Understanding how chromatin folds in three dimensions remains challenging because most experimental assays capture low-dimensional projections of an underlying, highly heterogeneous polymer. Here, we present an ensemble-based interpretive framework built on the previously introduced Self-Returning Excluded Volume (SR-EV) model, a minimal generator of chromatin conformations using a nucleosome-indexed coarse-grained representation based on stochastic return rules and excluded-volume geometry. Despite its simplicity, SR-EV recapitulates key experimental signatures across scales: heterogeneous na…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Below the scale of long-range compartments and topologically associating domains (TADs) lie a diverse set of local chromatin organization features. Recent maps and single-molecule assays reveal modular sub-TAD units, nucleosome clutches, micro- and nanodomains, packing domains, microcompartments, and stripes arising from an interplay of loop extrusion, epigenetic affinity and condensates, and polymerase motion. We highlight how cohesin regulation and its crosstalk with transcription shape local topology, how microcompartments and affinity-driven hubs guide enhancer-promoter communication, and …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Type-I interferons (IFN-I) and IFN-stimulated genes (ISGs) are central to antiviral defense, while dysregulation can drive autoimmunity. IFNB1 expression is controlled by a highly ordered multiprotein complex composed of IRF3/7, NFκB, and ATF2/c-Jun (AP-1) that recruit coactivators and chromatin-remodeling proteins to expose the IFNB1 promoter for the RNA polymerase II (RNA Pol II) transcriptional machinery. Here, we identified the paraspeckle protein non-POU domain-containing octamer-binding protein (NONO) as a critical facilitator of innate immune activation. Loss of NONO enhanced replicatio…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parkinson's disease (PD) is a complex neurodegenerative disorder where environmental factors play a predominant role in sporadic cases. While environmental toxins are implicated in PD pathogenesis via epigenetic pathways, the specific alterations in chromatin accessibility induced by these toxins remain poorly characterized. To address this gap, we established in vitro models using the human neuroblastoma cell line SH-SY5Y, a well-established neuronal model, exposed to the PD-associated environmental toxins rotenone and MPP⁺. We performed RNA sequencing (RNA-seq) to profile the transcriptome a…
СтатьяDatasetПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcription-factor involvement in drug-adaptive chromatin remodelling is often inferred from motif enrichment in differential ATAC-seq peaks, but such analyses can be distorted by sequence composition, peak length, baseline accessibility and redundant motif models. We reanalysed 105,048 consensus ATAC-seq peaks from an olaparib-adapted Kuramochi ovarian-cancer continuum using HOMER-calibrated AP-1/bZIP models with coordinate-level de-duplication. At T320, 27,154 peaks gained and 30,050 lost accessibility. AP-1 motif-occurrence density remained higher in gained chromatin under complementary a…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Compacting chromatin within the cellular nucleus presents a significant challenge for biology. Chromosomes must be both condensed and spatially organized to enable essential processes such as transcription and replication. Chromosome conformation capture experiments (e.g., Hi-C) provide valuable information about the spatial organization and, therefore, the connectivity between different genomic regions. These experiments inspired polymer models that describe the physical mechanism of the chromosomal energy landscape. The Full-Inversion Chromatin model (FI-Chrom), a data-driven approach for mo…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adeno-Associated Viruses (AAVs) are powerful platforms for delivering therapeutic transgenes via recombinant AAV (rAAV) vectors. However, a … rAAV vectors. CUT&RUN analysis revealed that this CBE was necessary and sufficient to regulate the chromatin landscape of wtAAV2 and rAAV2. Finally, we observed that CTCF-mediated chromatin remodeling of rAAV2 led to increased production of nascent RNA transcripts from the vector genome. Based on our findings, we propose that CTCF supports wtAAV2/rAAV gene …
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Maternally transmitted Wolbachia often cause cytoplasmic incompatibility (CI), a sperm modification that kills host embryos lacking the endosymbiont. CI produces defects in paternal chromosome replication, condensation, and segregation during the first zygotic cell cycle, but a significant fraction of embryos progress normally through this and subsequent cycles and only exhibit defects at later developmental stages. These results, together with documented CI-induced epigenetic chromatin modifications, suggest heritable chromatin modifications are responsible for the developmentally delayed def…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA damage from routine cellular processes or exogenous insults can have a lasting impact on gene regulation beyond genetic mutations1-5. The prevailing paradigm for the consequences of DNA damage repair revolves around restoration of the original genetic sequence, but long-term changes in chromatin configuration, gene expression and DNA modifications have not been analyzed. We introduce numerous, simultaneous Cas9-mediated DNA double strand breaks (DSBs) at defined locations in human glioblastoma cells and track both non-genetic and genetic alterations over time. Megabase-scale genomic altera…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heart failure is a leading cause of morbidity and mortality, yet gene-regulatory mechanisms driving cell type-specific pathologic responses remain undefined. Here, we present the cell type-resolved transcriptomes, chromatin accessibility, histone modifications, and chromatin organization of 13 nonfailing and 23 failing human hearts across all cardiac chambers. Integrative analyses revealed dynamic changes in cell type composition, gene-regulatory programs, and chromatin organization, particularly in cardiomyocytes and fibroblasts. Mapping cell type-specific enhancer-gene interactions from thes…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Liver injury induces rapid transcriptional responses in hepatocytes, yet the chromatin features that distinguish injured hepatocytes from healthy hepatocytes remain poorly understood. Using an integrated functional genomics approach combining bulk RNA-seq, ATAC-seq, and CUT&Tag profiling of H3K27ac and H3K27me3, we define the transcriptional and chromatin landscape of Sox9-expressing hepatocytes, which exhibit gene expression consistent with both hepatocyte and biliary identity. Under homeostatic conditions, Sox9+ hybrid hepatocytes (HybHeps) are rare and confined to the periportal space, whil…
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cells and tissue integrity are constantly challenged by the necessity to adapt and respond to mechanical loads. Among cellular components, the nucleus possesses mechano-sensing and mechanotransduction capabilities, yet the molecular mechanisms involved remain poorly defined. Here we investigate whether the mechanical properties of chromatin and its organization into condensates contribute to nuclear adaptation to external forces, while preserving its integrity. By interrogating the effects of MLL4 loss-of-function in Kabuki Syndrome, we find that the balancing of transcriptional and Polycomb c…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent progress in statistical and experimental fine mapping of disease risk variants prompts us to focus on specific target loci for functional investigation. However, current genetics is hindered by a limited toolbox for target-loci analysis. To address this, we present UNIChro-seq, a method that digitally counts accessible chromatin molecules at target loci. UNIChro-seq allows for accurate, sensitive, and efficient quantification of allelic effects compared to conventional methods. Using UNIChro-seq, we investigate the effects of 57 autoimmunity risk alleles on chromatin accessibility and e…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
SMARCB1 encodes a core component of the BAF chromatin remodelling complex and pathogenic variants in this gene are associated with neurodevelopmental disorders such as Coffin-Siris syndrome and intellectual disability with choroid plexus hyperplasia. The relationship between reduced or dysfunctional SMARCB1 protein products and severe functional brain changes associated with Coffin-Siris syndrome, including intellectual disability and severely delayed language and motor development, remains largely unknown. We performed cellular, molecular, and behavioural analyses of a Coffin-Siris syndrome m…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND & AIMS: The SWI/SNF ATP-dependent chromatin remodeling complex regulates transcriptional machinery access and is critical in normal physiology and cancer development. PBRM1, a key subunit of this complex, is frequently mutated in intrahepatic cholangiocarcinoma (iCCA). This study aims to explore the role of PBRM1 in liver physiology and its involvement in iCCA development.
METHODS: Liver-specific Pbrm1 knockout (Pbrm1 KO) mice were generated to assess the effects of Pbrm1 loss under various conditions. These mice were exposed to a 3,5-diethoxycarbonyl-1,4-dihydrocollidine diet to i…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Neutrophils play an important role in the immune system by sensing environmental perturbations, including pathogens. Upon activation, neutrophils extrude their chromatin to form neutrophil extracellular traps (NETs), which trap and remove pathogens. Chromatin decondensation during NET formation is a regulated process that reflects both the inducing pathways and the cellular environment. However, most studies rely on non-physiological stimuli like phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA), which bypass key regulatory mechanisms. As a result, how physiologically relevant inflammatory sig…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide association studies (GWASs) have identified numerous loci associated with Alzheimer's disease (AD), yet the effector genes and regulatory mechanisms underlying many of these associations remain unresolved. This challenge is particularly pronounced for non-coding variants, whose regulatory effects may extend over long genomic distances and cannot be reliably inferred from the nearest gene alone. Here, we developed an integrative computational framework that incorporates three-dimensional chromatin interactions, expression quantitative trait loci (eQTL), and sequence-level regulatory…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic hepatitis B virus (HBV) persistence relies on the chromatin plasticity of covalently closed circular DNA (cccDNA), a viral minichromosome resistant to current therapies. Using proximity labeling (TurboID-dCas9), ChIP-seq and DNA pull-down assays, we identified SMARCC2-a BAF scaffolding subunit-bound to cccDNA enhancer-promoter regions (EnhⅠ/XP, CP/EnhII), where it sustains nucleosome-depleted regions (NDRs) and recruits RNA polymerase II. Genetic or pharmacological BAF inhibition compacted cccDNA chromatin, reduced histone acetylation (AcH3/AcH4), and enhanced SMC5/6-mediated silencing…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transcriptional regulator Rbp-Jκ is a pivotal molecular switch in Notch signaling; however, its cell-intrinsic role in natural killer (N … tion. Multiomics (scRNA-seq/scATAC-seq, bulk ATAC-seq, and CUT&Tag) reveal that Rbp-Jκ orchestrates chromatin remodeling in NK cells, suppressing the expression of genes related to NK cell activation and cytotoxicity while promoting the expression of genes involved in ribosome and oxidative phosphorylation. Notably, Rbp-Jκ directly binds to the Kruppel-like …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования