Artur Yakimovich works in the field of computational virology and applies machine learning algorithms to study host-pathogen interactions. In this mSphere of Influence article, he reflects on two papers "Holographic Deep Learning for Rapid Optical Screening of Anthrax Spores" by Jo et al. (Y. Jo, S. Park, J. Jung, J. Yoon, et al., Sci Adv 3:e1700606, 2017, https://doi.org/10.1126/sciadv.1700606) and "Bacterial Colony Counting with Convolutional Neural Networks in Digital Microbiology Imaging" by Ferrari and colleagues (A. Ferrari, S. Lombardi, and A. Signoroni, Pattern Recognition 61:629-640, …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Arboviruses such as West Nile, Zika, chikungunya, dengue, and yellow fever viruses have become highly significant global pathogens through unexpected, explosive outbreaks. While the rapid progression and frequency of recent arbovirus outbreaks is associated with long-term changes in human behavior (globalization, urbanization, climate change), there are direct mosquito-virus interactions which drive shifts in host range and alter virus transmission. This review summarizes how virus-mosquito interactions are critical for these viruses to become global pathogens at molecular, physiological, evol
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hepatitis B virus (HBV) infection remains a major public health problem worldwide with more than 240 million individuals chronically infected. Current treatments can control HBV replication to a large extent, but cannot eliminate HBV infection. Cytokines have been shown to control HBV replication and contribute to HBV cure in different models. Cytokines play an important role in limiting acute HBV infection in patients and mediate a non-cytolytic clearance of the virus. In this review, we summarize the effects of cytokines and cytokine-induced cellular signaling pathways on different steps of
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАResearch Support, N.I.H., IntramuralПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rift Valley fever virus (RVFV) is a mosquito-borne arbovirus causing severe disease in humans and ruminants. Spread of RVFV out of Africa has raised concerns that it could emerge in Europe or the USA. Virus persistence is dependent on successful infection of, replication in, and transmission to susceptible vertebrate and invertebrate hosts, modulated by virus-host and vector-virus interactions. The principal accepted theory for the long-term maintenance of RVFV involves vertical transmission (VT) of virus to mosquito progeny, with the virus surviving long inter-epizootic periods within the egg
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although a normal member of the gastrointestinal and vaginal microbiota, group B Streptococcus (GBS) can also occasionally be the cause of highly invasive neonatal disease and is an emerging pathogen in both elderly and immunocompromised adults. Neonatal GBS infections are typically transmitted from mother to baby either in utero or during passage through the birth canal and can lead to pneumonia, sepsis, and meningitis within the first few months of life. Compared to the adult immune system, the neonatal immune system has a number of deficiencies, making neonates more susceptible to infection
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Toxoplasma gondii, an intracellular protozoan parasite, has a striking predilection for infecting the Central Nervous System and has been linked to an increased incidence of a number of psychiatric diseases. Several in vitro and in vivo studies have shown that T. gondii infection can affect the structure, bioenergetics and function of brain cells, and alters several host cell processes, including dopaminergic, tryptophan-kynurenine, GABAergic, AKT1, Jak/STAT, and vasopressinergic pathways. These mechanisms underlying the neuropathology of latent toxoplasmosis seem to operate also in schizophre
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The spread of drug resistance represents a significant challenge to many disease control efforts. The evolution of resistance is a complex process influenced by transmission dynamics between hosts as well as infection dynamics within these hosts. This study aims to investigate how these two processes combine to impact the evolution of resistance in malaria parasites. We introduce a stochastic modelling framework combining an epidemiological model of Plasmodium transmission and an explicit within-human infection model for two competing strains. Immunity, treatment and resistance costs are inclu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hendra virus (HeV) causes potentially fatal respiratory and/or neurological disease in both horses and humans. Although Australian flying-foxes of the genus Pteropus have been identified as reservoir hosts, the precise mechanism of HeV transmission has yet to be elucidated. To date, there has been limited investigation into the role of haematophagous insects as vectors of HeV. This mode of transmission is particularly relevant because Australian flying-foxes host the bat-specific blood-feeding ectoparasites of the genus Cyclopodia (Diptera: Nycteribiidae), also known as bat flies. Using molecu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Wolbachia is an intracellular endosymbiont infecting most arthropod and some filarial nematode species that is vertically transmitted through the maternal lineage. Due to this primary mechanism of transmission, most studies have focused on Wolbachia interactions with the host germline. However, over the last decade many studies have emerged highlighting the prominence of Wolbachia in somatic tissues, implicating somatic tissue tropism as an important aspect of the life history of this endosymbiont. Here, we review our current understanding of Wolbachia-host interactions at both the cellular an
СтатьяОбзорПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dengue virus (DENV) is a human threat of increasing importance. Although a tetravalent vaccine has been recently approved, owing to limited efficacy there is still an urgent need for antiviral drugs to prevent or treat DENV infections. Traditionally, antiviral drug discovery has focused on molecules targeting viral factors. However, thus far the identification of direct-acting antiviral drugs with potent DENV pan-serotypic activity has been problematic. An alternative are host-targeting antiviral drugs that hold great promise for broad-spectrum activity. In this review, we summarize cellular f
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Autophagy is a conserved lysosomal recycling process, which maintains cellular homeostasis during stress and starvation conditions by degrading and recycling proteins, lipids, and carbohydrates, ultimately increasing nutrient availability in eukaryotes. An additional function of autophagy, termed xenophagy, is to detect, capture, and destroy invading microorganisms, such as viruses, bacteria, and protozoa, providing autophagy with a role in innate immunity. Many intracellular pathogens have, however, developed mechanisms to avoid xenophagy and have evolved strategies to take advantage of selec
СтатьяОбзорПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Adaptation is a common theme in both pathogen emergence, for example, in zoonotic cross-species transmission, and pathogen control, where adaptation might limit the effect of the immune response and antiviral treatment. When such evolution requires deleterious intermediate mutations, fitness ridges and valleys arise in the pathogen's fitness landscape. The effect of deleterious intermediate mutations on within-host pathogen adaptation is examined with deterministic calculations, appropriate for pathogens replicating in large populations with high error rates. The effect of deleteri
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Entomopathogenic fungi and their insect hosts represent a model system for examining invertebrate-pathogen coevolutionary selection processes. Here we report the characterization of competing components of an arms race consisting of insect protective antimicrobial compounds and evolving fungal mechanisms of detoxification. The insect pathogenic fungus Beauveria bassiana has a remarkably wide host range; however, some insects are resistant to fungal infection. Among resistant insects is the tenebrionid beetle Tribolium castaneum that produces benzoquinone-containing defensive secretions. Reduce
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human fungal pathogen Cryptococcus neoformans is able to rapidly and effectively adapt to varying conditions, favoring its survival in the environment and in the infected host. Many microbial phenotypes have been specifically correlated with virulence in this opportunistic pathogen, such as capsule production, melanin formation, and the secretion of various proteins. Additionally, cellular features such as the cell wall and morphogenesis play important roles in the interaction of this fungus with host immune recognition and response pathways. Survival in the face of host stress also requir
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Given the critical roles of inflammation and programmed cell death in fighting infection, it is not surprising that many bacterial pathogens have evolved strategies to inactivate these defences. The causative agent of infant diarrhoea, enteropathogenic Escherichia coli (EPEC), is an extracellular, intestinal pathogen that blocks both inflammation and programmed cell death. EPEC attaches to enterocytes, remains in the gut lumen and utilizes a type III secretion system (T3SS) to inject multiple virulence effector proteins directly into the infected cell, many of which subvert host antimicrobial
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cystic echinococcosis is a significant parasitic disease in Iran, where a variety of animals act as intermediate hosts. In this study, 25 isolates of Echinococcus granulosus obtained from water buffalo from various parts of Iran were characterized on the basis of the morphology of the metacestode and the adult worm. The characteristics of protoscoleces from the different studied areas were nearly similar. They showed 2 rows of alternating large and small hooks and their shapes were smooth in outline. In contrast to the protoscoleces, the adult rostellar hooks showed a rough outline. The result
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
New drugs are urgently needed for the treatment of tropical and subtropical parasitic diseases, such as African sleeping sickness, Chagas' disease, leishmaniasis and malaria. Enzymes in polyamine biosynthesis and thiol metabolism, as well as polyamine transporters, are potential drug targets within these organisms. In the present review, the current knowledge of unique properties of polyamine metabolism in these parasites is outlined. These properties include prozyme regulation of AdoMetDC (S-adenosylmethionine decarboxylase) activity in trypanosomatids, co-expression of ODC (ornithine decarbo
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the summer of 2009, high levels of mortality among white clawed crayfish Austropotamobius pallipes were observed in 3 watercourses of central Italy. PCR and culture methods were used to detect the causative agent of the disease. Two strains of Aphanomyces spp. were isolated and identified by PCR and DNA sequencing as Aphanomyces astaci and A. repetans. This is the first crayfish plague outbreak in Italy to be confirmed by the isolation in culture of a pathogen from Austropotamobius pallipes.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Conidial germination and the formation of appressoria are important events in the interactions between entomopathogenic fungi and their arthropod hosts. In this study, we demonstrate the effects of lipids extracted from tick epicuticle and the surface of a mammalian host (calf) on conidial germination and the development of appressoria in two subspecies of Metarhizium anisopliae, M. anisopliae var. anisopliae (M.an.an.-7) and M. anisopliae var. acridum (M.an.ac.-5), which have different levels of virulence toward ticks. Pentane extracts of epicuticles of ticks susceptible and resistant to fung
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the past decades impressive knowledge has been accumulated concerning the basic mechanisms of interactions between intracellular bacteria and their host cells. Comparatively little is known on the metabolic requirements necessary for efficient replication of these bacteria within their specific host cell compartments. Recent developments in functional genomics have led to more extensive studies of the metabolic aspects that may be crucial for understanding the pathogenesis of intracellular bacteria. Here we summarize our present knowledge on the physiology of L. monocytogenes with emphasis
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования