Structural variants are critical to genetic diversity and disease, yet their detection remains challenging with conventional cytogenetic tec … oint resolution, maintaining robust performance with challenging samples, including formalin-fixed, paraffin-embedded tissues, and detecting mosaicism with high sensitivity. Furthermore, GPM reliably provided copy number and loss-of-heterozygosity profiles, streamlining workflows. GPM also uncovered 12 novel structural variants missed by standard methods, …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: We sought to present an alternative liquid-based cytologic (aLBC) and an agarose-based cell block (CB) preparation method for formalin-fixed fine-needle aspirations (FNAs), using breast cancer as a model, and to perform a validation procedure for immunohistochemical (IHC) assays.
METHODS: Between 2024 and 2025, 18 breast cancer FNA cases were collected and processed into agarose-based CB, and by applying the dropped reaspirated monolayer dried preparation method, into aLBC. Matched formalin-fixed, paraffin-embedded surgical specimens from the same patients served as gold-standard c…
СтатьяВалидационное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Chronic mesh infection is a severe implant-associated complication characterized by persistent inflammation and progressive tiss … s were collected and processed using standard histological techniques, including formalin fixation, paraffin embedding, and Hematoxylin-Eosin staining. Histopathological (HP) evaluation focused on inflammatory infiltrates, FBR, fibrotic response, and tissue remodeling.
RESULTS: HP examination consistently demonstrated foreign body granulomatous reaction c …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Torque teno virus (TTV) is a highly prevalent DNA virus in humans, but its role in carcinogenesis is not well understood. While human papillomavirus (HPV) is a well-established etiological agent in cervical cancer, co-infections with other viruses such as Epstein-Barr virus (EBV) or TTV may influence disease progression. We conducted a cross-sectional study using 94 formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) cervical tissue samples. These specimens were collected from women with cervical intraepithelial lesions (CINI-III) or squamous cell carcinoma (SCC) at the Clinical Hospital of the Universit…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Gastric cancer has a high incidence worldwide, affecting men more frequently than women. Treatment options remain limited in the … , and leiomyoma) to test different protocols aiming to improve tryptic digestion of formalin-fixed, paraffin-embedded tissues for in-situ proteomic analysis. The optimized digestion protocol improved peptide detection and spectral quality while preserving histological integrity. This protocol was employed to characterize a gastric cancer cohort (N = 97). M …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Many fungal species share overlapping morphologic features in tissue sections, preventing reliable identification and optimal treatment. We sought to determine whether immunohistochemistry (IHC) using a panel of commercially available antibodies could effectively distinguish between fungi commonly encountered in anatomic pathology specimens.
METHODS: Anti-Aspergillus, anti-Rhizopus, and anti-Candida IHC was performed on formalin-fixed, paraffin-embedded tissue sections from 24 cases with fungal infections identified by culture or sequencing (including 4 polyfungal infections).
RE…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: While Schistosoma japonicum is endemic in the Yangtze River Basin and parts of Yunnan and Sichuan provinces in China, Mangshi Ci … onfirmed.
FINDINGS: Rectal biopsy specimens from four suspected cases, preserved as formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues, were re-examined. Microscopy revealed egg-like structures resembling Schistosoma spp. in the specimens. Due to severe DNA degradation from long-term storage (6-16 years), a micro-library construction method was applied to tw …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Molecular diagnostics has become a critical component of precision oncology in solid tumors, including colorectal cancer, yet the use of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue often suffers from DNA degradation that compromises sequencing quality. This study aimed to evaluate the feasibility and effectiveness of using fresh, intraoperatively collected tumor tissue for next-generation sequencing-based molecular diagnostics in colorectal cancer. Methods: Tissue samples from 24 patients undergoing colorectal tumor resection were obtained based on macroscopic evaluation and te…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Scabies, caused by Sarcoptes scabiei var. hominis, remains difficult to confirm histologically when parasites are sparse or fragmented. Conventional microscopy is particular but limited by small sample size, tissue destruction, and observer dependence. Objective: To evaluate visible-near-infrared hyperspectral imaging (VIS-NIR HSI) as a label-free optical method for detecting S. scabiei in human skin sections and to assess its compatibility with routine HE staining. Methods: Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) skin tissue from six patients with histologically verified scabies …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Identifying cellular markers within archived formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissues is critical for understanding tissue landscapes impacting animal health, but in situ detection methods are limited in veterinary species by a restricted toolbox of species-compatible immunoreagents. We identify antibodies with conserved in situ reactivity to IBA-1 (macrophages/dendritic cells), CD3ε (T cells), Pax5 (B cells), Ki-67 (cycling cells), and cytokeratin type I/II (epithelial cells) in FFPE tissues of pigs, cattle, and white-tailed deer. Multiplexed brightfield detection (IBA-1/CD3ε/Pax5) in…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RATIONALE: Uterine carcinosarcomas (UCS) are rare aggressive biphasic tumors classified as a subtype of high-grade uterine carcinomas. Howev … t our Pathology Department over a period of 4 years. The diagnosis was performed on formalin-fixed, paraffin-embedded and hematoxylin and eosin-stained surgical specimens.
INTERVENTIONS: Nine surgically treated cases of UCS have been registered, representing 12.67% of all uterine malignancies with a mean age of 58.88 years (range: 50-65 years). Abdominal …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As adoptive cellular therapies become more commonplace in cancer care, there is a growing need to monitor site-specific localization of engi … adly applicable for detection of engineered cell products in both fresh and archival formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tissues. Using both traditional PCR and SYBR Green PCR protocols, we demonstrate the use of this WPRE-targeted assay to successfully detect two CAR-T cell and two TCR-T cell products in FFPE tissue. Standard curve analysis reported a …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: S-1, an oral fluoropyrimidine derivative, is standard adjuvant therapy for resected biliary tract cancer (BTC), based on the res … (DPD).
METHODS: The 5-FU metabolic pathway genes were measured in tumor cells from formalin-fixed paraffin-embedded resected specimens from 183 patients (surgery alone: n = 94; adjuvant S-1: n = 89). We randomly divided them into training (n = 96) and validation sets (n = 87) for evaluating the interaction between gene levels and RFS benefits in the trea …
СтатьяКлиническое исследование III фазыМногоцентровое исследованиеРандомизированное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Melanomas are rare yet the most aggressive skin cancer among Asians. Clinical presentation, risk factors, and the underlying molecular mechanisms are strikingly different from cutaneous melanoma in Caucasians.
METHODS: Mutation patterns of BRAF and NRAS genes were examined from DNAs derived from primary melanoma tumor tissues (fresh tissues or formalin-fixed paraffin-embedded samples) using pyrosequencing.
RESULTS: A total of 63 patients consisting of acral lentiginous melanoma (N=22, 34.9%) and nodular melanoma (N=41, 65.1%) were included in this study. Most patients were diagno…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aimed to analyze the human papillomavirus (HPV) genotype distribution in a large cohort of high-grade vaginal intraepithelial neoplasia (VaIN) (vaginal HSIL, VaIN2/3) patients from two Italian referral centers. We included all patients with histologically confirmed VaIN2/3 from the Department of Surgical Sciences, Sant'Anna Hospital, University of Torino, Torino, Italy, and Ospedale Maggiore della Carità, Novara, Italy, between 2003 and 2022. After the histological evaluation of formalin-fixed paraffin-embedded samples, we performed HPV genotyping with VisionArray HPV Chip 1.0. We d…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CONTEXT.—: Unlike B-cell acute lymphoblastic leukemia/lymphoma (ALL/LBL), there have been few therapeutic advances in T-cell ALL (T-ALL)/LBL, an aggressive ALL/LBL subtype.
OBJECTIVE.—: To perform a focused tissue array study to elucidate tumor markers of therapeutic potential in T-ALL/LBL.
DESIGN.—: Using immunohistochemistry, we evaluated expression of leukemic antigens of interest, specifically CC-chemokine receptor 4 (CCR4), among others, on available remnant diagnostic material, including tumor tissue slides obtained from formalin-fixed, paraffin-embedded preserved tissues.
RESULTS.—: …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Some forms of Sjögren's syndrome (SS) follow a clinical course accompanied by systemic symptoms caused by lymphocyte infiltration and proliferation in the liver, kidneys, and other organs. To better understand the clinical outcomes of SS, here we used minor salivary gland tissues from patients and examine their molecular, biological, and pathological characteristics. A retrospective study was performed, combining clinical data and formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples from female patients over 60 years of age who underwent biopsies at Okayama University Hospital. We employed direct d…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The detection of human papillomavirus (HPV) has several implications in the diagnostic work-up and management of oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC). The choice of HPV detection assay and testing algorithms differ across institutions and vary in cost, detection targets, technical feasibility, and turnaround time. In this study, we aimed to validate the VisionArray® HPV Chip for formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) samples of OPSCC using the previously applied standard pan-HPV DNA PCR assay as a reference.
METHODS: The validation cohort consisted of FFPE tissue sam…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Anastomotic stenosis caused by hypertrophic granulation tissue often develops in response to orthotopically implanted bioengineered tracheal grafts. To determine mechanisms responsible for the development and persistence of this granulation tissue, we looked for changes in gene expression from tissue specimens from the graft-native interface.
METHODS: RNA was isolated from paraffin-embedded tissue samples of the anastomotic sites of orthotopically implanted bioengineered tracheal grafts of 9 animals. Tissue samples were binned into 3 groups based on degree of stenosis: no stenosis …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: To further our understanding of the pathophysiology of spontaneous intracerebral hemorrhage (ICH) and related injury, we provided a postmortem neuropathological examination of acute microvascular lesions (microbleeds and microinfarcts) within the perihematomal area.
METHODS: We included all consecutive cases (2005-2019) from the Lille University Hospital brain bank of ICH patients who died within the first month. Paraffin-embedded tissue sections from the perihematomal area were processed for several stainings and immunolabelings to investigate the presence of acute microbleeds an…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования