Understanding drug mechanisms of action (MOA) and predicting drug-target interactions (DTIs) are fundamental challenges in modern drug discovery and development, hindered by high costs, long development timelines, and limited knowledge of compound activity and molecular targets. Here, we present two deep learning-based computational protocols designed to address these challenges. The first framework employs directed message passing neural networks (D-MPNN) to predict drug MOA from chemical-genetic interaction profiles (CGIPs), by learning how molecular structures perturb biological pathways th
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cassava and cocoyam are major dietary staples in sub-Saharan Africa, commonly processed by natural fermentation before consumption. Although fermentation reduces antinutritional compounds and improves food quality, its molecular effects remain poorly characterized. We used untargeted mass spectrometry-based metabolomics with a computational annotation pipeline to compare fermentation-induced molecular remodeling in the two tubers, which showed distinct responses. In cassava, 718 of 773 significant features (92.9%) were decreased, indicating a predominantly catabolic process. In cocoyam, the re
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Helicobacter pylori (H. pylori) infects approximately half of the global population and is closely linked to chronic gastritis, peptic ulcers, and gastric cancer. Antibiotic resistance has become a major global health concern with marked regional variations, severely undermining empirical treatment efficacy. Resistance mechanisms primarily involve target gene mutations, efflux pump overexpression, and altered membrane permeability. This review summarizes resistance mechanisms of commonly used antibiotics against H. pylori, along with diagnostic approaches ranging from phenotypic to molecular m
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clathrate hydrates are non-stoichiometric inclusion compounds with critical relevance to energy resources and CO2 sequestration, formed by guest molecules encapsulated in water cages. This perspective overviews the synergistic progress achieved through statistical mechanics and molecular simulation with intermolecular potential models in three key areas: thermodynamic stability, structural polymorphism, and dynamic processes. Theoretical estimation of its stability, originated from the van der Waals and Platteeuw theory, has been greatly improved by revisions accounting for constant pressure c
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Apolipoprotein E4 (ApoE4) is a major genetic risk factor in many neurodegenerative diseases, yet effective therapeutic strategies targeting its associated pathologies remain unresolved. The aggregation of ApoE4, a key pathological feature, is modulated by tramiprosate and its metabolite 3-sulfopropanoic acid. In this study, we provide mechanistic insights into how taurine, a close chemical analogue of tramiprosate, interacts with ApoE4 and may similarly modulate its aggregation behavior. Using an integrated approach, which included molecular dynamics simulations, static light scattering, mass
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study examines the combined use of cabazitaxel (CBT) and stigmasterol (STR) to overcome chemotherapy limitations such as drug resistance and toxicity. The combination demonstrates significant synergistic tumor-inhibitory effects and may represent an improved treatment strategy for colon cancer therapy. CBT/STR co-treatment was assessed in HCT116 cells using assays for cell viability, apoptosis, oxidative stress, and cell cycle analysis. The mechanistic findings were supported by western blot analysis of key apoptotic and anti-apoptotic proteins, validation in 3D spheroid model and molecul
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutations in the MYH7 gene, which encodes β-myosin heavy chain (β-MHC), are a significant cause of hypertrophic cardiomyopathy (HCM). These variants may lead to variable clinical outcomes, thereby influencing responsiveness to targeted therapies such as mavacamten, a cardiac myosin inhibitor. In this study, we employed AlphaFold modeling to construct structural models of both wild-type (WT) and mutant β-MHC associated with HCM. We performed molecular docking to evaluate the binding affinity of mavacamten for 22 MYH7 mutant proteins. A subset of variants was further analyzed using molecular dyn
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The molecular mechanisms underlying the effects of icariin (ICA) on erectile dysfunction (ED) remain incompletely understood.
OBJECTIVE: To investigate the pharmacokinetics of ICA and its molecular mechanisms in the treatment of ED.
METHODS: A literature search was conducted in PubMed and Web of Science to identify studies evaluating the effects of ICA on erectile function.
RESULTS: The principal bioactive form of icariside in vivo is icariside II. ICA has been shown to improve under different pathological conditions through multiple molecular mechanisms, including activation
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Environmental heavy metal exposure represents a well-established etiological factor in pulmonary carcinogenesis. Although ferroptosis dysregulation contributes to Cadmium (Cd) induced pulmonary carcinogenesis, its precise molecular determinants remain elusive. Here, we demonstrated that Cd treatment (5 μM) induced EIF4A3-mediated downregulation of circ_0073586 in human bronchial epithelial (16HBE) cells, which functionally promoted malignant transformation. Intriguingly, we observed that ferroptosis was markedly suppressed in malignant transformed cells as the exposure duration increased, a su
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute myeloid leukemia (AML) is a heterogeneous hematopoietic malignancy with limited therapeutic options for many patients. Discoidin domain receptor 1 (DDR1), a transmembrane tyrosine kinase receptor, has been implicated in AML progression and represents a promising therapeutic target. In this study, we employed a hybrid virtual screening workflow that integrates deep learning-based binding affinity predictions with molecular docking techniques to identify potential DDR1 inhibitors. A multistage screening process involving PSICHIC, KarmaDock, Vina-GPU, and similarity-based scoring was conduc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The stable adsorption behavior of ionic liquid lubricants at metal interfaces is a key mechanism for achieving their excellent friction-reducing and antiwear properties. This study employs a research strategy that combines high-throughput molecular dynamics simulations with interpretable machine learning to construct a data set of adsorption energy for 354 different alkyl chain structures of ammonium phosphate esters. By integrating statistical analysis with a feature recursive elimination algorithm, we effectively reduced the dimensionality of high-dimensional descriptors while fully preservi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Delayed wound healing in diabetes markedly increases the risk of amputation and systemic infection. However, the underlying molecular mechanisms are unclear. Fibroblasts are essential in wound repair through collagen secretion, and their dysfunction severely impairs wound healing and tissue regeneration. Increasing evidence indicates that excessive production of neutrophil extracellular traps (NETs) exacerbates local inflammation and induces cell death, thereby delaying wound healing. Despite these findings, the precise mechanisms underlying NETs-induced impairment of wound healing remain poor
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mammalian meiosis is a highly specialized cell division process, resulting in the production of genetically unique haploid cells. However, the molecular mechanisms governing meiosis remain largely unknown, primarily due to the difficulty in isolating pure sub-populations of spermatocytes. Definitive molecular, biochemical, and functional investigations of the meiosis process require the isolation of these individual homogeneous sub-populations of spermatocytes. Here, we present an approach that enables the purification of homogeneous spermatocytes from mouse testis at desired sub-stages. This
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Elucidating the molecular mechanisms of psychopathology is crucial for optimized diagnosis and treatment. Accumulating data have underlined how mitochondrial bioenergetics affect major psychiatric disorders. However, how mitochondrial dynamics, a term addressing mitochondria quality control, including mitochondrial fission, fusion, biogenesis and mitophagy, is implicated in psychopathologies remains elusive. In this review, we summarize the existing literature on mitochondrial dynamics perturbations in psychiatric disorders/neuropsychiatric phenotypes. We include preclinical/clinical literatur
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Limonin shows promise in alleviating non-alcoholic fatty liver disease. We investigated the mechanisms of limonin against non-alcoholic steatohepatitis (NASH) using network pharmacology and molecular docking.
METHODS: Public databases provided NASH- and limonin-associated targets. VennDiagram identified potential limonin targets for NASH. Enrichment analysis explored the limonin-NASH relationship. PPI network analysis, CytoHubba models, and bioinformatics identified hub genes for NASH treatment. Molecular docking assessed limonin's binding ability to hub targets.
RESULTS: We foun
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Preeclampsia (PE) is a prevalent obstetric illness affecting pregnant women worldwide. This comprehensive literature review aims to examine the role of biomarkers and understand the molecular mechanisms underlying PE. The review encompasses studies on biomarkers for predicting, diagnosing, and monitoring PE, focusing on their molecular mechanisms in maternal blood or urine samples. Past research has advanced our understanding of PE pathogenesis, but the etiology remains unclear. Biomarkers such as PlGF, sFlt-1, PP-13, and PAPP-A have shown promise in risk classification and preventive measures
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mature B-cell non-Hodgkin lymphomas are one of the most common hematological malignancies with a divergent clinical presentation, phenotype, and course of disease regulated by underlying genetic mechanism.
MAIN BODY: Genetic and molecular alterations are not only critical for lymphomagenesis but also largely responsible for differing therapeutic response in these neoplasms. In recent years, advanced molecular tools have provided a deeper understanding regarding these oncogenic drives for predicting progression as well as refractory behavior in these diseases. The prognostic models
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Copper (Cu) is an essential micronutrient for both human and animals. However, excessive intake of copper will cause damage to organs and cells. Inflammation is a biological response that can be induced by various factors such as pathogens, damaged cells, and toxic compounds. Dysregulation of inflammatory responses are closely related to many chronic diseases. Recently, Cu toxicological and inflammatory effects have been investigated in various animal models and cells. In this review, we summarized the known effect of Cu on inflammatory responses and sum up the molecular mechanism of Cu-regula
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Isolated growth hormone deficiency type II (IGHD2) is mainly caused by heterozygous splice-site mutations in intron 3 of the GH1 gene. A dominant-negative effect of the mutant GH lacking exon 3 on wild-type GH secretion has been proposed; however, the molecular mechanisms involved are elusive. To uncover the molecular systems underlying GH deficiency in IGHD2, we established IGHD2 model mice, which carry both wild-type and mutant copies of the human GH1 gene, replacing each of the endogenous mouse Gh loci. Our IGHD2 model mice exhibited growth retardation along with intact cellular architectur
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutations in the mitochondrial DNA polymerase, POLG, are associated with a variety of clinical presentations, ranging from early onset fatal brain disease in Alpers syndrome to chronic progressive external ophthalmoplegia. The majority of mutations are linked with disturbances of mitochondrial DNA (mtDNA) integrity and maintenance. On a molecular level, depending on their location within the enzyme, mutations either lead to mtDNA depletion or the accumulation of multiple mtDNA deletions, and in some cases these molecular changes can be correlated to the clinical presentation. We identified a p
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования