BACKGROUND: RAS pathway mutations occur in ~ 40% of colorectal cancers (CRCs), with KRAS- and BRAF- mutant tumors exhibiting distinct mutational, transcriptional, and epigenetic landscapes. Advances in next-generation sequencing enable integrated analyses of multi-omics data, providing insight into their regulatory relationships. To define the molecular programs driven by RAS pathway mutations, we generated isogenic CRC cell models and profiled chromatin accessibility using ATAC-seq.
METHODS: We performed ATAC-seq in isogenic HCT116 and RKO models. Mutation-associated changes in genes, regula…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Callus formation is a fundamental developmental process involving cellular dedifferentiation and regeneration in plants. However, the epigenetic mechanisms underlying this process remain poorly understood.
METHODS: Here, we performed integrative analyses of time-series ATAC-seq, ChIP-seq (H3K27ac and H3K27me3), and transcriptome datasets to investigate chromatin-mediated transcriptional regulation during soybean callus development.
RESULTS: Genome-wide profiling identified extensive epigenetic remodeling during early callus induction, including 15,740 differentially accessible …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
NF-κB must remain bound to chromatin long enough to activate innate immune genes, but what stabilizes this transcriptionally productive state is unknown. Here, we identify the Integrator complex as an essential determinant of NF-κB chromatin residence in mouse and human cells. Integrator associated with NF-κB and co-occupied its genomic targets. Single-molecule tracking revealed that Integrator markedly prolonged the chromatin residence of RELA molecules in a low-mobility state. Catalytically inactive INTS11-E203Q fully restored NF-κB-dependent transcription, separating this chromatin-retentio…
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background Malaria parasite transmission by Anopheles mosquitoes remains a worldwide health burden, and understanding factors underlying natural vector susceptibility would inform rational design of vector control. The 2La chromosomal inversion segregates in the major vectors of human malaria, Anopheles coluzzii and Anopheles gambiae , and is associated with natural variation for malaria susceptibility, though underlying mechanisms are unknown. Here, we characterize alterations of chromatin conformation and gene expression induced by the two 2La inversion allelic forms, the ancestral 2La and t…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Estrogen therapy elicits clinical benefit in ~ 30% of patients with endocrine-resistant estrogen receptor (ER)-positive breast cancer, but i … f ER-regulated transcripts and encoded proteins, cell cycle and replication status, and genome-wide chromatin accessibility, ER binding, and transcriptional profiles. Entinostat treatment increased histone acetylation and chromatin accessibility. Combination treatment with E2 and entinostat inhibited cell growth and induced apoptosis in ER-overexpressing mo …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Glioblastoma (GBM) remains a highly lethal brain tumor with limited therapeutic options and pervasive resistance to standard tre … d upregulation of the tumor suppressor LZTS1. Increased histone-associated gene expression suggests chromatin remodeling and induction of a quiescent tumor cell state. Subtype analysis indicated a shift toward a proneural molecular signature. Notably, the antitumoral effects of fadraciclib were preserved in multicellular biomimetic bioprints, whereas nonmal …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM) involves patient-specific immune dysfunction not addressed by current diabetes management methods. Traditional methods to assess functional changes to PBMCs are too costly and time-intensive for routine use.
METHODS: We studied 57 individuals across healthy, prediabetic, and diabetic stages, performing chromatin imaging of live peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) using a microfluidic imaging assay.
RESULTS: Here, we present an orthogonal and adjunct chromatin imaging-based assay to monitor alterations to PBMCs during T2DM progression. By app…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ulcerative colitis (UC) is characterized by chronic mucosal inflammation, recurrent epithelial injury, and impaired colonic mucosal wound he … onoids from active UC had a unique cell population with elevated CTNNB1 and reduced APC expression. Chromatin profiling identified enrichment of RUNX2 motifs in this UC-associated cell population. Active UC colonoids exhibited reduced OLFM4 expression in 3D and the differentiation marker VIL1 in 2D, suggesting impaired epithelial stem-cell maintenance and m …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A zinc finger transcription factor, Bcl11b, is crucial for T-lymphopoiesis. A truncated Bcl11b lacking the C-terminal zinc finger disrupts chromatin accessibility in CD4+CD8+ double-positive thymocytes. Screening chromatin modifiers associated with this zinc finger identified Cxxc1, a component of the Set1 complex mediating H3K4me3. Cxxc1 deficiency arrests the CD4-CD8- double-negative-to-double-positive transition, retaining double-negative-like chromatin structure in double-positive thymocytes. Genomic regions bound by Cxxc1 largely overlapped with Bcl11b and were altered upon Bcl11bdeficien…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
During meiosis, homologous chromosomes engage in reciprocal exchanges of segments in a process known as crossing over (CO). About 85% of CO events in maize are products of the class I pathway. Class I COs are interference-sensitive, meaning that the formation of one CO reduces the likelihood of another CO forming close by. This protocol describes a chromatin immunoprecipitation-sequencing (ChIP-seq)-based method for mapping meiotic COs in maize, using an antibody against MutL Homolog 3 (MLH3), a key component of the class I CO pathway. CO sites are determined by Illumina sequencing of DNA isol…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The multiscale organisation of chromatin arises from the interplay of intermolecular interactions, physical constraints, and the physicochemical properties of the nuclear environment. These processes span a wide range of spatial and temporal scales. At the scale of a few angstroms, atomic interactions between histone residues, DNA, metabolites, and solvent molecules occur on picosecond to nanosecond timescales. At the nanometre scale, nucleosomes and their arrays undergo conformational changes, sliding, and breathing motions on microsecond to millisecond timescales. At the micrometre scale, ch…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A subset of genes, reproducibly positioned adjacent to nuclear speckles (NS), amplify their expression only with NS contact. However, genome … versus intronless genes associate differentially with these two patterns. We suggest that the interchromatin space is partitioned into additional gene expression "niches", surrounding and extending from NS, that may be involved in mRNA and gene dynamics.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Seasonal heat stress negatively impacts spermatogenesis, yet the underlying molecular mechanisms remain poorly understood. To investigate the epigenetic responses to heat stress in Angora rabbit spermatogenesis, we performed an Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing (ATAC-seq) on testicular tissues collected during spring and summer.
RESULTS: High-quality sequencing data were obtained, yielding 196 to 310 million clean reads per sample with mapping rates exceeding 97%. Chromatin accessibility signals were predominantly enriched near transcription start sites, …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent studies have demonstrated that mammalian sex determination is governed not only by trans-acting transcription factors but also by cis-acting chromatin modifications. This review summarizes recent advances in understanding how histone and DNA modifications contribute to sex determination, including the precise temporal regulation of the Y-linked testis-determining gene Sry. Key chromatin regulators-such as KDM3A, EHMT1/2, TET2, CBP/p300, KDM6B, CBX2, and CDYL-shape the chromatin landscape to promote male fate. We also highlight the emerging role of iron metabolism in modulating the activ…
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromatin remodeling complexes dynamically modify DNA accessibility to regulate gene expression during eukaryotic cell cycle progression, developmental transitions, and environmental adaptation. Higher eukaryotes have multiple remodeler subtypes; however, the coordination and functional specificity of these diverse complexes is not well understood. Apicomplexan parasites such as Toxoplasma gondii have a limited set of chromatin remodelers offering a divergent setting in which to explore the function of homologous complexes. These parasites have retained the Myb domain-containing proteins with …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Patients with chronic, indolent myeloproliferative neoplasms (MPNs) are at risk for transformation to highly lethal leukemia, although targetable mechanisms driving progression remain elusive. We discovered that the High Mobility Group A1 (HMGA1) gene is up-regulated with MPN progression in patients and required for evolution into myelofibrosis (MF) or acute myeloid leukemia (AML) in preclinical models. HMGA1 encodes the HMGA1 epigenetic regulators that modulate the chromatin state during embryogenesis and tissue regeneration. While HMGA1 is silenced in most differentiated cells, it becomes ab…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования