Accurate diagnosis of post-neurosurgical bacterial infection of central nervous system is challenging due to the nonspecific nature of clinical signs and cerebrospinal fluid (CSF) parameters, which often overlap with sterile postoperative inflammation. This study aimed to develop and validate a stepwise diagnostic strategy integrating readily available clinical and basic laboratory indicators to improve the early identification of post-neurosurgical bacterial infection of the central nervous system. A retrospective cohort study was conducted at Tianjin Huanhu Hospital, a tertiary neurosurgical
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: The etiologic pathogen is unknown for many pediatric community-acquired pneumonia (CAP) cases. We aimed to identify the causes of CAP of unknown etiology (CAP-UKN) using broad-panel targeted next-generation sequencing (tNGS).
METHODS: A prospective surveillance study was conducted across 26 hospitals in Korea (September 2023 to November 2024). CAP cases with no identified pathogen were defined as CAP-NPD; cases wherein no pathogen or only human rhinovirus (HRV), human bocavirus (HBoV), human coronavirus (HCoV), or normal colonizing bacteria were detected were classified as CAP-UKN
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Treatment of chronic hepatitis B infection requires lifelong administration of nucleos(t)ide analogues with a high barrier to resistance and effective viral suppression. The major limitation of lifelong therapy is the possible selection of drug-resistant hepatitis B virus (HBV) strains. International Liver Society guidelines recommend that hepatitis B resistance testing must be performed by a reference laboratory.
OBJECTIVES: Performance of the deep sequencing-based ViroKey® SQ FLEX Genotyping Assay for the determination of HBV genotypes and resistance profiles were evaluated.
PA
СтатьяОценочное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The impact of hepatitis B virus (HBV) diversity and evolution on disease progression is not well-understood. This study aims to compare intra-individual viral evolution in two groups of chronic hepatitis B (CHB) patients, using antiviral treatment initiation as a measure of lack of immunological control. From the Danish Database for Hepatitis B and C (DANHEP), 25 CHB patients were included; 14 with antiviral treatment initiation (TI group), and 11 without (NTI group). For each patient, three serial plasma samples taken before potential treatment initiation were selected. HBV DNA was amplified
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Egypt has the highest global prevalence of hepatitis C virus (HCV), with genotype 4 (G4) in over 94% of cases. Direct-acting antivirals (DAAs) yield sustained virologic response (SVR) rates above 95%. Second-generation DAAs are recommended for patients with virological failure, achieving over 90% eradication. This study aimed to classify and evaluate the pattern of HCV resistance-associated substitutions (RASs) in patients who failed DAA treatment in Egypt. A total of 1778 chronically infected HCV patients from Egypt's Nile Delta were enrolled (2016-2018). Among them, 37 relapsed, and high-qua
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Dengue is a significant threat to human health in South and Southeast Asia where patients are treated without diagnostic confirmation during outbreaks. This approach, though cost-effective may miss important infections especially those caused by other arboviruses (e.g., Zika, Chikungunya and West Nile virus). This study aimed to diagnose missed infections mimicking dengue by using metagenomic next generation sequencing (mNGS).
METHODS AND PRINCIPAL FINDINGS: Total nucleic acid (DNA and RNA) was extracted and subjected to mNGS from acute infection plasma of 60 patients from a pro
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The etiology of fever of unknown origin (FUO) in sub-Saharan Africa often remains unexplained.
METHODS: We performed a retrospective laboratory-based observational study of 550 Guinean patients with FUO testing negative for Ebola virus from March to December 2014. Blood-borne pathogens were diagnosed by polymerase chain reaction (PCR) or reverse transcription-PCR (RT-PCR), serologic tests, and targeted and unbiased high-throughput sequencing (HTS).
RESULTS: In 275 of 550 individuals, we found evidence of ≥1 pathogen by molecular methods. We identified Plasmodium in 35.6% of patie
СтатьяНаблюдательное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate genotyping of Human papillomavirus (HPV) is essential for cervical cancer screening, prognostic risk assessment, and epidemiological surveillance. Conventional methods, such as Sanger sequencing and hybridization-based assays, often fail to detect mixed infections, particularly in cases involving DNA from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues. In this protocol, we present an optimized next-generation sequencing (NGS) based pipeline for comprehensive HPV genotyping. Our workflow includes a curated HPV reference database of 229 HPV genotypes and a proportional read-mapping alg
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Discriminating Crohn's disease (CD) with latent tuberculosis infection (LTBI) from intestinal tuberculosis (ITB) in tuberculosis-endemic regions remains challenging.
AIM: To assess whether targeted next-generation sequencing (tNGS) could be an efficient method for ITB diagnosis and discrimination from CD with LTBI.
METHODS: The study was conducted prospectively from September 2020 until December 2023. We recruited patients with undetermined intestinal ulcers and positive interferon-gamma release assay. We compared tNGS (using fresh biopsy tissue samples from ulcer bases) to patho
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The application value of metagenomic next-generation sequencing (mNGS) in detecting pathogenic bacteria was evaluated to promote the rational and accurate use of antibiotics. A total of 180 patients with severe infections were included in this study.
METHODS: Based on their different symptoms, bronchoalveolar lavage fluid (BALF) or blood samples were collected for conventional microbiological testing (CMT) and mNGS.
RESULTS: The results indicated that the etiological diagnosis rate of mNGS (78.89%) was significantly higher than that of CMT (20%) (p<0.001). Notably, mNGS exhibit
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Q (query) fever, caused by Coxiella burnetii, is often linked to negative bacterial cultures, with infective endocarditis with negative cultures difficult to diagnose and treat. Our case demonstrates that metagenomic next-generation sequencing (mNGS) is able to provide a rapid and accurate method for pathogenetic diagnosis in infectious diseases.
CASE PRESENTATION: A case of infective endocarditis with negative blood cultures is reported in a male patient with a history of sheep farming and previous aortic valve replacement and atrial septal defect atrial septal defect repair. Bloo
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Amebic liver abscess (ALA) is rare in Chinese population due to dietary habit. Nine Chinese HIV-seropositive men who have sex with men (MSM) with occurrence of amebic liver abscess (ALA) was retrospectively studied. Six participants had concurrent HIV/Syphilis and two had HIV/HCV. Symptoms primarily included fever, abdominal discomfort, and diarrhea. All participants showed intrahepatic abscesses, mainly in liver segments 6, 7, and 8, while two had additional extrahepatic amebic abscesses. Those with CD4 count < 100 cells/μL exhibited multiple and larger liver abscesses. Metagenomic Next-Gener
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: MD M2 (murine double minute-2) amplification via fluorescence in-situ hybridization (FISH) is the gold standard test used for confirming the diagnosis of atypical lipomatous tumor/well differentiated liposarcoma and dedifferentiated liposarcoma. It is also used as a screening test in high grade spindle cell or pleomorphic neoplasms. MDM2 FISH is considered positive for amplification when the MDM2/CEP12 ratio is greater than 2; however, a ratio between 2 and 3 is considered a "low-level" amplification and raises the possibility of a false positive result; thus, posing a diagnostic d
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The evolution of primary melanoma to lymph node and distant metastasis is incompletely understood. We examined the genomic diversity in melanoma progression in matched primary melanomas and lymph node and distant metastases from 17 patients. FISH analysis revealed cancer cell fractions with monotonic copy number alterations, including PHIP gain and PTEN loss, in the metastatic cascade. By contrast, the cancer cell fraction with copy number alterations for BPTF and MITF was reduced in lymph node metastases but increased in distant metastases. Separately, the cancer cell fraction with NCOA3 copy
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Follicular-patterned thyroid neoplasms comprise a diverse group of lesions that pose significant challenges in terms of differential diagnosis based solely on morphologic and genetic features. Thus, the identification of easily testable biomarkers complementing microscopic and genetic analyses is a highly anticipated advancement that could improve diagnostic accuracy, particularly for noninvasive follicular thyroid neoplasms with papillary-like nuclear features (NIFTPs). These tumors exhibit considerable morphological and molecular heterogeneity, which may complicate their distinction from str
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: This study aims to characterize the bacterial co-occurrence features and potential interactions associated with the presence of sinus tracts in apical periodontitis in a Chinese population by using 16S rRNA next-generation sequencing (NGS).
METHODS: Thirty-one samples from twenty-six patients were collected from root canals. Following the extraction of the bacterial DNA, the V3-V4 hypervariable regions of the 16S rRNA gene were sequenced. Compositional diversity, prominent taxa and co-occurrence network analysis were compared according to the presence or absence of sinus tracts.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/OBJECTIVES: Cystic fibrosis (CF) is one of the most common autosomal-recessive disorders worldwide. The incidence of CF depends on the prevalence of cystic fibrosis transmembrane conductance regulator gene (CFTR) mutations in the population, which is determined by genetic diversity and ethnicity.
METHODS: The search for the causes of mutations in the transmembrane conductance regulator gene (CFTR) was carried out using targeted next-generation sequencing (NGS) on the Illumina platform in patients with cystic fibrosis from the Republic of Bashkortostan (Russia), taking into account
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The purpose of this study was to analyze and molecularly describe the largest group of patients with ABCA4-associated retinal degeneration in Latin America. Pathogenic variants in ABCA4, a member of the ATP Binding Cassette (ABC) transporters superfamily, is one of the most common causes of inherited visual deficiency in humans. Retinal phenotypes associated with genetic defects in ABCA4 are collectively known as ABCA4-associated retinal degenerations (ABCA4R), a group of recessively inherited disorders associated with a high allelic heterogeneity. While large groups of Caucasian and Asiatic i
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Gallbladder cancer (GBC) is a biliary tract malignancy characterized by its high lethality. Although the incidence of GBC is low in most countries, specific areas such as Chile display a high incidence. Our collaborative study sought to compare clinical and molecular features of GBC cohorts from Chile and the United States with a focus on ERBB2 alterations.
METHODS: Patients were accrued at Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK) or the Pontificia Universidad Católica de Chile (PUC). Clinical information was retrieved from medical records. Genomic analysis was performed by the n
СтатьяСравнительное исследованиеПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND AIM: The T cell receptor (TCR) can recognize a vast number of antigens and is closely associated with the pathogenesis of various diseases including autoimmune diseases and malignancies. However, the clinical significance of the TCR repertoire and its post-treatment changes remain unclear in liver diseases.
METHODS: We performed next-generation sequencing (NGS)-based TCR analysis using DNA obtained from peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) of healthy donors (HD, n = 5), primary biliary cholangitis (PBC, n = 5), autoimmune hepatitis (AIH, n = 5), and hepatocellular carcino
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования