Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD) is a major cause of chronic liver disease worldwide and is closely associated with the development of hepatocellular carcinoma (HCC), yet the molecular mechanisms underlying this transition remain poorly understood. In this study, transcriptomic datasets of NAFLD and HCC were obtained from TCGA, ICGC, and GEO, and differentially expressed genes were identified and integrated using weighted gene co-expression network analysis. Functional enrichment, protein-protein interaction analysis, and multiple machine learning algorithms were employed to determine
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The aim of the present study was to reveal the potential molecular mechanisms of microsatellite instability (MSI) on the prognosis of gastric cancer (GC). The investigation was performed based on an RNAseq expression profiling dataset downloaded from The Cancer Genome Atlas, including 64 high‑level MSI (MSI‑H) GC samples, 44 low‑level MSI (MSI‑L) GC samples and 187 stable microsatellite (MSI‑S) GC samples. Differentially expressed genes (DEGs) were identified between the MSI‑H, MSI‑L and MSI‑S samples. Pathway enrichment analysis was performed for the identified DEGs and the pathway deviation
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Intraductal papillary mucinous neoplasms (IPMNs) are pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) precursors. Differentiating between high-risk IPMNs that warrant surgical resection and low-risk IPMNs that can be monitored is a significant clinical problem, and we sought to discover a panel of mi(cro)RNAs that accurately classify IPMN risk status.
METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: In a discovery phase, genome-wide miRNA expression profiling was performed on 28 surgically-resected, pathologically-confirmed IPMNs (19 high-risk, 9 low-risk) using Taqman MicroRNA Arrays. A validation phase w
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To identify epigenetically silenced cancer-related genes and to determine molecular effects of 5-aza-2'-deoxycytidine (Aza-dC) and/or trichostatin A (TSA) in multiple myeloma (MM), we analyzed global changes in gene expression profiles of three MM cell lines by microarray analysis. We identified up-regulation of several genes whose epigenetic silencing in MM is well known. However, much more importantly, we identified a large number of epigenetically inactivated cancer-related genes that are involved in various physiologic processes and whose epigenetic regulation in MM was unknown thus far. I
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adenoid cystic carcinoma (ACC) is an uncommon salivary gland malignancy characterized by indolent yet relentless growth that exhibits inherent resistance to systemic chemotherapy, surgical salvage and conventional radiotherapy. We used microarray analysis to characterize gene expression changes associated with ACC. Eight ACC patient specimens were compared with normal parotid gland tissue and the ACC3 cell line. Differentially expressed genes were identified (512 total) using supervised analysis methods and functional categories assigned using OntoExpress. Genes associated with morphogenesis,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nasopharyngeal carcinoma (NPC), which originates from the nasopharynx, is highly prevalent in Southern China and Southeast Asia, and more than 90% of all NPCs are non-keratinizing undifferentiated cells or poorly differentiated squamous cells. Cancer stem cells (CSCs) are capable of self-renewal and have differentiation potential. These properties form the basis of cancer initiation, development, and radiochemoresistance. However, the molecular mechanisms underlying NPC CSC maintenance remain poorly understood. Here, genomic expression profiling using our previously established monoclonal cell
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nearly all primary brain lymphomas in acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) patients are associated withEpstein-Barr virus (EBV). The role of EBV in lymphomagenesis is not totally elucidated. One possible mechanism is the overexpression of the BCL-2 oncoprotein, because the latent membrane protein 1 (LMP1) has been reported to transactivate the bcl-2 gene in vitro. To study the interrelationship beetween LMP1 and BCL-2 in vivo, we have analyzed and compared their expression in 11 AIDS-related primary brain lymphomas and 57 AIDS-related systemic lymphomas by immunoperoxidase technique on fr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The FOXO transcription factors control proliferation and apoptosis in different cell types. Their activity is regulated by posttranslational modifications, mainly by the PI3K-PKB pathway, which controls nuclear export and degradation. We show that FOXO1 is highly expressed in normal germinal center B cells as well as in non-Hodgkin lymphomas, including follicular lymphoma, diffuse large B-cell lymphoma, mucosa-associated lymphoid tissue non-Hodgkin lymphoma, B-cell chronic lymphocytic leukemia, and mantle cell lymphoma. In contrast, in 31 of 32 classical Hodgkin lymphoma (cHL) cases, Hodgkin a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epilepsy and thyroid cancer are prevalent disorders with distinct etiologies; however, emerging evidence suggests the presence of shared molecular mechanisms that remain largely unexplored. In this study, we aimed to identify and characterize common hub genes and potential diagnostic markers linking these two conditions using comprehensive in silico and in vitro approaches. Differentially expressed genes (DEGs) were analyzed from epilepsy datasets (GSE44456, GSE186334) and thyroid cancer datasets (GSE60542, GSE153659), leading to the identification of four shared hub genes: CD44, CALCOCO2, ALD
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ASPSCR1::TFE3 renal cell carcinoma (RCC) is a rare subtype with frequent lymph node metastasis and poor prognosis. Its obscure pathogenesis and immune microenvironment greatly limit clinical management. Here, this study integrated single-cell sequencing and high-resolution spatial transcriptomics to profile formalin-fixed paraffin-embedded specimens of ASPSCR1::TFE3 RCC and clear cell RCC. Marked distinctions in tumor and immune landscapes were identified between the two subtypes. Clear cell RCC was enriched in interferon response and hypoxia pathways, while ASPSCR1::TFE3 RCC favored oxidative
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Small cell lung cancer (SCLC) is an aggressive disease that is often diagnosed at an advanced stage when surgery is no longer feasible. The lack of tumor tissue and rapid clinical decline of patients have hindered the feasibility of large omics studies. However, with advances in omics technologies recent studies have started to unravel the molecular heterogeneity of SCLCs.
METHODS: Here, 82 fresh EBUS-TBNA aspirates underwent methylation profiling (EPIC arrays), with subsets of those subjected to whole-genome sequencing (n = 76), RNA-seq (n = 48) and blood cfDNA sequencing (n = 69
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oropharyngeal squamous cell carcinomas (OPSCCs) frequently result from oncogenic human papilloma virus (HPV) infections (HPV-OPSCC). The mechanisms underlying effective immune escape, despite abundant viral antigens, are incompletely understood. Here, we performed single-cell spatial gene expression profiling of HPV-OPSCC to characterize cellular organization and mechanisms of immune resistance. We describe distinct tumor-parenchymal immune foci that differ in cytokine expression, spatial location, immune cell infiltration and cancer cell states. Furthermore, immune foci display profound diffe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Malignant tumors remain a major threat to global human health. This study aimed to systematically integrate multi-omics data to identify a candidate gene with biomarker potential across diverse cancer types and to evaluate its possible clinical applications in oncology.
METHODS: We first performed Mendelian randomization based on summary statistics to integrate blood expression quantitative trait loci data with genome-wide association study results from esophageal adenocarcinoma, stomach cancer, and clear cell renal cell carcinoma. A comprehensive series of multi-omics bioinformat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The peroxiredoxins (PRDXs) family plays a crucial role in balancing reactive oxygen species (ROS) levels in tumor cells. However, its potential role in prognosis and therapy response of prostate cancer (PCa) remains unknown.
METHODS: In this study, we utilized 2 public single-cell RNA datasets and 8 bulk-RNA datasets to investigate the clinical value of six PRDXs family members in PCa. Expression comparison, biochemical recurrence analysis, and therapy response analysis were measured. Pathway enrichments were utilized to predict the potential down-stream pathway it may involve.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Overexpression of the H3K36 histone methyltransferase NSD2 in t(4;14) multiple myeloma (MM) is an early, oncogenic event, and understanding its impact on genomic organisation and expression is relevant to understanding MM biology. We performed epigenetic, transcriptional and phenotypic profiling of the t(4;14) KMS11 myeloma cell line and its isogenic translocation knock out (TKO) to characterise the sequelae of NSD2 overexpression. We found a marked global impact of NSD2 on gene expression and DNA organisation implicating cell identity genes; notably the early lymphocyte regulator, LAIR1 and M
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The most aggressive type of skin cancer, melanoma, has a high prevalence of metastases and a poor prognosis. Despite advancements in treatment, drug resistance and tumor microenvironment heterogeneity, especially involving neuro-immune interactions, continue to exist. The goal of this study is to uncover the cellular heterogeneity of melanoma in order to pinpoint molecular targets and tumor-promoting subtypes.
METHODS: Melanoma single-cell RNA sequencing data came from GEO. Twelve cell types were discovered after Harmony batch effect adjustment and Seurat quality control; melanoma
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hypoxic conditions in glioma are linked to tumor aggressiveness, poor prognosis, and treatment resistance. Long non-coding RNAs (lncRNAs) play key roles in the hypoxic and immune microenvironment of cancers, but their link to hypoxia-induced immunosuppression in high-grade glioma (HGG) is not well-studied.
METHODS: Gene expression profiles from TCGA and CGGA, along with clinical and genomic data, were analyzed. Bioinformatics methods including Consensus Clustering, Pearson correlation, and Cox regression analyses were used. Cell proliferation was assessed using cell counting kit-8
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: NK cells are essential for the detection, identification and prediction of cancer. However, so far, there is no prognostic risk model based on NK cell-related genes to predict the prognosis and treatment outcome of DLBCL patients. This study aimed to explore a risk assessment model that could accurately predict the prognosis and treatment efficacy of DLBCL.
METHODS: Bioinformatics analysis of the expression profiles of DLBCL samples in the GEO database was performed. Cox regression and LASSO regression analysis were used to determine NK cell-related genes associated with patient's pr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: After surgical resection of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), patients are predominantly treated with adjuvant chemotherapy, commonly consisting of gemcitabine (GEM)-based regimens or the modified FOLFIRINOX (mFFX) regimen. While mFFX regimen has been shown to be more effective than GEM-based regimens, it is also associated with higher toxicity. Current treatment decisions are based on patient performance status rather than on the molecular characteristics of the tumor. To address this gap, the goal of this study was to develop drug-specific transcriptomic signatures for per
СтатьяВалидационное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Sinonasal undifferentiated carcinoma (SNUC) is a rare and highly aggressive malignancy originating in the nasal cavity and paranasal sinuses. Its pathogenesis and immune characteristics remain poorly understood.
OBJECTIVES: This study investigates the molecular aspects of SNUC, focusing on tumorigenesis and immunity.
METHODS: For this purpose, spatial transcriptome analysis was employed to compare the gene expression profiles of SNUC tumor cells with those of normal epithelial cells, as well as to compare tumor-infiltrating immune cells with immune cells from normal, tumor-free
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования