Histological risk factors for lymph node metastasis (LNM) in early-stage colorectal cancers (CRC) have been described, although the predicti … ofiling to compare T1 lymph node (LN) negative with T1/2 LN positive CRC tumors from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) specimens. Using a data-independent acquisition mass spectrometry workflow, we detected over 7400 proteins and quantified over 4400 in all 21 specimens. Proteins from tumors with LN metastasis were enriched with effectors of epitheli …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The proteomics of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples has advanced significantly during the last two decades, but there are many protocols and few studies comparing them directly. There is no consensus on the most effective protocol for shotgun proteomic analysis. We compared the in-solution digestion with RapiGest and Filter Aided Sample Preparation (FASP) of FFPE prostate tissues stored 7 years and mirroring fresh frozen samples, using two label-free data-independent LC-MS/MS acquisitions. RapiGest identified more proteins than FASP, with almost identical numbers of proteins fro…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In an era of precision medicine important treatment decisions are dictated by expression of clinically informative tumor protein biomarkers. These biomarkers can be detected by immunohistochemistry (IHC) performed in tumor tissue sections obtained from biopsies or resections. Like all experimental procedures, IHC needs optimization for several of its steps. However, the investigator must avoid optimizing the IHC procedure using valuable human biopsy samples which may be difficult to obtain. Ideally, valuable biopsy samples should only be subjected to IHC once the IHC protocol has been optimize
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Digital PCR (dPCR) is proposed to replace real time PCR and Sanger sequencing for detection and quantification of rare mutations … For clinical validation, we compared the performance of dPCR and castPCR in 57 NSCL formalin fixed paraffin embedded samples and 10 lung cancer-free formalin fixed paraffin embedded samples.
RESULTS: EGFR mutations DEL19, p.L858R, p.G719X, p.L861Q and p.T790 M were detected by dPCR in 27 samples versus 11 detected by castPCR (p = 0.014). LoD was determin …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND OBJECTIVES: Varicella zoster virus (VZV) antigen has been detected in temporal arteries (TAs) of individuals with giant cell arteritis (GCA), the most common systemic vasculitis in older adults. Thus, we explored the contribution of VZV to GCA pathogenesis.
METHODS: Formalin-fixed, paraffin-embedded TA sections from biopsy-positive GCA participants with VZV antigen (GCA/VZV-positive; n = 20) and without (GCA/VZV-negative, n = 20) and from normal participants with VZV antigen (control/VZV-positive, n = 11) and without (control/VZV-negative, n = 20) were analyzed by targeted RNA …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Kupffer cells are the liver-resident macrophages and represent the first line of defense between the pathogens circulating from the intestines through the portal vein and systemic circulation. Recent works have highlighted the complex heterogeneity of macrophage functions and origins, thus raising awareness on the need for a better characterization of macrophage populations. The immunohistochemistry method here described, allows for a rapid distinction between Kupffer cells and monocyte-derived macrophages present on formalin-fixed, paraffin-embedded mouse liver samples. This protocol has been…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Renal biopsy (RBx) is an essential tool in the diagnostic and therapeutic process of most native kidney diseases and in the renal transplanted graft. Laser capture microdissection (LCM), combined with molecular biology, might improve the diagnostic power of RBx. However, the limited amount of available renal tissue is often an obstacle for achieving a satisfactory qualitative and quantitative analysis. In our work we present a method which allows us to obtain good quality and quantity of RNA from formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) renal tissue derived from RBx performed in transplante…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Primary IgA nephropathy (IgAN) diagnosis is based on IgA-dominant glomerular deposits and histological scoring is done on formalin-fixed paraffin embedded tissue (FFPE) sections using the Oxford classification. Our aim was to use this underexploited resource to extract RNA and identify genes that characterize active (endocapillary-extracapillary proliferations) and chronic (tubulo-interstitial) renal lesions in total renal cortex. RNA was extracted from archival FFPE renal biopsies of 52 IgAN patients, 22 non-IgAN and normal renal tissue of 7 kidney living donors (KLD) as controls. Genome-wide…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: To facilitate the transition of MALDI-MS Imaging (MALDI-MSI) from basic science to clinical application, it is necessary to analyze formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues. The aim is to improve in situ tryptic digestion for MALDI-MSI of FFPE samples and determine if similar results would be reproducible if obtained from different sites.
EXPERIMENTAL DESIGN: FFPE tissues (mouse intestine, human ovarian teratoma, tissue microarray of tumor entities sampled from three different sites) are prepared for MALDI-MSI. Samples are coated with trypsin using an automated sprayer then in…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the present work, liquid-liquid phase-change absorption of SO2 was investigated using N, N-dimethylcyclohexylamine (DMCHA) as an absorbent, and high boiling liquid paraffin (LP) as a solvent to reduce volatilization of the absorbent. The homogenous solution was split into two immiscible phases upon SO2 loading. The phase-change mechanism was attributed to the polarity variation of DMCHA before and after absorption by forming the charge-transfer complex DMCHA·SO2. The viscosity of the lower phase reached a maximum value of 24.5 mPa s at the absorption capacity of 1 mol SO2/mol DMCHA, and the…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The presence of bacteria within the pocket epithelium and underlying connective tissue in gingival biopsies from patients with periodontitis has been reported using various methods, including electron microscopy, immunohistochemistry or immunofluorescence using bacteria-specific antibodies, and fluorescent in situ hybridization (FISH) using a fluorescence-labeled oligonucleotide probe. Nevertheless, these methods are not widely used due to technical limitation or difficulties. Here a method to localize bacteria within paraffin-embedded tissues using DIG-labeled DNA probes has been introduced. …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАVideo-Audio MediaПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cystic echinococcosis (CE) caused by Echinococcus granulosus remains a serious problem worldwide for issues relating to public health and the economy. The most predominantly affected sites are the liver and the lungs, but other organs such as the heart, the spleen and the peritoneum can also be infected. Access to cysts from uncommon sites has limited genomic and molecular investigations. In the present study, genotypes of E. granulosus sensu lato were identified from formalin-fixed paraffin-embedded tissues (FF-PETs) implicated in human CE. Tissue samples were obtained from 57 patients with h…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: The BIOMED-2 multiplex PCR protocol is a commonly used procedure for assessing B cell clonality in lymphoma diagnostics. Follicular lymphoma poses a special challenge for PCR-based analyses because of high prevalence of somatic hypermutations in the rearranged immunoglobulin (IG) domains. This study aimed to evaluate the BIOMED-2 protocol performance in detection of B cell clonality in follicular lymphoma using formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue.
METHODS: FFPE samples from 118 patients diagnosed with follicular lymphoma in the period 1998-2008 were used in the study. Clonal…
Оценочное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The gene amplification of human epidermal growth factor receptor (HER-2) detected by fluorescence in situ hybridization (FISH) help to select breast cancer patients who could benefit from therapeutic strategies targeting HER-2, trastuzumab. For formalin-fixed paraffin-embedded tissue specimens, the preprocessing procedure, which is consisted of heat-treatment and protease digestion, is necessary to detect probe specific signal by FISH. We compared the findings of two commercial kits for HER-2 (Histra HER2 FISH Kit [JOKOH CO.LTD] and Pathvysion HER-2 DNA Probe Kit [Abbot Molecular CO. LTD]) usi…
Сравнительное исследованиеАннотация на английскомСтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Despite the common underlying translocation t(11;14) involving cyclin D1 that is present in nearly all cases of mantle-cell lymphoma (MCL), the clinical course of the disease is highly variable. The aim of the present study was to develop a quantitative gene expression-based model to predict survival in newly diagnosed patients with MCL that involves a minimum number of genes and is applicable to fresh-frozen and formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tumor samples.
PATIENTS AND METHODS: The expression of 33 genes with potential prognostic and pathogenetic impact in MCL was analyze…
Оценочное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Follicular lymphoma is categorized as low-grade lymphoma because of the long median survival, but the disease is difficult to cure because of frequent recurrence. The t(14;18)(q32;q21) associated with follicular lymphoma juxtaposes a portion of BCL-2 (18q21) and IGH(14q32); the result is bcl-2 overexpression. In this study, a highly sensitive 2-color fluorescence in situ hybridization (FISH) method was used to detect t(14;18)(q32;q21) in the nuclei of paraffin-embedded tissue sections. Fourteen specimens, including 11 samples from follicular lymphoma and 3 samples from diffuse large cell lymph…
Сравнительное исследованиеСтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To test the applicability of an anti-8-hydroxy-2'-deoxyguanosine (8-OH-dG) antibody for immunohistochemistry using paraffin-embedded sections, carbon tetrachloride (CCl4)-induced rat liver injury was evaluated. Male rats were given a single dose of CCl4 and killed at 6 hr, 12 hr, 1, 2, 3, and 7 days thereafter. Severe centrilobular necrosis was evident at 1 day. At 2 days, moderate mononuclear cell infiltration was present in centrilobular necrotic regions. Infiltrating mononuclear cells, surrounding sinusoidal endothelial cells and hepatocytes were stained with anti-8-OH-dG antibody at 2 and …
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: To determine, by in situ immunohistochemistry, whether ovarian carcinomas have increased expression of DNA topoisomerase I.
METHODS: Paraffin wax blocks obtained from 15 samples of normal human tissues and from 14 cases of ovarian cancer were cut on to glass slides and immunohistochemically stained for topoisomerase I. The primary antibody was a mouse monoclonal that recognises topoisomerase I in western blots. Colour was detected using a peroxidase system with diaminobenzidine as the chromogen. The expression of topoisomerase I in the tissues and tumours was graded subjectively from 0 …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Severe malformations pointing to trisomy 18 were observed in two fetuses. No chromosome analysis had been performed. To confirm the diagnosis of trisomy 18, DNA was isolated from formalin fixed and paraffin embedded tissues. Molecular analysis by typing chromosome 18-specific (CA)n-repeats unequivocally showed the presence of trisomy 18 in both cases.
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования