BACKGROUND: Severe coronavirus disease 2019 (COVID-19) is characterized by a hyperinflammatory state associated with an exacerbated inflamma … ts in modulating monocyte inflammatory response to severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) stimulation.
METHODS: Classical human monocytes were isolated from healthy 18 to 40-year-old individuals and stimulated in vitro with recombinant spike protein subunit 1 (rS1) to assess glycolytic and oxidative metabolic responses by Seahorse extr …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Interactions between SARS-CoV-2, influenza virus, and respiratory syncytial virus (RSV) at the population level remain poorly understood. This study aimed to quantify potential interactions among these viruses and assess their influence on transmission dynamics.
METHODS: We analyzed weekly surveillance data on SARS-CoV-2, influenza A and B viruses (IAV and IBV), and RSV from seven regions from October 2021 to May 2024. Distributed lag nonlinear models within a spatiotemporal Bayesian hierarchical framework were used to assess the exposure-lag-response associations among virus pair…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rapid evolution of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) underscores the need for antivirals that are resilient to resistance. Current Food and Drug Administration (FDA)-approved therapies primarily target single viral mechanisms, leaving gaps in efficacy. Here, we developed a Deep Learning-based Activity Screening Model (DLASM), which integrates graph convolutional network with machine learning to identify SARS-CoV-2 inhibitors, using experimental 3-chymotrypsin-like (3CL) main protease assay data. The optimized DLASMs virtually screened ~170,000 compounds from dive…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Investigating the spatial distribution of SARS-CoV-2 at a local level and describing the pattern of disease occurrence can be used as the basis for efficient prevention and control measures. This research project aims to utilize geospatial analysis to understand the distribution patterns of SARS-CoV-2 infection and its relationship with certain co-existing factors in uMgungundlovu district, KwaZulu-Natal.
METHODS: Spatial characteristics of SARS-CoV-2 were investigated over the first four waves of transmission using ESRI ArcGIS Pro v2.0, including Local Indicators of Spatial Assoc…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA structure function relationships are of particular significance in the context of the SARS-CoV-2 genome, yet the molecular principles governing chemical denaturation of large, structured RNAs remain elusive. Here, we use all-atom molecular dynamics simulations to resolve how aqueous urea unfolds the SARS-CoV-2 frameshift stimulation element (FSE), a conserved RNA motif essential for viral translation. We show that urea induces RNA unfolding through a nucleobase-selective mechanism, rather than nonspecific backbone solvation. Urea preferentially concentrates at solvent-exposed bases, where …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The m6A RNA methylation pathway plays a critical role in host antiviral defense. Host cells employ m6A readers such as YTHDF2 to regulate viral RNA fate through diverse mechanisms, including degradation, translational control, and immune recognition. However, we found that YTHDF2 is essential for SARS-CoV-2 replication, suggesting that a virus may exploit this host machinery to its advantage. Through integrative RNA-proteome analysis, we identified the SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) transcript as the most heavily m6A-modified viral transcript and a direct interactor of YTHDF2. The N protein forms…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long COVID is increasingly associated with persistent neurological symptoms. Bioinformatic analysis identified multiple predicted miR-29c-3p … n to viral neuro-invasion. Overall, miR-29c-3p > TET3 signaling emerges as a potential regulator of SARS-CoV-2-induced neurological consequences that warrants further investigation.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Persistent SARS-CoV-2 infections have been hypothesized to play a key role in the emergence of variants of concern. However, the factors determining which individuals are at risk and their viral molecular signatures during infection remain poorly understood. Using Denmark's extensive COVID-19 surveillance, comprising over 700,000 genomes, we identify 303 persistent infections and, critically, link them to health and sociodemographic data. Our analysis confirms the hypothesis that immunocompromised individuals are at the highest risk of experiencing persistent infections. Other disease groups a…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has greatly impacted public health due to high rates of transmissibility and mutation during the COVID-19 pandemic. Macrodomain 1 (Mac1) of non-structural protein 3 remained well conserved across variants and is critical to suppression of host immune response to infection, making Mac1 a promising target for therapeutic development. Mac1 binds and cleaves the post-translational modification ADP-ribose and is hypothesized to have a downstream effect on the host interferon response, but the exact cellular targets of Mac1 are still unkno…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coronaviruses use discontinuous transcription to generate subgenomic RNAs (sgRNAs) that encode structural and accessory proteins. However, the factors regulating sgRNA abundance in SARS-CoV-2 remain unclear. Here, we combined strand-specific RNA sequencing, RNA-RNA interaction mapping, prediction of RNA folding energies, and targeted mutagenesis to define the regulation of (-) sgRNA synthesis in SARS-CoV-2 infection. We demonstrated that the relative (-) sgRNA abundance across viral genes is stable throughout infection and largely correlates with corresponding (+) sgmRNA levels. Through meta-a…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The COVID-19 pandemic has profoundly affected global health, driven by the remarkable transmissibility and mutational adaptability of the SARS-CoV-2 virus. Although five variants of concern, Alpha, Beta, Gamma, Delta, and Omicron, have been identified, the classification task in this study is formulated using four classes: Alpha, Delta, Omicron, and Else, reflecting the sequence availability and temporal coverage of the dataset. Here, we develop an integrative framework that combines direct coupling analysis (DCA), Circos-based visualization, and convolutional neural networks (CNNs) to charact…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Programmed -1 ribosomal frameshifting (-1 PRF) is a translational recoding mechanism used by many RNA viruses to regulate the expression of viral replication proteins. In coronaviruses, including SARS-CoV-2, -1 PRF is controlled by a conserved frameshift stimulation element containing a three-stemmed RNA pseudoknot located downstream of a slippery sequence. Studies have shown that conformational dynamics, mechanical stability, and structural variability of the pseudoknot influence ribosome pausing and frameshifting efficiency, identifying viral RNA structures as potential antiviral targets. Th…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein-protein interaction (PPI) between the receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein and human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) plays a critical role in viral infections. Therefore, comprehensively understanding the effects of amino acid mutations in the RBD, which are associated with viral evolution, on this PPI is important. Recently, we developed a PPI analysis method called "visualization of interfacial electrostatic complementarity (VIINEC)." VIINEC provides an intuitive understanding of the effect of amino acid mutations on PPIs by visualizing the electrosta…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Airborne particulate matter (PM), particularly fine (PM2.5) and coarse (PM10) particles, is a major environmental health concern linked to increased respiratory morbidity and mortality. During the COVID-19 pandemic, epidemiological studies suggested that PM exposure may worsen SARS-CoV-2 infection outcomes; however, cellular mechanisms underlying this association remain incompletely understood. Here, we investigated how pre-exposure to PM2.5 and PM10 impacts SARS-CoV-2 infection dynamics in Calu-3 human epithelial cells.
METHODS: Calu-3 cells were pre-exposed to PM for 72 h prio…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ultrastructural details of SARS-CoV-2 morphogenesis and cell-to-cell spread, particularly during the later stages of infection, are still incompletely understood. In this study, we employed a multi-modal microscopy approach to characterise the late-stage infectious cell cycle of two early SARS-CoV-2 variants, A.2 and B.1.1.33, in a Vero E6 cell model. Using a combination of transmission and scanning electron microscopy, immunofluorescence, and RT-qPCR, we analysed viral-host cell interactions at key time points post-infection. Our analysis showed distinct subcellular localisations for the …
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coronaviruses evolve to optimize receptor recognition in their natural hosts. A key mystery of COVID-19 is why the SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD) binds human ACE2 with such high affinity despite limited time for adaptation, while some bat-derived RBDs paradoxically bind human ACE2 more strongly than bat ACE2. To investigate, we compared the RBDs of SARS-CoV-2 and BANAL-52, a related bat coronavirus, examining their interactions with ACE2 from Rhinolophus sinicus (RsBat) and from human. Structural and biochemical analyses revealed that BANAL-52 RBD is well adapted for binding to RsBat…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: We propose KnvResGAT for efficient SARS-CoV-2 lineage classification by combining k-mer Natural Vector (KNV) representations with a residual multi-head Graph Attention Network (GAT) on a k-nearest-neighbor (kNN) similarity graph constructed in the KNV feature space.
RESULTS: On a time-aware per-lineage split of 182,851 curated SARS-CoV-2 genomes spanning 103 Pango lineages, KnvResGAT achieved 0.9729 accuracy and 0.9636 Macro-F1. Under the same split, it outperformed Pangolin (0.9673 accuracy, 0.9471 Macro-F1) and a strong deep baseline ResMLP (0.9654 accuracy, 0.9520 Macro-F1), dem…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND Preoperative mouthwashes are recommended to reduce viral transmission during aerosol-generating procedures (AGP) in dental settings. However, their effectiveness may be compromised due to dilution by continuous water flow from dental unit waterlines (DUWL). This study evaluated the virucidal efficacy of various mouthwashes when delivered through DUWL using a novel 3D-printed dental aerosol model, with human coronavirus OC43 (hCoV-OC43) as a surrogate for SARS-CoV-2. MATERIAL AND METHODS Five mouthwashes - 0.12% chlorhexidine digluconate (CHX), 0.07% cetylpyridinium chloride (CPC), 1…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic caused a global emergency. Screening protocols vary regarding the epidemiological situation and the dominant virus variant. Implementing these protocols can be particularly challenging in young children.
OBJECTIVE: To evaluate the diagnostic accuracy of routine polymerase chain reaction (PCR) testing in small children. Furthermore, hidden severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) Omicron infections, missed by routine PCR testing, were intraoperatively analyzed, and multiple testing methods were compared.
METHOD…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Several studies investigated the presence of SARS-CoV-2 in water samples and raw urban wastewater collected from urban sewage treatment plants (STPs) during the COVID-19 pandemic and correlated viral load and epidemiological data. However, limited information is available regarding the potential of urban ditches as sampling sites for epidemiological surveillance. This study aimed to detect SARS-CoV-2 RNA in urban ditches and evaluate its correlation with epidemiological data. A total of 168 samples were collected from January 2021 to February 2022 in three urban ditches and two STPs in the met…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования