There is considerable interest in training machine learning (ML) models on genomic data that achieve clinical grade diagnostic accuracy. Many successful ML models have been trained and validated on binary tasks because predicting biomedically relevant continuous variables is difficult to optimize. In this work, we present convolutional neural networks (CNNs) that predict minimum inhibitory concentrations (MICs) for eight antibiotics from Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) gene sequences. By including evolutionary information, protein biochemical properties, and data augmentation for rar…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Disease outbreaks caused by Mycobacterium marinum pose a major challenge to marine aquaculture and threaten the sustainable production of Cynoglossus semilaevis. Increasing evidence suggests that host genetic variation and gut microbial communities may jointly influence disease-related phenotypes, yet their interaction under mycobacterial challenge remains poorly understood. In this study, we combined host whole-genome resequencing and gut 16S rRNA sequencing to explore host-microbiome associations in C. semilaevis following M. marinum challenge. Gut microbiota analysis revealed significant di…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mycobacterium bovis, the causative agent of bovine tuberculosis, infects and persists within macrophages, triggering pro-inflammatory responses. While these mechanisms are well characterized for Mycobacterium tuberculosis, less is known about host responses to M. bovis. Inflammasome activation and IL-1β production have been linked to ESAT-6, a substrate of the ESX-1 secretion system present in both species. Here, we examined inflammasome activation in bovine macrophages infected with the virulent M. bovis strain Mb04-303. M. bovis AF2122/97 and NCTC10772 upregulated IL-1β transcription, wherea…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cholesterol immunometabolism is a critical controller of immunopathology in respiratory infections such as tuberculosis. Smith-Lemli-Opitz syndrome (SLOS) patients are affected by a loss of 7-dehydrocholesterol reductase (DHCR7) function and have elevated 7-dehydrocholesterol (7DHC) and reduced cholesterol. Increased 7DHC has been found to be protective against viral infections in a range of infection models however SLOS patients have a higher susceptibility to respiratory infection. Here we use the zebrafish-Mycobacterium marinum infection model to demonstrate a compromised innate immune resp…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RATIONALE: The co-occurrence of adult-onset immunodeficiency syndrome mediated by anti-interferon-γ autoantibodies (AIGA-AOID), disseminated … ful cutaneous eruption on the face, trunk, and limbs.
DIAGNOSES: Evaluations revealed disseminated Mycobacterium massiliense infection involving lymph nodes, lung, and skin. Skin biopsy was consistent with Sweet syndrome. High-titer anti-interferon-γ autoantibodies (1:2500) were detected, confirming AIGA-AOID in the absence of HIV or other immunosuppression. …
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: In WHO consolidated guidelines on tuberculosis (TB) for TB infection tests, studies to assess the diagnostic association for active TB compared with current infection tests were recommended as one of the priorities for future research. Previous research has indicated some clinical characteristics of Creation Tuberculin Skin Test (C-TST) which were different from Tuberculin Skin Tests (TST). Based on these new clinical characteristics, the research objective was to evaluate the incremental diagnostic value of C-TST for the diagnosis of active TB under specific conditions, compared w
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Around 90% of global tuberculosis (TB) new cases occur in adolescents and adults. The BCG vaccine, which is widely administered to infants, is inadequate for adult protection, underscoring the necessity for developing an effective booster vaccine for adult TB prevention. However, the effectiveness of these booster vaccines, especially against primary Mycobacterium tuberculosis (M.tb) infection, remains contentious, and their underlying mechanisms are not fully understood. Emerging evidence, including our previous findings, suggests that interleukin-10 (IL-10)-mediated immune regula…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Large molecular inversions in the genome of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) due to factors like the presence of insertion sequences and transposases are widely known. However, smaller inversions within coding sequences and non-coding control elements are rarely reported. The present study aims to identify inversions and their potential impact on Mtb biology in a lineage-specific manner. Structural variants (SVs) could only be detected by long reads. For this, we simulated long reads by de novo assembling the short-read sequencing data sets and subsequently aligned representative s…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: We evaluated the performance of the Abbott RealTime Mycobacterium tuberculosis (MTB) PCR (RT MTB) on bronchoscopic specimens using conventional culture as the reference standard in a low-Tuberculosis (TB) prevalence setting.
METHODS: A total of 6,988 specimens (4,682 bronchial aspirates [BAS] and 2,306 bronchoalveolar lavages [BAL]) from 4,118 patients with suspected pulmonary TB were included. When BAS and BAL specimens from the same bronchoscopy procedure were available, these were mixed 1:1 prior to culture inoculation and PCR testing. Following processing, specimens were inoculat…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mycobacterium tuberculosis (MTB) ESX-1, a type VII secretion system, is a key virulence determinant contributing to MTB's survival within lung mononuclear phagocytes (MNPs), but its effect on MNP recruitment and differentiation remains unknown. Here, using multiple single-cell RNA sequencing techniques, we studied the role of ESX-1 in MNP heterogeneity and response in mice and murine bone marrow-derived macrophages (BMDM). We found that ESX-1 is required for MTB to recruit diverse MNP subsets with high MTB burden. Further, MTB induces a transcriptional signature of immune evasion in lung macro…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mixed infection with multiple strains of the same pathogen in a single host can present clinical and analytical challenges. Whole genome sequence (WGS) data can identify signals of multiple strains in samples, though the precision of previous methods can be improved. Here, we present MixInfect2, a new tool to accurately detect mixed samples from Mycobacterium tuberculosis short-read WGS data. We then evaluate three approaches for reconstructing the underlying mixed constituent strain sequences. This allows these samples to be included in downstream analysis to gain insights into th…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tongue swabs represent a potential alternative to sputum as a sample type for detecting pulmonary tuberculosis (TB) with molecular diagnosti … swabs obtained from volunteers without TB were placed into test buffer spiked with known amounts of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) H37Rv-mc26230. Swabs processed with 1:1 diluted SR buffer had the lowest Mtb limit of detection (LOD) at 22.7 CFU/700 µL (95% confidence interval (CI) 14.2-31.2), followed by 2:1 diluted SR buffer at 30.3 CFU/700 µL (95% CI 19.9-4 …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Circular RNAs (circRNAs) are covalently closed non-coding RNAs formed by back-splicing, lacking a 5' cap and poly-A tail. They could act as important regulatory factors in the host's anti-tuberculosis immune process, but only a few have been identified, and their molecular mechanisms remain largely unclear. Here, we identified a novel circRNA, circ-ZNF277, which responds to Mycobacterium tuberculosis (Mtb) infection in THP-1 cells. Circ-ZNF277 binds microRNA-378d (miR-378d) in vivo. The expression level of circ-ZNF277 affects the clearance of the intracellular Mtb in THP-1 cells. Mechanistical…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: No head-to-head studies have simultaneously compared the performances of QuantiFERON-TB Gold In-Tube (QFT-GIT), QuantiFERON-TB Gold Plus (QFT-Plus), ESAT6-CFP10 (EC) skin test, and Tuberculin skin test (TST) in adolescents. This study aimed to conduct a comparative assessment of QFT-GIT and QFT-Plus for detecting Mycobacterium tuberculosis(Mtb) infection in high school freshmen.
METHODS: We concurrently administered QFT-GIT, QFT-Plus, EC skin test, and TST to first-year high school students. Blood samples were obtained for the QFT-GIT and QFT-Plus assays before the administration …
СтатьяСравнительное исследованиеОценочное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Latent infection by Mycobacterium tuberculosis (Mtb) impedes effective tuberculosis therapy and eradication. The protein PerM is essential for chronic Mtb infections in mice and acts via the divisome protein FtsB to modulate cell division. Using transgenic co-expression in Escherichia coli, we studied the Mtb PerM-FtsB interaction in isolation from other Mtb proteins, engineering PerM to enhance expression in the E. coli membrane. Using fluorescence microscopy in E. coli, we observed that the previously reported PerM-dependent instability of Mtb FtsB required a segment of FtsB predicted to bin…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rough morphotype of Mycobacterium abscessus exhibits significantly higher virulence compared to the smooth morphotype, yet the underlying molecular mechanisms remain incompletely understood. Pyroptosis in macrophages plays a pivotal role in lung tissue damage; however, its specific involvement in Mycobacterium abscessus infection remains to be fully clarified. In this study, we identified that the rough morphotype of Mycobacterium abscessus upregulates the ROS/p65/NLRP3/GSDMD signalling pathway, thereby mediating pyroptosis in THP-1-derived macrophages. This heightened ability to induce ma…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate diagnostics are urgently needed for bovine TB - an economically devastating disease posing a re-emerging threat to veterinary and public health worldwide. MicroRNAs, post-transcriptional gene regulators involved in a range of biological processes and immunological pathways, have emerged as promising diagnostic biomarkers for numerous diseases. In human TB, microRNAs have been widely studied, but not much is currently known about their role in bovine TB. This study aimed to investigate the diagnostic potential of microRNAs in bTB through comprehensive analysis of their expression profi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mycobacterium tuberculosis (Mtb) presents a significant global health threat, and the existing treatments have notable limitations. Vγ9Vδ2 T cells activated by HMBPP can inhibit the growth of intracellular Mtb. Additionally, vitamin C (VC) promotes the differentiation and proliferation of related T cells. However, it remains uncertain whether VC can enhance the expansion of Vγ9Vδ2 T cells within PBMCs activated by HMBPP and rIL-2, and the underlying mechanism of the inhibitory effect of the expanded T cells on intracellular Mtb has not been elucidated.
METHODS: Venous blood was co…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Infections with atypical mycobacteria are rare and sometimes difficult to correctly diagnose. In many cases underlying diseases such immune deficiency can promote these infections.
CASE PRESENTATION: A 43-year-old male of Southeast Asian origin presented to our tertiary care hospital with persistent cervical lymphadenopathy non-responsive to antibiotics. Imaging suggested malignancy, but a biopsy did not confirm this suspicion. PCR diagnostics identified Mycobacterium genavense and further immunological testing revealed an acquired adult-onset immunodeficiency due to neutralizing …
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ferritin heavy chain 1 (FTH1) is a key iron-storage protein that regulates iron availability, supports immune defense, and prevents iron-induced toxicity. During Mycobacterium tuberculosis (Mtb) infection, macrophages enhance FTH1 expression to sequestrate iron and limit Mtb growth. However, Mtb can exploit the host ferritinophagy pathway to degrade FTH1 and release iron, thereby promoting its survival. Although FTH1 plays an essential role in host-pathogen interaction during Mtb infection, its regulation remains unclear. Previous studies suggest that post-transcriptional mechanism, particular…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования