The pathogen exposure history of an individual is recorded in their T-cell repertoire and can be accessed through the study of T-cell receptors (TCRs) if the tools to identify them were available. For each T-cell, the TCR loci undergoes genetic rearrangement that creates a unique DNA sequence. In theory these unique sequences can be used as biomarkers for tracking T-cell responses and cataloging immunological history. We developed the immune Cell Analysis Tool (iCAT), an R software package that analyzes TCR sequencing data from exposed (positive) and unexposed (negative) samples to identify TC
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Micronuclei (MNs) are extranuclear cytoplasmic DNA bodies which are induced in cells by numerous genotoxic agents that damage chromosome. The MN assay in exfoliated buccal cells is a useful and minimally invasive method for monitoring genetic damage.
AIM: The aim of present study was to detect and assess MNs in oral exfoliated cells in patients diagnosed with leukoplakia with dysplasia, oral submucous fibrosis (OSMF) and oral squamous cell carcinoma (OSCC) using special stains and to determine the most appropriate staining technique for the evaluation of MNs along with a compara
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Neonatal diabetes mellitus is likely caused by monogenic mutations, several of which have been identified. INS mutations have a broad spectrum of clinical presentations, ranging from severe neonatal onset to mild adult onset, which suggests that the products of different mutant INS alleles behave differently and utilize distinct mechanisms to induce diabetes. In this study, a neonatal diabetes mellitus patient's INS gene was sequenced, and functional experiments were conducted.
METHODS: The neonatal diabetes mellitus patient's genomic DNA was extracted, and the patient's KCNJ11, A
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Previous studies have shown significant associations between OPRK1 and susceptibility to opioid dependence and the relationships between libido dysfunction and insomnia among opium addicts who underwent methadone maintenance treatment. The authors investigated the single locus and haplotype association of rs997917, rs6985606, and rs6473797 with susceptibility to opioid addiction. Samples were selected among 202 healthy individuals and 202 opium addicts undergoing methadone maintenance treatment. Genomic DNA was extracted from the whole blood samples of all subjects through a salting out proced
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The production of cytokines by various cervical cells can be triggered by antigenic stimuli, including human papilloma virus (HPV) infection. The aim of the present study was to evaluate differences in cytokine levels between various intraepithelial cervical lesions.
STUDY DESIGN: A total of 97 women participated in this descriptive study. Within our study population, 27 subjects presented with high-grade squamous intraepithelial lesions (HSIL), 48 with low-grade squamous intraepithelial lesion (LSIL) and 22 with a normal smear. Colposcopy and directed biopsy were performed as need
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Phospholipase Cg2 (PLCg2) induces apoptosis of immune and tumor cells; however, it remains unclear whether PLCg2 promotes hepatocyte apoptosis during liver regeneration (LR). Therefore, to establish a framework for further exploring the function of PLCg2, we generated recombinant adenoviruses carrying a template encoding short hairpin (sh)-RNA targeting PLCg2 (Ad-PLCg2-shRNA), which were used to silence the expression of PLCg2 in BRL-3A cells. First, three pairs of PLCg2-shRNAs were designed, synthesized, and cloned into a shuttle vector, pHBAd-U6-GFP, after annealing. The recombinant shuttle
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
New high throughput technologies are now enabling simultaneous epigenetic profiling of DNA methylation at hundreds of thousands of CpGs across the genome. A problem of considerable practical interest is identification of large scale, global changes in methylation that are associated with environmental variables, clinical outcomes, or other experimental conditions. However, there has been little statistical research on methods for global methylation analysis using technologies with individual CpG resolution. To address this critical gap in the literature, we develop a new strategy for global an
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Many techniques have been developed to compute the response network of a cell. A recent trend in this area is to compute response networks of small size, with the rationale that only part of a pathway is often changed by disease and that interpreting small subnetworks is easier than interpreting larger ones. However, these methods may not uncover the spectrum of pathways perturbed in a particular experiment or disease.
RESULTS: To avoid these difficulties, we propose to use algorithms that reconcile case-control DNA microarray data with a molecular interaction network by modifying
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Osteoporosis affects 200 million people worldwide and places an enormous economic burden on society. We aim to identify the feature genes that are related to osteoprotegerin in osteoporosis and to perform function analysis with DNA microarray from human bone marrow.
METHODS: We downloaded the gene expression profile GSE35957 from Gene Expression Omnibus database including nine gene chips from bone marrow mesenchymal stem cells of five osteoporotic and four non-osteoporotic subjects. The differentially expressed genes between normal and disease samples were identified by LIMMA pack
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Systemic lupus erythematosus (SLE) is a chronic autoimmune disease characterised by a complex aetiology that encompasses genetic, environmental, and immunological factors. A comprehensive understanding of SLE aetiology is essential for the development of effective therapeutic strategies and the enhancement of patient outcomes. This study aims to provide a thorough bibliometric analysis of research concerning the aetiology of SLE conducted over the past decade.
METHODS: A bibliometric analysis was conducted based on articles published between January 2014 and December 2023, retriev
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Analysis of array comparative genomic hybridization (aCGH) data for recurrent DNA copy number alterations from a cohort of patients can yield distinct sets of molecular signatures or profiles. This can be due to the presence of heterogeneous cancer subtypes within a supposedly homogeneous population.
RESULTS: We propose a novel statistical method for automatically detecting such subtypes or clusters. Our approach is model based: each cluster is defined in terms of a sparse profile, which contains the locations of unusually frequent alterations. The profile is represented as a hidd
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
JC virus (JCV) belongs to the polyomavirus family of double-stranded DNA viruses and causes progressive multifocal leukoencephalopathy in humans. Although transport of virions to the nucleus is an important step in JCV infection, the mechanism of this process has remained unclear. The outer shell of the JCV virion comprises the major capsid protein VP1, which possesses a putative nuclear localization signal (NLS), and virus-like particles (VLPs) consisting of recombinant VP1 exhibit a virion-like structure and physiological functions (cellular attachment and intracytoplasmic trafficking) simil
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Familial juvenile hyperuricemic nephropathy (FJHN, MIM 162000) is an autosomal-dominant disease characterized by underexcretion-type hyperuricemia, gout, and chronic renal failure. No loci responsible for this disease or any underexcretion-type hyperuricemia/gout have ever been identified. The aim of the study was to localize a gene responsible for FJHN by linkage analysis.
METHODS: A single large family with at least 20 affected members was analyzed. DNA was obtained from 13 affected and 18 non-affected members after lymphoblastoid cell lines were established. Initially, polymorph
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Brochothrix thermosphacta is a dominant but poorly studied meat spoilage organism. It is a close relative of the foodborne pathogen Listeria monocytogenes, and Brochothrix constitutes the second genus in the Listeriaceae family. Here, the genomes of 12 B. thermosphacta strains were sequenced, assembled into draft genomes, characterized, and compared with the genomes of Brochothrix campestris and L. monocytogenes Phenotypic properties including biogenic amine production and antibiotic and heavy metal susceptibilities were tested. Comparative genomic analyses revealed a high degree of similarity
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mechanisms underlying the antifertility effects of hyperprolactinemia have yet to be established in an appropriate experimental model. Hyperprolactinemia is a known side effect of fluphenazine, a broad spectrum, long-acting phenothiazine known to be dopamine type-D2 receptor antagonist. In our earlier study in adult male rats, we reported that fluphenazine at a dose of 3 mg/kg/day suppressed serum FSH but not testosterone (T) through increasing dopamine (DA) metabolism in the pituitary gland, within 60 days. Fluphenazine treatment affected sperm quality and male rats treated with fluphenaz
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Muscle strength decline is a hallmark of aging and contributes to frailty and bone deterioration, yet the genomic and epigenomic mechanisms predicting functional strength remain unclear. We applied a multiomics approach to identify genetic and epigenetic signatures of muscle strength variability in postmenopausal women. A total of 141 women aged 50-70 yr underwent functional tests, biochemical analysis, anthropometry, blood pressure assessment, and dual-energy X-ray absorptiometry. Participants were classified into higher- and lower-strength groups based on validated upper and lower limb tests
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Extracellular vesicle (EV) RNA sequencing has emerged as a powerful approach for studying RNA biomarkers and intercellular communication. Nevertheless, the extremely low abundance, fragmented nature and ubiquitous tissue origin of EV RNAs, alongside potential contamination from co-isolated materials, such as free DNA and bacterial RNA, pose substantial analytical challenges. These complexities highlight a pressing need for a standardized, computational workflow that ensures robust quality control and EV RNA characterization.
RESULTS: Here, we present EVscope, an open-source bioinf
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Peyronie's disease (PD) is a fibrosing disorder with a hereditary predisposition that can have significant impacts on quality of life.
AIM: Our pilot study's objective was to determine if disease penetrance is correlated with epigenetic variations in non-plaque tissue, as compared with tissue from men with erectile dysfunction (ED), as indicated by DNA methylation.
METHODS: Tunica albuginea samples were collected from non-plaque tissue during penile prosthesis placement for men with ED with and without PD, with ED-only samples serving as controls. DNA methylation analyses were pe
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Submicroscopic Plasmodium infections can be a source of persistent malaria transmission. The aim of this study was to assess their frequency, distribution, morbidity and associated factors in a pre-elimination malaria setting in sub-Saharan Africa, Guinea-Bissau, where the Plasmodium falciparum is the predominant Plasmodium species.
METHODS: Dried fingerprick whole blood samples from 601 participants in the 2017 national, household-based, cross-sectional survey to estimate malaria prevalence were subjected to DNA extraction. The DNA was used in nested end-point PCR assays targetin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Alcohol use disorder (AUD) is a complex condition associated with adverse health consequences that affect millions of individuals worldwide. Epigenetic modifications, including DNA methylation (5 mC), have been associated with AUD and other alcohol-related traits. Epigenome-wide association studies (EWAS) have identified differentially methylated genes associated with AUD in human peripheral and brain tissue. More recently, epigenetic studies of AUD have also evaluated DNA hydroxymethylation (5 hmC) in the human brain. However, most of the epigenetic work in postmortem brain tissue
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования