BACKGROUND: Both de novo variants and recessive inherited variants were associated with autism spectrum disorder (ASD). This study aimed to use exome data to prioritize recessive inherited genes (RIGs) with biallelically inherited variants in autosomes or X-linked inherited variants in males and investigate the functional relationships between RIGs and genes with de novo variants (DNGs).
METHODS: We used a bioinformatics pipeline to analyze whole-exome sequencing data from 1799 ASD quads (containing one proband, one unaffected sibling, and their parents) from the Simons Simplex Collection and…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Peroxisomal D-bifunctional protein (DBP) deficiency is an autosomal recessive disorder historically described as a Zellweger-l … mus and cortical blindness. The brain MRI demonstrated bilateral peri-sylvian polymicrogyria. Whole exome sequencing revealed 2 mutations in the HSD17B4 gene (c.752G>A, p.(Arg251Gln); c.868 + 1delG).Patient 2 presented with hypotonia, motor delay, and sensorineural hearing loss in infancy, considerable developmental regression during her fourth year, ny …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bruck syndrome (BRKS) is the rare disorder that features congenital joint contractures often with pterygia and subsequent fractures, also kn … ic osteoporoses were negative. Copy number microarray excluded a contiguous gene syndrome. Instead, exome sequencing revealed two missense variants in PLOD2 which encodes procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 2 (lysyl hydroxylase 2, LH2); exon 8, c.797G>T, p.Gly266Val (paternal), and exon 12, c.1280A>G, p.Asn427Ser (maternal). In the Exome Ag …
Клинический случайСтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hyalinizing trabecular tumor (HTT) is a rare thyroid neoplasm with a characteristic trabecular growth pattern and hyalinization. … ng analyses to elucidate the genetic mechanisms of HTT and its relationship to PTC.
METHODS: Whole-exome, RNA-Seq, and targeted next-generation sequencing analyses were performed to discover and characterize driver mutations in HTT. RNA-Seq results were used for pathway analysis. Tissue expression of GLIS3 and other proteins was detected by immunohisto …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND & AIMS: Intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC) is the second-most lethal primary liver cancer. Little is known about intratumoral heterogeneity (ITH) and its impact on ICC progression. We aimed to investigate the ITH of ICC in the hope of helping to develop new therapeutic strategies.
METHODS: We obtained 69 spatially distinct regions from six operable ICCs. Patient-derived primary cancer cells (PDPCs) were established for each region, followed by whole-exome sequencing (WES) and multi-level validation.
RESULTS: We observed widespread ITH for both somatic mutations and clonal archi…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Pure invasive micropapillary carcinoma (IMPC) is a special type of breast carcinoma characterised by clusters of cells presenting polarity abnormalities. The biological alterations underlying this pattern remain unknown.
METHODS: Pangenomic analysis (n=39), TP53 (n=43) and PIK3CA (n=41) sequencing in a series of IMPCs were performed. A subset of cases was also analysed with whole-exome sequencing (n=4) and RNA sequencing (n=6). Copy number variation profiles were compared with those of oestrogen receptors and grade-matched invasive ductal carcinomas (IDCs) of no special type.
R…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
STUDY QUESTION: Is the vertebrate protein Dead end (DND1) a causative factor for human infertility and can novel in vivo assays in zebrafish … e protein in the context of human male infertility is still missing.
STUDY DESIGN, SIZE, DURATION: Exome data from 1305 men included in the Male Reproductive Genomics cohort were examined in this study. A total of 1114 of the patients showed severely impaired spermatogenesis but were otherwise healthy. Eighty-five men with intact spermatogenesis were i …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: In this work, we describe the clinical and functional changes in a family with a novel type I interferonopathy phenotype which we suggest could be associated with a TRIM28 variant, presenting with chilblains, skin ulceration, lipodystrophy and calcinosis. TRIM28 has multiple roles in regulating human health and disease, which include DNA repair and anti-viral response. The latter includes negative regulation of IRF7, one of the master regulators of the interferon response.
METHODS: Whole exome sequencing and targeted panel sequencing was performed on DNA extracted from peripheral …
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Synthetic rescue (SR) interactions, where a disease-promoting alteration in one gene is compensated by a secondary alteration in another gene, remain largely unexplored in Alzheimer’s disease (AD). Here, we performed a genome-wide investigation of SR gene pairs that mitigate the genetic risk of AD. METHODS: Using whole exome sequencing (WES) data from the Alzheimer’s Disease Sequencing Project (ADSP) participants (n = 9,895), we first identified AD risk genes by two complementary methods: Single-variant analysis and Gene-wise Variant Burden (GVB) analysis. We then performed a genom…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Primary ciliary dyskinesia (PCD), a disorder of motile ciliary dysfunction causing chronic respiratory infections, may also rarely present with aspects of non-motile ciliary dysfunction, including retinitis, central nervous system malformations, skeletal dysplasia, and sensorineural hearing loss. However, congenital microcephaly has not been previously associated with PCD.
METHODS: We identified three children with congenital microcephaly and chronic respiratory disease consistent with PCD. Comprehensive PCD diagnostic testing and whole exome sequencing were performed. Character…
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The SSPOP gene, currently classified as a pseudogene in the human genome, encodes the SCO-spondin protein, which plays an important role in human neurodevelopment, although its function remains poorly understood. In this study, we used trio-based whole exome sequencing to identify compound heterozygous SSPOP variants in four children from three unrelated families, including one pair of dizygotic twins. These children exhibited variable phenotypes, including variation in age of onset, seizure semiology, and response to antiseizure medications, along with neurodevelopmental disorders. We demonst…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
WNT7B-related pulmonary hypoplasia, diaphragmatic anomalies, anophthalmia/microphthalmia, and cardiac defects (PDAC) syndrome is rarely reported. To date, only two each nonsense and missense variants of WNT7B were identified in five pedigrees affected with a PDAC spectrum from two independent studies. Additionally, the gene-disease association between WNT7B and PDAC syndrome is not yet clarified in OMIM database. Here, the whole exome sequencing was used to identify biallelic novel loss-of-function (LoF) variants c.324C > G (p.Tyr108*) and c.668_669dup (p.Val224Argfs*6) of WNT7B in a fetus aff…
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/OBJECTIVES: Amelogenesis imperfecta (AI) is a heterogeneous group of rare hereditary conditions mainly affecting the quantity and … human AI families.
METHODS: We recruited AI families and performed mutational analysis using whole exome sequencing.
RESULTS: We identified compound heterozygous ITGB6 mutations in two families. In Family 1, a paternally transmitted nonsense mutation (NM_000888.5: c.1060C>T, p.(Gln354*)) and a maternally transmitted missense mutation (NM_000888.5: c.2 …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The clinical phenotype and pathogenic mechanism of 46,XY disorders of sex development (DSD) are complex, and several pathogenic variants are identified by next-generation sequencing. However, these variants currently require additional interpretation and validation prior to their application in 46,XY DSD diagnosis and clinical guidance.
RESULTS: Here, we identified three genetic variants in two 46,XY DSD patients by whole exome sequencing screening and Sanger sequencing validation. The pathogenicity of three genetic variants was identified by in silico analysis and functional expe…
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Primate-specific genes (PSGs), important contributors to the origin of adaptive evolutionary novelties, are abundantly expressed in the testis. However, the specific roles of PSGs in the male reproductive system of humans and other primates are largely unknown. Here, we employed whole-exome sequencing and identified deleterious variants of TFDP3, an X-linked PSG, in eight infertile men with oligoasthenoteratozoospermia. All of the male subjects harboring TFDP3 variants presented dramatic reductions in sperm concentration, motility, and abnormal sperm morphology. Furthermore, Tfdp3-knockdown (K…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Severe asthenozoospermia is a significant cause of male infertility, commonly associated with genetic defects affecting sperm motility. However, the specific genetic contributors remain underexplored.
OBJECTIVE: This study aimed to identify a genetic variant responsible for severe asthenozoospermia in two siblings and to evaluate the clinical validity of the gene-disease relationship between SPAG17 and this condition.
METHODS: Whole exome sequencing (WES) was performed on two siblings diagnosed with severe asthenozoospermia. Sperm motility and morphology were assessed through sta…
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Synonymous mutations, once regarded as silent, are increasingly recognized as pathogenic through disruption of mRNA splicing. Here, we report a prenatal case with classic features of Smith-Lemli-Opitz syndrome (SLOS), including increased nuchal translucency, enlarged kidneys, and fetal growth restriction. Whole-exome sequencing identified compound heterozygous DHCR7 variants: a previously reported missense variant, NM_001360.3:c.1220A > G (p.Asn407Ser), and a novel synonymous variant, NM_001360.3:c.963G > A (p.Gln321 =). Functional validation using minigene assays and patient-derived cDNA demo…
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Fanconi anemia (FA) is a rare autosomal recessive genetic disorder that typically presents with congenital malformations. The si … 5, 2023. The fetus was conceived via in vitro fertilization and embryo transfer (IVF-ET), and whole exome sequencing (WES) was performed on both the fetus and its parents. Following the guidelines established by the American Society for Medical Genetics and Genomics (ACMG), we interpreted the clinical significance of the identified mutant gene loci. San …
СтатьяКлинический случайОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Primary cilia are essential for skeletal development by coordinating key signalling pathways in osteoblasts and chondrocytes. While pathogenic variants in approximately 40 genes have been linked to skeletal ciliopathies, additional causative genes remain to be identified. Although DNAH10 is well characterised in motile cilia, its role in primary cilia remains unclear.
METHODS: Whole-exome sequencing was performed in two individuals with skeletal developmental abnormalities and identified biallelic DNAH10 variants. In vitro assays were used to assess the effects of these variants o…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Given the increasing number of diseases for which causative genes have been identified, we are facing the need for implementing comprehensive genome sequence analysis as a molecular diagnostic system for patients with hereditary diseases in daily clinical practice. We established a laboratory-developed test (LDT) with the implementation of whole-exome sequence analysis (WES) as the clinical sequencing system at an academic institution. WES was conducted on 81 patients with suspected hereditary disorders referred from clinical departments in our hospital from 2021 to 2024. Target genes were sel…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования