Metal ions are essential cofactors for many proteins and play a crucial role in many applications such as enzyme design or design of protein-protein interactions because they are biologically abundant, tether to the protein using strong interactions, and have favorable catalytic properties. Computational design of metalloproteins is however hampered by the complex electronic structure of many biologically relevant metals such as zinc . In this work, we develop two tools - Metal3D (based on 3D convolutional neural networks) and Metal1D (solely based on geometric criteria) to improve the locatio
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sunflower meal is an abundant but underutilized plant protein source. Recent studies have demonstrated that its amyloid fibrils exhibit exceptional functional properties, yet the atomic-level structural basis remains unknown. The first cryo‑electron microscopy (cryo‑EM) structures of sunflower amyloid fibrils prepared under acidic heating conditions are presented. Two distinct polymorphs (PM1 and PM2) are resolved at 3.05 and 3.18 Å, respectively. They differ markedly in both helical half-pitch (389 Å for PM1 vs. 1087 Å for PM2) and handedness (left-handed for PM1 vs. right-handed for PM2). Hi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the literature archive, the intestinal microbiome is now considered as a discrete organ system. Despite living symbiotically with the human body, the gut microbiome is represented as potential drug targets because of its ability to modify the pharmacokinetics of orally administered drugs. Structural biology analysis indicates the existence of homology between transport proteins of microbial cells and membranes of enterocytes. It is speculated that structural similarity in the protein transporters may provoke an unwanted phenomenon of drug uptake by the gut microbiome present in the small in
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The seven serologically distinct Clostridium botulinum neurotoxins (BoNTs A-G) are zinc endopeptidases which block the neurotransmitter release by cleaving one of the three proteins of the soluble N-ethylmaleimide-sensitive-factor attachment protein receptor complex (SNARE complex) essential for the fusion of vesicles containing neurotransmitters with target membranes. These metallopeptidases exhibit unique specificity for the substrates and peptide bonds they cleave. Development of countermeasures and therapeutics for BoNTs is a priority because of their extreme toxicity and potential misuse
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Type-II feline infectious peritonitis virus (FIPV-II) is a lethal alphacoronavirus, whose high homology with the human coronavirus CCoV-HuPn-2018 carries the risk of potential zoonotic FIPV-II transmission to humans. FIPV-II infects felids using cat aminopeptidase N (cAPN) as its cell-entry receptor, but the molecular details remain unclear. Here, we resolved cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the spike (S) trimer of a representative FIPV-II strain 79-1146 (FIPV-1146), and of its complex with cAPN. The reconstructions reveal structural transitions of the S protein between the "st
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Maple syrup urine disease (MSUD) is a rare metabolic autosomal recessive disorder caused by dysfunction of the branched-chain α-ketoacid dehydrogenase (BCKDH) complex. Mutations in the BCKDHA, BCKDHB and DBT genes are responsible for MSUD. The current study analyzed seven Iranian MSUD patients genetically and explored probable correlations between their genotype and phenotype.
METHODS: The panel of genes, including BCKDHA, BCKDHB and DBT, was evaluated, using routine the polymerase chain reaction (PCR)-sequencing method. In addition, protein modeling (homology and threading modeli
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cyanobacteria are often the dominant phototrophs in polar freshwater communities; yet, the phages that infect them remain unknown. Here, we present a genomic and morphological characterization of cyanophage S-EIV1 that was isolated from freshwaters on Ellesmere Island (Nunavut, High Arctic Canada), and which infects the polar Synechococcus sp., strain PCCC-A2c. S-EIV1 represents a newly discovered evolutionary lineage of bacteriophages whose representatives are widespread in aquatic systems. Among the 130 predicted open reading frames (ORFs) there is no recognizable similarity to genes that en
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cytochrome P450 (CYP) 7B1 is a steroid cytochrome P450 7α-hydroxylase that has been linked directly with bile salt synthesis and hereditary spastic paraplegia type 5 (SPG5). The enzyme provides the primary metabolic route for neurosteroids dehydroepiandrosterone (DHEA), cholesterol derivatives 25-hydroxycholesterol (25-HOChol), and other steroids such as 5α-androstane-3β,17β-diol (anediol), and 5α-androstene-3β,17β-diol (enediol). A series of investigations including homology modeling, molecular dynamics (MD), and automatic docking, combined with the results of previous experimental site-direc
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA rearrangements are important in genome function and evolution. Genetic material can be rearranged inadvertently during processes such as DNA repair, or can be moved in a controlled manner by enzymes specifically dedicated to the task. DNA transposases comprise one class of such enzymes. These move DNA segments known as transposons to new locations, without the need for sequence homology between transposon and target site. Several biochemically distinct pathways have evolved for DNA transposition, and genetic and biochemical studies have provided valuable insights into many of these. Howeve
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent concerns over the potential use of variola virus-commonly known as smallpox-and other orthopox viruses as weapons of bioterrorism have increased research efforts towards creating new antiviral drugs and safer more effective vaccines. Here we introduce a new resource for structural information of poxvirus proteins: the poxvirus proteomics database (PPDB). In the PPDB, we leverage recently developed bioinformatics structure prediction tools on a genomic scale and provide results in a publicly accessible format. The current version of the system contains both experimentally determined and
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Two strains of recently isolated Venezuelan equine encephalitis (VEE) complex virus from southern Brazil, avirulent for 6- to 8-week-old mice and short-haired guinea pigs, were characterized by biologic, serologic, and biochemical means. They were shown serologically to represent a single, newly recognized variant of subtype I. Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) of ribonuclease T1 digests of viral ribonucleic acid showed considerable homology between the genomes of the new variant prototype and variant IA. Three structural proteins were visualized by discontinuous sodium
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Melatonin receptors are Class A G protein-coupled receptors (GPCRs) that regulate a plethora of physiological activities in response to the rhythmic secretion of melatonin from the pineal gland. Melatonin is a key regulator in the control of circadian rhythm and has multiple functional roles in retinal physiology, memory, immunomodulation and tumorigenesis. The two subtypes of human melatonin receptors, termed MT1 and MT2, utilize overlapping signaling pathways although biased signaling properties have been reported in some cellular systems. With the emerging concept of GPCR dimerization, mela
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nearly half of the genes in the Plasmodium falciparum genome have not yet been functionally investigated. We used homology-based structural modeling to identify multiple copies of Armadillo repeats within one uncharacterized gene expressed during the intraerythrocytic stages, PF3D7_0410600, subsequently referred to as P. falciparum Armadillo-Type Repeat Protein (PfATRP). Soluble recombinant PfATRP was expressed in a bacterial expression system, purified to apparent homogeneity and the identity of the recombinant PfATRP was confirmed by mass spectrometry. Affinity-purified α-PfATRP rabbit antib
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: To explore the molecular genetic cause of a four-generation autosomal dominant congenital cataract family in China.
METHODS: Targeted region sequencing was performed to screen for the potential mutation, and Sanger sequencing was used to confirm the mutation. The homology model was constructed to identify the protein structural change, PolyPhen-2 and Provean were used to predict the mutation impact. Functional and cellular analysis of the wild and mutant GJA8 were performed in DF-1 cells by western blotting, dye uptake assay, immunofluorescence, Annexin V-FITC staining.
RESULTS:
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The bacterial pathogen Listeria monocytogenes spreads within human tissues using a motility process dependent on the host actin cytoskeleton. Cell-to-cell spread involves the ability of motile bacteria to remodel the host plasma membrane into protrusions, which are internalized by neighboring cells. Recent results indicate that formation of Listeria protrusions in polarized human cells involves bacterial antagonism of a host signaling pathway comprised of the scaffolding protein Tuba and its effectors N-WASP and Cdc42. These three human proteins form a complex that generates tension at apical
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myhre syndrome is a developmental disorder characterized by reduced growth, generalized muscular hypertrophy, facial dysmorphism, deafness, cognitive deficits, joint stiffness, and skeletal anomalies. Here, by performing exome sequencing of a single affected individual and coupling the results to a hypothesis-driven filtering strategy, we establish that heterozygous mutations in SMAD4, which encodes for a transducer mediating transforming growth factor β and bone morphogenetic protein signaling branches, underlie this rare Mendelian trait. Two recurrent de novo SMAD4 mutations were identified
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Longus is a long pilus produced by human enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) which shares significant structural and biochemical features with class-B type-4 pili. These pili include the toxin-coregulated pilus (TCP) of Vibrio cholerae, the bundle-forming pilus (BFP) of enteropathogenic E. coli and both longus and the colonization factor antigen III (CFA/III) of ETEC. These pili are produced under defined growth conditions indicating that they are under the control of different regulatory elements. While TCP is chromosomally encoded, the remaining pili are encoded on large virulence plasmi
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The identification of target structures is a prerequisite for the development of new treatment options, like antibody based therapy, against methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA). In this study we identified immunodominant structures which were expressed in vivo during sepsis caused by MRSA. Using human sera we compared the immune response of humans with MRSA sepsis with the immune response of normal individuals and asymptomatically colonized individuals. We identified and characterized four staphylococcal specific antigenic structures. One target is a staphylococcal protein of 29
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The TATA-binding protein (TBP) is an essential component of the eukaryotic transcriptional machinery, yet little is known about the structure, evolution, and functional divergence of TBP paralogs in parasitic flatworms. Here, we performed a comprehensive comparative analysis of TBP1 and TBP2 across cestode species of medical and veterinary relevance. Using genomic annotation, multiple sequence alignment, homology modeling, phylogenetics, electrostatic potential mapping, and protein - DNA docking complemented with molecular dynamics (MD) simulations, we reveal that both paralogs maintain a high
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) vaccines protect the public and limit viral spread. However, inactivated viral vaccines use the whole virus particle, which contains many non-capsid proteins that may cause adverse immune responses. A report has found that the ADP-ribose-binding domains of SARS-CoV-2 non-structural protein 3 (NSP3) and human poly(ADP-ribose) polymerase family member 14 (PARP14) share a significant degree of homology. Here, we further show that antibodies against 2019 novel SARS-like coronavirus (SARS-CoV-2) NSP3 can bind human PARP14 protein. However, when G159R + G162R muta
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования