Time- and cost-saving surveillance of viral pathogens is achieved by tiled sequencing in which a viral genome is amplified in overlapping PCR amplicons and qPCR. However, designing pan-specific primers for viral pathogens with high genomic variability represents a significant challenge. Here, we present a bioinformatics command-line tool, called varVAMP (variable virus amplicons), which addresses this issue. It relies on multiple sequence alignments of highly variable virus sequences and enables degenerate primer design for qPCR or tiled amplicon whole genome sequencing. We demonstrate the uti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In 2023, a global increase in invasive group A streptococcal disease (GAS) caused serious illness and death. The North Eastern Public Health Unit (NEPHU) in Victoria, Australia, identified an outbreak of GAS in a school in July 2023; we investigated to describe the epidemiology, to identify risk factors for severe disease, and to implement control measures. We defined confirmed cases as those with laboratory, clinical and epidemiological evidence. Probable cases had clinical evidence with an epidemiological link to a confirmed case but no laboratory evidence. Absentee data were collated for st
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tuberculosis (TB) is a serious respiratory disease posing significant public health threats, such as the variation in Mycobacterium tuberculosis (M.tb) lineages and their associated drug resistance across regions. In 2022, clinical data and culture-positive TB samples were collected from the Third People's Hospital in Wuzhou, China. M.tb drug resistance and lineage were analyzed using whole-genome sequencing, while logistic regression was applied to identify factors influencing patient outcomes. Among 169 strains analyzed, an overall drug resistance rate of 23.1% was observed. Multidrug-resist
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tuberculosis remains a leading cause of infection-related mortality, and efforts to reduce its incidence have been hindered by an incomplete understanding of local Mycobacterium tuberculosis transmission dynamics. Advances in pathogen sequencing and spatial analysis have created new opportunities to map M tuberculosis transmission patterns more precisely. In this scoping review, we searched for studies combining pathogen genetics and location data to analyse the spatial patterns of M tuberculosis transmission and identified 142 studies published between 1994 and 2024. Secular changes in geneti
СтатьяScoping ReviewПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drosophila melanogaster (Drosophila) is one of the most extensively studied animal models we have, with a broad, advanced, and organized research community. Yet, Drosophila has barely been exploited to understand the underlying mechanisms of mycobacterial infections, which cause some of the deadliest infectious diseases humans are currently battling. Here, we identified mycobacterial genes required for the pathogen's growth during Drosophila infection. Using Mycobacterium marinum (Mmar) to model mycobacterial pathogens, we first validated that an established mycobacterial virulence factor, Ecc
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Tuberculosis (TB), caused by the intracellular bacterium Mycobacterium tuberculosis complex (Mtbc), remains a significant global health challenge, with Mtbc once again being the leading infectious killer worldwide. Despite over a century of research, the disease continues to pose a major threat, with an estimated one-fourth of the global population latently infected. According to the World Health Organization (WHO), approximately 1.3 million deaths were attributed to TB in 2024 alone. The emergence of multidrug-resistant (MDR) strains, resistant to isoniazid and rifampicin, and ext
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The bacteria Mycobacterium tuberculosis (MTB) cause tuberculosis (TB), which is still a major public health problem around the world. This is especially true now that drug-resistant forms of TB like Multi-Drug Resistant (MDR) and Extensively Drug-Resistant (XDR) are becoming more common. Traditional ways of diagnosing drug resistance take a lot of time and resources, which means they can't be used in places with few resources. Next-generation sequencing (NGS) advances give us a lot of genetic data that can show us changes that make bacteria resistant. But, understanding this compli
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: We conducted a multicenter retrospective study to characterize the clinical features of listeriosis and the genomic characteristics of causative Listeria monocytogenes isolates across Japan.
METHODS: In this retrospective observational cohort study, we enrolled all microbiologically confirmed listeriosis cases between Jan 1, 2011, and Dec 31, 2021. We collected the causative isolates and performed whole genome sequencing. The isolates were compared using Multi-locus Sequence Typing (MLST), core-genome MLST, and single-nucleotide polymorphism (SNP)-based phylogeny.
RESULTS: A tota
СтатьяМногоцентровое исследованиеНаблюдательное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
(1) Background: S. parasuis is a potential opportunistic zoonotic pathogen that can infect pigs, cattle, and humans, composed of former memb … e genes (ARGs) and analyzed mobile genetic elements (MGEs) in FZ1 and FZ2. (3) Results: Comparative genomics revealed that srtC, ctpV, and sugC may represent key virulence determinants in S. parasuis, although their pathogenic potential appears attenuated compared to serotype 2 S. suis. In addition, S. parasuis exhibited primary resistance to aminoglycosid …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Corynebacterium ulcerans is an emerging zoonotic pathogen which causes diphtheria-like infections. Although C. ulcerans is found in multiple domestic and wild animal species, most human cases are linked with pets. Our ability to decipher cross-host species transmission dynamics and to understand the emergence of clinically relevant clones (e.g., diphtheria toxin-positive) is currently hampered by a limited knowledge of C. ulcerans strain diversity and genome evolution. Here, we explore the genomic population structure and evolution of C. ulcerans with 582 isolates from diverse hosts and geogra
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA base modification is a common strategy used by bacteriophages to evade host immune detection. A prominent example is dU-DNA, where thymidine is globally replaced with 2'-deoxyuridine. Despite its widespread occurrence, dU-DNA's biosynthetic pathways and functional roles remain incompletely understood. Here, different enzymes supporting dU-DNA biosynthesis in phage PBS1, Roseophage DSS3_VP1, and Yersiniophage PhiR1-37 are identified and characterized. The dU nucleotide precursor is supplied by phage dCTP deaminases (Dcds). Thymidine nucleotides are degraded by dTMP phosphatases (Dtms) in PB
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: In May 2023, we investigated a cluster of neuromelioidosis notified from Tamil Nadu state in southern India to describe case characteristics and identify the infection source.
METHODS: We searched for probable cases presenting with fever and brainstem syndrome, supported by radiological findings suggestive of neuromelioidosis. Cases were confirmed by isolation of Burkholderia pseudomallei from tissue, blood, or cerebrospinal fluid (CSF), or by PCR. The cases were described by time (epidemic curve), place (spot map), and person (clinical characteristics). Infection sources and viru
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tandem amplification of genomic fragments is quite common in bacteria growing under stress conditions, while spontaneous genome amplification events are rare, unstable and generally poorly described. Plague pathogen Yersinia pestis is a unique microorganism that contains an enormous number of short repeat sequences in its genome and as a result is very prone to spontaneous genome rearrangements including large tandem genome amplification events. Eleven Y. pestis strains sequenced during this study and more than thousand read archives from SRA were analyzed in this study. It was shown that geno
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Identify specific Human Papilloma Virus (HPV) genomic status by HPV capture technique coupled with next-generation sequencing (NGS) in patients with early cervical cancer (ECC) regarding 2018 FIGO stages and correlate these statuses with prognosis. HPV sequencing by Capture technique coupled with NGS was performed on 34 tumors samples of ECC patients without histologically sentinel lymph node (SLN) metastasis in a retrospective study. NGS data were analyzed in our in-house VIROCAPT2 pipeline to determine precise HPV genomic status such as the complete sequence of HPV genome, its integration or
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Carbapenem resistance in Enterobacterales is a growing public health concern, primarily driven by carbapenemase enzymes such as OXA-48, VIM, NDM, and IMP. Among these, New Delhi Metallo-β-lactamase (NDM) has disseminated widely across various Enterobacterales species, including Salmonella Typhi, though reports remain rare.
CASE PRESENTATION: We report an 11-year-old boy from Bangalore with a 10-day history of high-grade fever, chills, rigors, and cough. Laboratory investigations revealed elevated CRP, normal CBC, and microcytic hypochromic anemia. A respiratory panel detected Huma
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella is one of the most prevalent foodborne and zoonotic pathogens threatening global public health and food safety. Salmonella enterica subspecies enterica serovar Abortusequi (S. Abortusequi) is frequently reported as the etiological agent of equine abortion, septicemia, and polyarthritis. Currently, comprehensive studies on the virulence traits, evolutionary dynamics, and genomic diversity of donkey S. Abortusequi are limited. In this study, we assessed the genomic epidemiology, antibiotic resistance, and pathogenic traits of a ST251 S. Abortusequi strain (XJP1), isolated from donkey,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: New Delhi metallo-β-lactamase is endemic in India and the gut may act as a reservoir of carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE). Maternal gut colonisation with blaNDM-harbouring CPE increases the risk of neonatal gut colonisation. This study aimed to assess the vertical transmission of CPE from pregnant mothers (rectal) to neonates (rectal and blood).
METHODS: Rectal samples were collected and processed for the presence of CPE, followed by bacterial identification and antibiotic susceptibility. Mother-neonate pairs colonised with the same species underwent pulsed-field gel e
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background. Diarrhoea remains a major threat to children in developing nations, with diarrhoeagenic Escherichia coli (DEC) being the primary causative agent. Characterizing prevalent DEC strains is crucial, yet comprehensive genomic analyses of major DEC strains, including enteropathogenic E. coli (EPEC), enteroaggregative E. coli (EAEC) and enterotoxigenic E. coli (ETEC), are lacking in India.Methods. We sequenced 24 EAEC and 23 EPEC strains from Indian patients with diarrhoea and conducted an extensive database search for DEC human isolates from India. Detailed phylogenetic analyses, virulen
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Therapies targeting human epidermal growth factor receptor 2 (HER2)-positive breast cancer significantly impact patient outcomes, quality of life, and health care systems. While chemotherapy and trastuzumab improve survival in early-stage HER2-positive breast cancer, variability in clinical and biological characteristics leads to different response to therapies and outcomes. Clinical guidelines provide general recommendations, but significant uncertainty persists in identifying an optimal treatment plan for individual patients. The HER2DX genomic test informs treatment decisions for stage 1-3
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: Endometriosis is a complex, multifactorial disease. Recent advances in molecular biology underscore that somatic mutations within the epithelial component of the normal endometrium, alongside aberrant epigenetic alterations within endometrial stromal cells, may serve as stimulators for the proliferation of endometriotic tissue within the peritoneal cavity. Nevertheless, pivotal inquiries persist: the deterministic factors driving endometriosis development in certain women while sparing others, notwithstanding comparable experiences of retrograde menstruation. Within this review, we endeav
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования