The α-synuclein protein (αS), implicated in Parkinson's disease, shows conformational versatility. It aggregates into β-sheet-rich fibrils, occurs in helical membrane-bound forms, is disordered as a free monomer, and has recently been suggested to have a folded helical tetramer as its main physiological form. Here, we use implicit solvent all-atom Monte Carlo methods to explore the conformational ensemble sampled by the free αS monomer. We analyze secondary structure propensities, size, and topological properties and compare with existing experimental data. Our study suggests that free αS has …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
For exploring the preferred site for hydrogen bond formation, theoretical calculations have been performed for a number of six-member, nonaromatic rings allowing for alternative protonation on the ring nitrogens. Gas-phase protonation studies for test molecules indicate that the B3LYP/aug-cc-pvtz and QCISD(T)(CBS) calculations approach the experimental values within about 1 kcal/mol with considerable improvement for relative enthalpies and free energies. Relative free energies calculated at the IEF-PCM/B3LYP/aug-cc-pvtz level predict favorable protonation on the tertiary rather than on the sec
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The entanglement of lignin polymers with cellulose and hemicellulose in plant cell walls is a major biological barrier to the economically viable production of biofuels from woody biomass. Recent efforts of reducing this recalcitrance with transgenic techniques have been showing promise for ameliorating or even obviating the need for costly pretreatments that are otherwise required to remove lignin from cellulose and hemicelluloses. At the same time, genetic manipulations of lignin biosynthetic enzymes have sometimes yielded unforeseen consequences on lignin composition, thus raising the quest
СтатьяПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The assessment of overall homogeneity of time-to-event curves is a key element in survival analysis in biomedical research. The currently commonly used testing methods, e.g. log-rank test, Wilcoxon test, and Kolmogorov-Smirnov test, may have a significant loss of statistical testing power under certain circumstances. In this paper we propose a new testing method that is robust for the comparison of the overall homogeneity of survival curves based on the absolute difference of the area under the survival curves using normal approximation by Greenwood's formula. Monte Carlo simulations are condu
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The performance of Cu-BTC metal organic framework for carbon tetrachloride removal from air has been studied using molecular simulations. According to our results, this material shows extremely high adsorption selectivity in favour of carbon tetrachloride. We demonstrate that this selectivity can be further enhanced by selective blockage of the framework.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Perchloroethylene (PCE) is a widely distributed pollutant in the environment, and is the primary chemical used in dry cleaning. PCE-induced liver cancer was observed in mice, and central nervous system (CNS) effects were reported in dry-cleaning workers. To support reconstruction of human PCE exposures, including the potential for CNS effects, an existing physiologically based pharmacokinetic (PBPK) model for PCE in the human (Covington et al., 2007) was modified by adding a brain compartment. A Bayesian approach, using Markov chain Monte Carlo (MCMC) analysis, was employed to re-estimate the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intravascular brachytherapy (IVBT) has been recognised as a treatment modality for reducing coronary restenosis after angioplasty and stent-implantation procedures. For the treatment of in-stent restenosis using beta-emitter (188)Re, delivering adequate doses to the entire vessel wall is not possible without the potential of overdosing tissues. A method to measure the dose distribution, perturbation and percentage depth dose using plane-parallel and cylindrical tissue-equivalent phantoms has been developed. Good agreement was found between experimental results and Monte Carlo simulation perfor
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Peptides and proteins exhibit a common tendency to assemble into highly ordered fibrillar aggregates, whose formation proceeds in a nucleation-dependent manner that is often preceded by the formation of oligomeric assemblies. This process has received much attention because disordered oligomeric aggregates have been associated with neurodegenerative disorders such as Alzheimer's and Parkinson's disease. Here we describe a self-templated nucleation mechanism that determines the transition between the initial condensation of polypeptide chains into disordered assemblies and their reordering into
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In stereotactic radiosurgery, a narrow beam penumbra is often desired for producing steep dose fall-off between the target volume and adjacent critical structures. Due to limited source sizes and the scattering effects, the physical penumbra of the Gamma Knife (GK) is often restricted to a width of 1-2 mm. In this work, we developed a technique to further reduce the beam penumbra and improve the dose profile for the Gamma Knife delivery. Under this technique, a conic filter is inserted into an individual plug collimator of a GK helmet to flatten the beam profile. Monte Carlo calculations were
Сравнительное исследованиеСтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ability of a dose calculation algorithm, using the readings of multiple dosimeters, to accurately assess the effective dose under different photon irradiation conditions was assessed using computer simulation. The algorithm was that described in American National Standards Institute publication N13.41. Monte Carlo calculations with an anthropomorphic humanoid phantom were used to calculate the effective doses and also the expected readings of the multiple dosimeters. The irradiation geometries considered included a point source placed at several locations at a distance of 100 cm in front o
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The standard quantity used to relate breast surface exposure to radiation risk is the mean dose received by the radiation sensitive tissue contained within the female breast, the mean glandular dose (MGD). At present, little is known about the MGD received by women with breast implants as there is no technique available to facilitate its calculation. The present work has involved modification of the conventional method for MGD estimation to make it applicable to women with augmented breasts. The technique was used to calculate MGDs for a cohort of 80 women with breast implants, which were comp
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This paper focuses on methods of analysis of areas under receiver operating characteristic (ROC) curves. Analysis of ROC areas should incorporate the correlation structure of repeated measurements taken on the same set of cases and the paucity of measurements per treatment resulting from an effective summarization of cases into a few area measures of diagnostic accuracy. The repeated nature of ROC data has been taken into consideration in the analysis methods previously suggested by Swets and Pickett (1982, Evaluation of Diagnostic Systems: Methods from Signal Detection Theory), Hanley and McN
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Objective.Accurate dose verification remains a major challenge in particle therapy. Dose monitoring methods such as positron emission tomography (PET) and prompt-gamma (PG) imaging are highly sensitive to uncertainties in tissue composition derived from CT, which can be improved by dual-energy CT (DECT)-based material decomposition. This study systematically assessed the accuracy of four DECT elemental decomposition algorithms in predicting physical dose, annihilation-photon, and PG reference distributions in particle therapy, focusing on CT-based model uncertainty without detector considerati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Qapqal Xibe Autonomous County is located in the central Yili Basin of Xinjiang. It possesses significant potential for geothermal resource development, but the lack of in-depth research on deep geothermal genetic mechanisms and refined resource evaluation restricts its large-scale utilization. Therefore, this paper integrates regional geological surveys, borehole thermometry, geophysical exploration, and hydrochemical and isotopic tracing to reveal the formation mechanism of the geothermal field. Furthermore, it quantitatively evaluates the resource potential and analyzes uncertainties by comb
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: To investigate the feasibility of using intermediate energy 2 MV x-rays for extracranial robotic intensity modulated radiation therapy.
METHODS: Two megavolts flattening filter free x-rays were simulated using the Monte Carlo code MCNP (v4c). A convolution/superposition dose calculation program was tuned to match the Monte Carlo calculation. The modeled 2 MV x-rays and actual 6 MV flattened x-rays from existing Varian Linacs were used in integrated beam orientation and fluence optimization for a head and neck, a liver, a lung, and a partial breast treatment. A column generation algor
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND PURPOSE: Deep learning (DL) outcome prediction models show promise in radiotherapy but face limited clinical adoption due to concerns about prediction reliability. Although uncertainty quantification (UQ) can provide confidence estimates alongside predictions, there is currently little consensus on appropriate UQ approaches for DL-based outcome prediction. This study therefore evaluates and compares different UQ approaches for normal tissue complication probability (NTCP) and tumour control probability (TCP) models in head and neck cancer.
MATERIALS AND METHODS: Four published
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Objective.Diffuse optical tomography (DOT) provides a relatively convenient method for imaging haemodynamic changes related to neuronal activity on the cerebral cortex. Due to practical challenges in obtaining anatomical images of neonates, an anatomical framework is often created from an age-appropriate atlas model, which is individualized to the subject based on measurements of the head geometry. This work studies the approximation error arising from using an atlas instead of the neonate's own anatomical model.Approach.We consider numerical simulations of frequency-domain (FD) DOT using two
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this paper, we propose an improved excitation generation algorithm for the full configuration interaction quantum Monte Carlo method, which is particularly effective in systems described by localized orbitals. The method is an extension of the precomputed heat-bath strategy of Holmes et al., with more effective sampling of double excitations and a novel approach for nonuniform sampling of single excitations. We demonstrate the effectiveness of the algorithm for a chain of 30 hydrogen atoms with atom-localized orbitals, a stack of benzene molecules, and an Fe(II)-porphyrin model complex, whe…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Population pharmacokinetic (popPK) models can optimise linezolid dosage regimens in patients with multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB); however, unknown cross-centre precision and poor adherence remain problematic. This study aimed to assess the predictive ability of published models and use the most suitable model to optimise dosage regimens and manage compliance.
METHODS: One hundred fifty-eight linezolid plasma concentrations from 27 patients with MDR-TB were used to assess the predictive performance of published models. Prediction-based metrics and simulation-based visual
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The aim of this study was to evaluate the radiation dosimetry of alpha-emitter 225Ac-DOTA-rituximab using Monte Carlo simulation of 64Cu-DOTA-rituximab.
METHODS: CD20 expression was evaluated in lymphoma cell lines (Jurkat and Raji). DOTA-rituximab was conjugated and then chelated by 64Cu. Tumor xenograft models were established in BALB/c-nu mice. Animal PET/CT imaging was obtained after tail vein injection with and without a pre-dose of 2 mg of cold rituximab. Specific binding of tumors was evaluated by an organ distribution assay and autoradiography. CD20 expression in tumor tiss
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования