BACKGROUND: Atherosclerosis is a lipid imbalance-induced autoimmune disease. Macrophages participate in the development and progression of atherosclerosis. Although numerous studies have utilized single-cell RNA sequencing to identify the role of various macrophage phenotypes in atherosclerosis, the macrophage subpopulations that have therapeutic benefits against atherosclerosis are not fully understood.
METHODS: In this study, a single-cell RNA sequencing analysis was performed on the F4/80+ macrophages of apolipoprotein E-deficient (Apoe-/-) mice on a normal diet (ND), a high-fat diet (HFD)
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The last several years have seen an increasing number of examples of transgenerational epigenetic inheritance, in which phenotypes are inher … ndividual embryo. Because of this invariant cell lineage, automated lineage tracing and single-cell RNA-seq can be employed to determine how transgenerational epigenetic inheritance from the germline affects developmental timing and cell fate. Unfortunately, difficulties with these techniques have severely limited their adoption in the community. Here, we …
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-sequencing (RNA-seq) efforts in acute lymphoblastic leukaemia (ALL) have identified numerous prognostically significant genomic alterations which can guide diagnostic risk stratification and treatment choices when detected early. However, integrating RNA-seq in a clinical setting requires rapid detection and accurate reporting of clinically relevant alterations. Here we present RaScALL, an implementation of the k-mer based variant detection tool km, capable of identifying more than 100 prognostically significant lesions observed in ALL, including gene fusions, single nucleotide variants an…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The underlying state of alterations in adipose tissue is hypothesized to be as a result of age-related changes. Young and aged mice have been documented to show distinct gene expression and distinct macrophage-specific adipose tissue regulation. However, more biological understanding is required to know the processes associated with these conditions in relation to the aging process. Transcriptional profiling with RNA-seq analysis was used to determine differentially expressed genes in young (2 months old) and aged (20 months old) mice macrophage-enriched phagocytic stromal vascular fractions o…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aimed to apply transcriptomics to determine how Molor-Dabos-4 (MD-4) protects healthy rats against indomethacin (IND)-induced gas … creased the superoxide dismutase (SOD) levels in ulcers and reduced pepsin, TNF-α, and IL-6 levels. RNA-seq analysis identified a number of target genes on which MD-4 could potentially act. Many of these genes were involved in pathways that were linked to anti-inflammatory and antioxidant responses, and other protective mechanisms for the gastric mucosa. …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Osteoarthritis (OA) is the most common degenerative joint disease primarily characterized by cartilage destruction. The aim of this study was to investigate the role, molecular characteristics and potential therapeutic target of chondrocyte ferroptosis in the pathogenesis of OA.
METHODS: The expression of ferroptotic hallmarks (iron and lipid peroxidation accumulation, glutathione deletion) were analyzed in paired intact and damaged cartilages from OA patients. Single cell RNA sequencing (scRNA-seq) analysis was performed on 17,638 chondrocytes to verify the presence, investigate …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pneumolysin is a major virulence factor of Streptococcus pneumoniae that plays a key role in interaction with the host during invasive disease. How pneumolysin influences these dynamics between host and pathogen interaction during early phase of central nervous system infection in pneumococcal meningitis remains unclear. Using a whole-animal in vivo dual RNA sequencing (RNA-seq) approach, we identify pneumolysin-specific transcriptional responses in both S. pneumoniae and zebrafish (Danio rerio) during early pneumococcal meningitis. By functional enrichment analysis, we identify host pathways …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Articular cartilage is a connective tissue lining the surfaces of synovial joints. When the cartilage severely wears down, it leads to osteoarthritis (OA), a debilitating disease that affects millions of people globally. The articular cartilage is composed of a dense extracellular matrix (ECM) with a sparse distribution of chondrocytes with varying morphology and potentially different functions. Elucidating the molecular and functional profiles of various chondrocyte subtypes and understanding the interplay between these chondrocyte subtypes and other cell types in the joint will greatly expan
СтатьяПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The development of multiple myeloma (MM) is considered to involve a multistep transformation process, but the role of cytogenetic abnormalities and molecular alterations in determining the cell fate of multiple myeloma (MM) remains unclear. Here, we have analyzed single cell RNA-seq data and bulk gene profiles to reveal a novel signature associated with MM development.
METHODS: The scRNA-seq data from GSE118900 was used to profile the transcriptomes of cells from MM patients at different stages. Pseudotemporal ordering of the single cells was performed using Monocle package to fea…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Subcutaneous panniculitis-like T-cell lymphoma (SPTCL) is a malignant primary T-cell lymphoma that is challenging to distinguish from autoimmune disorders and reactive panniculitides. Delay in diagnosis and a high misdiagnosis rate affect the prognosis and survival of patients. The difficulty of diagnosis is mainly due to an incomplete understanding of disease pathogenesis.
METHODS: We performed single-cell RNA sequencing of matched subcutaneous lesion tissue, peripheral blood, and bone marrow from a patient with SPTCL, as well as peripheral blood, bone marrow, lymph node, and lun
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The aim of this study was to identify the key differentially expressed genes (DEGs) and high-risk gene mutations in breast ductal carcinoma in situ (DCIS).
METHODS: Raw data (GSE36863) were downloaded from the database of Gene Expression Omnibus (GEO), including three DCIS samples (DCIS cell lines MCF10.DCIS, Sum102, and Sum225) and one normal control sample (normal mammary epithelial cell line MCF10A). The DEGs were analyzed using NOIseq and annotated via DAVID. Motif scanning in the promoter region of DEGs was performed via SeqPos. Additionally, single nucleotide variations (SNV
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Exposure of endocrine disrupting chemicals (EDCs) is closely related to induction of obesity, nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) and other lipid-metabolism diseases. Herein, we compared the effects of three EDCs exposure (triclosan, bisphenol A and fluorene-9-bisphenol) on lipid metabolism in zebrfish (Danio rerio). The differential lipid-metabolism disorders were analyzed in depth through RNA-Seq and qRT-PCR, as well as assessment of the relationship between lipid disorder and RNA methylation. Histopathological observation along with varying physiological and biochemical indexes all ide…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The liver is a unique organ that has a phenomenal capacity to regenerate after injury. Different surgical procedures, including partial hepatectomy (PH), intraoperative portal vein ligation (PVL), and associated liver partition and portal vein ligation for staged hepatectomy (ALPPS) show clinically distinct recovery patterns and regeneration. The observable clinical differences likely mirror some underlying variations in the patterns of gene activation and regeneration pathways. In this study, we provided a comprehensive comparative transcriptomic analysis of gene regulation in regenerating ra
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Activation of the adrenal gland stress response is of utmost importance to survive sepsis. Experimental and clinical evidence exists demonstrating that adrenal gland often develops functional and structural damage due to sepsis with mechanisms remaining largely unknown. In the present study, we have used RNA Sequencing (RNA-Seq) technology to analyze changes in adrenal transcriptome elucidated by bacterial LPS. We aimed to find particularly alterations in genes that were previously not reported to be involved in the adrenal gland dysregulation in contexts of sepsis. Our results demonstrate tha…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A subset of genetic variants found through screening of patients with hereditary breast and ovarian cancer syndrome (HBOC) and Lynch syndrome impact RNA splicing. Through target enrichment of the transcriptome, it is possible to perform deep-sequencing and to identify the different and even rare mRNA isoforms. A targeted RNA-seq approach was used to analyse the naturally-occurring splicing events for a panel of 8 breast and/or ovarian cancer susceptibility genes (BRCA1, BRCA2, RAD51C, RAD51D, PTEN, STK11, CDH1, TP53), 3 Lynch syndrome genes (MLH1, MSH2, MSH6) and the fanconi anaemia SLX4 gene,…
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Efficient transcriptomic sequencing of microbial mRNA derived from host-microbe associations is often compromised by the much lower relative abundance of microbial RNA in the mixed total RNA sample. One solution to this problem is to perform extensive sequencing until an acceptable level of transcriptome coverage is obtained. More cost-effective methods include use of prokaryotic and/or eukaryotic rRNA depletion strategies, sometimes in conjunction with depletion of polyadenylated eukaryotic mRNA. Here, we report use of Cappable-seq™ to specifically enrich, in a single step, Wolbachia endobact
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Keratinocyte (KC) hyper-proliferation and epidermal thickening are characteristic features of psoriasis lesions, but the specific contributions of KCs to plaque formation are not fully understood. This study used RNA-seq to investigate the transcriptome of primary monolayer KC cultures grown from lesional (PP) and non-lesional (PN) biopsies of psoriasis patients and control subjects (NN). Whole skin biopsies from the same subjects were evaluated concurrently. RNA-seq analysis of whole skin identified a larger number of psoriasis-increased differentially expressed genes (DEGs), but analysis of …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Chronic fatigue syndrome (CFS) remains poorly understood. Although infections are speculated to trigger the syndrome, a specific infectious agent and underlying pathophysiological mechanism remain elusive. In a previous study, we described similar clinical phenotypes in CFS patients and alternatively diagnosed chronic Lyme syndrome (ADCLS) patients—individuals diagnosed with Lyme disease by testing from private Lyme specialty laboratories but who test negative by reference 2-tiered serologic analysis.
METHODS: Here, we performed blinded RNA-seq analysis of whole blood collected fr…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Invasive phytoplasmas wreak havoc on coconut palms worldwide, leading to high loss of income, food insecurity and extreme poverty of farmers … ifera ecotype Malayan Red Dwarf in response to yellow decline phytoplasma from group 16SrXIV, using RNA-Seq technique. Transcriptomics-based analysis reported here identified genes involved in coconut innate immunity. The number of down-regulated genes in response to phytoplasma infection exceeded the number of genes up-regulated. Of the 39,873 differenti …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Gram-positive bacterium Listeria monocytogenes is the causative agent of listeriosis, a severe food-borne infection characterised by abo … he level of mRNA and non-coding RNAs (ncRNAs). We have used semiconductor sequencing technology for RNA-seq to investigate the repertoire of listerial ncRNAs under extra- and intracellular growth conditions. Furthermore, we applied a new bioinformatic analysis pipeline for detection, comparative genomics and structural conservation to identify ncRNAs. Wit …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования