Atractylodes macrocephala (A.M.) is a traditional Chinese medicinal and edible herb renowned for its spleen-tonifying, dampness-resolving, diuretic, and antiperspirant properties. Its primary bioactive constituents are terpenoids, which have demonstrated anti-inflammatory, antitumor, and immunomodulatory activities. However, transcriptomic studies focusing on terpenoid biosynthesis in A.M. from different geographical origins remain limited. To investigate the molecular mechanisms underlying differential sesquiterpenoid production, we performed transcriptome sequencing on samples collected from
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reef-building coral polyps contain multiple specialized tissue types with distinct functions, from feeding and defense to symbiosis and skeleton formation. While these cell types have been characterized microscopically and more recently via single-cell RNA sequencing, spatially resolved high-throughput gene expression profiling remains limited in corals. Here we combine Laser Capture Microdissection with RNA sequencing to characterize tissue-specific gene expression in the reef building coral Pocillopora acuta. Oral tissues, adjacent to the seawater, exhibited 1,253 upregulated genes enriched
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long non-coding RNAs (lncRNAs) are regulatory RNA molecules involved in numerous biological processes, including immune response. Although their functions remain difficult to characterize, lncRNAs have been associated with both productive and immune traits in pigs. Because immune parameters have been proposed as indicators of immunocompetence, studying lncRNA regulation in immune-related tissues may contribute to improving pig robustness and disease resistance. In this study, whole-blood RNA-seq data from 255 commercial 60-day-old Duroc pigs were used to identify lncRNA-associated immune mecha
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MicroRNAs are frequently dysregulated in cancer, yet how their tissue specificity is remodeled during malignant transformation remains poorly characterized. Here, we systematically quantified the tissue specificity of miRNAs across normal (GTEx) and cancer (TCGA) tissues using the Tau index as the primary metric and the Gini index for independent validation. Our analysis revealed a negative association between tissue specificity in healthy tissues and changes in specificity during malignant transformation, indicating that miRNAs with higher tissue specificity in normal tissues tend to undergo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Placentas evolved nine times in the fish family Poeciliidae. Each time, the egg follicle is the maternal contribution to the placenta. In non-placental species, the follicle fully provisions the egg before fertilization. In placental species, provisioning continues throughout development, and the follicle becomes a more elaborate, well-vascularized organ. We generated transcriptomes for follicles from yolking eggs and developing embryos from two pairs of closely related placental and non-placental species that represent independent origins of placentation plus one non-placental outgroup. We id
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene expression profiling is an effective method for identifying predictive and prognostic biomarkers. However, measurements are prone to uncertainty and errors due to various pre-analytical variables. Systematic evaluating effects of these variables on gene expression measurements and relative expression orderings (REOs) of gene pairs, is necessary. A total of 18 datasets were collected, comprising over 800 paired samples. These paired samples were utilized to assess the impact of pre-analytical variables on gene expression measurements and REOs, including sampling methods, tumor sample heter
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To identify candidate genes and pathways involved in testicular development in Takifugu rubripes, a comparative transcription analysis was conducted across the various developmental stages of the testis (stages II to V). A total of 9520 differentially expressed genes (DEGs) were identified among the different stages, and they were significantly clustered into six clusters (P < 0.05). One thousand four hundred eleven DEGs such as gndf, wnt1, and cyp17b1 were found to be decreased from stage II to V. In contrast, 994 DEGs such as fn1, ift81, and cdc25a were found to be increased from stage II to
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plants are regarded as a core component of the life support system for crewed space missions, particularly in deep-space endeavors such as lunar and Martian missions. Therefore, understanding the responses of plants to deep-space flight is considered essential. Japonica rice dry seeds (Oryza sativa L.) were carried aboard the Chang'e 5 spacecraft on a flight to the lunar orbit for 23 days. Following their return to Earth, these seeds were planted and cultivated until the tillering and heading stages. Through comparative transcriptomic analysis with the ground control, it was found that rice pl
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: The identification of methods to improve the endometrial receptivity (ER) is increasingly of interest. The effect of the electromagnetic field associated with Quantum Molecular Resonance (QMR) on ER was investigated here.
METHODS: Ishikawa cells were used to evaluate the effects of QMR both on the expression of a group of genes involved in ER, i.e., HOXA10, HOXA11, LIF, ITGB3, and ITGAV, and on cell toxicity. Endometrial samples were obtained from six patients during routine diagnostic procedures, four of which were subsequently used to assess the transcriptional response to QMR t
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Correlation of genes within tissues has attracted much attention. In contrast, genes that are INDependent In Expression (INDIE) remain poorly understood, even though they may represent tissue admixtures, reflect new regulatory mechanisms, either transcriptional or post-transcriptional, and contribute to biomarkers or machine learning algorithms. We hypothesised that INDIE genes can be found, may remain uncorrelated across tissues, and replicate within tissues in external datasets.
METHODS: Biweight midcorrelation was calculated for each gene against all other genes with sufficient
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Paris polyphylla biosynthesizes significant quantities of polyphyllins, which exhibit numerous pharmacological activities and have become vital components in many patented drugs. However, only two species in this genus are officially recognized as medicinal sources due to their high levels of bioactive compounds. In this study, we measured and compared the total saponin content in Paris forrestii and Paris polyphylla var. yunnanensis The content in Paris forrestii was nearly double that in Paris polyphylla var. yunnanensis, and polyphyllin V and gracillin, hardly detectable in Paris polyphylla
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Light is an important environmental signal that regulates the growth and metabolism of fungi. This study aims to reveal the molecular regulatory mechanism of different light durations on the growth activity of Poria cocos. Methods: By setting up three groups of light treatment: 0 days (sample 1), 15 days (sample 2), and 30 days (sample 3), and combining transcriptome sequencing (RNA-seq) with qRT-PCR for verification, the effects of light on the gene expression of Poria cocos (Poria cocos (Schw.) Wolf) were systematically analyzed. Results: A total of 4332 differentially expressed
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding how intricate cellular networks and signaling pathways communicate during the formation of craniofacial tissues like the palate and tooth has been the subject of intense investigation for several decades. Both organ systems undergo patterning morphogenesis and the subsequent terminal differentiation of matrix-producing cells that form biomineralized matrices like bone, enamel, dentin, and cementum. Until recently, gene expression profiles could only be assessed for a select number of cells without the context of the entire milieu of genes expressed by neighboring cells and tissue
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A long-standing goal of synthetic biology is to reprogram cells by rewiring genetic parts. Despite the expanding library of genetic parts, construction of integrated synthetic circuits with desired specifications remains challenging in part due to intricate dependence on sequence contexts, where unexpected narrow dynamic ranges and leaky expression can plague system performance. To provide an alternative approach to the screening process of iterative design-build-test cycles, SUPER (Synthetic Upcycling Platform for Engineering Regulators), a modular platform for upcycling genetic devices is in
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Thyroid associated ophthalmopathy (TAO) is an organ-specific autoimmune disease that has a significant impact on individuals and society. The etiology of TAO is complicated and poorly understood. Thus, the goal of this study was to use bioinformatics to look into the pathogenesis of TAO and to identify the optimum feature genes (OFGs) and immune infiltration patterns of TAO.
METHODS: Firstly, the GSE58331 microarray data set was utilized to find 366 differentially expressed genes (DEGs). To find important modular genes, the dataset was evaluated using weighted gene coexpression ne
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human heart development is governed by transcription factor (TF) networks controlling dynamic and temporal gene expression alterations. Therefore, to comprehensively characterize these transcriptional regulations, day-to-day transcriptomic profiles were generated throughout the directed cardiac differentiation, starting from three distinct human- induced pluripotent stem cell lines from healthy donors (32 days). We applied an expression-based correlation score to the chronological expression profiles of the TF genes, and clustered them into 12 sequential gene expression waves. We then identifi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Psoriasis is a condition in which skin cells build up and form itchy scales and dry patches. It is also considered a common lifelong disease with an unclear pathogenesis. Furthermore, an effective cure for psoriasis is still unavailable. Reductive apoptosis of keratinocytes and immune infiltration are common in psoriasis. This study aimed to explore underlying functions of key apoptosis-related genes and the characteristics of immune infiltration in psoriasis. We used GSE13355 and GSE30999 to screen differentially expressed apoptosis related genes (DEARGs) in our study. Gene Ontolo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mammalian secondary palate is formed through complex developmental processes: growth, elevation, and fusion. Although it is known that the palatal elevation pattern changes along the anterior-posterior axis, it is unclear what molecules are expressed and whether their locations change before and after elevation. We examined the expression regions of molecules associated with palatal shelf elevation (Pax9, Osr2, and Tgfβ3) and tissue deformation (F-actin, E-cadherin, and Ki67) using immunohistochemistry and RT-PCR in mouse embryos at E13.5 (before elevation) and E14.5 (after elevation). Pax
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Iron (Fe) is an essential element for plant growth and development. Fe deficiency can trigger leaf chlorosis and reduce fruit yield. Therefore, it is necessary to explore transcription factors in response to Fe deficiency stress. A total of 29 MhR2R3-MYB transcription factors were identified based on the transcriptome of Malus halliana under Fe deficiency stress. A comprehensive analysis of physical and chemical properties, gene structures, conserved motif composition, evolutionary relationship and chromosome distribution was performed. Subsequently, based on the transcriptome, 14 genes with t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The goal of this study is to identify the hub genes for Duchenne muscular dystrophy (DMD) and Becker muscular dystrophy (BMD) via weighted correlation network analysis (WGCNA).
METHODS: The gene expression profile of vastus lateralis biopsy samples obtained in 17 patients with DMD, 11 patients with BMD and 6 healthy individuals was downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) database (GSE109178). After obtaining different expressed genes (DEGs) via GEO2R, WGCNA was conducted using R package, modules and genes that highly associated with DMD, BMD, and their age or pathology w
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования