Myotonic dystrophy type 1 (DM1) is caused by expanded CTG repeats in the DMPK 3'-untranslated region, affecting multiple organs, including the skeletal muscles, eyes, heart, central nervous system, and endocrine system. A major pathogenic event in DM1 is the sequestration of muscleblind-like (MBNL) proteins by CUG repeat-containing RNAs transcribed from expanded repeats. Among the various symptoms of DM1, lipid abnormalities and liver dysfunction are frequent but remain understudied. Although abnormal splicing of insulin receptor RNA is implicated, it cannot fully explain these abnormalities.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ribosomal proteins, because of their RNA-binding capacity, may engage various cellular RNAs and fulfill non-ribosomal roles. Previously, we and others described the intergenic regulation mediated by splicing of RPL22 paralogs in Saccharomyces cerevisiae. Here, we prepared a panel of RPL22A/B intronic mutants with respect to their RNAfold-predicted features and analyzed their properties. We tested splicing efficiency and Rpl22-intron binding using an intron-containing reporter and a yeast three-hybrid system, respectively. We found that the splicing of RPL22 introns can be inhibited by stabiliz
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spinal muscular atrophy (SMA) is a relatively common neurodegenerative disease caused by homozygous loss of the survival motor neuron 1 (SMN … o illustrate more generally the remarkable sensitivity and precision that characterizes control of mRNA splicing.
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: Acute lung injury (ALI) induced by sepsis and its complications have high morbidity and mortality rates globally. The objective of this study was to enhance our understanding of the underlying mechanism of ALI by identifying potential splicing events that are regulated in this condition.
MATERIALS AND METHODS: The CLP mouse model was utilized for mRNA sequencing, and the expression and splicing data were analyzed. Verification of the changes in expression and splicing induced by CLP was conducted using qPCR and RT-PCR.
RESULTS: Our results showed that splicing-related genes were regula
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alternative splicing is the process of producing variably spliced mRNAs by choosing distinct combinations of splice sites within a messenger RNA precursor. This splicing enables mRNA from a single gene to synthesize different proteins, which have different cellular properties and functions and yet arise from the same single gene. A family of splicing factors, Serine-arginine rich proteins, are needed to initiate the assembly and activation of the spliceosome. Serine and arginine rich splicing factor 1, part of the arginine/serine-rich splicing factor protein family, can either activate or inhi
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Using a mouse model of mammary gland development and tumorigenesis we examined changes in both alternative splicing and splicing factors in multiple stages of mammary cancer. The emphasis was on the SR family of splicing factors known to influence alternative splicing in a wide variety of genes, and on alternative splicing of the pre-mRNA encoding CD44, for which alternative splicing has been implicated as important in a number of human cancers, including breast cancer. We observed step-wise increases in expression of individual SR proteins and alternative splicing of CD44 mRNA during mammary
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Splice variant neoantigens are a potential source of tumor-specific antigen (TSA) that are shared between patients in a variety of cancers, including acute myeloid leukemia. Current tools for genomic prediction of splice variant neoantigens demonstrate promise. However, many tools have not been well validated with simulated and/or wet lab approaches, with no studies published that have presented a targeted immunopeptidome mass spectrometry approach designed specifically for identification of predicted splice variant neoantigens.
RESULTS: In this study, we describe NeoSplice, a nov
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cutaneous melanoma is an aggressive malignancy characterized by a high metastatic potential and variable response to immune checkpoint blockade (ICB). The extracellular matrix protein proline/arginine-rich end leucine-rich repeat protein (PRELP), an extracellular matrix protein, contributes to stromal architecture and tumor-immune interactions. This study investigated whether PRELP expression drives transcriptomic remodeling, alternative splicing, interferon (IFN)-related signaling pathways to influence immunotherapy responsiveness in melanoma.
METHODS: Bulk RNA sequencing was per
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutational screening of the breast cancer susceptibility gene BRCA1 leads to the identification of numerous pathogenic variants such as frameshift and nonsense variants, as well as large genomic rearrangements. The screening moreover identifies a large number of variants, for example, missense, silent, and intron variants, which are classified as variants of unknown clinical significance owing to the lack of causal evidence. Variants of unknown clinical significance can potentially have an impact on splicing and therefore functional examinations are warranted to classify whether these variants
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Epstein-Barr virus (EBV) belongs to the gamma subgroup of human herpesviruses. EBV is particularly lymphotropic regarding its latency, meaning that it preferentially targets lymphocytes as its immunological niche. During the establishment of the complex virus-host relationships, the virus influences the human host cell transcriptome inducing changes in RNA quantity and quality aided by a multitude of virally encoded molecules such as microRNAs, lncRNAs, peptides, and proteins. Quantitative changes in human gene expression of infected host cells are due to epigenetic mechanisms, such as alt
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding the molecular mechanisms underlying T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) is essential for developing more effective the … t models. Together, these findings provide compelling evidence that QKI functions as a regulator of RNA splicing with tumor-suppressive activity in T-ALL.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Functional impairment or complete loss of type VII collagen, caused by mutations within COL7A1, lead to the severe recessive form of the skin blistering disease dystrophic epidermolysis bullosa (RDEB). Here, we successfully demonstrate RNA trans-splicing as an auspicious repair option for mutations located in a wide range of exons by fully converting an RDEB phenotype in an ex vivo pre-clinical mouse model based on xenotransplantation. Via a self-inactivating (SIN) lentiviral vector a 3' RNA trans-splicing molecule, capable of replacing COL7A1 exons 65-118, was delivered into type VII collagen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myotonic dystrophy type 1 (DM1) is caused when an expanded r(CUG) repeat (r(CUG)(exp)) binds the RNA splicing regulator muscleblind-like 1 protein (MBNL1) as well as other proteins. Previously, we reported that modularly assembled small molecules displaying a 6'-N-5-hexynoate kanamycin A RNA-binding module (K) on a peptoid backbone potently inhibit the binding of MBNL1 to r(CUG)(exp). However, these parent compounds are not appreciably active in cell-based models of DM1. The lack of potency was traced to suboptimal cellular permeability and localization. To improve these properties, second-gen…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There is growing evidence that synonymous codon variants (SCVs) can cause disease through the disruption of different processes of protein p … y revealed the pathogenic mechanism of the 14 F9 SCVs and highlighted the importance of performing mRNA splicing analysis and protein expression studies of SCVs in inherited disorders.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: This study aim to elucidate the mechanistic role of secretin receptor (SCTR) in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) pathogenesis by systematically characterizing its alternative splicing (AS) landscape.
METHODS: This study systematically investigated the specific gene expression profiles of PDAC by integrating multi-omics data from TCGA and GTEx public databases. We collected formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) specimens and clinicopathologic data from 65 PDAC patients. Immunohistochemical (IHC) analysis was performed to determine the differential expression of secretin re
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Congenital cataract is one of the most genetically heterogeneous ocular conditions with different genes involved in its etiology. Here, we describe the analysis of a new candidate gene of a congenital bilateral cataract associated with polymalformative syndrome, moderate global developmental delay, microcephaly, axial hypotonia, intrauterine growth restriction and facial dysmorphism for two affected siblings. Molecular analysis included exome sequencing and genome wide homozygosity mapping revealed a region of homozygosity shared by the two affected siblings at 10q11.23. The new C10orf71 gene
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: In this study we aimed to identify the molecular genetic cause of a progressive multisystem disease with prominent lipodystrophy.
METHODS: In total, 5 affected individuals were investigated using exome sequencing. Dermal fibroblasts were characterized using RNA sequencing, proteomics, immunoblotting, immunostaining, and electron microscopy. Subcellular localization and rescue studies were performed.
RESULTS: We identified a lipodystrophy phenotype with a typical facial appearance, corneal clouding, achalasia, progressive hearing loss, and variable severity. Although 3 individuals sh
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate pre-mRNA splicing is essential for the transfer of genetic information but faces unique challenge in higher primates due to the massive expansion of intronic Alu elements1-3. While studying Ku, the Ku70/Ku80 heterodimer best known for initiating non-homologous end-joining (NHEJ) by encircling DNA ends4, we discovered that Ku expression increased markedly during primate evolution in parallel with Alu expansion5. Ku binds double-stranded RNA (dsRNA) stem-loops, including those at the antisense Alu (asAlu) elements within introns5. Here, we show that Ku-depletion in human cells has a bro…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spinal muscular atrophy (SMA) is an inherited neuromuscular disorder caused by reduced expression of the survival motor neuron (SMN) protein. SMN has key functions in multiple RNA pathways, including the biogenesis of small nuclear ribonucleoproteins that are essential components of both major (U2-dependent) and minor (U12-dependent) spliceosomes. Here we investigated the specific contribution of U12 splicing dysfunction to SMA pathology through selective restoration of this RNA pathway in mouse models of varying phenotypic severity. We show that virus-mediated delivery of minor snRNA genes sp
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A single nucleotide polymorphism (SNP) in exon 2 of the CD33 gene is associated with reduced susceptibility to late-onset Alzheimer's disease (AD) and causal for elevated mRNA lacking exon 2. In contrast to full-length CD33, transcripts lacking exon 2 result in CD33 protein unable to suppress activation responses in myeloid cells, including microglia. Currently, little is known about the regulation of CD33 exon 2 splicing. Using functional genomics and proteomic approaches, we found that SRSF1 and PTBP1 act as splicing enhancers to increase CD33 exon 2 inclusion in mRNA. Binding of PTBP1 to RN
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования