The Hierarchical Editing Language for Macromolecules (HELM) provides a powerful framework for representing complex biomolecules, including peptides, oligonucleotides, and hybrid constructs, but existing tools for converting HELM notations to atomistic models suffer from limitations in speed, scope, and robustness. We introduce helmkit, an open-source Python library that enables direct, high-throughput conversion of HELM strings to RDKit molecular objects. Designed for general macromolecular structures, helmkit supports peptides, nucleic acids, chemical linkers, and hybrids, while natively hand
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The development of therapeutic agents with dual bioactivity represents a promising strategy in modern drug discovery. In this study, we report the design, synthesis, and characterization of a novel series of pyrazole-thiazolidine hybrids (5a-f). The chemical structures of all synthesized compounds were unequivocally confirmed through comprehensive spectroscopic analysis. The entire series was evaluated for its in vitro biological potential, specifically as antidiabetic agents via α-amylase inhibition and as anticancer agents via cytotoxicity against the PC3 human prostate cancer cell line. In
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molten fluoride salts are critical heat carriers and fuel solvents for advanced molten salt reactors. Yet, their complex atomic interactions and composition-dependent structural evolution remain challenging to characterize over a wide range of temperatures and compositions. Here, we develop a highly transferable and accurate machine learning interatomic potential for the ternary LiF-BeF2-UF4 system, enabling large-scale molecular dynamics simulations with near-density functional theory accuracy across UF4 concentrations from 0 to 25 mol. %. Trained from ab initio molecular dynamics data via an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transient receptor potential melastatin 8 (TRPM8) channel has been established as the principal molecular sensor of cold in mammals and has emerged as a promising pharmacological target for pain therapy. Whereas menthol activates TRPM8 independently of intracellular Ca2+, the synthetic agonist icilin strictly requires this ion as a binding cofactor. The mechanistic basis of this ion-dependent agonism remains incompletely understood. In this work, a multiscale computational framework integrating comparative modeling, molecular dynamics simulations (MD), binding free energy decomposition (MM
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
EHMT1 is a lysine methyltransferase that writes and reads histone methylation marks to repress transcription. Deleterious mutations in EHMT1 cause Kleefstra syndrome (KLEFS1; OMIM #610253), a congenital neurodevelopmental disorder. Many of these affect the ankyrin repeat (ANKR) domain, which recognizes histone H3 lysine-9 methylation and mediates interactions with other epigenetic regulators. However, the functional consequences of EHMT1 missense variants within the ANKR domain remain poorly characterized, as nearly 50% are currently classified as variants of unknown significance (VUS). To add
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The therapeutic potential of a series of trimethoxyflavan derivatives (1-24) against non-small cell lung cancer (NSCLC) was evaluated through a comprehensive in silico strategy integrating structure-based virtual screening, molecular docking, molecular dynamics (MD) simulations, MM/PBSA binding free-energy calculations, density functional theory (DFT) analysis, and ADMET profiling. All derivatives were benchmarked against the reference drugs genistein and cianidanol. Docking against nine cancer-related protein targets identified compound 18, N-(4-methoxyphenyl)-3-(5,6,7-trimethoxychroman-2-yl)
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate prediction of adverse drug reaction (ADR) frequencies is important for drug safety evaluation and pharmacovigilance. Unlike conventional ADR prediction tasks that focus on binary associations, frequency prediction requires modeling ordinal relationships among multiple frequency levels while integrating heterogeneous biomedical information. However, learning structured representations from diverse modalities while preserving the ordinal structure of ADR frequencies remains challenging. In this study, we propose RAMCF (Rank-Aware Multimodal Contrastive Framework), a multimodal represent
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND PURPOSE: The rising prevalence of type 2 diabetes mellitus (T2D) has led to an increase in complications, including mild cognitive impairment. Accordingly, there is a growing interest in the potential neuroprotective benefits of newer anti-diabetic drugs, such as dipeptidyl peptidase 4 inhibitors (DPP-4is) and sodium-glucose cotransporter-2 inhibitors (SGLT2is). Although clinical studies suggest that these drugs mitigate cognitive decline, the underlying mechanisms remain unclear. This study aimed to elucidate the potential mechanisms through which DPP-4is or SGLT2is, in combina
СтатьяНаблюдательное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drug repositioning has become an important computational strategy for identifying new therapeutic uses of existing drugs, especially when conventional drug discovery remains costly and time-consuming. However, accurate drug-disease association prediction remains challenged by the sparsity of verified associations and by the limited ability of Euclidean models to capture the hierarchical structure of heterogeneous biological networks. To address these issues, we propose HGCLDR, a hyperbolic graph contrastive learning framework for drug repositioning. HGCLDR first enhances the sparse drug-diseas
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The therapeutic potential of many new drugs is limited by poor aqueous solubility. This work addresses the solubilization improvement of novel fluorescent dihydropyrazole-carbohydrazide derivatives (DPCH), with proven antiproliferative activity against human breast cancer, through encapsulation in three distinct methoxy poly(ethylene glycol)-poly(ε-caprolactone) (mPEG-PCL) diblock copolymers. All-atom molecular dynamics simulations (100 ns, CHARMM36 force field, NAMD) of 52 distinct configurations revealed favorable interactions between DPCHs and PCL residues, resulting in the formation of mic
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Soybean is a widely consumed oilseed crop with economic importance. It is enriched with numerous bioactive compounds that have health-promoting properties. Groundnut bud necrosis virus (GBNV) affects many agriculturally important crops, such as soybean, resulting in crop losses. GBNV is a single-stranded RNA virus from the genus Orthotospovirus and family Bunyaviridae. It is transmitted by insect vectors (thrips) and is further aggravated by secondary transmission from infected plants to others in the same field. There are no commercially available drugs against GBNV; thus, there i
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Depression is a complex neuropsychiatric disorder characterized by affective, cognitive, and somatic dysfunctions, yet its pathophysiology remains poorly understood. Reliable preclinical models are essential for elucidating disease mechanisms and identifying therapeutic alternatives. The present study aimed to develop and characterize a reserpine-induced mouse model of depression using an integrated in-vivo and in-silico approach. Adult male Swiss mice (8-12 weeks) received oral reserpine (0.75 mg/kg BW/day) for 14 consecutive days. Behavioral assessments revealed significant reductions in foo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A novel series of tricyclic isoxazolidine-imidazole derivatives (3a-l) bearing diverse substituted phenyl groups were rationally designed, synthesized, and evaluated as selective cyclooxygenase-2 (COX-2) inhibitors. The target compounds were efficiently obtained via regio- and diastereoselective 1,3-dipolar cycloaddition of C-aryl-3-methylphenyl nitrones with 1-vinylimidazole. Comprehensive spectroscopic characterization was performed using FTIR, 1H NMR, 13C NMR, and LC-MS spectrometry. In vitro assays demonstrated potent COX-2 inhibition with minimal COX-1 activity, achieving high selectivity
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study investigated the therapeutic potential of novel 1,2,4-triazole- and 1,3,4-oxadiazole-based acetamide derivatives as dual-target inhibitors of urease and α-glucosidase, two enzymes implicated in gastrointestinal disorders and type 2 diabetes, respectively. An integrated approach combining multistep organic synthesis, in vitro biological evaluation, molecular docking, in silico ADME prediction, and density functional theory (DFT) analysis was employed to identify potent lead compounds with favorable pharmacokinetic properties. Starting from benzoic acid, a series of 1,2,4-triazole der
СтатьяVideo-Audio MediaПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tryptophan (TRP) self-assembly is responsible for the development of several neurodegenerative disorders, such as hypertryptophanemia, for which effective therapeutics are still lacking. Although several experimental studies have demonstrated varying inhibitory efficacies of different functional moiety-rich compounds, the mechanistic role of individual functional groups while inhibiting the spontaneous self-assembly is still elusive. We have performed molecular dynamics simulations to explore different kinds of interspecies interactions between TRP and distinct functional groups present in exp
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To investigate the potential mechanisms of Chaibei Zhixian Decoction in the treatment of epilepsy.
METHODS: Metabolic changes in control, epilepsy model, and treatment groups were analyzed using high-resolution liquid chromatography-mass spectrometry. Differential metabolites were identified, annotated by spectral library matching without confirmation using authentic chemical standards (Metabolomics Standards Initiative Level 2), and potential compound-target interactions were explored through network analysis, molecular docking, and molecular dynamics simulation. Gene expression o
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteoporosis (OP) is a prevalent systemic metabolic disease characterized by reduced bone density and compromised skeletal integrity, leading to increased fragility and fractures. This study investigated the therapeutic potential of Liquiritin (LIQ) in inhibiting osteoclastogenesis through integrated computational and experimental approaches. Molecular docking and dynamics simulations were employed to explore the interactions between LIQ and key osteoclastogenic proteins RANK and RANKL. In vitro experiments assessed LIQ's inhibitory effects on mature osteoclast (OC) formation using RNA sequenc
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteoporosis is a multifactorial skeletal disorder characterized by increased bone resorption and impaired remodeling balance. Osteoclast differentiation is accompanied by metabolic reprogramming toward enhanced glycolysis, yet whether nutritional factors modulate osteoclast metabolism remains incompletely understood. Vitamin B5 (VB5), a precursor of coenzyme A (CoA), has been implicated in metabolic regulation, but its role in osteoclast biology is unclear. An ovariectomy (OVX)-induced osteoporosis mouse model was established and fed VB5-deficient, normal, or VB5-supplemented diets. Bone micr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a chronic interstitial lung disease of unknown aetiology with high mortality. Focal adhesion kinase 1 (FAK1) has emerged as a key therapeutic target due to its role in exacerbating pulmonary fibrosis through pathways such as transforming growth factor-β (TGF-β) signalling. Although several anti-fibrotic drugs targeting FAK1 are currently in development, therapeutic outcomes remain suboptimal with numerous limitations. This study established an efficient virtual screening workflow integrating machine learning and deep learning to systematically mine 25,000
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Jusvinza is an immunomodulatory pharmaceutical drug developed for the treatment of rheumatoid arthritis. Its active ingredient is an altered peptide ligand-derived from a T-cell epitope of the human 60-kDa heat shock protein-referred to as CIGB-814. Jusvinza has also proven effective in reducing hyperinflammation in COVID-19. However, molecular targets of CIGB-814 in patients remain undefined, and this study is aimed at identifying specific plasma proteins that interact with CIGB-814. Affinity chromatography and mass spectrometry analysis revealed apolipoprotein A-I as a CIGB-814-binding partn
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования