BACKGROUND: Organophosphate esters (OPEs) are widely used flame retardants and plasticizers prevalent in indoor air, dust, and water. Studies suggest prenatal OPE exposure is linked to adverse maternal and infant outcomes, but the biological mechanisms remain unclear.
METHODS: We examined associations between nine urinary OPE metabolites measured in the third trimester and DNA methylation in maternal blood from 175 pregnant women in the MADRES cohort. 837,856 CpGs were profiled using the Illumina EPIC array. We assessed the effect of each OPE (in tertile or detection status) and the joint eff
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Childhood obesity has reached epidemic levels in developed countries and is an emerging concern in developing regions. Children with excess weight are more likely to maintain this condition over time into adulthood and face a higher risk of developing metabolic disorders such as type 2 diabetes, hypertension, metabolic dysfunction-associated liver disease, and dyslipidemia. Early identification of obesity risk is, therefore, a key public health challenge. Methods: This is an observational, prospective, single-center cohort pilot study in 66 mother-infant dyads recruited at the Gyne
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Existing epigenome-wide association studies (EWAS) investigating the association between DNA methylation (DNAm) and child neurodevelopment have been predominantly conducted within Western populations, and yielded inconsistent results, leading to a significant gap within non-Western setting, particularly in resource-limited rural areas of Central China.
OBJECTIVES: To investigate the association between altered epigenome-wide DNAm and neurodevelopment in preschool children from resource-limited rural areas of Central China.
METHODS: This case-control study involved 64 preschoolers
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: DNA methylation is a dynamic epigenetic mechanism that occurs at cytosine-phosphate-guanine dinucleotide (CpG) sites. Epigenome-wide association studies (EWAS) investigate the strength of association between methylation at individual CpG sites and health outcomes. Although blood methylation may act as a peripheral marker of common disease states, previous EWAS have typically focused only on individual conditions and have had limited power to discover disease-associated loci. This study examined the association of blood DNA methylation with the prevalence of 14 disease states and th
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bovine viral diarrhea virus (BVDV) infection during early gestation results in persistently infected (PI) immunotolerant calves that are the primary reservoirs of the virus. Pathologies observed in PI cattle include congenital defects of the brain, heart, and bone as well as marked functional defects in their immune system. It was hypothesized that fetal BVDV infection alters T cell activation and signaling genes by epigenetic mechanisms. To test this, PI and control fetal splenic tissues were collected on day 245 of gestation, 170 days post maternal infection. DNA was isolated for reduced rep
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Several epigenome-wide association studies (EWAS) of ambient particulate matter with aerodynamic diameter ≤ 2.5 µm (PM2.5) have been reported. However, EWAS of PM2.5 elements (PEs), reflecting different emission sources, are very limited.
OBJECTIVES: We performed EWAS of short- and intermediate-term exposure to PM2.5 and 13 PEs. We hypothesized that significant changes in DNAm may vary by PM2.5 mass and its elements.
METHODS: We repeatedly collected blood samples in the Normative Aging Study and measured leukocyte DNA methylation (DNAm) with the Illumina HumanMethylation450K Bead
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The expression of DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKc) is highly variable in smokers and reduced enzyme activity has been associated with risk for lung cancer. An in vitro model of lung pre-malignancy was used to evaluate the role of double-strand break DNA repair capacity in transformation of hTERT/CDK4 immortalized human bronchial epithelial cells (HBECs) and reprograming of the epigenome. Here we show that knockdown of DNA-PKc to levels simulating haploinsufficiency dramatically reduced DNA repair capacity following challenge with bleomycin and significantly increased tr
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rationale: Oncogenic STAT3 signaling activation and 3p22-21.3 locus alteration are common in multiple tumors, especially carcinomas of the nasopharynx, esophagus and lung. Whether these two events are linked remains unclear. Our CpG methylome analysis identified a 3p22.2 gene, DLEC1, as a methylated target in esophageal squamous cell (ESCC), nasopharyngeal (NPC) and lung carcinomas. Thus, we further characterized its epigenetic abnormalities and functions. Methods: CpG methylomes were established by methylated DNA immunoprecipitation. Promoter methylation was analyzed by methylation-specific P
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Breast cancer represents the most prevalent malignancy among women globally, with a rising incidence of metastases to the central nervous system. The presence of brain metastases is associated with a poor prognosis, largely due to the limited availability of effective treatment modalities.
METHODS: In this preliminary study, we performed an epigenome-wide DNA-methylation analysis of matched primary breast cancer and brain metastasis of the same patients applying the Illumina Infinium EPIC Bead Chip interrogating more than 850,000 CpG sites at single base resolution.
RESULTS: We
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Gestational diabetes mellitus (GDM) is a prevalent metabolic disorder that adversely affects pregnant women and their growing fetuses. Evidence suggests that genetic and epigenetic modifications, such as DNA methylation, may contribute to the disease phenotype. This study aimed to identify GDM-related hub-methylated genes involved in GDM pathogenesis.
METHODS: RNA-seq transcriptomic-wide data (GSE203346) and microarray epigenomic-wide data (GSE106099) were obtained from the Gene Expression Omnibus. Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA) and differential gene expressi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: To investigate individual susceptibility to periodontitis by conducting an epigenome-wide association study using peripheral blood.
MATERIALS AND METHODS: We included 1077 African American and 457 European American participants of the Atherosclerosis Risk in Communities (ARIC) study who had completed a dental examination or reported being edentulous at Visit 4 and had available data on DNA methylation from Visit 2 or 3. DNA methylation levels were compared by periodontal disease severity and edentulism through discovery analyses and subsequent testing of individual CpGs.
RESULTS: Our di
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Arsenic (As) contamination in groundwater is responsible for numerous adverse health outcomes among millions of people. Epigenetic alterations are among the most widely studied mechanisms of As toxicity. To understand how As exposure alters gene expression through epigenetic modifications, a systematic genome-wide study was designed to address the impact of multiple important single nucleotide polymorphisms (SNPs) related to As exposure on the methylome of drinking water As-exposed rural subjects from Pakistan. Urinary As levels were used to stratify subjects into low, medium and high exposure
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Preeclampsia (PE) is a pregnancy disorder characterized by high blood pressure and proteinuria that can cause adverse health effects in both mother and fetus. There is no current cure for PE other than delivery of the fetus/placenta. While the etiology is unknown, poor placentation due to aberrant signaling of growth and angiogenic factors has been postulated as a causal factor of PE. In addition, environmental contaminants, such as the metal cadmium (Cd), have been linked to placental toxicity and increased risk of developing PE. Here, we use a translational study design to investigate genomi
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide association studies have identified numerous genetic variants statistically significantly associated with body mass index (BMI). However, the functional mechanisms underlying most associations between single nucleotide polymorphisms (SNPs) in non-coding regions and BMI remain poorly understood. Here, we implemented an integrative 7-criterion quantitative scoring system (gene localization, histone modifications, transcription factor binding sites (TFBS), SNP clouds, tissue expression patterns, evolutionary conservation, and COVID-19 associations) to prioritize putative functional lo
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Investigating the physiological regulation of the epigenome using genetically engineered mouse models, with a focus on heterochromatic regions of DNA, presents two major challenges: (i) the isolation and preparation of high-quality nuclei from tissue for analysis, (ii) the computational considerations for repetitive regions of the genome. Here we outline the experimental methods for tissue procurement and cryopreservation used in our laboratory, and the steps for nuclei isolation, which can be used for several downstream epigenomic and transcriptomic applications, including ATAC-seq, CUT&RUN,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Quantitative measures of autism spectrum disorder (ASD)-related traits can provide insight into trait presentation across the population. Previous studies have identified epigenomic variation associated with ASD diagnosis, but few have evaluated quantitative traits. We sought to identify DNA methylation patterns in child blood associated with Social Responsiveness Scale score, Second Edition (SRS).
METHODS: We conducted an epigenome-wide association study of SRS in child blood at approximately age 5 in the Study to Explore Early Development, a case-control study of ASD in the Unit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Juxtaglomerular cell tumor (JxGCT) is a rare type of renal neoplasm demonstrating morphologic overlap with some mesenchymal tumors such as glomus tumor (GT) and solitary fibrous tumor (SFT). Its oncogenic drivers remain elusive, and only a few cases have been analyzed with modern molecular techniques. In prior studies, loss of chromosomes 9 and 11 appeared to be recurrent. Recently, whole-genome analysis identified alterations involving genes of MAPK-RAS pathway in a subset, but no major pathogenic alterations have been discovered in prior whole transcriptome analyses. Considering the limited
СтатьяМногоцентровое исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
STUDY QUESTION: Is the age of onset of pubertal markers related to subsequent changes in DNA methylation (DNAm)?
SUMMARY ANSWER: We identified 273 cytosine-phosphate-guanine (CpG) dinucleotides in girls and 67 CpGs in boys that were related to puberty and that were replicable in two other investigations.
WHAT IS KNOWN ALREADY: Previously, 457 CpGs (not gender-specific) and 347 (in girls) and 50 (in boys), respectively, were found to be associated with puberty, according to investigations of studies from Denmark (20 girls and 31 boys) and North America (30 girls and 25 boys).
STUDY DESIGN SI
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Danforth's short tail (Sd) mice provide an excellent model for investigating the underlying etiology of human caudal birth defects, which affect 1 in 10 000 live births. Sd animals exhibit aberrant axial skeleton, urogenital and gastrointestinal development similar to human caudal malformation syndromes including urorectal septum malformation, caudal regression, vertebral-anal-cardiac-tracheo-esophageal fistula-renal-limb (VACTERL) association and persistent cloaca. Previous studies have shown that the Sd mutation results from an endogenous retroviral (ERV) insertion upstream of the Ptf1a gene
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования