BACKGROUND: Analysis of circulating free DNA (cfDNA) is a promising tool for personalized management of colorectal cancer (CRC) patients. Untargeted cfDNA analysis using whole-genome sequencing (WGS) does not need a priori knowledge of the patient´s mutation profile.
METHODS: Here we established LIquid biopsy Fragmentation, Epigenetic signature and Copy Number Alteration analysis (LIFE-CNA) using WGS with ~ 6× coverage for detection of circulating tumor DNA (ctDNA) in CRC patients as a marker for CRC detection and monitoring.
RESULTS: We describe the analytical validity and a clinical proof-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pituitary neuroendocrine tumors (PitNET) are common intracranial neoplasms. While in case of hormone secreting tumors pituitary hormone measurements can be used for monitoring the disease, in non-functional tumors there is a need to discover non-invasive biomarkers. Non-coding RNAs (ncRNAs) are popular biomarker candidates due to their stability and tissue specificity. Among ncRNAs, miRNAs, lncRNAs and circRNAs have been investigated the most in pituitary tumor tissues and in circulation. However, it is still not known whether ncRNAs are originated from the pituitary, or whether they are casua
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hypertensive disorders of pregnancy contribute to maternal and offspring morbidity and mortality. Studies suggest that a lower early pregnancy fetal fraction is associated with an increased risk of hypertensive disorders of pregnancy. However, maternal obesity significantly affects fetal fraction and is a risk factor for hypertensive disorders of pregnancy.
OBJECTIVE: We determined the association between fetal fraction (using a standardized single-institution platform, including male and female fetuses) and hypertensive disorders of pregnancy, stratified by obesity status. Second
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenesis of lung injury in COVID-19 is not completely understood, leaving gaps in understanding how current treatments modulate the course of COVID-19. Neutrophil numbers and activation state in circulation have been found to correlate with COVID-19 severity, and neutrophil extracellular traps (NETs) have been found in the lung parenchyma of patients with acute respiratory distress syndrome (ARDS) in COVID-19. Targeting the pro-inflammatory functions of neutrophils may diminish lung injury in COVID-19 and ARDS. Neutrophils were isolated from peripheral blood of healthy donors, treated ex v
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While circulating cell-free DNA (cfDNA) is becoming a powerful marker for noninvasive identification of infectious pathogens in liquid biopsy specimens, a microbial cfDNA baseline in healthy individuals is urgently needed for the proper interpretation of microbial cfDNA sequencing results in clinical metagenomics. Because noninvasive prenatal testing (NIPT) shares many similarities with the sequencing protocol of metagenomics, we utilized the standard low-pass whole-genome-sequencing-based NIPT to establish a microbial cfDNA baseline in healthy people. Sequencing data from a total of 107,763 p
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Individualization of treatment in Hodgkin's lymphoma is necessary to improve cure rates and reduce treatment side effects. Currently, it is hindered by a lack of genomic characterization and sensitive molecular response assessment. Sequencing of cell-free DNA is a powerful strategy to understand the cancer genome and can be used for extremely sensitive disease monitoring. In Hodgkin's lymphoma, a high proportion of cell-free DNA is tumor-derived, whereas traditional tumor biopsies only contain a little tumor-derived DNA.
METHODS: We comprehensively genotype and assess minimal resi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: After heart transplantation, endomyocardial biopsy (EMBx) is used to monitor for acute rejection (AR). Unfortunately, EMBx is invasive, and its conventional histological interpretation has limitations. This is a validation study to assess the performance of a sensitive blood biomarker-percent donor-derived cell-free DNA (%ddcfDNA)-for detection of AR in cardiac transplant recipients.
METHODS: This multicenter, prospective cohort study recruited heart transplant subjects and collected plasma samples contemporaneously with EMBx for %ddcfDNA measurement by shotgun sequencing. Histopa
СтатьяМногоцентровое исследованиеПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Infections in adult patients with hematological malignancies (HM) and stem cell transplant (SCT) recipients are a significant cause of morbidity and mortality. A timely diagnosis of infections can have a major impact on outcomes. Tools that help rule out infectious causes of fever can decrease antibiotic use, toxicities, hospitalization costs, and potentially decrease antibiotic resistance in the long term. We retrospectively evaluated the ability of cell-free DNA next-generation sequencing (NGS) testing in the timely identification of pathogenic microorganisms and its impact on the antimicrob
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell-free fetal DNA in the maternal circulation has been associated with the onset of labor at term. Moreover, clinical studies have suggested that cell-free fetal DNA has value to predict pregnancy complications such as spontaneous preterm labor leading to preterm birth. However, a mechanistic link between cell-free fetal DNA and preterm labor and birth has not been established. Herein, using an allogeneic mouse model in which a paternal green fluorescent protein (GFP) can be tracked in the fetuses, we established that cell-free fetal DNA (Egfp) concentrations were higher in late gestation co
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To examine the distribution of risks for fetal trisomies after first-trimester combined screening in twins and to investigate different strategies for clinical implementation of cell-free DNA (cfDNA) testing.
METHODS: We retrospectively analyzed all twin pregnancies undergoing first-trimester combined screening over a 10 years' period. The population was stratified according to various risk cut-offs, and we examined different screening strategies for implementation of cfDNA testing in terms of impact on invasive testing rate, cfDNA test failure rate, and economic costs.
RESULTS: W
СтатьяМногоцентровое исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fetal growth restriction (FGR) and stillbirth are associated with placental dysfunction and inflammation and hypoxia, oxidative and nitrative stress are implicated in placental damage. Damage-associated molecular patterns (DAMPs) are elevated in pregnancies at increased risk of FGR and stillbirth and are associated with increase in pro-inflammatory placental cytokines. We hypothesised that placental insults lead to release of DAMPs, promoting placental inflammation. Placental tissue from uncomplicated pregnancies was exposed in vitro to hypoxia, oxidative or nitrative stress. Tissue production
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biliary tract cancer (BTC) is typically diagnosed at an advanced stage due to the lack of effective screening tools, resulting in limited therapeutic options and poor survival outcomes. Therefore, there is a critical need for non-invasive strategies that enable early detection and risk stratification. Fragmentomic profiling of cell-free DNA (cfDNA) captures genome-wide fragmentation patterns reflecting tumor-associated chromatin structure and genomic instability, providing a promising approach for non-invasive cancer detection. In this study, we developed a low-pass whole-genome sequencing (WG
СтатьяВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The objective of the study was to evaluate the convergence between cell-free mitochondrial DNA (cf-mtDNA) and COVID-19. This was a systematic review and meta-analysis of cohort and cross-sectional studies, considering the best level of evidence available and the protocol was registered in PROSPERO (CRD 42024508173). After the criteria were established, the search encompassed three databases (MEDLINE, EMBASE, and Web of Science) to identify studies that evaluated the possible convergence between cf-mtDNA and the development of COVID-19, verifying its relationship with survival and severity. A M
СтатьяСистематический обзорМетаанализПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ObjectivesTo evaluate the efficacy of non-invasive prenatal testing in detecting sex chromosome aneuploidies.MethodsA total of 67,099 pregnant women were recruited in this retrospective observational study at Peking Union Medical College Hospital; 300 cases at high risk of sex chromosome aneuploidies were screened and 36 cases refused invasive prenatal diagnosis after detailed prenatal genetic counselling. The clinical data and prenatal diagnosis results were collected.Results101 cases were in accordance with non-invasive prenatal testing results after invasive prenatal diagnosis: 95 cases had
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: This study aimed to evaluate the value of cell-free DNA (cfDNA) in plasma and genomic DNA (gDNA) in nucleated cell layer of whole blood samples detected by metagenomic next-generation sequencing (mNGS) in the diagnosis of bloodstream infection in patients with hematologic diseases.
METHODS: Whole blood samples collected from hematologic patients with suspected bloodstream infections were divided into the plasma and nucleated cell layers. The DNA of plasma and nucleated cell layers was extracted for mNGS. The pathogenic results were compared between whole blood (plasma plus nucleat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Cell-free DNA (cfDNA) offers a minimally invasive approach to capture genomic and epigenetic dynamics during cancer progression. We performed targeted sequencing of 26 gene loci transcriptionally regulated during the acquisition of therapy resistance in breast cancer and analyzed blood-derived cfDNA from 150 breast cancer samples (105 primary and 45 recurrent). Recurrent samples exhibited increased genomic variant counts in both coding and noncoding regions, accompanied by shorter cfDNA fragment lengths. Furthermore, cfDNA fragmentation profiles were variable in recurrent samples,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cancer epidemiology, biomarkers & prevention : a publication of the American Association for Cancer Research, cosponsored by the American Society of Preventive Oncology2026eng
BACKGROUND: The use of liquid biopsy to analyze cell-free DNA (cfDNA) provides a noninvasive approach for breast cancer detection, but its low abundance necessitates highly sensitive assays.
METHODS: We developed cell-free multiplex methylation-specific PCR (cf-MMSP) through optimized cfDNA extraction and primer design. We compared the extraction efficiency of three commercial kits using normal plasma spiked with 12.5 to 50 copies of fully methylated genomic DNA and 50 copies of STD_HOXB4 plasmid. A nine-gene methylation panel (AKR1B1, COL6A2, HIST1H3C, HOXB4, RASGRF2, RASSF1A, TM6SF1, TMEFF2
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondrial dysfunction is a key pathological hallmark in amyotrophic lateral sclerosis (ALS), yet the role of circulating cell-free mitochondrial DNA (Cf-mtDNA) as a biomarker remains unclear. This study aimed to investigate serum Cf-mtDNA levels in ALS patients compared to healthy controls and explore its associations with disease biomarkers, clinical progression, and survival. We conducted a case-control study measuring Cf-mtDNA levels in serum samples from 54 ALS patients and 36 age- and sex-matched healthy controls using quantitative droplet digital PCR. Correlations between Cf-mtDNA le
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: This study characterizes urine cell-free DNA (cfDNA) copy number and fragment size in healthy individuals and explores their associations with routine clinical parameters.
METHODS: Sixty healthy subjects were enrolled, providing paired blood and urine samples. Six primer pairs targeting nuclear (GAPDH-61/168/241) and mitochondrial DNA (ND1-57/167/240) were designed for absolute qPCR. Optimal urine collection, pre-treatment, and cfDNA detection protocols were evaluated. Correlations between cfDNA characteristics (fragment size and copy number) and clinical parameters (complete blood
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Diagnosis of sepsis and timely identification of pathogens in critically ill patients remains challenging. Plasma metagenomic sequencing to detect microbial cell-free DNA (mDNA) has shown promise, but low abundance of mDNA in plasma limits sensitivity and necessitates high sequencing depth. mDNA is shorter and more fragmented than human cell-free DNA. Here, we evaluated whether combining single-stranded DNA (ssDNA) sequencing library preparation and size selection can enrich mDNA and improve pathogen detection.
METHODS: We prospectively enrolled 48 trauma patients and collected da
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования