DNA methylation profiling by Illumina methylation array-based methods has revolutionized the molecular classification and diagnosis of brain … ndard Infinium Methylation BeadChip-based methods. We used DNA from fresh-frozen or formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) brain cancer samples from 19 patients and 1 control sample to construct DNA libraries covering 3.98 million CpG sites. We developed and validated a bioinformatics pipeline to analyze target-enriched EM-seq (TEEM-seq) data in comparis …
СтатьяВалидационное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Imaging-based spatial transcriptomics (ST) is evolving as a pivotal technology in studying tumor biology and associated microenvironments. However, the strengths of the commercially available ST platforms in studying spatial biology have not been systematically evaluated using rigorously controlled experiments. We use serial 5 μm sections of formalin-fixed, paraffin-embedded surgically resected lung adenocarcinoma and pleural mesothelioma samples in tissue microarrays to compare the performance of the ST platforms (CosMx, MERFISH, and Xenium (uni/multi-modal)) in reference to bulk RNA sequenci…
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While Stereo-seq-FFPE captures spatial gene expression in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples, it is limited to transcriptomic data. Here, we introduce ST-FFPE-mIF, a protocol that integrates eight-plex immunofluorescence staining with spatial transcriptomics in the same FFPE tissue section. Our approach extends Stereo-seq-FFPE to phenotypic analysis by enabling single-cell resolution through nuclear or membrane-based cell segmentation. We demonstrate how ST-FFPE-mIF supports robust spatial multi-omic profiling in cancer samples, offering a comprehensive view of molecular hierarchi…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A 34-year-old man with a history of self-administering paraffin injections to the upper extremities and pectoral muscles for esthetic enhancement underwent an [ 18 F]FDG PET/CT scan. Images show disseminated hypodense granulomas, representing oil deposits, throughout the upper extremity and chest musculature. Extensive calcifications were present throughout the body, infiltrating muscles, subcutaneous tissues, and the scrotum, and depositing as nephrolithiasis in the kidneys as well as in the vascular walls.
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Congenital cytomegalovirus disease (cCMV) is uncommon but can be severe. Investigations of the role of genome sequence variation in the causative virus (human cytomegalovirus, HCMV) in clinical outcome have to date depended on small sample numbers derived from fresh tissues. Extensive formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) cCMV biorepositories established worldwide potentially provide much larger sample numbers for future investigations. However, there are no published reports of sequencing whole HCMV genomes from such material.
OBJECTIVE: To sequence whole HCMV genomes from cCM…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This proof-of-concept study aimed to assess whether digital PCR (dPCR) technology could improve the detection of M. tuberculosis complex (MTB) from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue when compared to real-time PCR. A laboratory developed test using real-time PCR assay targeting the MTB-IS6110 was transitioned to dPCR technology. The analytical sensitivity of dPCR using strain H37Rv genomic DNA was 2.5 fg/reaction, which was lower than the 5 fg/reaction detected by real-time PCR. Archived DNA from 72 samples were evaluated retrospectively and compared to real-time PCR. The dPCR demo…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Imaging-based spatial transcriptomics (ST) is evolving rapidly as a pivotal technology in studying the biology of tumors and their associated microenvironments. However, the strengths of the commercially available ST platforms in studying spatial biology have not been systematically evaluated using rigorously controlled experiments. In this study, we used serial 5-m sections of formalin-fixed, paraffin-embedded surgically resected lung adenocarcinoma and pleural mesothelioma tumor samples in tissue microarrays to compare the performance of the single cell ST platforms CosMx, MERFISH, and Xeniu…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In recent years, the development of spatial transcriptomic technologies has enabled us to gain an in-depth understanding of the spatial heterogeneity of gene expression in biological tissues. However, a simple and efficient tool is required to analyze multiple spatial targets, such as mRNAs, miRNAs, or genetic mutations, at high resolution in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue sections. In this study, we developed hydrogel pathological sectioning coupled with the previously reported Sampling Junior instrument (HPSJ) to assess the spatial heterogeneity of multiple targets in FFPE se…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Collagen is the most abundant protein in mammals and a major structural component of the extracellular matrix (ECM). Changes to ECM composition occur as a result of numerous physiological and pathophysiological causes, and a common means to evaluate these changes is the collagen 3 (Col3) to collagen 1 (Col1) ratio. Current methods to measure the Col3/1 ratio suffer from a lack of specificity and often under- or over-estimate collagen composition and quantity. This manuscript presents a targeted liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) method for quantification of Col3 and Col1
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spatial proteomics profiling is an emerging set of technologies that has the potential to elucidate the cell types, interactions, and molecu … ecture. Existing PhenoCycler panels are primarily designed for fresh frozen tissues. Formalin-fixed paraffin-embedded blocks offer several advantages in preclinical research, but few antibody clones have been identified in this setting for PhenoCycler imaging. Here, we present a novel PhenoCycler panel of 28 validated antibodies for murine formalin-fixed p …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Diagnosing the cause of death can be challenging, particularly for patients with no prior history of visits to the treating hospital. We enc … nella pneumophila were negative. However, using deoxyribonucleic acid extracted from formalin-fixed paraffin-embedded lung tissue, PCR amplification of the ssrA gene of congeneric Legionella species yielded positive results. The results suggest that the cause of death was likely due to bacterial pneumonia caused by Legionella species.
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lectin microarray (LMA) is a high-throughput platform that enables the rapid and sensitive analysis of N- and O-glycans attached to glycoproteins in biological samples, including formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue sections. Here, we evaluated the sensitivity of the advanced scanner based on the evanescent-field fluorescence principle, which is equipped with a 1× infinity correction optical system and a high-end complementary metal-oxide semiconductor (CMOS) image sensor in digital binning mode. Using various glycoprotein samples, we estimated that the mGSR1200-CMOS scanner has at l…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The polarimetry imaging technique as a promising technique for pathological diagnosis provides a handy tool for identifying and discriminating cancerous tissues. In this paper, the optical polarization properties of bulk bladder tissues without any further processing and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) blocks of bladder tissues have been measured. The images of the Muller matrix for both normal and cancerous samples have been obtained and for quantitative analysis and to provide a more precise comparison, two methods have been applied; the Mueller matrix polar decomposition (MMPD), and…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Formalin-fixation and paraffin-embedding (FFPE) is a technique for preparing and preserving tissue specimens that has been utilized in histopathology since the late 19th century. This process is further complicated by FFPE preparation steps such as fixation, processing, embedding, microtomy, staining, and coverslipping, which often results in artifacts due to the complex histological and cytological characteristics of a tissue specimen. The term "artifacts" includes, but is not limited to, staining inconsistencies, tissue folds, chattering, pen marks, blurring, air bubbles, and contamination. …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Analyzing RNA samples from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues is essential for precision medicine. We investigated RNA quantity and quality from FFPE tumor tissues fixed in formalin for various times and compared sequencing metrics from next-generation sequencing (NGS). Hepatocellular carcinoma (HCC) tissues were fixed in 10% neutral buffered formalin (1-240 h) and FFPE blocks were prepared. Total RNA was extracted, and the quantity and quality were assessed using the NanoDrop, Qubit and Bioanalyzer. After preparing sequencing libraries, NGS was performed on the Oncomine Dx Multi-…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular analysis of small or rare patient tissue samples is challenging and often limited by available technologies and resources, such as reliable antibodies against a protein of interest. Although targeted approaches provide some insight, here, we describe the workflow of two complementary mass spectrometry approaches, which provide a more comprehensive and non-biased analysis of the molecular features of the tissue of interest. Matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) mass spectrometry imaging (MSI) generates spatial intensity maps of molecular features, which can be easily
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples are the only remaining biological archive for many toxicological and clinical studies, yet their use in genomics has been limited due to nucleic acid damage from formalin fixation. Older FFPE samples with highly degraded RNA pose a particularly difficult technical challenge. Probe-based targeted sequencing technologies show promise in addressing this issue but have not been directly compared to standard whole-genome RNA-Sequencing (RNA-Seq) methods. In this study, we evaluated dose-dependent transcriptional changes from paired frozen (FROZ) and F…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spatial transcriptome analysis of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues using RNA-sequencing (RNA-seq) provides interactive information on morphology and gene expression, which is useful for clinical applications. However, despite the advantages of long-term storage at room temperature, FFPE tissues may be severely damaged by methylene crosslinking and provide less gene information than fresh-frozen tissues. In this study, we proposed a sensitive FFPE micro-tissue RNA-seq method that combines the punching of tissue sections (diameter: 100 μm) and the direct construction of RNA-seq li…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Whole genome sequencing of rabies lyssaviruses (RABVs) has enabled the generation of highly detailed phylogenies that reveal viral transmission patterns of disease in reservoir species. Such information is highly important for informing best practices with respect to wildlife rabies control. However, specimens available only as formalin fixed paraffin embedded (FFPE) samples have been recalcitrant to such analyses. Due to the damage inflicted by tissue processing, only relatively short amplicons can be generated by standard RT-PCR methods, making the generation of full-length genome sequences …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования