Hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) remains a prevalent zoonosis in the Republic of Tatarstan (RT), Russian Federation. Puumala orthohantavirus (PUUV), carried by bank voles (Myodes glareolus), is the principal zoonotic pathogen of HFRS in the RT. In this study, we sought to demonstrate the similarity of the PUUV genetic sequences detected in HFRS case patients and bank vole samples previously collected in some areas of the RT. Furthermore, we intended to identify the reassortant PUUV genomes and locate a potential site for their emergence. During 2019 outbreaks, the PUUV genome seque
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reverse vaccinology (RV) consists in the identification of potentially protective antigens expressed by any organism starting from genomic information and derived from in silico analysis, with the aim of promoting the discovery of new candidate vaccines against different types of pathogens. This approach makes use of bioinformatics techniques to screen the whole genomic sequence of a specific pathogen for the identification of the epitopes that could elicit the best immune response. The use of in silico techniques allows to reduce dramatically both the time and cost required for the identifica
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Borrelia burgdorferi , a causative agent of Lyme disease, contains the most segmented bacterial genome known to date, with one linear chromosome and over twenty plasmids. How this unusually complex genome is organized, and whether and how the different replicons interact are unclear. We recently demonstrated that B. burgdorferi is polyploid and that the copies of the chromosome and plasmids are regularly spaced in each cell, which is critical for faithful segregation of the genome to daughter cells. Regular spacing of the chromosome is controlled by two separate partitioning systems that invol
ПрепринтСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Neisseria gonorrhoeae is a major public health problem due to increasing incidence and antimicrobial resistance. Genetic markers of reduced susceptibility have been identified; the extent to which those are representative of global antimicrobial resistance is unknown. We evaluated the performance of whole-genome sequencing (WGS) used to predict susceptibility to ciprofloxacin and other antimicrobials using a global collection of N. gonorrhoeae isolates.
METHODS: Susceptibility testing of common antimicrobials and the recently developed zolifodacin was performed using agar dilution
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Listeriosis is a severe foodborne infection caused by Listeria monocytogenes, an important foodborne pathogen of animals and humans. Listeriosis is a rare disease in cats.
OBJECTIVE: To describe the clinical, diagnostic imaging, histological, and microbiological features of L. monocytogenes-associated mesenteric lymphadenitis in a cat.
ANIMALS: Listeria monocytogenes-associated mesenteric lymphadenitis was confirmed in a cat by histology and microbiology.
RESULTS: Two distinct isolates of L. monocytogenes were cultured from the affected mesenteric lymph node and whole genome seq
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella Weltevreden is an emerging pathogen associated with human diarrhea, and knowledge of the genomics and epidemiology of this serovar is still limited. In this study, we performed whole-genome sequencing of 96 S. Weltevreden isolates recovered from diarrheal patients and 62 isolates from food animals in China between 2006 and 2017. Together, with an additional 199 genome sequences of S. Weltevreden published in NCBI, we performed an analysis on all 357 S. Weltevreden genome sequences. Our results demonstrated that the majority of S. Weltevreden from diarrheal patients from China (97.92…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The serovars of Salmonella enterica display dramatic differences in pathogenesis and host preferences. We developed a process (patent pending) for grouping Salmonella isolates and serovars by their public health risk. We collated a curated set of 12,337 S. enterica isolate genomes from human, beef, and bovine sources in the US. After annotating a virulence gene catalog for each isolate, we used unsupervised random forest methods to estimate the proximity (similarity) between isolates based upon the genomic presentation of putative virulence traits We then grouped isolates (virulence clusters)
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
STUDY DESIGN: Prospective study.
PURPOSE: To evaluate the utility of whole genome sequencing (WGS) in drug resistance testing, lineage of the organisms, and organism- related factors responsible for bacilli settling in the spine.
OVERVIEW OF LITERATURE: The workstream for the diagnosis of tuberculosis (TB) involves isolation and culture of the organism and drug resistance testing using phenotypic methods. Xpert MTB/RIF Ultra is a genetic-based method that detects for Mycobacterium tuberculosis DNA in the rpoB gene. Meanwhile, WGS is a newer genetic-based method that assesses the whole genome
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Canastra Minas Artisanal Cheese is produced in the Brazilian State of Minas Gerais using raw milk, rennet, and pingo, a natural endogenous starter culture (fermented whey) collected from the previous day's production. Due to the use of raw milk, the product can carry microorganisms that may cause foodborne diseases (FBD), including Staphylococcus aureus. Genomic characterization of S. aureus is an important tool to assess diversity, virulence, antimicrobial resistance, and the potential for causing food poisoning due to enterotoxin production. This study is aimed at exploring the genomic featu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Variable selection is crucial in high-dimensional omics-based analyses, since it is biologically reasonable to assume only a subset of non-n … ised fashion, showing the usefulness of the method in the context of signature discovery for cancer genomics. Moreover, the possibility to also perform uncertainty quantification plays a key role in the subsequent biological investigation.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Uveal melanoma (UM) is an aggressive intra-ocular cancer with a strong tendency to metastasize. Metastatic UM is associated with mutations in BAP1 and SF3B1, however only little is known about the epigenetic modifications that arise in metastatic UM. In this study we aim to unravel epigenetic changes contributing to UM metastasis using a new genome-wide methylation analysis technique that covers over 50% of all CpG's. We identified aberrant methylation contributing to BAP1 and SF3B1-mediated UM metastasis. The methylation data was integrated with expression data and surveyed in matched UM meta
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hepatic encephalopathy (HE) is a brain dysfunction associated with poor quality of life, increased morbidity and mortality. The pathogenesis of HE is still not fully clarified and effective therapeutic strategies are imperative. Among multiple factors that contribute to the pathophysiological process of HE, ammonia neurotoxicity is thought to be central in the pathogenesis of HE. Therefore, in this study, we subjected SH-SY5Y cells to ammonia insult and performed a pooled genome-wide CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/Cas9 (CRISPR-associated protein 9) knockout
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dental care-related fear and anxiety (DFA) is prevalent, affects oral health care utilization, and is related to poor oral health and decreased quality of life. In addition to learned and cultural factors, genetics is hypothesized to contribute to DFA. Therefore, we performed a genome-wide association study to identify genetic variants contributing to DFA. Adult and adolescent participants were from 4 cohorts (3 from the US-based Center for Oral Health Research in Appalachia, n = 1,144, 1,164, and 535, and the UK-based Avon Longitudinal Study of Parents and Children [ALSPAC], n = 2,078). Two s
МетаанализСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Treatment-resistant schizophrenia affects approximately 30% of individuals with the disorder. Clozapine is the medication of choice in treatment-resistant schizophrenia, but optimizing administration and dose titration is complex. The identification of factors influencing clozapine prescription and response, including genetics, is of interest in a precision psychiatry framework.
METHODS: We used linear regression models accounting for demographic, pharmacological, and clinical covariates to determine whether a polygenic risk score (PRS) for schizophrenia would be associated with t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Duchenne Muscular Dystrophy (DMD) is a rare disorder caused by mutations in the dystrophin gene. Recent availability in treatment for DMD raised the need of early screening in our center, but newborn screening (NBS) for DMD has not been carried out in Henan Province.
OBJECTIVES: To determine an optimal cutoff value through the quantitative determination of the creatine kinase isoform MM (CK-MM) concentration dried blood spot (DBS) to identify male DMD, and to evaluate assess the detection rate and mutation spectrum of DMD in Henan, China.
METHODS: The CK-MM level in DBS was measu
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Malaria is a life-threatening parasitic disease caused by members of the genus Plasmodium. The development and spread of drug-resistant strains of Plasmodium parasites represent a major challenge to malaria control and elimination programmes. Evaluating genetic polymorphism in a drug target improves our understanding of drug resistance and facilitates drug design. Approximately 450 and 19 whole-genome assemblies of Plasmodium falciparum and Plasmodium vivax, respectively, are currently available, and numerous sequence variations have been found due to the presence of single nucleotide polymorp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Important regulation occurs at the level of transcription in Plasmodium falciparum and growing evidence suggests that these apicomplexan parasites have complex regulatory networks. Recent studies implicate long noncoding RNAs (lncRNAs) as transcriptional regulators in P. falciparum. However, due to limited research and the lack of necessary experimental tools, our understanding of their role in the malaria-causing parasite remains largely unelucidated. In this work, we address one of these limitations, the lack of an updated and improved lncRNA annotation in P. falciparum.
RESULTS
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Non-inflammatory alopecia is a frequent skin problem in dogs, causing damaged coat integrity and compromised appearance of affected individuals. In this study, we examined the Cesky Fousek breed, which displays atypical recurrent flank alopecia (aRFA) at a high frequency. This type of alopecia can be quite severe and is characterized by seasonal episodes of well demarcated alopecic areas without hyperpigmentation. The genetic component responsible for aRFA remains unknown. Thus, here we aimed to identify variants involved in aRFA using a combination of histological, genomic, and transcriptomic
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pyruvate is an important energy substance during early embryonic development of mammals. However, the underlying mechanisms of pyruvate during early embryonic development in pigs and its role in zygotic genome activation (ZGA) are not fully understood. Here, based on a previous RNA-seq dataset of porcine early embryos, we found that pyruvate metabolism-related genes started to be expressed at the 4-cell stage and that pyruvate metabolism-related genes were correlated with porcine ZGA marker genes. To determine the function of pyruvate in porcine embryos, in vitro fertilization (IVF) embryos we
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide sequencing (GWS) is a standard of care for diagnosis of suspected genetic disorders, but the proportion of patients found to hav … and independently by a clinical laboratory using standard American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) criteria. Individuals were followed for an average of 5.1 years after testing, with clinical reassessment and reinterpretation of the GWS results as necessary. The multidisciplinary team established a diagnosis of genetic disease in 43.0% of …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования