Parkinson's disease is an age-related neurological disorder, and the pathology of the disease is linked to different types of aggregates of α-synuclein or alpha-synuclein (aS), which is an intrinsically disordered protein. The C-terminal domain (residues 96-140) of the protein is highly fluctuating and possesses random/disordered coil conformation. Thus, the region plays a significant role in the protein's solubility and stability by an interaction with other parts of the protein. In the current investigation, we examined the structure and aggregation behavior of two artificial single point mu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transition of alpha-helical or unfolded peptides and proteins to beta-sheets and the subsequent amyloid formation are characteristic for neurodegenerative diseases like Alzheimer's or Parkinson's disease. The interactions of amyloidogenic peptides with surfaces such as biological membranes are considered to play an important role regarding the onset of secondary structure changes. In our project, we used a peptide designed to have specific secondary structure propensities in order to investigate the driving forces and conditions which lead to the beta-sheet formation. The model peptide is
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Streptococcus agalactiae is a leading cause of bacterial sepsis and meningitis in neonates. FbsA, a fibrinogen receptor of S. agalactiae is highly repetitive protein with each repeat containing 16 amino acids. The protein sequence of FbsA shows no homology to any known fibrinogen binding protein from other bacterial species, making it a unique fibrinogen receptor. FbsA is cloned, expressed in E. coli and purified. The recombinant protein shows a laddering pattern in SDS-PAGE gel because of its poor stability in solution. The instability of the protein is probably because of the presence Gln-Gl
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) glycoprotein (GP) consists of the transmembrane subunit GP-2 and the receptor binding subunit GP-1. Both are synthesized as one precursor protein and stay noncovalently attached after cleavage. In this study, we determined the oligomeric state of the LCMV GP and expressed it in two different conformations suitable for structural analysis. Sequence analysis of GP-2 identified a trimeric heptad repeat pattern containing an N-terminal alpha-helix. An alpha-helical peptide matching this region formed a stable oligomer as revealed by gel filtration chro
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The sn-1,2-diacylglycerol kinase structural gene from Escherichia coli was demonstrated to be the dgkA locus previously sequenced (Lightner, V. A., Bell, R. M., and Modrich, P. (1983) J. Biol. Chem. 258, 10856-10861). The dgkA gene product was shown by maxicell analysis to be an Mr = 14,000 membrane-bound protein. When dgkA was placed on a hybrid plasmid under control of the lambda pL promoter, a 100-fold overproduction of diacylglycerol kinase activity was obtained. Diacylglycerol kinase was solubilized from membranes with 2-propanol/heptane/trifluoroacetic acid and purified to near homogenei
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The BCL-2 family proteins constitute a critical control point in apoptosis. BCL-2 family proteins display structural homology to channel-forming bacterial toxins, such as colicins, transmembrane domain of diphtheria toxin, and the N-terminal domain of delta-endotoxin. By analogy, it has been hypothesized the BCL-2 family proteins would unfold and insert into the lipid bilayer upon membrane association. We applied the site-directed spin labeling method of electron paramagnetic resonance spectroscopy to the pro-apoptotic member BID. Here we show that helices 6-8 maintain an alpha-helical conform
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A switch in the conformational properties of α-synuclein (αS) is hypothesized to be a key step in the pathogenic mechanism of Parkinson's disease (PD). Whereas the beta-sheet-rich state of αS has long been associated with its pathological aggregation in PD, a partially alpha-helical state was found to be related to physiological lipid binding; this suggests a potential role of the alpha-helical state in controlling synaptic vesicle cycling and resistance to β-sheet rich aggregation. N-terminal acetylation is the predominant post-translational modification of mammalian αS. Using circular dichro
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Direct exposure or intake of engineered nanoparticles (ENPs) to the human body will trigger a series of complicated biological consequences. Especially, ENPs could either up- or downregulate peptide fibrillation, which is associated with various degenerative diseases like Alzheimer's and Parkinson's diseases. This work reports the effects of gold nanoparticles (AuNPs) with different shapes on the aggregation of an amyloid-β peptide (Aβ(1-40)) involved in Alzheimer's disease. Two kinds of AuNPs were investigated, i.e., gold nanospheres (AuNSs, ∼20 nm in diameter) and gold nanocubes (AuNCs, ∼20
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pore-forming toxins (PFTs) are a class of potent virulence factors that convert from a soluble form to a membrane-integrated pore. They exhibit their toxic effect either by destruction of the membrane permeability barrier or by delivery of toxic components through the pores. Among the group of bacterial PFTs are some of the most dangerous toxins, such as diphtheria and anthrax toxin. Examples of eukaryotic PFTs are perforin and the membrane-attack complex, proteins of the immune system. PFTs can be subdivided into two classes, alpha-PFTs and beta-PFTs, depending on the suspected mode of membra
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N-H/N interactions, between an amide N-H on one residue (i + 1) and the amide N lone pair on the prior (i) residue, have been observed in key structures in proteins, including turns, loops, and α-helices. However, there remains an incomplete understanding about the inherent nature of N-H/N interactions and how they can impact protein structure and dynamics. The crystal structure of a molecule (Boc-hyp(4-I-Ph)-NHCy) with an N-Hi+1/Ni interaction was obtained. This structure had a close Hi+1···Ni distance of 2.30 Å, well below the 2.75 Å sum of the van der Waals radii of H and N. This structure
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
α-Helical domains are widespread and versatile, yet typically fail under low mechanical load because backbone hydrogen bonds unzip sequentially, limiting their use in force-bearing nanomaterials and molecular devices. We present an AI-guided strategy to design six-helix bundle proteins with densely packed hydrophobic cores that co-optimize mechanical and thermal stability. Backbones were generated with RFdiffusion, sequences designed with ProteinMPNN, and structures validated by AlphaFold2/ESMFold; steered and annealing molecular dynamics simulation identified designs with high predicted unfol
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A change in the conformational plasticity of α-Synuclein (α-Syn) is hypothesised to be a key step in the pathogenic mechanism of Parkinson's disease (PD). Here, we report the study of extracellular α-Syn interaction with whole cells and membranes isolated from the neuronal SH-SY5Y cells, exploiting NMR and CD spectroscopies. In addition, the crosslinking agent DSG was used to freeze the conformational and oligomeric state of α-Syn in the presence of cells. These data, in a quasi-physiological environment, confirm the protein monomeric state with a propensity to adopt a transient alpha helical
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Non-small cell lung cancers (NSCLCs) with inactivation of the tumor suppressor LKB1 are common and respond poorly to current therapies. We previously identified aberrant activation of the CRTC-CREB transcriptional pathway as a key driver of malignancy in LKB1-deficient lung cancer. In this study, we developed stabilized α-helical peptides, termed stabilized alpha helices of the CREB binding domain (SAH-CBDs), which were designed to disrupt the CRTC-CREB protein-protein interaction. SAH-CBD peptides adopt a stable, bioactive α-helical conformation, bind directly to CREB, and effectively block C
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intracellular proteinaceous inclusions (Lewy bodies and Lewy neurites) of alpha-synuclein are pathological hallmarks of neurodegenerative diseases such as Parkinson's disease, dementia with Lewy bodies (DLB), and multiple systemic atrophy. The molecular mechanisms underlying the aggregation of alpha-synuclein into such filamentous inclusions remain unknown, although many factors have been implicated, including interactions with lipid membranes. To model the effects of membrane fields on alpha-synuclein, we analyzed the structural and fibrillation properties of this protein in mixtures of water
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Exposure of proteins and polypeptides to ultraviolet radiation below 240 nm produces peptide cleavage which may or may not be accompanied by observable changes in conformation and optical rotary dispersion (ORD) properties, depending on the stability of the secondary and tertiary structure of the macromolecule under the experimental conditions. Helical and coiled forms of poly-L-glutamic acid undergo degradation at similar rates but only the helical form shows a significant change in rotatory properties. The helical form of poly-L-lysine, but neither the coiled nor beta forms, shows a change i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Group II chaperonins, found in Archaea and in the eukaryotic cytosol, act independently of a cofactor corresponding to GroES of group I chaperonins. Instead, the helical protrusion at the tip of the apical domain forms a built-in lid of the central cavity. Although many studies on the lid's conformation have been carried out, the conformation in each step of the ATPase cycle remains obscure. To clarify this issue, we examined the effects of ADP-aluminum fluoride (AlFx) and ADP-beryllium fluoride (BeFx) complexes on alpha-chaperonin from the hyperthermophilic archaeum, Thermococcus sp. strain K
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
All-atom free-energy methods offer a promising alternative to kinetic molecular mechanics simulations of protein folding and association. Here we report an accurate, transferable all-atom biophysical force field (PFF02) that stabilizes the native conformation of a wide range of proteins as the global optimum of the free-energy landscape. For 32 proteins of the ROSETTA decoy set and six proteins that we have previously folded with PFF01, we find near-native conformations with an average backbone RMSD of 2.14 A to the native conformation and an average Z-score of -3.46 to the corresponding decoy
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Skin fibroblasts from a proband with lethal osteogenesis imperfecta synthesized a type I procollagen containing a cysteine residue in the alpha 1(I) helical domain. Assay of thermal stability of the triple helix by proteinase digestion demonstrated a decreased temperature for thermal unfolding of the protein. Of special importance was the observation that assays of thermal stability by proteinase digestion revealed two bands present in a 2:1 ratio of about 140 and 70 kDa; the 140 kDa band was reducible to a 70 kDa band. Further analysis of the fragments demonstrated that the cysteine mutation
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The correct folding of proteins is a prerequisite for their biological functions, but the secret of protein folding is still not fully understood. Recently, a new theory of protein folding was proposed: the Confined Lowest Energy Fragment (CLEF) hypothesis, which can explain protein folding experiments well. According to the CLEF hypothesis, all proteins can be divided into independent folding units (CLEF fragments), which can even refold into their native conformation via suitable nanoparticle (NP)-peptide interactions. This opens the door to creating artificial proteins by restoring the nati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Employment of radioimmunoassay led to the demonstration of serological crossing between tick-borne encephalitis (TBE) virus and Venezuelan equine encephalomyelitis (VEE) virus. Using hybridoma technology, three hybridomas were produced secreting monoclonal antibodies (MAb) cross-reacting with these two viruses. With MAb, the epitope of binding of these antibodies was shown to be located on protein E of TBE virus and protein E1 of VEE virus. Despite the low percentage (14%) of homology of amino acid sequences of these proteins, 12 areas with homology from 24% to 63% were demonstrated. Consideri
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования