Corynebacterium amycolatum ICIS 99 was isolated from vaginal smears of healthy women and showed promising results in antimicrobial screenings. Here, we report the draft genome sequence of this strain and analyze its main features to assess its safety and useful properties. The genome is 2,532,503 bp long and contains 2186 CDSs with an average G + C content of 59.0%. Analyses of the ICIS 99 genome revealed the absence of true virulence factors. The genome contains genes involved in the synthesis of secondary metabolites and bacteriocins of the class sactipeptide. In the genome of ICIS 99, we id
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In recent years, increasing numbers of cases of acute gastroenteritis caused by Group A rotavirus (RVA) G12 strains have been reported in humans from many countries around the world, but G12 RVA detection in animals is currently less reported. Pigs are an important animal reservoir of zoonotic RVs and a mixing vessel for RVs. In 2020, RVA infection cases in piglets increased in China, which attracted more attention. During an epidemiological survey, a new type of porcine G12P[7] strain (CN127) was detected in pig farms across several provinces. Complete genome analyses revealed that strain CN1
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ultraviolet A (UVA) radiation can pass through the epidermis and reach the dermal skin layer, contributing to photoaging, DNA damage, and photocarcinogenesis in dermal fibroblasts. High-dose UVA exposure induces erythema, whereas low-dose, long-term UVA exposure causes skin damage and cell senescence. Biomarkers for evaluating damage caused by low-dose UVA in fibroblasts are lacking, making it difficult to develop therapeutic agents for skin aging and aging-associated diseases. We performed RNA-sequencing to investigate gene and pathway alterations in low-dose UVA-irradiated human skin-derived
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Identification of bacterial pathogens in formalin fixed, paraffin embedded (FFPE) tissue samples is limited to targeted and resource-intensive methods such as sequential PCR analyses. To enable unbiased screening for pathogens in FFPE tissue samples, we established a whole genome sequencing (WGS) method that combines shotgun sequencing and metagenomics for taxonomic identification of bacterial pathogens after subtraction of human genomic reads. To validate the assay, we analyzed more than 100 samples of known composition as well as FFPE lung autopsy tissues with and without histological signs
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Xeroderma pigmentosum D (XPD) protein plays a pivotal role in the nucleotide excision repair pathway. XPD unwinds the local area of the damaged DNA by virtue of constituting transcription factor II H (TFIIH) and is important not only for repair but also for basal transcription. Although cells deficient in XPD have shown to be defective in oxidative base-lesion repair, the effects of the oxidative assault on primary fibroblasts from patients suffering from Xeroderma Pigmentosum D have not been fully explored. Therefore, we sought to investigate the role of XPD in oxidative DNA damage-repair by
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Some snails act as intermediate hosts (vectors) for parasitic flatworms (flukes) that cause neglected tropical diseases, such as schistosomiases. Schistosoma haematobium is a blood fluke that causes urogenital schistosomiasis and induces bladder cancer and increased risk of HIV infection. Understanding the molecular biology of the snail and its relationship with the parasite could guide development of an intervention approach that interrupts transmission. Here, we define the genome for a key intermediate host of S. haematobium-called Bulinus truncatus-and explore protein groups inferred to pla
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Autologous hematopoietic stem cell transplantation using genome-edited cells can become a definitive therapy for hematological and non-hematological disorders with neurological involvement. Proof-of-concept studies using human genome-edited hematopoietic stem cells have been hindered by the low efficiency of engraftment of the edited cells in the bone marrow and their modest efficacy in the CNS. To address these challenges, we tested a myeloablative conditioning regimen based on Busulfan in an immunocompromised model of mucopolysaccharidosis type 1. Compared with sub-lethal irradiation, Busulf
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human microbiome is a reservoir of potential bacteriocins that can counteract multidrug resistant bacterial pathogens. Unlike antibiotics, bacteriocins selectively inhibit a spectrum of competent bacteria and are said to safeguard gut commensals, reducing the chance of dysbiosis. Bacteriocinogenic probiotics or bacteriocins of human origin will be more pertinent in human physiological conditions for therapeutic applications to act against invading pathogens. Recent advancement in the omics approach enables the mining of diverse and novel bacteriocins by identifying biosynthetic gene cluste
ОбзорСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Knowledge of age-related DNA methylation changes in skeletal muscle is limited, yet this tissue is severely affected by ageing in humans.
METHODS: We conducted a large-scale epigenome-wide association study meta-analysis of age in human skeletal muscle from 10 studies (total n = 908 muscle methylomes from men and women aged 18-89 years old). We explored the genomic context of age-related DNA methylation changes in chromatin states, CpG islands, and transcription factor binding sites and performed gene set enrichment analysis. We then integrated the DNA methylation data with known
СтатьяМетаанализПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Large-scale mapping of antigens and epitopes is pivotal for developing immunotherapies but challenging, especially for eukaryotic pathogens, owing to their large genomes. Here, we developed an integrated platform for genome phage display (gPhage) to show that unbiased libraries of the eukaryotic parasite Trypanosoma cruzi enable the identification of thousands of antigens recognized by serum samples from patients with Chagas disease. Because most of these antigens are hypothetical proteins, gPhage provides evidence of their expression during infection. We built and validated a comprehensive ma
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A recent study proposed that severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) hijacks the LINE-1 (L1) retrotransposition machinery to integrate into the DNA of infected cells. If confirmed, this finding could have significant clinical implications. Here, we apply deep (>50×) long-read Oxford Nanopore Technologies (ONT) sequencing to HEK293T cells infected with SARS-CoV-2 and do not find the virus integrated into the genome. By examining ONT data from separate HEK293T cultivars, we completely resolve 78 L1 insertions arising in vitro in the absence of L1 overexpression systems. ONT
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Streptococcus agalactiae (group B streptococcus, or GBS) is a common cause of bacteremia and sepsis in newborns, pregnant women, and immunocompromised patients. The molecular mechanisms used by GBS to survive and proliferate in blood are not well understood. Here, using a highly virulent GBS strain and transposon-directed insertion site sequencing (TraDIS), we performed genome-wide screens to discover novel GBS genes required for bacterial survival in human whole blood and plasma. The screen identified 85 and 41 genes that are required for GBS growth in whole blood and plasma, respectively. A
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The opportunistic fungal pathogen Candida albicans lacks a conventional sexual program and is thought to evolve, at least primarily, through the clonal acquisition of genetic changes. Here, we performed an analysis of heterozygous diploid genomes from 21 clinical isolates to determine the natural evolutionary processes acting on the C. albicans genome. Mutation and recombination shaped the genomic landscape among the C. albicans isolates. Strain-specific single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions/deletions (indels) clustered across the genome. Additionally, loss-of-heterozygosity (L
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: The draft genome sequences of two Enterobacter aerogenes strains (HN503E2II and PN108E5IIB) isolated from two Cameroonian abattoirs are reported.
METHODS: Bacterial genomic DNA of the two isolates was sequenced using an Illumina MiSeq platform. Generated reads were de novo assembled using CLC Genomics Workbench and SPAdes. The assembled contigs were annotated, and antibiotic resistance genes, virulence factors and plasmids were identified.
RESULTS: Whole-genome sequencing revealed that both strains were similar, with genomes of 4878638bp and 4794257bp, encoding several resistance
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is characterized by the formation of fluid-filled cysts in the kidney and end stage renal disease by the fourth or fifth decade of life. Mutations in the PKD1 gene account for 85% of all cases of ADPKD. No curative therapy exists for patients affected by this disease and an underexplored avenue for the treatment of ADPKD is the targeting of epigenetic changes that occur during cystogenesis. Limited data exists on alterations in DNA methylation that are associated with ADPKD. Given the similarities between cyst growth and neoplasi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genomic analysis of longevity offers the potential to illuminate the biology of human aging. Here, using genome-wide association meta-analysis of 606,059 parents' survival, we discover two regions associated with longevity (HLA-DQA1/DRB1 and LPA). We also validate previous suggestions that APOE, CHRNA3/5, CDKN2A/B, SH2B3 and FOXO3A influence longevity. Next we show that giving up smoking, educational attainment, openness to new experience and high-density lipoprotein (HDL) cholesterol levels are most positively genetically correlated with lifespan while susceptibility to coronary artery diseas
СтатьяМетаанализПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: DNA methylation analysis is useful for investigation of male fertility in mammals, whereas the reliance on tissues limits the research on human. We have previously found the presence of high concentration of cell-free seminal DNA (cfsDNA) in human semen. We proposed that some testis and epididymis-specific methylated promoters could be detected in human cfsDNA, and thus hold promise as noninvasive epigenetic biomarkers for male infertility, of which most cases are caused by defects in testicular sperm production or epididymal sperm maturation.
RESULTS: The ejaculate of successfull
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genetics plays a crucial role in human aging with up to 30% of those living to the mid-80s being determined by genetic variation. Survival to older ages likely entails an even greater genetic contribution. There is increasing evidence that genes implicated in age-related diseases, such as cancer and neuronal disease, play a role in affecting human life span. We have selected the 10 most promising late-onset Alzheimer's disease (LOAD) susceptibility genes identified through several recent large genome-wide association studies (GWAS). These 10 LOAD genes (APOE, CLU, PICALM, CR1, BIN1, ABCA7, MS4
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mature microRNAs (miRNAs) are small, non-coding regulatory RNAs which can elicit post-transcriptional repression of mRNA levels of target genes. Here, we report the identification of 67 mature and 42 precursor miRNAs in the Schistosoma mansoni parasite. The evolutionarily conserved S. mansoni miRNAs consisted of 26 precursor miRNAs and 35 mature miRNAs, while we identified 16 precursor miRNAs and 32 mature miRNAs that displayed no conservation. These S. mansoni miRNAs are located on seven autosomal chromosomes and a sex (W) chromosome. miRNA expansion through gene duplication was suggested for
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Neisseria meningitidis is a naturally transformable, facultative pathogen colonizing the human nasopharynx. Here, we analyze on a genome-wide level the impact of recombination on gene-complement diversity and virulence evolution in N. meningitidis. We combined comparative genome hybridization using microarrays (mCGH) and multilocus sequence typing (MLST) of 29 meningococcal isolates with computational comparison of a subset of seven meningococcal genome sequences.
PRINCIPAL FINDINGS: We found that lateral gene transfer of minimal mobile elements as well as prophages are major forc
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования