BACKGROUND: Medulloblastoma (MB) in children is highly heterogeneous, leading to its classification into molecular subgroups and resulting in significant differences in clinical outcomes even within the same risk group. This heterogeneity severely hampers the clinical management of MB. Therefore, it is essential to characterize MB heterogeneity within its tumor microenvironment.
METHODS: Deep single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) was performed on tumor tissues and matched adjacent normal tissues from two WNT, three Group 4 (G4), and one Sonic Hedgehog (SHH) MB patients. In addition, tumor ti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Platelets are key components of the tumor microenvironment that contribute to colorectal cancer (CRC) progression. However, effective platelet-related prognostic tools for CRC risk stratification and prognostic assessment are lacking. Therefore, we aimed to develop a platelet-related prognostic model to improve risk stratification and prognostic evaluation. A tumor-cell-expressed platelet-related transcriptional signature, termed platelet-related risk score (PLRS), was established using LASSO and Cox regression based on TCGA-COADREAD, GSE39582 and GSE183635. After strict screening for intact s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer (PCa) is a highly heterogeneous disease, and the molecular features underlying differences in tumor aggressiveness remain incompletely understood. This study aimed to characterize the molecular differences between young aggressive (YA) and old indolence-associated (OI) prostate tumors using an integrative multi-omics approach. RNA sequencing, copy number alteration (CNA), and clinical data from The Cancer Genome Atlas Prostate Adenocarcinoma (TCGA-PRAD) cohort were analyzed. YA tumors (age ≤ 58 years, Gleason score ≥ 8; n = 30) were compared with OI tumors (age ≥ 67 years, Glea
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Researchers are currently concentrating on molecular markers and potential therapeutic targets associated with gastric cancer in light of recent developments in precision medicine and molecular biology. Disulfidptosis was first proposed in 2023 as a novel programmed cell death mode associated with the cytoskeleton. Disulfidptosis-related proteins are essential for the preservation of protein stability and abnormal expression of disulfidptosis-related genes may be linked to cancer development and drug resistance.
MATERIALS AND METHOD: The gastric cancer transcriptomic data were ret
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The methyltransferase gene family is known for its diverse biological functions and critical role in tumorigenesis. This study aimed to identify these family genes in common gastrointestinal (GI) cancers using comprehensive methodologies.
METHODS: Gene identification involved analysis of scientific literature and insights from The Cancer Genome Atlas (TCGA) database. RNA sequencing (RNA-seq) data for colon, gastric, pancreatic, esophageal, and liver cancers were collected, processed, and normalized. Differential expression analysis was conducted using R software with the Limma pac
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Stomach adenocarcinoma (STAD) poses a major public health challenge across various populations, necessitating the construction of robust models for prognostic prediction and effective clinical therapies. Dysregulation of lactylation, a key regulatory mechanism in cell metabolism and gene expression, can either impede or promote tumor growth and metastasis.
METHODS: This study got into the bottom of TCGA-STAD-sourced transcriptome data to profile lactylation-related genes and construct a gene signature through LASSO regression. A nomogram was further created to assess the prognosti
СтатьяВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) remains a highly aggressive malignancy with a poor prognosis and limited effective treatment options. Our study comprehensively explores the complex role of programed cell death (PCD) mechanisms in PDAC development, examining 18 distinct PCD pathways and their genetic underpinnings. Using an advanced machine learning framework incorporating 429 algorithmic variations, we have developed an innovative PCD-based molecular signature that demonstrates robust prognostic capabilities. This signature exhibits superior performance across diverse patient cohorts,
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Palate mucoepidermoid carcinoma (PMEC) is an infrequent but tough subtype of oral carcinoma. Due to the lack of independent and comprehensive database for PMEC, the selection or screening of targeted protein on PMEC might be inaccurate. However, several databases of gene expression based on oral cancers having been constructed and uploaded. With the help of combining data enrichment and lab experiments, the target protein choosing against PMEC could be available.
METHOD: We firstly searched multiple databases, which being relevant with oral cancers, and compared the gene expressio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Classical Hodgkin Lymphoma (cHL) exhibits rare malignant Hodgkin-Reed Sternberg (HRS) cells within a reactive immune microenvironment. This study developed an HRS cell gene expression signature to identify HRS cells in single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data, investigated cognate interactions, analyzed bulk transcriptomes, and assessed predictors of treatment failure. Differentially expressed genes (DEGs) from RelB-silenced U-HO1 cells were identified, and scRNA-seq data was processed to annotate cell types. Cognate interactions were analyzed using CellPhoneDB, and bulk transcriptome decon
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
For human and canine invasive urothelial carcinoma (InvUC), there is growing interest in using the molecular characteristics of a tumour to guide individualised treatment strategies. The objective of this study was to use a non-invasive, urine-based method to characterise gene expression signatures in dogs with InvUC. RNA was isolated from canine InvUC tumour samples, urine sediment from dogs with InvUC, normal canine bladder mucosa, and normal canine urine sediment and queried using the nCounter Canine Immuno-Oncology Panel. Differential gene expression profiles were characterised for tissue
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular abnormalities of canine histiocytic sarcoma (CHS) remain to be elucidated. We previously revealed that the sensitivities to dasatinib and trametinib were significantly various among CHS cell lines, indicating the differences in underlying molecular abnormalities. In the present study, we performed RNA sequencing analysis using 11 CHS cell lines to investigate molecular classifications based on the gene expression profiles (GEPs). The clustering analysis showed that CHS cell lines were divided into two distinct clusters. The comparisons of GEPs between the clusters extracted 675 d
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Triple-negative breast cancer (TNBC) is a highly aggressive subtype of breast cancer. Although neoadjuvant chemotherapy (NACT) has some effectiveness in TNBC, a portion of patients still do not benefit from them. The critical role of DNA replication stress (DRS) in cancer therapy has been recognized, but its study in TNBC NACT remains relatively limited. Affymetrix microarray data were obtained from the GEO database for both training and test sets. These data were processed using the "affy" R package. The Boruta algorithm and SVM-RFE method were employed for key gene selection, and an integrat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/AIM: Uveal melanoma is an ocular malignancy whose prognosis severely worsens following metastasis. In order to improve the understanding of molecular physiology of metastatic uveal melanoma, we identified genes and pathways implicated in metastatic vs non-metastatic uveal melanoma.
PATIENTS AND METHODS: A previously published dataset from Gene Expression Omnibus (GEO) was used to identify differentially expressed genes between metastatic and non-metastatic samples as well as to conduct pathway and perturbagen analyses using Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), EnrichR, and iLINCS.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Anoikis is intricately associated with the malignant progression of cancer. Thyroid cancer (THCA) is the most common endocrine tumor, metastasis is closely related to treatment response and prognosis of THCA. Hence, it is imperative to comprehensively identify predictive prognostic genes and novel molecular targets for effective THCA therapy.
METHODS: Differential expression analysis and weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) were utilized to mine differentially expressed anoikis-related (DE-ARGs). Then, the prognostic genes were identified and a risk signature was c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Melanoma represents a critical clinical challenge owing to its unfavorable outcomes. This type of skin cancer exhibits unique adaptability to the brain microenvironment, but its underlying molecular mechanisms are poorly understood. Recent findings have suggested that melanoma brain metastases may share biological processes similar to those found in various neurodegenerative diseases. To further characterize melanoma brain metastasis development, we explore the relationship between the transcriptional profiles of melanoma brain metastases and the neurodegenerative diseases Alzheimer's disease,
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/AIM: Breast cancer is a heterogeneous disease with many subtypes, and the association between these subtypes and exposure to environmental factors such as radiation remains controversial. Although the rat is used widely for research into human breast cancer, the heterogeneity and subtype definitions are unclear. Here, we leveraged an archive of rat mammary cancer samples and gene expression microarray data to classify tumors and examine their association with exposures.
MATERIALS AND METHODS: Eighty-four mammary cancer and 12 normal mammary tissue samples were obtained from previou
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bladder cancer (BC) is one of the ten most common cancers worldwide with late detection and early age of diagnosis. There is abundant evidence that early detection and timely intervention can lead to a better prognosis of BC. Substantial evidence has indicated that microRNAs (miRNAs) are specific to different tumour types and are remarkably stable, indicating that serum miRNAs may serve as potential cancer diagnostic markers. This study aimed to identify suitable serum miRNAs to create a panel that can be used to diagnose primary BC.
METHODS: In this study, 18 miRNAs that were dif
СтатьяВалидационное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recently, evidence has indicated that CTNNB1 is important in a variety of malignancies. However, how CTNNB1 interacts with immune cell infiltration remains to be further investigated. In this study, we focused on the correlations between CTNNB1 and tumorigenesis, tumor progression, mutation, phosphorylation, and prognosis via gene expression profiling interaction analysis; TIMER 2.0, cBioPortal, GTEx, CPTAC, and GEPIA2 database analyses; and R software. CTNNB1 mutations are most found in uterine endometrioid carcinoma and hepatocellular carcinoma. However, no CTNNB1 mutations were found to be
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent advances in spatial transcriptomics (ST) techniques provide valuable insights into cellular interactions within the tumor microenvironment (TME). However, most analytical tools lack consideration of histological features and rely on matched single-cell RNA sequencing data, limiting their effectiveness in TME studies. To address this, we introduce the Morphology-Enhanced Spatial Transcriptome Analysis Integrator (METI), an end-to-end framework that maps cancer cells and TME components, stratifies cell types and states, and analyzes cell co-localization. By integrating spatial transcripto
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Single-cell transcriptional profiling reveals cell heterogeneity and clinically relevant traits in intra-operatively collected patient-derived tissue. So far, single-cell studies have been constrained by the requirement for prospectively collected fresh or cryopreserved tissue. This limitation might be overcome by recent technical developments enabling single-cell analysis of FFPE tissue.
METHODS: We benchmark single-cell profiles from patient-matched fresh, cryopreserved and archival FFPE cancer tissue.
RESULTS: We find that fresh tissue and FFPE routine blocks can be employed for
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования