5-Hydroxymethylcytosine (5hmC) is a relatively stable chemical mark formed by oxidation of 5-methylcytosine in DNA, while its RNA counterparts, 5-hydroxymethylcytidine (hm5C) and 2'-O-methyl-5-hydroxymethylcytidine (hm5Cm), have recently emerged as potential regulators of post-transcriptional processes. Existing 5hmC enrichment methods rely on antibodies or enzymatic β-glucosyltransferase labeling, are largely DNA-specific, and are not readily applicable to RNA. Here we report bisulfite-assisted labeling by thiol sequencing (BALT-seq), a one-step chemoselective strategy that installs a biotin-
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cardiac hypertrophy has been well-characterized at the level of transcription. During cardiac hypertrophy, genes normally expressed primarily during fetal heart development are re-expressed, and this fetal gene program is believed to be a critical component of the hypertrophic process. Recently, alternative splicing of mRNA transcripts has been shown to be temporally regulated during heart development, leading us to consider whether fetal patterns of splicing also reappear during hypertrophy. We hypothesized that patterns of alternative splicing occurring during heart development are recapitul
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA modifications have recently gained great attention due to their extensive regulatory effects in a wide range of cellular networks and signaling pathways. In cardiovascular diseases (CVDs), several RNA changes, called "epitranscriptome" alterations, are found in all RNA molecules (tRNA, rRNA, mRNA, and ncRNAs). Unlike the epigenetic process, which influences the progression of atherosclerosis (AS), its transcriptional and post-transcriptional regulatory mechanisms are still unknown. Here, we described the main epitranscriptome signs to provide new insights into AS, including m6A, m5C, m1A,
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Plasmodium interspersed repeat (pir) genes represent the largest multigene family in Plasmodium genomes, and the only one shared between the human pathogen, P. vivax, the simian malaria species P. knowlesi and the rodent malaria species P.y. yoelii, P. berghei and P.c. chabaudi. PIR have been shown to be expressed on the surface of red blood cells and are thought to play a role in antigenic variation. Here we have used a range of bioinformatic and experimental approaches to investigate the existence of gene subsets within P.y. yoelii pir. We have identified five groups of yir genes which c
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While restoration of coronary blood flow to the ischemic heart is the most effective strategy for reducing infarct size, reperfusion injury represents a significant limiting factor on clinical outcomes in myocardial infarction patients. Ischemic preconditioning (IPC) has been shown to inhibit reperfusion injury and represents an attractive model for studying cardioprotective signal transduction pathways. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are a structurally and functionally heterogenous class of RNA transcripts with unknown roles in IPC-induced cardioprotection. Through microarray-based expression
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
LIN28 is an RNA-binding protein that regulates the maturation of the let-7 family of microRNAs by bipartite interactions with let-7 precursors through its two distinct cold shock and zinc-knuckle domains. Through inhibition of let-7 biogenesis, LIN28 functions as a pluripotency factor, as well as a driver of tumorigenesis. Here, we report a fluorescence polarization assay to identify small-molecule inhibitors for both domains of LIN28 involved in let-7 interactions. Of 101,017 compounds screened, six inhibit LIN28:let-7 binding and impair LIN28-mediated let-7 oligouridylation. Upon further cha
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-binding proteins (RBPs) bind to and post-transcriptionally regulate the stability of mRNAs. La-related protein 1 (LARP1) is a conserved RBP that interacts with poly-A-binding protein and is known to regulate 5'-terminal oligopyrimidine tract (TOP) mRNA translation. Here, we show that LARP1 is complexed to 3000 mRNAs enriched for cancer pathways. A prominent member of the LARP1 interactome is mTOR whose mRNA transcript is stabilized by LARP1. At a functional level, we show that LARP1 promotes cell migration, invasion, anchorage-independent growth and in vivo tumorigenesis. Furthermore, we s
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long non-coding RNAs (lncRNAs) are among the most abundant types of non-coding RNAs in the genome and exhibit particularly high expression levels in the brain, where they play crucial roles in various neurophysiological and neuropathological processes. Although ischemic stroke is a complex multifactorial disease, the involvement of brain-derived lncRNAs in its intricate regulatory networks remains inadequately understood. In this study, we established a cerebral ischemia-reperfusion injury model using middle cerebral artery occlusion (MCAO) in male Sprague-Dawley rats. High-throughput sequenci
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vascular cognitive impairment and dementia (VCID) is defined as a progressive dementia disease related to cerebrovascular injury and often occurs in aged populations. Despite decades of research, effective treatment for VCID is still absent. The pathological processes of VCID are mediated by the molecular mechanisms that are partly modulated at the post-transcriptional level. As small endogenous non-coding RNAs, microRNAs (miRs) can regulate target gene expression through post-transcriptional gene silencing. miRs have been reported to play an important role in the pathology of VCID and have re
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cryptococcus neoformans is one of the few environmental fungi that can survive within a mammalian host and cause disease. Although many of the factors responsible for establishing virulence have been recognized, how they are expressed in response to certain host-derived cellular stresses is rarely addressed. Here, we characterize the temporal translational response of C. neoformans to oxidative stress. We find that translation is largely inhibited through the phosphorylation of the critical initiation factor eIF2α (α subunit of eukaryotic initiation factor 2) by a sole kinase. Preventing eIF2α
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The global response regulator GacA of Pseudomonas aeruginosa PAO1 positively controls the production of the quorum sensing signal molecule N-butanoyl-homoserine-lactone (C4-HSL) and hence the synthesis of several C4-HSL-dependent virulence factors, including hydrogen cyanide (HCN). This study presents evidence that GacA positively influences the transcription of the rhlI gene, specifying C4-HSL synthase, explaining the quorum sensing-dependent transcriptional control of the HCN biosynthetic genes (hcnABC). In addition, GacA was found to modulate hcn gene expression positively at a post-transcr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Expression of the rat preproenkephalin (ppENK) gene involves transsynaptic cholinergic mechanisms. We evaluated the effects of cholinergic agonist treatments in vivo on the expression of adrenomedullary ppENK RNA. Cholinergic treatment with nicotinic + muscarinic receptor agonists resulted in a synergistic 100-fold rise in steady-state ppENK messenger RNA levels, but only a 30- to 35-fold rise in initiation of steady-state ppENK RNA transcripts. The levels of initiated ppENK steady-state RNA peaked at two days, whereas mature (1.45 kb) ppENK mRNA levels continued to rise, peaking at four days.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteoporosis (OP) is a systemic skeletal disease, defined by low bone mass and microarchitectural deterioration of bone, which increases the risk of fragility fractures. Autophagy is a dynamic and evolutionarily conserved process that regulates the degradation and recycling of cellular proteins and organelles in response to various physiological and pathophysiological conditions. Autophagy is a major stress-response pathway and it is critically involved in regulating the metabolic and homeostatic functions of bone cells. Non-coding RNAs (ncRNAs) are a diverse group of RNAs that do not code for
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Non-coding RNAs (ncRNAs) are transcribed from the genomes of mammals and other complex organisms, and many of them are alternately spliced and processed into smaller products. Types of ncRNAs include microRNAs (miRNAs), circular RNAs, and long ncRNAs. miRNAs are about 21 nucleotides long and form a broad class of post-transcriptional regulators of gene expression that affect numerous developmental and physiological processes in eukaryotes. They usually act as negative regulators of mRNA expression through complementary binding sequences in the 3'-UTR of the target mRNA, leading to translation
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide association studies (GWAS) have identified numerous single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with various diseases, including cancer. However, the mechanisms by which these SNPs contribute to disease susceptibility remain largely unclear. While recent studies have explored the transcriptional impact of disease-associated SNPs, their role in post-transcriptional regulation has been less extensively investigated. In this study, we investigated whether cancer-associated SNPs influence gene expression by altering N6-methyladenosine (m6A) RNA methylation. We collected GWAS-iden
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transfer RNA (tRNA)-derived small RNAs (tsRNAs) are a new type of non-coding RNAs (ncRNAs) produced by the specific cleavage of precursor or mature tRNAs. tsRNAs are involved in various basic biological processes such as epigenetic, transcriptional, post-transcriptional, and translation regulation, thereby affecting the occurrence and development of various human diseases, including cancers. Recent studies have shown that tsRNAs play an important role in tumorigenesis by regulating biological behaviors such as malignant proliferation, invasion and metastasis, angiogenesis, immune response, tum
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Muscle formation is a coordinated process driven by extensive gene expression changes where single cells fuse together to form multinucleated muscle fibers. Newly synthesized mRNAs are then regulated by RNA binding proteins (RBPs), affecting post-transcriptional transcript metabolism. Here, we determined how large-scale gene expression changes affect the catalog of RBPs by studying proliferating and differentiated muscle cells in healthy and dystrophic conditions. Transcriptomic analysis showed that the expression of more than 7000 genes was affected during myogenesis. We identified 769 RBPs,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Schistosomiasis is a neglected tropical disease caused by trematode of the genus Schistosoma. Successful reproductive development is critical for the production of eggs, which are responsible for host pathology and disease dissemination. Endogenous small non-coding RNAs play important roles in many biological processes such as protection against foreign pathogens, cell differentiation, and chromosomal stability by regulating target gene expression at the transcriptional and post-transcriptional levels. In this study, we performed in silico analysis of endogenous small non-coding RNAs in differ
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long non-coding RNAs (lncRNAs) have emerged as critical regulators of kidney homeostasis, and their dysregulation has been implicated in a wide range of kidney diseases including acute kidney injury, chronic kidney disease and renal cell carcinoma, as well as in age-related kidney dysfunction. Increasing evidence indicates that lncRNAs have roles in key cellular processes including inflammation, autophagy, cell proliferation, senescence, apoptosis, mitochondrial dysfunction, angiogenesis, epithelial-mesenchymal transition and interstitial fibrosis. LncRNAs interact with RNA, DNA and protein to
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N 6 -methylation of adenosine (m6A) is the most abundant internal mRNA modification and is an important post-transcriptional regulator of gene expression. Here, we describe a protocol for methylated RNA immunoprecipitation sequencing (MeRIP-Seq) to detect and quantify m6A modifications in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA. The protocol is optimized for low viral RNA levels and is readily adaptable for other applications. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Li et al. (2021).
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования