Epigenetic changes induced by environmental factors are increasingly relevant in cardiovascular diseases. The most frequent molecular compon … ardiac hypertrophy. These proteins modify the DNA covalently and induce changes in the structure of chromatin. The relationship between histones and DNA has a recognized control in the expression of genes conditioned by the environment and induces epigenetic variations. The epigenetic modifications that regulate pathological cardiac hypertrophy are performe …
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BAP1 is mutated or deleted in many cancer types, including mesothelioma, uveal melanoma, and cholangiocarcinoma. It is the catalytic subunit … away from its targets and stimulates H3K27me3 accumulation across the genome, leading to a general chromatin compaction. This provides evidence for a unifying model that resolves the apparent contradiction between BAP1 catalytic activity and its role in vivo, uncovering molecular vulnerabilities that could be useful for BAP1-related pathologies.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chromatin looping between regulatory elements and gene promoters presents a potential mechanism whereby disease risk variants affect their target genes. In this study, we use H3K27ac HiChIP, a method for assaying the active chromatin interactome in two cell lines: keratinocytes and skin lymphoma-derived CD8+ T cells. We integrate public datasets for a lymphoblastoid cell line and primary CD4+ T cells and identify gene targets at risk loci for skin-related disorders. Interacting genes enrich for pathways of known importance in each trait, such as cytokine response (psoriatic arthritis and psori…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Higher-order chromatin structure and DNA methylation are implicated in multiple developmental processes, but their relationship to cell state is unknown. Here, we find that large (>7.3 kb) DNA methylation nadirs (termed "grand canyons") can form long loops connecting anchor loci that may be dozens of megabases (Mb) apart, as well as inter-chromosomal links. The interacting loci cover a total of ∼3.5 Mb of the human genome. The strongest interactions are associated with repressive marks made by the Polycomb complex and are diminished upon EZH2 inhibitor treatment. The data are suggestive of the…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Liver cancer susceptibility varies amongst humans and between experimental animal models because of multiple genetic and epigenetic factors. … ns (B6C3F1 versus C57BL/6J). Integrated computational analyses of strain-selective changes in liver chromatin accessibility underlying PB response reveal differential epigenetic regulation of molecular pathways associated with PB-mediated tumor promotion, including Wnt/β-catenin signaling. Complementary transcription factor motif analyses reveal mouse strai …
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Recent technological advances have delivered the genome-wide targets of many important transcription factors (TFs). However, inc … and development. Since CRX binds more than 6000 sites across the genome in the retina, we profiled chromatin landscape changes at each binding site during normal development and in the absence of CRX and interpreted the results by thorough investigation of other epigenomic datasets and sequence features.
RESULTS: CRX is required for chromatin remodeling a …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genomic DNA is always associated with proteins that modulate the accessibility of the genetic information. This chromatin is the essential structure in which all nuclear activity from regulation to replication, transcription, and repair takes place. This dynamic structure can be most efficiently analyzed by using the method of chromatin immunoprecipitation (ChIP), where application of cell-permeable cross-linkers to living cells induces covalent bridging between proteins and adjacent DNA in the nucleus. After fragmentation of the DNA, the complexed proteins are isolated by binding to specific …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcription-regulating long non-coding RNAs (lncRNAs) have the potential to control the site-specific expression of thousands of target genes. Previously, we showed that Evf2, the first described ultraconserved lncRNA, increases the association of transcriptional activators (DLX homeodomain proteins) with key DNA enhancers but represses gene expression. In this report, mass spectrometry shows that the Evf2-DLX1 ribonucleoprotein (RNP) contains the SWI/SNF-related chromatin remodelers Brahma-related gene 1 (BRG1, SMARCA4) and Brahma-associated factor (BAF170, SMARCC2) in the developing mouse …
СтатьяResearch Support, American Recovery and Reinvestment ActПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
IFN-β is widely used in the treatment of multiple sclerosis, yet the mechanism facilitating its efficacy remains unclear. IL-2 production by activated T cells, including those mediating autoimmunity, and subsequent autocrine stimulation is vital for T cell expansion and function. In this study, we demonstrate that in mouse and human T cells, IFN-β specifically inhibits the production of IL-2 upon TCR engagement without affecting other cytokines or activation markers. Rather than disrupting TCR signaling, IFN-β alters histone modifications in the IL-2 promoter to retain the locus in an inaccess
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To test the hypothesis that autoantigen modifications by peptidylarginine deiminase type 4 (PAD-4) increase immunoreactivity.
METHODS: We assembled sera from patients with systemic lupus erythematosus (SLE), rheumatoid arthritis (RA), Felty's syndrome (FS), and antineutrophil cytoplasmic antibody-associated vasculitides (AAVs), as well as sera from control subjects without autoimmune diseases. The sera were tested for binding to activated neutrophils, deiminated histones, and neutrophil extracellular chromatin traps (NETs). IgG binding to lipopolysaccharide-activated neutrophils wa…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA methylation is an epigenetic modification that is implicated in transcriptional silencing. It is becoming increasingly clear that both correct levels and proper interpretation of DNA methylation are important for normal development and function of many organisms, including humans. In this review we focus on recent advances in understanding how proteins that bind to methylated DNA recognize their binding sites and translate the DNA methylation signal into functional states of chromatin. Although the function of methyl-CpG binding proteins in transcriptional repression has been attributed to…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Three-dimensional (3D) images of tissue blocs can be obtained through optical sectioning by a confocal scanning laser microscope and by piling up of consecutive confocal planes. These images offer the opportunity to quantitate biologic structures (i.e., nuclear chromatin) in 3D. Chromatin texture analysis is regarded as a key element in nuclear grading of malignant lesions. The present study introduced a new method of structural texture analysis of 3D chromatin distribution in cell nuclei. The method was assessed for its validity in a pilot study.
STUDY DESIGN: The study group cons…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aberrant three-dimensional genome organization is a hallmark of cancer, often driving oncogene activation through mechanisms such as enhancer hijacking. High-throughput chromosome conformation capture (Hi-C) maps these interactions on a genome-wide scale. Unlike earlier dilution-based methods, in situ Hi-C performs proximity ligation within intact nuclei, minimizing random ligation noise and enabling fine-scale structure detection. This chapter describes an optimized in situ Hi-C protocol tailored for cancer cell lines using MboI digestion and biotin-mediated pull-down to generate high-complex
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
SMCHD1 is a chromatin architectural protein linked to heterochromatin repression. Loss of function mutations of SMCHD1 cause facioscapulohumeral muscular dystrophy type 2 (FSHD2) through activation of the DUX4 transcription factor gene. However, it is unknown how SMCHD1 may regulate transcription independently of DUX4. Here, we show that SMCHD1 safeguards enhancer organization within the three-dimensional (3D) genome in human myoblasts. Loss of SMCHD1 leads to widespread gains in chromatin accessibility, aberrant transcription, and selective remodeling of myogenic transcription factor MYOD1 oc…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lung maturation involves intricate cellular differentiation and structural remodeling, yet the underlying epigenetic dynamics remain poorly characterized at single-cell resolution. Here we present HTL-ATAC-seq, an ultra-high-throughput, ligation-based single-cell ATAC-seq approach. Applying HTL-ATAC-seq to mouse lung tissue across 15 continuous postnatal time points, we construct a temporal chromatin accessibility atlas of 1,185,619 nuclei, identifying 129 distinct cell subclusters and 713,987 candidate chromatin regulatory elements. Temporal analysis reveals three distinct cellular maturation…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcription activation of genes by estrogen is driven by enhancers, which are often located within the same topologically associating doma … xpression peaked at 1 hr, while TFF3 reached its peak at 3 hr after TFF1 activation had diminished. Chromatin looping data indicated that the enhancer loops with the TFF1 gene but not TFF3, suggesting that TFF3 upregulation is not due to direct enhancer-promoter interactions. CRISPR deletion of the enhancer affected TFF1 transcription more acutely than TFF3 …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present targeted ATAC-see (tATAC-see), a visual genomics assay for site-specific chromatin profiling. By integrating the in situ visualization of ATAC-see with antibody-tethered tagmentation, tATAC-see captures chromatin states at defined protein-occupied domains with the simplicity of standard immunofluorescence. Modulating the spatial interaction radius of Tn5 via salt titration enables extended tagmentation of local chromatin environments near the target. We validated this imaging-based method by capturing the expanded chromatin neighborhoods of active euchromatin (H3K27ac, H3K4me3) alon…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования