OBJECTIVES: This study aims to develop and clinically evaluate EarlyTect BCD Plus, a urine-based assay measuring two methylation sites of the PENK gene, and to assess its diagnostic performance and clinical utility according to haematuria risk stratification.
MATERIALS AND METHODS: A dual-target quantitative methylation-specific PCR assay was optimized using the PENK gene and evaluated in 892 patients with haematuria from Korea and the United States who underwent cystoscopy and histopathology. Urine DNA was analysed for two PENK methylation markers, and test results were interpreted using a c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple sclerosis (MS) is an immune-mediated central nervous system disease with mapped genetic risk loci but unresolved cross-layer regulatory mechanisms. We harmonised 30 primary public MS datasets spanning bulk transcriptomics (552 samples, 367 MS/185 healthy control [HC]), DNA methylation arrays (475 samples, 244 MS/231 HC) with sorted-cell whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) assessment, single-cell RNA sequencing (RNA-seq; 517,533 cells from 81 donors), and cerebrospinal fluid (CSF) and brain white-matter proteomes, and UK Biobank Pharma Proteomics Project (UK Biobank-PPP) plasma pr…
СтатьяПолный текст найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: There is an urgent need to identify biomarkers of tumorigenesis for colitis-associated cancer (CAC) as early cancer detection remai … IMER 2.0. COL1A1 expression and mutations were examined using cBioPortal, Kaplan-Meier plotter, and DNA methylation was analyzed using MethSurv. Correlation of COL1A1 gene promoter methylation with tissue type and clinical data was performed using the UALCAN database. The ROC analysis of COL1A1 was conducted in the R environment.
RESULTS: Our analysis identified …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple myeloma (MM), a prevalent hematological malignancy, is characterized by the abnormal proliferation and accumulation of plasma cells within the bone marrow. ALKBH5, an RNA demethylase, is implicated in various tumor-related processes, yet its role in myeloma remains insufficiently understood. In this study, we revealed that elevated ALKBH5 expression correlates with poor MM prognosis. Furthermore, romidepsin, a recognized histone deacetylase (HDAC) inhibitor, was found to significantly suppress both the protein levels and enzymatic activity of ALKBH5. Interestingly, while ectopic expre
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Studies addressing the methylation pattern in adamantinomatous craniopharyngioma (ACP) are lacking.
OBJECTIVE: To identify methylation signatures in ACPs regarding clinical presentation and outcome.
METHODS: Clinical and pathology data were collected from 35 patients with ACP (54% male; 18.1 years [2-68]). CTNNB1 mutations and methylation profile (MethylationEPIC/Array-Illumina) were analyzed in tumoral DNA. Unsupervised machine learning analysis of this comprehensive methylome sample was achieved using hierarchical clustering and multidimensional scaling. Statistical associati
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND OBJECTIVES: Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is one of the deadliest malignancies. An epigenetic-based synthetic lethal strategy provides a novel opportunity for PDAC treatment. Finding more DNA damage repair (DDR)-related or cell fate-related molecules with aberrant epigenetic changes is becoming very important. Family with sequence similarity 110C (FAM110C) is a cell fate-related gene and its function in cancer remains unclear.
METHODS: Seven cell lines, 34 cases of intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN), 15 cases of mucinous cystic neoplasm (MCN) and 284 cases
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The epigenetic silencing of tumor suppressor genes (TSGs) is critical in the development of chronic myeloid leukemia (CML). SHP-1 functions as a TSG and negatively regulates JAK/STAT signaling. Enhancement of SHP-1 expression by demethylation provides molecular targets for the treatment of various cancers. Thymoquinone (TQ), a constituent of Nigella sativa seeds, has shown anti-cancer activities in various cancers. However, TQs effect on methylation is not fully clear. Therefore, the aim of this study is to assess TQs ability to enhance the expression of SHP-1 through modifying DNA methylation…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
TNFα and IFN-γ secreted by CD4+T-Helper (TH) cells have antitumor activity followed by polarisation of TH1 phenotype in response to IL-12 secreted by dendritic cells, inducing expression of XPG, Nucleotide-Excision Repair (NER) complex component, which is downregulated in breast cancer. Therefore, we investigated the involvement of XPG in TH-cell differentiation in breast cancer. XPG knock-out (KO) PBMC and TH1 polarised CD4+ TH-cells isolated from breast cancer and control subjects blood samples were used to observe mRNA expressions of associated genes, % enrichment of corresponding epigeneti
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute lung injury (ALI) is a pulmonary disorder that causes acute respiratory failure, thus leading to relative high mortality worldwide. However, the molecular mechanisms of ALI remain largely unknown. MicroRNA (miRNA)-dependent control of gene expression at a post-transcriptional level has been recently reported. Herein, we identify a candidate miRNA, miR-495, that affects the progression of ALI. Alveolar macrophages (NR8383) were treated with 1 μg/mL lipopolysaccharide (LPS) to establish a cell-injury model. Combined with the data from western blot, methylation-specific PCR, methylated DNA
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Endometrial endometrioid carcinoma is related to estrogen excess and expression of estrogen and progesterone receptors. Epidemiological evidence suggests that exposure to elevated androgens, as in polycystic ovarian syndrome, increases the risk of endometrial cancer. Factors impacting androgen receptor (AR) expression are not well studied. Mismatch repair (MMR) deficiency due to MLH1 gene methylation is one of the most common molecular alterations in endometrial cancer, occurring in 15% to 20% of cases. MLH1 methylation can be associated with decreased expression of other genes, so we examined
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Survival benefit from surgical debulking of ovarian cancer (OC) is well established, but some women, despite total macroscopic clearance of disease, still have poor prognosis. We aimed to identify biomarkers to predict benefit from conventional surgery.
METHODS: Clinical data from women debulked for high-stage OC were analysed (Hammersmith Hospital, London, UK; 2001-2014). Infinium's HumanMethylation27 array interrogated tumour DNA for differentially methylated CpG sites, correlated to survival, in patients with the least residual disease (RD; Hammersmith Array). Validation was pe
СтатьяМногоцентровое исследованиеПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: To study the relationship of imprinted gene expression (CDKN1C, H19, IGF2, KCNQ1 and PHLDA2) with human fetal growth.
METHODS: RNA was extracted from fetuses with intrauterine growth restriction (IUGR) and from the controls without growth restriction. The gene expression pattern of CDKN1C, H19, IGF2, KCNQ1 and PHLDA2 genes was evaluated using RT-PCR. MS-MLPA was also performed to assess the IC1 and IC2 DNA methylation status on chromosome 11p15.5.
RESULTS: The samples were divided according to their tissue type in placental or fetal tissue. Within each group, IUGR cases and controls…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: In some 5% of patients with facioscapulohumeral muscular dystrophy (FSHD), no D4Z4 repeat contraction on chromosome 4q35 is observed. Such patients, termed patients with FSHD2, show loss of DNA methylation and heterochromatin markers at the D4Z4 repeat that are similar to patients with D4Z4 contractions (FSHD1). This commonality suggests that a change in D4Z4 chromatin structure unifies FSHD1 and FSHD2. The aim of our study was to critically evaluate the clinical features in patients with FSHD2 in order to establish whether these patients are phenotypically identical to FSHD1 and to…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Eight of the nine viral antigens known to be expressed in in vitro Epstein-Barr virus (EBV)-transformed B-lymphoblastoid cell lines are downregulated in EBV-carrying Burkitt lymphomas (BL). Only EBNA1 can be detected in BL biopsies and BL-derived cell lines that maintain the representative phenotype during culture in vitro (group I BL lines). This restricted pattern of viral gene expression is accompanied by extensive EBV DNA methylation and can be reversed by treatment with the demethylating agent 5-azacytidine. Transcription of the genes encoding the six transformation-associated EBNAs can b…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epstein-Barr virus (EBV) DNA in blood is associated with many diseases, though most often it is not linked to any disease. EBV DNA can be measured in whole blood, PBMCs, serum, or plasma. Using the most sensitive assays, viral DNA can be detected in PBMCs in nearly all individuals who have been infected. Among organ transplant recipients, higher EBV DNA copy numbers in PBMCs may reflect the degree of immunosuppression and could help guide pharmacologic management. In patients with EBV-PTLD, treatment with rituximab or other anti-B cell therapies typically eliminates measurable EBV DNA in PBMCs
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The accurate diagnosis of regional lymph node metastasis is critical for guiding treatment decisions in head and neck cancer patients. Despi … in A, carcinoma-associated fibroblasts, cyclins, β-catenin, histopathology, genetic amplifications, DNA methylation, ecotropic viral integration site 1, CC-chemokine receptor 7, melanoma associated-A antigens, vascular endothelial growth factor-C (VEGF-C), panitumumab, epidermal growth factor receptor (EGFR), cornulin, total protein analysis, CD133, NANOG homeobo …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human cytomegalovirus (HCMV) is a herpesvirus (family) belonging to the beta herpesvirus subfamily that causes significant morbidity both in … , focusing primarily on the role of post-translational modifications (PTMs) of histones, as well as DNA methylation. Within the viral genome, nucleosomes are organized for the spatial/temporal expression of appropriate genes due to epigenetic modifications. Therefore, during the infection cycle, DNA chromatinization and chromatin modifications influence the expre …
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ten-eleven translocation (TET) enzymes reverse gene silencing imposed by 5-methylcytosine (5mC) in mammalian genomes by catalyzing the stepwise oxidation of 5mC to 5-hydroxymethylcytosine (5hmC), 5-formylcytosine (5fC), and 5-carboxycytosine (5caC). 5hmC both acts as an independent epigenetic mark and promotes replication-dependent DNA demethylation by antagonizing maintenance DNA methylation. Oxidation of 5hmC to 5fC/5caC instead marks the committed step in replication-independent DNA demethylation, whereby 5fC/5caC are actively excised and reverted to unmodified cytosine. Although prior work…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute myeloid leukemia (AML) is characterized by complex molecular alterations including mutations in epigenetic regulators such as IDH1 and DNMT3A, which are associated with globally altered DNA methylation affecting gene transcription, treatment choices, and outcomes. Additionally, IDH1 mutations are linked to changes in DNA-loop formation leading to oncogene upregulation. Here, we assessed 3D-DNA conformational changes in IDH1- and DNMT3A-mutated (mut) AML on a genome-wide scale as a global driver of leukemic signaling to identify novel therapeutic vulnerabilities. Using a cellular model wi…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Growing evidence indicates that N7-methylguanosine (m7G) modification plays critical roles in epigenetic regulation. However, no data regarding m7G modification are currently available in Eimeria tenella, a highly virulent species causing coccidiosis in chickens.
METHODS: In the present study, we explore the distribution of internal messenger RNA (mRNA) m7G modification in sporulated and unsporulated oocysts of E. tenella as well as its potential biological functions during oocyst development using methylated RNA immunoprecipitation sequencing (MeRIP-seq) and mRNA sequencing (mRNA
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования