BACKGROUND: Rifamycin is an important antibiotic for the treatment of infectious disease caused by Mycobacteria tuberculosis. It was found that in Amycolatopsis mediterranei U32, an industrial producer for rifamycin SV, supplementation of nitrate into the medium remarkably stimulated the yield of rifamycin SV. However, the molecular mechanism of this nitrate-mediated stimulation remains unknown.
RESULTS: In this study, RNA-sequencing (RNA-seq) technology was employed for investigation of the genome-wide differential gene expression in U32 cultured with or without nitrate supplementation. In t…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Traditional, knowledge-driven pathway annotations and bulk transcriptomic analyses often fail to capture the cellular specificity and mechanistic heterogeneity of immune responses. We present scImmuneCo, a comprehensive resource of immune cell-specific co-expression modules derived from single-cell RNA sequencing across 17 immunological conditions and 1.78 million cells. Using a modified graph-based framework, we constructed 873 robust modules spanning 7 major immune cell types, providing stable, cell-type-specific interaction networks for functional inference. scImmuneCo resolves complex biol
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Wheat stripe rust (yellow rust), a devastating disease caused by the phytopathogen Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), poses a major … s tested; stronger heat tolerance was observed in CYR34-8 with 67.40-77.40% germination at 9-16 °C. RNA-Seq analysis identified 89 differentially expressed genes (DEGs) associated with temperature sensitivity, and their expression patterns were validated by qRT-PCR. The DEGs were significantly enriched in ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesi …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The limited availability of genetic regulatory parts, especially terminators from non-model microorganisms, hampers precise gene regulation and the construction of efficient microbial cell factories. To address this problem, we developed a novel strategy for predicting and quantifying strong terminators genome-widely by integrating RNA-seq datasets with an insulated dual-reporter system. We validated 48, and 41 strong terminators in Zymomonas mobilis and Escherichia coli, respectively. Our results demonstrated notable cross-species compatibility of these terminators between the two bacteria an…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Central chondrosarcoma is the second most common primary malignant bone tumour, and grade progression markedly worsens prognosis. The contributions of lipid metabolic reprogramming and epigenetic co-dysregulation to grade progression remain poorly characterised. We integrated a bulk RNA-seq discovery cohort of 53 graded central chondrosarcomas (GSE299759) with a single-cell analysis of eight chondrosarcomas (GSE184118). Because the atypical cartilaginous tumour (ACT) and dedifferentiated groups each comprised only three samples, the Grade 3 versus Grade 2 contrast was pre-specified as the prim…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bulk RNA-sequencing of thoracic tumours is routine, but the T-cell receptor (TCR) repertoires it contains are rarely re-mined with a uniform pipeline, and library-prep compatibility for productive V-J-spanning assembly is rarely audited at the cohort level for non-small-cell lung cancer (NSCLC) and oesophageal squamous-cell carcinoma (ESCC).
OBJECTIVE: We built a reproducible, openly-released pipeline for productive T-cell-receptor β-chain (TRB) repertoire reconstruction from public thoracic-tumour RNA-seq, and extended it to immune-checkpoint-inhibitor (ICI)-associated cardiac im…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Kiwifruit is a dioecious woody liana fruit tree, and the non-fruitfulness of male plants leads to a great deal of blindness in the selection of male plants in crossbreeding. In this study, we induced the development of male plant ovary by externally applying plant growth regulators (PGRs) and performed histological observation, phytohormone content determination and transcriptome analysis on the abortive ovary of the male kiwifruit (Con), the ovary of the female kiwifruit (Fem) and the PGR-induced developing ovary of the male kiwifruit (PT). Histological analysis showed that the Con ovary was
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aging is associated with increased retinal cell apoptosis, which contributes to decreases in retinal function. Apoptotic retinal cell clearance relies on microglial efferocytosis, but the impact of aging on this process has not been fully elucidated. In this study, we aimed to shed light on this by using single-cell RNA sequencing (sc-RNA-seq) to compare young and aged mouse retinal transcriptional profiles, in which 74,412 retinal cells from young and aged mice were classified into 10 transcriptionally distinct retinal cell types, and differentially expressed genes between young versus aged r…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Global climate change and the greenhouse effect have accelerated the decline in semen quality of male animals. PIWI-interacting RNAs (piRNAs), a newly discovered class of non-coding RNAs, play a crucial role in spermatogenesis. However, the molecular mechanisms of piRNAs in testicular heat stress remain poorly understood. In this study, we analyzed the impact of environmental temperature on semen quality in mammals, using 23,385 data points from pigs as a representative species. We constructed a mouse testicular heat stress model and performed in vitro functional validation of selected piRNAs
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present a protocol for isolating highly purified crypt epithelial cells from the mouse intestine for single-cell RNA sequencing (scRNA-seq). Optimized for the mouse jejunum, it can be adapted to all intestinal tracts, including the colon. The pipeline incorporates automated community detection of cell populations (ACDC), a time- and memory-efficient Python package for automated graph-based optimal clustering of large scRNA-seq datasets. We demonstrate its usage to identify cellular populations in an intestinal stem cell dataset and generate publication-ready figures. For complete details on…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The lymphoid cycle serves as a sentinel of the immune response, yet the cell subtypes and immune properties within lymph fluid remain unclear. This study describes a comprehensive characterization of immune cells in rat lymph fluid using single-cell RNA sequencing, identifying a unique subset of CD4+ T cells (CD4_Icos) that suppresses inflammation in early sepsis. Trajectory analysis reveals that CD4+Icos+ T cells can differentiate into regulatory T cells (Tregs). Transferring CD4+Icos+ T cells alleviates CLP-induced organ injury, while CD4+ Icos-knockout (KO) mice show reduced Treg numbers, i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The pathogenesis of Sydenham chorea remains unclear. We report a 10-year-old girl presenting with subacute chorea and mild carditis followin … ort the B cell-mediated autoantibody hypothesis in Sydenham chorea. We highlight the potential of scRNA-seq in rare diseases to inform targeted therapies.
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Insulin deficiency in patients with type 2 diabetes mellitus (T2D) is associated with beta-cell dysfunction, a condition increasingly recognized to involve processes such as dedifferentiation and apoptosis. Moreover, emerging research points to a potential role for ferroptosis in the pathogenesis of T2D. In this study, we aimed to investigate the potential involvement of ferroptosis in the dedifferentiation of beta cells in T2D. We performed single-cell RNA sequencing analysis of six public datasets. Differential expression and gene set enrichment analyses were carried out to investigate the r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Acute pancreatitis (AP) is a clinically common acute abdominal disease, whose pathogenesis remains unclear. The severe patients usually have multiple complications and lack specific drugs, leading to a high mortality and poor outcome. Acinar cells are recognized as the initial site of AP. However, there are no precise single-cell transcriptomic profiles to decipher the landscape of acinar cells during AP, which are the missing pieces of jigsaw we aimed to complete in this study.
METHODS: A single-cell sequencing dataset was used to identify the cell types in pancreas of AP mice an
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aortic dissection (AD) represents a critical condition characterised by a tear in the inner lining of the aorta, leading to the leakage of blood into the layers of the aortic wall, posing a significant risk to life. However, the pathogenesis is unclear. In this study, scRNA-seq was applied to cells derived from aortas of both AD and non-AD donors (control) to unveil the cellular landscape. ScRNA-seq data uncover significant cellular heterogeneity in AD aortas. Specifically, we observed an accumulation of CD4+ T cells, which contributed to inflammation and cell death, and abnormal collagen form…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Type 1 diabetes mellitus (T1DM) is a prototypic endocrine autoimmune disease resulting from an immune-mediated destruction of pancreatic insulin-secreting β cells. A comprehensive immune cell phenotype evaluation in T1DM has not been performed thus far at the single-cell level.
METHODS: In this cross-sectional analysis, we generated a single-cell transcriptomic dataset of peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from 46 manifest T1DM (stage 3) cases and 31 matched controls.
RESULTS: We surprisingly detected profound alterations in circulatory immune cells (1784 dysregulated ge
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Muscle satellite cells (MuSCs) exert essential roles in skeletal muscle adaptation to growth, injury and ageing, and their functions are extensively modulated by microenvironmental factors. However, the current knowledge about the interaction of MuSCs with niche cells is quite limited.
METHODS: A 10× single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) was performed on porcine longissimus dorsi and soleus (SOL) muscles to generate a single-cell transcriptomic dataset of myogenic cells and other cell types. Sophisticated bioinformatic analyses, including unsupervised clustering analysis, marker …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
B-cell lymphoma/leukemia 11A (BCL11A) is highly expressed in B-cell non-Hodgkin lymphoma (B-NHL), blocks cell differentiation, and inhibits cell apoptosis. However, little is known about BCL11A in the proliferation, invasion, and migration of B-NHL cells. Here, we found increased expression of BCL11A in B-NHL patients and cell lines. Knockdown of BCL11A suppressed the proliferation, invasion, and migration of B-NHL cells in vitro and reduced tumor growth in vivo. RNA sequencing (RNA-seq) and KEGG pathway analysis demonstrated that BCL11A-targeted genes were significantly enriched in the PI3K/A…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Central poststroke pain (CPSP) induced by thalamic haemorrhage (TH) can be continuous or intermittent and is accompanied by paresthesia, which seriously affects patient quality of life. Advanced insights into CPSP mechanisms and therapeutic strategies require a deeper understanding of the molecular processes of the thalamus. Here, using single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq), we sequenced the transcriptomes of 32332 brain cells, which revealed a total of four major cell types within the four thalamic samples from mice. Compared with the control group, the experimental group possessed the hi…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования