In the present study, the prevalence of chromatin instability in the fertilizing-competent sperm population in the porcine oviduct in vivo was examined through qualitative analysis of the chromatin structure status of accessory boar sperm found in in vivo-derived embryos. The binding of chromatin-unstable sperm to oviductal epithelium in vitro was also studied. To examine the sperm chromatin state, a modified fluorescence microscopic sperm chromatin structure assay was used. Among a population of 173 fertile boars, individuals were selected for according to their chromatin status: 25 animals s…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Random assortment within mammalian genomes juxtaposes genes with distinct expression profiles. This organization, along with the prevalence … o not trigger reciprocal activation of hGH-N. Here we utilized DNase I hypersensitive site mapping, chromatin immunoprecipitation, and transgenic models to explore the basis for this asymmetric relationship. The results reveal tissue-specific patterns of chromatin structures and transcriptional controls at the CD79b/GH locus in B cells distinct from those i …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lead (Pb) alters sperm chromatin condensation (CC) and the mechanisms are investigated. During spermatogenesis, protamines replace histones and disulfide bonds formation during epididymal maturation condense the chromatin. We evaluated sperm Pb uptake in testis and epididymis and the effects on CC in mice (0.06% Pb(2+)/16 weeks/drinking water). Spermatozoa from caput epididymis (CP) and cauda epididymis-vas deferens (CE-VD) were obtained and CC was measured by SCSA. Lead levels in spermatozoa from CP were lower than those from CE-VD, and correlated with a decreased CC, while Pb in CE-VD sperma…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The yeast transcriptional coactivator GCN5 (yGCN5), a histone acetyltransferase (HAT), is part of large multimeric complexes that are required for chromatin remodeling and transcriptional activation. Like other eukaryotes, the malaria parasite DNA is organized into nucleosomes and the genome encodes components of chromatin-remodeling complexes. Here we show that GCN5 is conserved in Plasmodium species and that the most homologous regions are within the HAT domain and the bromodomain. The Plasmodium falciparum GCN5 homologue (PfGCN5) is spliced with three introns, encoding a protein of 1,464 re…
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While liquid-liquid phase separation (LLPS) is understood to be relevant with various types of cancers, the relationship between LLPS and gastric cancer (GC) remains ambiguous. In this study, we demonstrate that the basic leucine zipper ATF-like transcription factor (BATF) shows increased DNA-binding activity and expression in GC tissues and cell lines, based on assay for transposase-accessible chromatin sequencing (ATAC-seq) and RNA sequencing (RNA-seq) analyses. Additionally, in GC cells, BATF forms droplet-like nuclear condensates. Using combined approaches of chromatin immunoprecipitation …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Homeobox (HOX) genes and their encoded DNA-binding homeoproteins are important regulators of developmental processes and have been implicate … phenotypes. In addition, our molecular analyses suggest that CCCTC-binding factor (CTCF)-associated chromatin changes and DNA methylation status at the HOXD locus contribute to coordinated regulation of HOXD1 and HOXD8 expression in BC cells. Collectively, our findings support a potential tumor-suppressive role for HOXD1 and HOXD8 in TNBC and suggest that t …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Crossing-over between maternal and paternal chromosomes during meiosis relies on the maturation of recombination intermediates within the synaptonemal complex (SC). These events unfold within a hierarchically organized environment, in which linear arrays of chromatin loops are anchored to the axes of meiotic chromosomes. Yet, how chromatin organization is integrated with crossover maturation remains poorly understood. Here, we identify the nucleosome remodeler CHD1 as a previously unrecognized component of the mammalian SC. CHD1 localizes at the interface of synapsed homologs through direct in…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genomic methods for profiling multiple chromatin features face tradeoffs in specificity, sensitivity, and the ability to measure chromatin co-occupancy in rare cell types and primary tissues. Here, we present CoCUT&Tag, which uses synthetic antigen-peptide repeats paired with nanobodies to enhance Tn5 transposase targeting and enable single-cell measurement of the co-occupancy of two chromatin features on the same DNA molecule. We apply CoCUT&Tag to test the model that bivalent chromatin, marked by the coexistence of H3K27me3 and H3K4 methylation, preserves stem-cell multipotency by keeping de…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Identifying cell states that drive clinical phenotypes is crucial for dissecting regulatory landscapes, pathogenesis, and targeted therapies of disease in single-cell assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (scATAC-seq). Here, we present PACells, a framework that links clinical phenotypes from bulk ATAC-seq data with individual cells from scATAC-seq data to identify critical cell states at single-cell resolution. PACells outperforms other methods in predicting cells and molecular signatures associated with disease and gene mutation. PACells discerns clinical cell states and…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromatin folding during interphase is organized in a compact, fractal-like manner with minimal entanglements. Experimental studies estimate a mass (Hausdorff) fractal dimension of df ≈ 2.77, similar-yet not equal-to the prediction of the fractal globule model df = 3. While the fractal globule model describes a densely packed linear polymer with no crosslinking, a variety of crosslinks are ubiquitous in in vivo chromatin architecture, originating from, e.g., complexes such as cohesin and condensin associated with the structural maintenance of the chromosome family, lamin-A proteins, and other …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC) poses a significant clinical challenge due to its insidious onset, aggressive biological behavior, and propensity for early metastasis, contributing to a dismal 5-y survival rate of less than 10%. Despite advances in understanding the dynamic changes in gene regulatory networks and chromatin landscapes during tumorigenesis, the functional interplay between RNA epitranscriptomic modifications and nuclear events in ICC remains poorly elucidated. Here, we identify N-acetyltransferase 10 (NAT10), the writer for N4-acetylcytidine (ac4C) mRNA modification, as a …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The FAcilitates Chromatin Transcription (FACT) complex, comprising structure-specific recognition protein 1 (SSRP1) and suppressor of Ty 16 (SPT16), plays a key role in regulating gene transcription by facilitating ATP-independent nucleosome assembly. SSRP1 contains an HMG domain that binds to DNA and regulates cell proliferation, apoptosis, and DNA repair. However, its role in plant development remains poorly understood. In this study, we identified a mutant, small kernel 301 (smk301), characterized by reduced kernel size and semi-dwarfism. Map-based cloning revealed that the mutation affects…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ribosomal DNA (rDNA) repeats are regulated by DNA methylation, histone modifications, nucleosome occupancy, and nucleolar organization. Here, we used a data-driven ChIP-seq background-subtraction strategy to re-examine epigenetic profiles at rDNA repeats and found that Daxx and Atrx are preferentially enriched in the promoter and coding regions of silent rDNA. Daxx depletion in mouse embryonic fibroblasts reduced rDNA-associated H3K9me3 and DNA methylation, increased UBF occupancy, and shifted silent rDNA toward a transcription-permissive chromatin state. However, bulk rRNA transcription did n…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In soybean (Glycine max (L) Merr.), the circadian clock orchestrates rhythmic molecular, metabolic, and physiological processes that determine yield potential and restrict cultivars to a narrow latitudinal range. However, the role of dynamic chromatin states in rhythmic transcription remains elusive. Here, we integrated time-series assay for transposase-accessible chromatin using sequencing, chromatin immunoprecipitation sequencing, and RNA-seq to map the genome-wide circadian chromatin accessibility landscape under free-running conditions in soybean. We identified 11 core co-oscillation group…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Class-level recognition, whereby receivers learn signaller cues and associate them with class-specific information such as familiarity, guid … n RNA-sequencing and H3K27ac profiling at 0, 30, and 120 min, linking behaviour, transcription, and chromatin state. Behaviourally, familiarisation reduced time spent near the familiar client. At the molecular level, transcriptomic profiles varied across time points, with early differences in genes related to synaptic release and chemosensory processes, fol …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Repression of DNA damage repair by PARP inhibitors (PARPi) has shown great efficacy in cancer treatment. However, therapy resistance remains a significant clinical challenge.
RESULTS: Here, we demonstrate that the N6-methyladenosine (m6A) modification of long interspersed nucleotide element-1 (LINE1, or L1) facilitates DNA damage repair in cancer cells, whereas removal of L1 m6A modifications enhances the sensitivity of both BRCA-wild-type and BRCA-mutant cells to PARPi. Specifically, following olaparib treatment, METTL3 accumulates on chromatin at non-damage sites, which results …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Migraine is a common and disabling neurological disorder, yet most causal regulatory variants and their target cell types remain unresolved. Disease-associated variants are enriched in non-coding cis-regulatory elements, indicating that they act by modulating gene regulation. Chromatin accessibility quantitative trait loci (caQTLs) capture genetic effects on these regulatory elements with cell-type resolution and can pinpoint the regulatory regions and cellular contexts mediating disease risk. However, brain cell type-specific caQTLs have not previously been integrated with migrain…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In Arabidopsis thaliana, the physiological functions and regulatory network of the transcription factor bZIP68 remain poorly understood. To investigate its potential functions and regulome, we integrated multiple publicly available omics datasets, including protein-protein interaction and co-expression networks, transcriptomic data from bzip68 mutants, bZIP68 ChIP-seq data, and ChIP-seq/DAP-seq and transcriptomic datasets for candidate regulatory factors. These integrated analyses suggested that bZIP68 is involved in floral morphology, flowering regulation, and responses to abiotic stress. Not
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования