Spiroplasma citri is a plant pathogenic bacterium that infects a wide range of hosts. In Iran, S. citri is responsible for causing several important diseases, including citrus stubborn, sesame yellows, and safflower necrotic yellows. The beet leafhopper Circulifer haematoceps is a common vector for S. citri transmission in the Mediterranean and Middle Eastern regions. For the first time, we sequenced the whole genome of three Iranian strains D10, D12, and D4 isolated from plants (citrus and sesame) and the insect hosts, originating from Fars Province, for a better understanding of their geneti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The differentiation of naïve CD8+ T cells into effector cells upon activation is essential for eliminating intracellular pathogens and cancerous cells, although the underlying epigenetic mechanisms remain incompletely characterized.
METHODS: Peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) were obtained from healthy donors. naïve CD8+ T cells were purified and activated with α-CD3/CD28-conjugated microbeads for 0, 24, or 72 h in vitro. Flow cytometry was used to assess cytokine production and activation markers at each time point. Assay for transposase-accessible chromatin using sequenc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Vitamin D deficiency is a recognized risk factor for multiple sclerosis (MS), yet the in vivo molecular mechanisms linking vitamin D3 supplementation to immune regulation remain incompletely understood.
METHODS: We performed longitudinal RNA sequencing (RNA-seq) and assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq) profiling of peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from patients with relapsing-remitting MS who either initiated daily high-dose vitamin D3 supplementation or continued regular supplementation, alongside healthy individuals receiving monthly
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Parkinson's disease (PD) is a neurodegenerative disorder characterized by the degeneration of dopaminergic neurons in the substantia nigra (SN). Activation of the neuroinflammatory response has a pivotal role in PD. Mesenchymal stem cells (MSCs) have emerged as a promising therapeutic approach for various nerve injuries, but there are limited reports on their use in PD and the underlying mechanisms remain unclear.
METHODS: We investigated the effects of clinical-grade hypoxia-preconditioned olfactory mucosa (hOM)-MSCs on neural functional recovery in both PD models and patients, a
Клиническое исследование I фазыСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Coxiella burnetii is a Gram-negative gammaproteobacterium and zoonotic agent of Q fever. C. burnetii's genome contains an abundance of pseudogenes and numerous selfish genetic elements. MITEs (miniature inverted-repeat transposable elements) are non-autonomous transposons that occur in all domains of life and are thought to be insertion sequences (ISs) that have lost their transposase function. Like most transposable elements (TEs), MITEs are thought to play an active role in evolution by altering gene function and expression through insertion and deletion activities. However, info
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pathways controlling cardiac cell behavior share a common dependency on heparan sulfate proteoglycans (HSPGs), which tightly regulate signaling at extracellular locations. This signaling is essential for cardiac development, yet how HSPGs are regulated in the forming heart is unknown. The epicardium is a rich source of HSPG-dependent signaling and cellular progenitors. We hypothesized that extracellular heparan sulfate modifiers, 6-O-endosulfatases, orchestrate progenitor cell behavior to support cardiogenesis.
METHODS: We used single-cell RNA sequencing, microscopy, and flow cyto
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND & AIMS: Neonatal necrotizing enterocolitis (NEC) is a severe gastrointestinal disorder with high mortality, characterized by epithelial cell injury and compromised epithelial repair. The mechanisms underlying defective epithelial regeneration remain poorly understood despite advances in single-cell omics. Addressing these challenges is essential for elucidating the pathogenesis of NEC and identifying therapeutic targets to restore epithelial regeneration and replace the damaged epithelial layer.
METHODS: Using a well-established neonatal mouse model of NEC induced by formula feedin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Multiple myeloma (MM) remains the second most common hematologic malignancy, necessitating the identification of novel therapeutic targets. MM is characterized by a distinct epigenetic landscape driven by aberrant chromatin activation and super-enhancer addiction. The transcriptional co-activator p300 acts as a critical "writer" of this landscape by depositing H3K27ac marks. In this study, we hypothesized that targeting the histone acetyltransferase (HAT) activity of p300 with the selective inhibitor A485 would collapse this oncogenic chromatin network and induce lethality in MM ce
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Current molecular diagnostic techniques in forensic science are significantly hindered by DNA degradation, underscoring the urgent need for robust molecular tools with resistance to degradation. In our previous study using a murine traumatic brain injury (TBI) model, we were the first to propose the feasibility of using ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing) to identify trauma-related chromatin changes under early postmortem degradation conditions (2 h). However, its applicability to human forensic samples remains insufficiently evaluated. This st
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The development and diversification of sensory proprioceptive neurons, which reside in the dorsal root ganglia (DRG) and express the tropomyosin receptor kinase C (TrkC), depend on the transcription factor (TF) Runx3. Runx3-deficient mice develop severe limb ataxia due to TrkC neuron cell death. Two additional TFs Pou4f1 (also called Brn3a) and Isl1 also play an important role in sensory neuron development. Thus, we aimed to unravel the chromatin state of early-developing TrkC neurons and decipher the Runx3 high-confidence target genes (HCT) and the possible cooperation between Run
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The hallmark characteristic of macrophages lies in their inherent plasticity, allowing them to adapt to dynamic microenvironments. Leishmania strategically modulates the phenotypic plasticity of macrophages, creating a favorable environment for intracellular survival and persistent infection through regulatory cytokine such as interleukin (IL)-10. Nevertheless, these effector cells can counteract infection by modulating crucial cytokines like IL-12 and key components involved in its production. Using sophisticated tool of single-cell assay for transposase accessible chromatin (ATAC) sequencing
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: Degenerative mitral valve dystrophy (MVD) leading to mitral valve prolapse is the most frequent form of MV disease, and there is currently no pharmacological treatment available. The limited understanding of the pathophysiological mechanisms leading to MVD limits our ability to identify therapeutic targets. This study aimed to reveal the main pathophysiological pathways involved in MVD via the multimodality imaging and transcriptomic analysis of the new and unique knock-in (KI) rat model for the FilaminA-P637Q (FlnA-P637Q) mutation associated-MVD.
METHODS AND RESULTS: Wild-type (WT) and
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: When aortic cells are under stress, such as increased hemodynamic pressure, they adapt to the environment by modifying their functions, allowing the aorta to maintain its strength. To understand the regulation of this adaptive response, we examined transcriptomic and epigenomic programs in aortic smooth muscle cells (SMCs) during the adaptive response to AngII (angiotensin II) infusion and determined its importance in protecting against aortic aneurysm and dissection (AAD).
METHODS: We performed single-cell RNA sequencing and single-cell sequencing assay for transposase-accessible
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The "Assay for Transposase Accessible Chromatin sequencing" (ATAC-seq) is an efficient and easy to implement protocol to measure chromatin accessibility that has been widely used in multiple applications studying gene regulation. While several modifications or variants of the protocol have been published since it was first described, there has not yet been an extensive evaluation of the effects of specific protocol choices head-to-head in a consistent experimental setting. In this study, we tested multiple protocol options for major ATAC-seq components (including three reaction buf
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The inability of the adult mammalian heart to regenerate following injury represents a major barrier in cardiovascular medicine. In contrast, the neonatal mammalian heart retains a transient capacity for regeneration, which is lost shortly after birth. Defining the molecular mechanisms that govern regenerative capacity in the neonatal period remains a central goal in cardiac biology. Here, we assemble a transcriptomic framework of multiple cardiac cell populations during postnatal development and following injury, which enables comparative analyses of the regenerative (neonatal) ve
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hemolysis, oxidative stress, inflammation, vaso-occlusion, and organ infarction are hallmarks of sickle cell disease (SCD). We have previously shown that increases in heme oxygenase-1 (HO-1) activity detoxify heme and inhibit vaso-occlusion in transgenic mouse models of SCD. HO-1 releases Fe(2+) from heme, and the ferritin heavy chain (FHC) ferroxidase oxidizes Fe(2+) to catalytically inactive Fe(3+) inside ferritin. FHC overexpression has been shown to be cytoprotective. In this study, we hypothesized that overexpression of FHC and its ferroxidase activity will inhibit inflammation and microv
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Coxiella burnetii, the bacterium causing Q fever, is an obligate intracellular biosafety level 3 agent. Detection and quantification of these bacteria with conventional methods is time consuming and dangerous. During the last years, several PCR based diagnostic assays were developed to detect C. burnetii DNA in cell cultures and clinical samples. We developed and evaluated TaqMan-based real-time PCR assays that targeted the singular icd (isocitrate dehydrogenase) gene and the transposase of the IS1111a element present in multiple copies in the C. burnetii genome.
RESULTS: To evalu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide association studies (GWAS) have identified >1,200 signals associated with type 2 diabetes (T2D), yet identifying functional variants remains challenging because the majority of them lie in noncoding regions of the genome and are in areas of high linkage disequilibrium (LD). While chromatin accessibility QTL (caQTL) and expression QTL (eQTL) analyses are useful for nominating regulatory mechanisms underlying GWAS signals, limitations still exist in pinpointing functional variants within regions of high LD. A complementary approach that has been less frequently applied is to focus on
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic hepatitis B (CHB) is the leading cause of acute-on-chronic liver failure (ACLF) in China and other Asian countries. A defining immunopathological feature of hepatitis B virus-related ACLF (HBV-ACLF) is immune paralysis, which significantly increases susceptibility to secondary bacterial infections and contributes to poor clinical outcomes. A critical determinant of this immunosuppressed state is impaired antigen presentation due to reduced human leukocyte antigen DR (HLA-DR) expression on monocytes; however, the epigenetic mechanism underlying HLA-DR downregulation in HBV-ACLF remains
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Alterations of the trimethylation of histone 3 lysine 4 (H3K4me3) mark in monocytes are implicated in the development of autoimmune diseases. Therefore, the purpose of our study was to elucidate the role of H3K4me3-mediated epigenetics in the pathogenesis of antiphospholipid syndrome (APS).
METHODS: H3K4me3 Cleavage Under Targets and Tagmentation and Assay for Transposase-Accessible Chromatin were performed to determine the epigenetic profiles. Luciferase reporter assay, RNA immunoprecipitation, RNA pull-down, co-immunoprecipitation and chromatin immunoprecipitation were performed
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования