To study the function of RNA-binding proteins (RBPs), an overexpression or knockout approach is generally used. However, as many RBPs are essential to cellular functions, the complete knockout of these proteins may be lethal to the cell. Overexpression of RBPs, on the other hand, may create an altered transcriptome and aberrant phenotypes that can mask their physiological function. Additionally, biochemical characterization of RBP often requires highly specific antibodies for efficient immunoprecipitation for downstream mass spectrometry or RNA footprinting profiling. To overcome these hurdles
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ribosomes can pause during mRNA translation, but what causes pausing, how pauses affect protein production, and whether they trigger cotranslational mRNA decay are poorly understood in plants. Here, we investigate the causes and consequences of ribosome pausing in Arabidopsis and maize. This is accomplished by sizing, mapping, and quantifying footprints of individual ribosomes (monosomes) and closely spaced ribosome pairs (disomes) at single-codon resolution on open reading frames (ORFs). Ribosome footprinting was combined with 5'P-degradome-seq to examine the coincidence of pausing with cotra
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Using variable-length deletion constructs of the 5'-flanking region of the human interleukin-6 (IL-6) gene linked to the chloramphenicol acetyltransferase gene, we showed that the region from positions -109 to -50 mediated the bulk of the response to tumor necrosis factor (TNF) or interleukin-1 (IL-1), while it was less responsive to forskolin. DNA mobility shift assays and DNase I footprinting analysis identified a nuclear protein from TNF- or IL-1-treated fibroblasts that bound to a region comprising a kappa B-like element located between positions -72 and -63 on the IL-6 gene. On the basis
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-binding proteins (RBPs) play an important role in regulating gene expression at the posttranscriptional level, including the steps of pre-mRNA splicing, polyadenylation, mRNA stabilization, mRNA export from the nucleus to the cytoplasm, mRNA localization, and translation. RBPs regulate these processes primarily by binding to specific sequence elements in newly synthesized or mature transcripts. While many RPBs are known to recognize certain nucleotide sequences in RNA, information is insufficient for others. In particular, RBPs often compete for RNA binding or interact with RNA cooperative
Аннотация на английскомСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The organic hydroperoxide resistance protein Ohr has been identified in numerous bacteria where it functions in the detoxification of organic hydroperoxides, and expression of ohr is often regulated by a MarR-type regulator called OhrR. The genes annotated as BAB2_0350 and BAB2_0351 in the Brucella abortus 2308 genome sequence are predicted to encode OhrR and Ohr orthologs, respectively. Using isogenic ohr and ohrR mutants and lacZ promoter fusions, it was determined that Ohr contributes to resistance to organic hydroperoxide, but not hydrogen peroxide, in B. abortus 2308 and that OhrR repress
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Internal ribosome entry site (IRES) elements were described in picornaviruses as an essential region of the viral RNA. Understanding of IRES function requires a detailed knowledge of each step involved in the internal initiation process, from RNA folding and IRES-protein interaction to ribosome recruitment. Thus, deciphering IRES accessibility to external agents due to RNA structural features, as well as RNA-protein protection within living cells, is of primary importance. In this study, two chemical reagents, dimethylsulfate (DMS) and aminomethylpsoralen, have been used to footprint the entir
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hepatocytes are the major source of sex hormone-binding globulin (SHBG), a glycoprotein that transports sex steroids in the blood and regulates their access to target tissues. The human SHBG proximal promoter was analyzed by DNase I footprinting, and the functional significance of 6 footprinted regions (FP1-FP6) within the proximal promoter was studied in human HepG2 hepatoblastoma cells. Two footprinted regions (FP1 and FP3) contain binding sites for the chicken ovalbumin upstream promoter-transcription factor (COUP-TF) and hepatocyte nuclear factor-4 (HNF-4). In experiments where SHBG promot
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiplexed protein profiling of single extracellular vesicles (EVs) is crucial for precise liquid biopsy but is severely limited by steric hindrance arising from bulky detection probes. This study systematically deconstructs the sources and consequences of this limitation using high-sensitivity nano-flow cytometry (nFCM), revealing how the spatial footprint of antibody-fluorophore conjugates fundamentally compromises co-detection fidelity. To overcome this, we developed a sterically optimized framework through the sequential minimization of the spatial footprint of detection elements: first,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In a previous publication (He, J.-S., and Fulco, A. J. (1991) J. Biol. Chem. 266, 7864-7869), we reported that a 15-17-base pair DNA sequence (designated a Barbie box element) in the 5'-regulatory regions of cytochrome P450BM-1 and P450BM-3 genes from Bacillus megaterium was recognized by a barbiturate-regulated protein. It is now recognized that essentially all eukaryotic and prokaryotic genes whose 5'-flanking regions are known and that encode barbiturate-inducible proteins contain the Barbie box element. A 4-base pair sequence (AAAG) is found in the same relative position in all Barbie box
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mass spectrometry (MS)-based protein footprinting and, more specifically, fast photochemical oxidation of proteins (FPOP) are methods that have been found to be important for studying proteins, their structures, and their relationships to other proteins or ligands. In-cell FPOP (IC-FPOP) was developed to study proteins in their native environment. Initial work with IC-FPOP has been performed using a platform incubator with an XY movable stage (PIXY). However, low throughput and a six-well plate format restricted the experiment by limiting the number of technical replicates that can be analyzed…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The interaction of xeroderma pigmentosum group A protein (XPA) and replication protein A (RPA) with damaged DNA in nucleotide excision repair (NER) was studied using model dsDNA and bubble-DNA structure with 5-{3-[6-(carboxyamido-fluoresceinyl)amidocapromoyl]allyl}-dUMP lesions in one strand and containing photoreactive 5-iodo-dUMP residues in defined positions. Interactions of XPA and RPA with damaged and undamaged DNA strands were investigated by DNA-protein photocrosslinking and gel shift analysis. XPA showed two maximums of crosslinking intensities located on the 5'-side from a lesion. RPA
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The XPC-HR23B complex is specifically involved in global genome but not transcription-coupled nucleotide excision repair (NER). Its function is unknown. Using a novel DNA damage recognition-competition assay, we identified XPC-HR23B as the earliest damage detector to initiate NER: it acts before the known damage-binding protein XPA. Coimmunoprecipitation and DNase I footprinting show that XPC-HR23B binds to a variety of NER lesions. These results resolve the function of XPC-HR23B, define the first NER stages, and suggest a two-step mechanism of damage recognition involving damage detection by
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The invariant chain protein is intracellularly associated with class II major histocompatibility proteins. In many cases, the expression of these molecules appears to be regulated in a similar manner. Contained within the promoter of the invariant chain gene are sequences (X and I gamma 1) that are similar to the X and Y box elements of class II genes, suggesting that these sequences might be involved in its regulation. DNase I footprinting reveals additional cis-acting elements (I gamma 2 and I gamma 3) that contain sequence similarities to NF-kappa B and/or H2TF1/KBF1 recognition sequences.
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human ether-a-go-go related gene 1 (hERG1) K ion channel is a key element for the rapid component of the delayed rectified potassium current in cardiac myocytes. Since there are no crystal structures for hERG channels, creation and validation of its reliable atomistic models have been key targets in molecular cardiology for the past decade. In this study, we developed and vigorously validated models for open, closed, and open-inactivated states of hERG1 using a multistep protocol. The conserved elements were derived using multiple-template homology modeling utilizing available structures f
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The deregulation of expression of the c-myc gene in Burkitt's lymphoma results from the translocation that links one c-myc allele to one of the immunoglobulin genes. This physical linkage promotes interactions between c-myc and immunoglobulin gene regulatory elements that affect c-myc transcription initiation and elongation. We have located a region in the c-myc promoter that is required for the complete activation by the immunoglobulin heavy chain gene enhancer. This regulatory element contains a core sequence, GGGAGG, similar to the GA box recognized by the transcription factor Myc-associate
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parturition is preceded by a large increase in gap junctions between myometrial smooth muscle cells. Connexin 43 is the major structural protein of myometrial gap junctions. To explore transcriptional regulation of the myometrial Cx43 gene, we used DNase I footprinting, electrophoretic mobility shift and transient transfection assays to examine a 312 bp promoter region (-164 to +148) of the gene, utilizing human myometrial cell cultures and nuclear extracts. The DNase I studies showed four regions of nucleoprotein interactions. Protection of region 1 (-80 to -31) encompassed an Activator Prote
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nuclear extracts from embryos of Xenopus laevis were shown to contain a protein activity, KTF-1, which binds in vitro to the promoter of the embryonic, epidermis-specific keratin gene, XK81A1. Mobility shift assays, methylation interference and footprinting analysis were used to show that the KTF-1 binding site contains an imperfect, palindromic sequence, ACCCTGAGGCT. This sequence occurs once in the XK81A1 promoter, 152-162 base pairs upstream of the transcription start site. A construct of the keratin gene in which this sequence was altered so that it no longer binds KTF-1 in vitro showed se
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alcohol induces degeneration of neurons and inhibits neurogenesis in the brain. Small heat shock proteins are able to protect neurons in cerebral ischemia and oxidative stress. In this study, we investigated the neuroprotective effect of small heat shock protein, Hsp27, after acute and chronic ethanol administrations using transgenic mice overexpressing the human Hsp27 protein. Transgenic mice and wild-type littermates were injected with 2 g/kg ethanol intraperitoneally, and then motor coordination and muscle strength were analyzed using different behavioral tests, such as footprint analysis,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although some cases of the syndrome of hereditary persistence of fetal hemoglobin (HPFH) have been correlated with mutations causing a change in the binding of trans-acting factors to DNA sequences flanking the gamma-globin gene, this mechanism has not been described in beta-thalassemias upstream of the canonical promoter of the beta-globin gene. In this report we describe such a change in binding of a protein that may explain a silent carrier phenotype of beta-thalassemia. We have previously demonstrated the binding of a protein (BP1) derived from a nuclear extract of human K562 cells to DNA
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Expression of the germ cell alkaline phosphatase is a highly regulated process tied to malignant transformation of the human placenta. Human choriocarcinoma cells (malignant trophoblasts) express primarily the germ cell alkaline phosphatase gene and only low or nondetectable levels of the placental alkaline phosphatase normally found in the human placenta. Here, we show that nucleotides -156 to -1 region relative to the gene transcription start site (+1) contain cis-acting DNA elements that direct germ cell alkaline phosphatase expression in choriocarcinoma cells. Within the minimal activator
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования