OBJECTIVES: Enterobacter cloacae complex (ECC) has awakened interest recently because of its increasing resistance to carbapenems codified by several genes all over the globe. Even though there are some sequence types (STs) which represent high-risk clones, there is substantial clonal diversity in the ECC. This work aimed to perform whole-genome sequencing (WGS), genomic analysis, and phylogenetic studies of a Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) -producing multidrug-resistant (MDR) ECC isolate from Argentina.
METHODS: We analysed the genome of an MDR KPC-producing ECC strain isolated fr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With progress in genome sequencing and data sharing, 1,000s of bacterial genomes are publicly available. Genome mining-using bioinformatics tools in terms of biosynthetic gene cluster (BGC) identification, analysis, and rating-has become a key technology to explore the capabilities for natural product (NP) biosynthesis. Comprehensively, analyzing the genetic potential of the phylum Bacteroidetes revealed Chitinophaga as the most talented genus in terms of BGC abundance and diversity. Guided by the computational predictions, we conducted a metabolomics and bioactivity driven NP discovery progra
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Candida glabrata is the second most common etiological cause of worldwide systemic candidiasis in adult patients. Genome analysis of 68 isolates from 8 hospitals across Scotland, together with 83 global isolates, revealed insights into the population genetics and evolution of C. glabrata. Clinical isolates of C. glabrata from across Scotland are highly genetically diverse, including at least 19 separate sequence types that have been recovered previously in globally diverse locations, and 1 newly discovered sequence type. Several sequence types had evidence for ancestral recombination, suggesti
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Human adenoviruses (HAdVs) are commonly associated with acute respiratory illness. HAdV outbreaks are well documented in congregate military training settings, but less is known about outbreaks on college campuses. During fall 2018 and spring 2019, 5 United States (US) colleges reported increases in HAdV-associated respiratory illness. Investigations were performed to better understand HAdV epidemiology in this setting.
METHODS: A case was defined as a student at one of the 5 colleges, with acute respiratory illness and laboratory-confirmed HAdV infection during October 2018-Decem
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Klebsiella pneumoniae have been increasingly reported worldwide as a frequent cause of human and animal infections. K. pneumoniae belonging to the K24 capsular serotype and sequence type (ST) ST15 has been considered a global successful clone responsible for the spread of the blaCTX-M-15 gene.
OBJECTIVE: To report the draft genome sequence of a multidrug-resistant CTX-M-15-positive K. pneumoniae K24-ST15 strain (L3KP1), which was isolated from a dog with chronic otitis.
METHODS: Genomic DNA was extracted and sequenced using Illumina
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Donor-recipient (D-R) differences at human leukocyte antigen (HLA) loci are currently incorporated into organ sharing, allocation and immunosuppression decisions. However, while acute rejection episodes have substantially diminished, progressive histologic damage occurs in allografts and improved long-term survival remains an unrealized goal among kidney recipients. Here we tested the hypothesis that non-HLA dependent, genome-wide D-R genetic differences could contribute to unchecked alloimmunity with histologic and functional consequences, culminating in long-term allograft failure. Genome-wi
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Herpesviruses exist in nature within each host animal. Ten herpesviruses have been isolated from bats and their biological properties reported. A novel bat alphaherpesvirus, which we propose to name "Pteropus lylei-associated alphaherpesvirus (PLAHV)," was isolated from urine of the fruit bat Pteropus lylei in Vietnam and characterized. The entire genome sequence was determined to be 144,008 bp in length and predicted to include 72 genes. PLAHV was assigned to genus Simplexvirus with other bat alphaherpesviruses isolated from pteropodid bats in Southeast Asia and Africa. The replication capaci
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: To determine if plasma microbial small RNAs (sRNAs) are altered in patients with rheumatoid arthritis (RA) compared with control subjects, associated with RA disease-related features, and altered by disease-modifying antirheumatic drugs (DMARDs).
METHODS: sRNA sequencing was performed on plasma from 165 patients with RA and 90 matched controls and a separate cohort of 70 patients with RA before and after starting a DMARD. Genome alignments for RA-associated bacteria, representative bacterial and fungal human microbiome genomes and environmental bacteria were performed. Microbial g
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The forced relocation of several thousand Africans during Mexico's historic period has so far been documented mostly through archival sources, which provide only sparse detail on their origins and lived experience. Here, we employ a bioarchaeological approach to explore the life history of three 16th century Africans from a mass burial at the San José de los Naturales Royal Hospital in Mexico City. Our approach draws together ancient genomic data, osteological analysis, strontium isotope data from tooth enamel, δ13C and δ15N isotope data from dentine, and ethnohistorical information to reveal
Историческая статьяСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: This study aimed to investigate the occurrence of mcr-1 encoding plasmid-mediated colistin-resistance gene in Escherichia coli isolated from migratory birds in Thailand. Materials and Methods: A total of 178 cloacal swabs from migratory birds was sampled and isolated from 2016 to 2017 in Nan, Trang, and Bangkok, Thailand. The multiplex polymerase chain reaction was used to screen the resistance genes. After screening, a disk diffusion assay and the minimum inhibitory concentration were investigated. The draft genome sequence of isolate 2A85589 was obtained using an Illumina HiSeq X
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
If the genome contains outlier sequences extraordinarily sensitive to environmental agents, these would be sentinels for monitoring personal carcinogen exposure and might drive direct changes in cell physiology rather than acting through rare mutations. New methods, adductSeq and freqSeq, provided statistical resolution to quantify rare lesions at single-base resolution across the genome. Primary human melanocytes, but not fibroblasts, carried spontaneous apurinic sites and TG sequence lesions more frequent than ultraviolet (UV)-induced cyclobutane pyrimidine dimers (CPDs). UV exposure reveale
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Copy number variations (CNVs) are large segments of the genome that are duplicated or deleted. Structural variations in the genome have been linked to many complex diseases. Similar to how genome-wide association studies (GWAS) have helped discover single-nucleotide polymorphisms linked to disease phenotypes, the extension of GWAS to CNVs has aided the discovery of structural variants associated with human traits and diseases.
RESULTS: We present CoNVaQ, an easy-to-use web-based tool for CNV-based association studies. The web service allows users to upload two sets of CNV segments
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
JC polyomavirus (JCPyV) is the causative agent of progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), a demyelinating disease of the central nervous system in immunocompromised patients. Archetype JCPyV circulates in the human population. There have been several reports of archetype JCPyV replication in cultured cells, in which propagation was not enough to produce high titers of archetype JCPyV. In this study, we carried out cultivation of the transfected cells with archetype JCPyV DNA MY for more than 2 months to establish COS-7 cells (designated COS-JC cells) persistently producing archetype
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The present study was undertaken to explore and validate novel hypermethylated DNA regions in squamous cell carcinoma of the tongue (SCCT). Genome-wide methylation changes were identified by differential methylation hybridization (DMH) microarray and validated by bisulfite genome sequencing (BGS). The results were compared against datasets from The Cancer Genome Atlas head and neck squamous cell carcinoma (TCGA-HNSCC), Gene Expression Omnibus (GSE26549), and ArrayExpress (E-MTAB-1328). DMH identified 116 hypomethylated and 241 hypermethylated regions. Of the latter, 24 were localized to promot
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Due to their lack of repair capacity mitochondria are critical targets for environmental toxicants. We studied genes and pathways reflecting mitochondrial responses to short- and medium-term PM10 exposure.
METHODS: Whole genome gene expression was measured in peripheral blood of 98 adults (49% women). We performed linear regression analyses stratified by sex and adjusted for individual and temporal characteristics to investigate alterations in gene expression induced by short-term (week before blood sampling) and medium-term (month before blood sampling) PM10 exposure. Overreprese
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cardiovascular disease is associated with epigenomic changes in the heart; however, the endogenous structure of cardiac myocyte chromatin has never been determined.
METHODS: To investigate the mechanisms of epigenomic function in the heart, genome-wide chromatin conformation capture (Hi-C) and DNA sequencing were performed in adult cardiac myocytes following development of pressure overload-induced hypertrophy. Mice with cardiac-specific deletion of CTCF (a ubiquitous chromatin structural protein) were generated to explore the role of this protein in chromatin structure and cardia
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell differentiation is associated with changes in chromatin organization and gene expression. In this study, we examine chromatin structure following differentiation of the human myeloid leukemia cell line (HL-60/S4) into granulocytes with retinoic acid (RA) or into macrophage with phorbol ester (TPA). We performed ChIP-seq of histone H3 and its modifications, analyzing changes in nucleosome occupancy, nucleosome repeat length, eu-/heterochromatin redistribution and properties of epichromatin (surface chromatin adjacent to the nuclear envelope). Nucleosome positions changed genome-wide, exhib
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Budding yeast (Saccharomyces cerevisiae) and fission yeast (Schizosaccharomyces pombe) are two popular model organisms for virus research. They are natural hosts for viruses as they carry their own indigenous viruses. Both yeasts have been used for studies of plant, animal and human viruses. Many positive sense (+) RNA viruses and some DNA viruses replicate with various levels in yeasts, thus allowing study of those viral activities during viral life cycle. Yeasts are single cell eukaryotic organisms. Hence, many of the fundamental cellular functions such as cell cycle regulation or programed
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Faithful replication and maintenance of the genome are essential to the ability of any organism to survive and propagate. For an obligate pathogen such as Mycobacterium tuberculosis that has to complete successive cycles of transmission, infection, and disease in order to retain a foothold in the human population, this requires that genome replication and maintenance must be accomplished under the metabolic, immune, and antibiotic stresses encountered during passage through variable host environments. Comparative genomic analyses have established that chromosomal mutations enable M. tuberculos
СтатьяОбзорПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Achondroplasia (ACH) is a congenital disease which causes dwarfism and many symptoms resulting from skeletal dysplasia. Because present therapeutic strategies are mainly surgical procedures as symptomatic treatments, development of a radical treatment is desired. Clarification of the ACH pathology is essential for creating a new remedy. However, there are many questions about the disease mechanisms that have not been answered.
METHODS: As a single base substitution of the FGFR3 gene had been proved to be the ACH causing genome mutation, our group established disease specific iPS
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования