Background: Identifying potential targets for bioactive compounds is crucial for elucidating the mechanisms of action and drug development. Methods: This study presents ComTarget, a computational tool that integrates 3D molecular shape similarity analysis (based on combined 3D descriptors, C3DD) with reverse docking to predict protein targets for small molecules. ComTarget screens against a library of 4429 unique protein targets derived from 26,272 PDB complexes. Results: Validation on benchmark datasets (DEKOIS 2.0 and DUDE-Z) demonstrated that the C3DD molecular similarity calculation method
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methylation reactions catalyzed by S-adenosylmethionine (SAM)-dependent methyltransferases are essential to numerous biological functions, including gene expression regulation, epigenetic modifications, and biosynthesis of natural products. Dysregulation of these enzymes is associated with diseases, including cancer and neurodevelopmental disorders, making them attractive drug targets. This review explores the contribution of computational methods, particularly quantum chemical calculations and molecular dynamics (MD) simulations, in elucidating the mechanisms of SAM-dependent methyltransferas
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polycystic Ovarian Syndrome (PCOS) is a multifaceted metabolic and hormonal condition that impacts women in their procreative ages, identified by ovarian dysfunction, hyperandrogenaemia overweight and insulin insensitivity. The piperine, an important alkaloid compound of black pepper has shown promise in modulating various physiological processes. In this work, employed computational docking studies to explore the potential of piperine as a treatment for PCOS. Utilizing computational methods, we analyzed the binding interactions between piperine and key molecular targets implicated in PCOS pat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Channels in the outer membrane of Gram-negative bacteria provide essential pathways for the controlled and unidirectional transport of ions, nutrients and metabolites into the cell. At the same time the outer membrane serves as a physical barrier for the penetration of noxious substances such as antibiotics into the bacteria. Most antibiotics have to pass through these membrane channels to either reach cytoplasmic bound targets or to further cross the hydrophobic inner membrane. Considering the pharmaceutical significance of antibiotics, understanding the functional role and mechanism of these
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) is a valuable source of bioactive compounds with therapeutic potential, including peptides, saponins, and polyphenols. In recent years, in silico tools have emerged as key strategies for predicting, characterizing, and optimizing the interactions of these compounds with relevant biological targets in pathologies such as hypertension, type 2 diabetes, cancer, and viral diseases. The objective of this work was to analyze recent studies on quinoa bioactive compounds and their interactions with biological targets using in silico approaches, as well as to discuss
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DFT methods in combination with NMR spectroscopy are used to investigate possible variants of the molecular structure of the ion pairs of the ionic liquid (IL) 1-ethyl-3-methylimidazolium tetrafluoroborate, [EMIM][BF(4)], in dichloromethane. According to the computations of the chemical shifts, experimental NMR spectra can be rationalized by an equilibrium between ca. 70-80% of structures with the anion positioned near to the C2 atom of the imidazolium ring and ca. 20-30% of structures with the anion close to the C5 and/or C4 atoms. The content of the latter structures, according to the comput
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The D3 dopamine receptor (D3R), a member of the G protein-coupled receptor family, plays a critical role in neurophysiological processes and has emerged as a potential target for treating neurological disorders such as Parkinson's disease. In this study, we employed computational approaches to investigate the molecular interactions of D3R with dopamine and two key dopamine precursors: L-DOPA and droxidopa. Molecular docking was conducted to evaluate binding affinities and identify key receptor-ligand interactions, followed by molecular dynamics simulations to assess the stability and dynamic b
СтатьяСравнительное исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Crystal and molecular structures of carbon disulfide CS(2) were investigated by molecular packing analysis with a computed dynamical model. This model includes thermal motions, molecular deformations, and anisotropic atomic repulsive interactions. Several crystalline structures with orthorhombic symmetry Cmca have been found by the calculation. The lowest energy structure agrees with the experimental one. The temperature dependence of the crystal structure parameters reproduces the general features and the particular increase with decreasing temperature of the lattice parameter c (and orientat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Jianghua Kucha black tea (JH), a distinct variety characterized by its high theacrine content, exhibits significant antidepressant potential, however, bridging its systemic metabolic benefits to specific molecular targets remains a major challenge. In this study, we integrated untargeted serum metabolomics with multi-scale computational biology to explore the potential mechanism of action of JH in a chronic unpredictable mild stress (CUMS) mouse model. Rather than acting through a single pathway, metabolomic profiling revealed that JH induced a comprehensive reprogramming of the circulatory me
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Breast cancer is a leading cause of mortality among women, emphasizing the need for novel therapeutic strategies. Targeting key receptors such as ERα, EGFR, and HER2 is critical for improving breast cancer treatments.
OBJECTIVE: This study aimed to identify potent Baloxavir derivatives with inhibitory potential against ERα, EGFR, and HER2 and evaluate their pharmacokinetic properties and stability through computational methods.
METHODS: A library of 72 Baloxavir derivatives was screened using molecular docking with AutoDock Vina. The top 32 compounds, ranked by binding affinity,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
What do we mean when we say 'gene expression'? In the decades following Crick's 1958 central dogma of molecular biology, whereby genetic information flows from DNA (genes) to RNA (transcripts) to protein (products), we have learned a great deal about DNA, RNA, proteins, and the ensuing phenotypic changes. With the advent of high-throughput technologies (1990s), molecular biologists and computer scientists forged critical collaborations to understand the vast amount of data being generated, rapidly escalating gene expression research to the 'omics' level: entire sets of genes (genomes), transcr
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The development of new molecular imaging techniques has bridged the gap between preclinical and clinical research. During the last decade, the developments in imaging strategies have taken a great leap by the advancements in new imaging scanners, development of pharmaceutical drugs, diagnostic agents, and new therapeutic regimens that made significant improvements in health care. The knowledge gained from imaging techniques in preclinical research can be applicable to the patients. Similarly, the problems from clinical studies with humans can be tested and studied in preclinical studies. The a
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In recent years, Molecular Dynamics (MD) simulations have emerged as a cornerstone in molecular biology and antiviral drug discovery, driven by the growing demand for high-resolution insights into biomolecular behaviour. This surge in relevance stems from the need to understand complex molecular mechanisms at an atomic scale, an area where traditional experimental techniques often face limitations. MD simulations offer a powerful computational framework capable of capturing the dynamic behaviour of proteases and other biomolecules with unparalleled spatial and temporal resolution. As a result,
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lethal Toxin Neutralizing Factor (LTNF) isolated from Opossum (Didephis virginiana) has been shown to exhibit anti-venom and anti-allergic property. The small synthetic peptide- LT10 derived from N-terminal of LTNF also showed this property in vivo. We applied molecular modeling, docking and molecular dynamic (MD) simulation techniques to compute the interaction of LT10 peptide with few snake venom enzymes, namely PLA2 from Naja naja and Atrolysin -C from Crotalus atrox. Our in silico interaction analyses provides molecular basis that might account for antivenom activity of LT10 peptide toward
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acetylcholinesterase (AChE) is the enzyme targeted by drugs used for the symptomatic treatment of cognitive decline associated with Alzheimer's disease. While in vitro data suggest the AChE inhibitory potential of A. fruticosa extracts and components such as rotenoids, in-depth mechanistic investigations are missing. A wide array of computational techniques, including ligand-based approaches, molecular docking, molecular dynamics, and machine learning-assisted toxicity prediction were enrolled in the current study, highlighting the rotenoid 6α,12α-dehydrodeguelin as a promising lead for the de
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Interleukin-1β (IL-1β) is a major pro-inflammatory cytokine that links innate immune sensing, inflammasome activation, and downstream inflammatory signaling. Dysregulated production or signaling of IL-1β contributes to a broad range of disorders, including monogenic autoinflammatory syndromes, rheumatic diseases, cardiovascular and metabolic disorders, and neurodegenerative conditions. Consequently, the IL-1β/interleukin-1 receptor type I (IL-1RI) signaling axis has emerged as an important therapeutic target in inflammatory and immune-mediated diseases. This review discusses the key molecular
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The solvation free energy (SFE) of molecules and ions is a fundamental property governing their solvation behavior and solubility. Molecular simulations offer a route to compute SFEs using alchemical free energy methods such as thermodynamic integration or free energy perturbation. However, these methods suffer from the infamous end-point singularity, which leads to numerical instability when atoms approach closely, a challenge that becomes particularly acute in ab initio and machine-learning molecular dynamics simulations. Here, we introduce the bubble method to calculate the SFEs of molecule
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The work provides computational insights into the binding mechanisms of pharmaceutical drugs Baloxavir Marboxil (BM), Dexamethasone (DM), and Remdesivir (RD) with SARS-CoV-2 protein using molecular docking, molecular dynamics (MD) simulations, and density functional theory (DFT) analyses. The aim is to identify strong inhibitors that can be repurposed as antiviral drugs. Molecular docking results indicate that BM exhibits the highest binding affinity (- 8.88 ± 0.57 kcal/mol), followed by DM and RD. According to ADMET profile, DM has better absorption and clearance, while BM and RD have hepatot
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The fruit of Melia toosendan Sieb. et Zucc. (MT) is known for its efficacy in relieving pain and treating roundworms. Toosendanin (TO) has been identified as a bioactive marker of MT, with hepatotoxic properties. This study offers a comprehensive investigation into the toxic mechanisms, involving TO-induced remaining DNA damage, cell cycle arrest, and the synergistic effect of autophagy flow disruption. It provides new insights into the clinical applications of MT and TO.
METHODS: TO was prepared at 50, 100, and 200 μM for a 48 h treatment of HepG2 cells, while zebrafish were admin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple myeloma (MM) is a hematological malignancy for which novel therapeutic strategies are urgently needed. Epimedokoreanin B (EKB), an isoprenylated flavonoid compound derived from the medicinal plant Epimedium koreanum, has demonstrated promising antitumor activity. However, its effects on MM have not been previously investigated. This study explores the anti-MM activity and the molecular interaction mechanisms between EKB and G-quadruplexes (G4) through a combination of biological activity assessments and computer-aided methodologies. EKB exhibits potent cytotoxicity against the MM cell
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования