAC sequencing exposes underlying dynamics of open chromatin landscapes and regenerative gene regulatory networks of diverse cardiac cell types and reveals extracellular mediators of cardiomyocyte proliferation, angiogenesis, and fibroblast activation. Together, our data provide a transcriptional basis for neonatal heart regeneration at single-cell resolution a …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene regulatory networks (GRNs) research reveals complex life phenomena from the perspective of gene interaction, which is an important research field in systems biology. Traditional Bayesian networks have a high computational complexity, and the network structure scoring model has a single feature. Information-based approaches cannot identify the direction of regulation. In order to make up for the shortcomings of the above methods, this paper presents a novel hybrid learning method (DBNCS) based on dynamic Bayesian network (DBN) to construct the multiple time-delayed GRNs for the first time,…
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования