Pancreatic duct adenocarcinoma (PDAC) is an aggressive and lethal malignancy. Pancreatic cancer stem cells (PCSCs) are assumed to contribute to the initiation and invasion of PDAC. In this study, we performed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) analysis of PDAC tumor samples from patients and control pancreas tissues to reveal the transformation process of cancer stem cell (CSC)-like ductal cells into ductal cells with invasive potential and we screened out CSC-related genes (CRGs). Subsequently, we applied LASSO and Cox regression models to identify five CRGs with potential prognostic valu…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Golden Pompano (Trachinotus blochii) has rapidly developed into the one of the main valuable fish species in Chinese marine aquaculture. Due to its rapid growth, active metabolism, and high oxygen consumption, hypoxia will increase its mortality and cause serious economic losses. We constructed two experimental groups of fish with different degrees of tolerance to hypoxia, used BSR-Seq analysis based on genome and genetic linkage groups to locate SNPs and genes that were related to the differences in hypoxia tolerance. The results showed that hypoxia tolerance SNPs of golden pompano may be joi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myasthenia gravis (MG) is a rare autoimmune disease. Although the impact of immune cell disorder in MG has been extensively studied, little is known about the transcriptomes of individual cells. Here, we assessed the transcriptional profiles of 39,243 cells by single-cell sequencing and identified 13 major cell clusters, along with 39 subgroups of cells derived from patients with new-onset myasthenia gravis and healthy controls. We found that B cells, CD4+ T cells, and monocytes exhibited more heterogeneity in MG patients. CD4+ T cells were expanded in MG patients. We reclustered B cells and C
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lineage plasticity and stemness have been invoked as causes of therapy resistance in cancer, because these flexible states allow cancer cells to dedifferentiate and alter their dependencies. We investigated such resistance mechanisms in relapsed/refractory early T-cell progenitor acute lymphoblastic leukemia (ETP-ALL) carrying activating NOTCH1 mutations via full-length single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) of malignant and microenvironmental cells. We identified 2 highly distinct stem-like states that critically differed with regard to cell cycle and oncogenic signaling. Fast-cycling stem-li…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUNDInfluenza A virus (IAV) and SARS-CoV-2 are pandemic viruses causing millions of deaths, yet their clinical manifestations are distinctly different.METHODSWith the hypothesis that upper airway immune and epithelial cell responses are also distinct, we performed single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) on nasal wash cells freshly collected from adults with either acute COVID-19 or influenza or from healthy controls. We focused on major cell types and subtypes in a subset of donor samples.ResultsNasal wash cells were enriched for macrophages and neutrophils for both individuals with influ…
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The assembly of primordial follicles in mammals represents one of the most critical processes in ovarian biology. It directly affects the number of oocytes available to a female throughout her reproductive life. Premature depletion of primordial follicles contributes to the ovarian pathology primary ovarian insufficiency (POI). To delineate the developmental trajectory and regulatory mechanisms of oocytes during the process, we performed RNA-seq on single germ cells from newborn (P0.5) ovaries. Three cell clusters were classified which corresponded to three cell states (germ cell cyst, cyst br…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Isolated complex I deficiency is the most common cause of pediatric mitochondrial disease. Exome sequencing (ES) has revealed many complex I causative genes. However, there are limitations associated with identifying causative genes by ES analysis. In this study, we performed multiomics analysis to reveal the causal variants. We here report two cases with mitochondrial complex I deficiency. In both cases, ES identified a novel c.580G>A (p.Glu194Lys) variant in NDUFV2. One case additionally harbored c.427C>T (p.Arg143*), but no other variants were observed in the other case. RNA sequencing show
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Postoperative pain and delayed healing in surgical wounds, which require complex management strategies have understudied complicated mechanisms. Here we investigated temporal changes in behavior, tissue structure, and transcriptomic profiles in a rat model of a surgical incision, using hyperalgesic behavioral tests, histological analyses, and next-generation RNA sequencing, respectively. The most rapidly (1 hour) expressed genes were the chemokines, Cxcl1 and Cxcl2. Consequently, infiltrating leukocytes were abundantly observed starting at 6 and peaking at 24 hours after incising which was sup
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Iron deficiency chlorosis (IDC) is a global crop production problem, significantly impacting yield. However, most IDC studies have focused on model species, not agronomically important crops. Soybean is the second largest crop grown in the United States, yet the calcareous soils across most of the upper U.S. Midwest limit soybean growth and profitability. To understand early soybean iron stress responses, we conducted whole genome expression analyses (RNA-sequencing) of leaf and root tissue from the iron efficient soybean (Glycine max) cultivar Clark, at 30, 60 and 120 min after transfer to ir…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The sex-specific prevalence of adrenal diseases has been known for a long time. However, the reason for the high prevalence of these diseases in females is not completely understood. Mouse studies have shown that the adult adrenal gland is sexually dimorphic at different levels such as transcriptome, histology, and cell renewal. Here we used RNA-seq to show that in prepubertal mice, male and female adrenal glands were not only sexually dimorphic but also responded differently to the same external stimulus. We previously reported that thyroid hormone receptor β1 (TRβ1) in the adrenal gland is m…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Green tea is a popular beverage that is rich in polyphenolic compounds such as catechins. Its major content, (-)-epigallocatechin-3-gallate, has been shown to have beneficial effects on several diseases including cancer, metabolic syndrome, cardiovascular diseases, and neurodegenerative diseases. The aim of this study was to assess the anti-obesity effects and the underlying molecular mechanisms of green tea extract (GTE) using zebrafish larva and adult obesity models. We administered 100 μg/mL GTE to zebrafish larvae and performed a short-term obesogenic test. GTE significantly decreased the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cronobacter sakazakii is a common foodborne pathogen that can tolerate various stress conditions. Acidic environment is a common stress condition encountered by bacteria in food processing and gastrointestinal digestion, including both inorganic and organic acids. In order to elucidate the Acid Tolerance Response (ATR) of C. sakazakii, we performed high-throughput RNA-seq to compare gene expression under hydrochloric acid and citric acid stresses. In this study, 107 differentially expressed genes (DEGs) were identified in both acids, of which 85 DEGs were functionally related to the regulation…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reduced muscle mass and increased fatiguability are major complications after spinal cord injury (SCI), and often hinder the rehabilitation efforts of patients. Such detriments to the musculoskeletal system, and the concomitant reduction in level of activity, contribute to secondary complications such as cardiovascular disease, diabetes, bladder dysfunction and liver damage. As a result of decreased weight-bearing capacity after SCI, muscles undergo morphological, metabolic, and contractile changes. Recent studies have shown that exercise after SCI decreases muscle wasting and reduces the burd
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Progenitor-like CD8+ T cells mediate long-term immunity to chronic infection and cancer and respond potently to immune checkpoint blockade. These cells share transcriptional regulators with memory precursor cells, including T cell-specific transcription factor 1 (TCF1), but it is unclear whether they adopt distinct programs to adapt to the immunosuppressive environment. By comparing the single-cell transcriptomes and epigenetic profiles of CD8+ T cells responding to acute and chronic viral infections, we found that progenitor-like CD8+ T cells became distinct from memory precursor cells before
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The parietal cortex of the human brain plays a unique role in the coordination of movement and in the integration of signals from the other cortices. Because of its extensive connections and involvement in many higher-order cognitive functions, neurodegenerative changes in the parietal lobe are believed to be crucial in the early symptoms of Alzheimer's disease (AD). Little is known about the transcriptome of this part of the human brain or how it is perturbed by the neurodegenerative process. To that end, we performed mRNA sequencing using the Illumina RNA-Seq technique on samples derived fro…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: RNA modification plays a critical role in Alzheimer's disease (AD) by modulating the expression and function of AD-related genes, thereby affecting AD occurrence and progression. Programmed cell death is closely related to neuronal death and associated with neuronal loss and cognitive function changes in AD. However, the mechanism of their joint action on AD remains unknown and requires further exploration.
METHODS: We used the MSBB RNA-seq dataset to analyze the correlation between RNA modification, programmed cell death, and AD. We used combined studies of RNA modification and p…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA sequencing datasets in the gene expression omnibus (GEO) increasingly include NCBI-generated count matrices, enabling streamlined signature gene discovery. We present ERAPID, a computational framework that automatically processes this public data for robust differential expression analysis. The pipeline integrates metadata harmonization, surrogate variable analysis (SVA) to capture latent technical variation for batch correction, dual differential expression methods (DESeq2 and dream), gene set enrichment analysis (GSEA), and evidence-based gene prioritization via automated literature mini
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Lynch Syndrome (LS) is an autosomal dominant disease characterized by germline heterozygous mutations in DNA mismatch repair (MMR) genes. High-risk LS patients may proceed to colorectal cancer (CRC). However, the drivers or biomarkers of LS benign colon tissue approaching malignant CRC are not completely understood. This study aimed to understand the molecular and cellular changes during malignant transition in LS.
METHODS: Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) was used to analyze paired fresh biopsy samples from 3 LS patients (carcinoma vs. para-carcinoma, labeled as LS-CA vs. L…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bone Morphogenetic Protein 4 (BMP4) plays a critical role in development, but its function in pancreatic adenocarcinoma (PAAD) is not well understood. We found that BMP4 is minimally expressed in the normal pancreas but markedly upregulated in PAAD, correlating with poor patient survival. Pan-cancer analysis revealed distinct expression and prognostic patterns of BMP4, while pathway analyses indicated that BMP4 predominantly regulates metabolic rather than canonical BMP signaling. Single-cell RNA-seq showed BMP4 enrichment in cancer cells and cancer stem cells, supporting its role in tumor met…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования