While 5-methylcytosine (5mC) DNA methylation is a well-known player in genome stability and transcriptional regulation, the role of 5-hydroxymethylcytosine (5hmC), particularly prevalent in neurons, remains largely unknown. Here, we used long-read Oxford Nanopore Technology (ONT) to profile whole-genome, native 5mC and 5hmC levels in sorted neuronal nuclei samples from human post-mortem brain tissue. Genomic annotation revealed high 5hmC levels in actively transcribed genes and enhancers, which were enriched in neuron-related pathways, with functional variety when stratifying across chromatin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dengue remains a major public health challenge in tropical regions, where viral genetic diversity, vector ecology and human mobility contribute to recurrent outbreaks. In 2024, Brazil experienced its largest recorded dengue epidemic, with intense transmission across the Northeast region. This study characterizes the epidemiological, genomic and phylogeographic features of dengue virus (DENV) circulation during the 2024 outbreak in Alagoas, northeastern Brazil. Of 6102 suspected cases analysed by molecular diagnostics, 1607 (26.3%) were confirmed as DENV infections. Epidemiological analyses rev
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: CD47 is a key innate immune checkpoint that enables tumor cells to evade macrophage-mediated clearance.
METHODS/RESULTS: To systematically identify genetic regulators of CD47 surface expression, we performed FACS-based genome-wide CRISPR screens in three murine cancer cell lines B16 (melanoma), MC38 (colon adenocarcinoma), and EMT6 (breast carcinoma).
RESULTS: Comparative analysis of cells with high or low CD47 surface expression using DrugZ revealed CD47 itself as the top hit, validating the screens. Notably, DNAJC13 emerged as a consistent and robust regulator of CD47 expressio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
T2T-Hub is a free, web-based platform designed to facilitate the analysis and visualization of telomere-to-telomere (T2T) genomes in plants … lly curated genomes, T2T-Hub additionally provides repeat and noncoding RNA annotation, comparative genomics analyses, and integrated online tools. The platform is freely accessible without login at https://bis.zju.edu.cn/t2thub and https://biobigdata.nju.edu.cn/t2thub.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cardiovascular disease (CVD) is a major complication in patients with metabolic syndrome (MetS). The risk of CVD is influenced by genetic, sociodemographic, and lifestyle factors.
OBJECTIVES: The aims of this study were to identify single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with CVD risk in patients with MetS and examine the impact of sociodemographic, lifestyle, and genetic factors.
METHODS: We analyzed baseline data from the Korean Genome and Epidemiology Study-Urban Health Examinee cohort (KoGES-HEXA). MetS was defined as the presence of three or more of the MetS risk f
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gut microbial single nucleotide polymorphisms (SNPs) offer stable, specific genetic markers for disease diagnosis. Escherichia coli (E. coli), a dominant gut bacterium, is associated with colorectal cancer (CRC), but limited enteric reference genomes hinder SNP annotation in intestinal strains. Metagenomic sequencing profiled gut microbiota in 200 CRC patients and 200 healthy controls. The E. coli strain WDP was fully sequenced via PacBio single-molecule technology for genome assembly and functional annotation. Wilcoxon tests identified differentially abundant microbes, while Lasso regression
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human lipidome comprises numerous complex lipids, dysregulation of which can contribute to the pathogenesis of a wide range of diseases. Despite the high heritability of parts of the lipidome, the genetic architecture of many circulating lipid species and their structure remains mostly unknown. Thus, we perform genome-wide association studies on 970 lipid species and 267 fatty acid composite measures using samples from the population-based Rhineland Study (n = 6096). We validate our findings using corresponding data from two other independent cohorts, including FinnGen (n = 7266) and EPIC-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/OBJECTIVES: Ki67 is a well-established histologic proliferation marker across many cancers; however, its clinical application in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) has remained limited. Multiple studies have demonstrated that Ki67 is prognostic in PDAC, with higher Ki67 expression associated with worsened outcomes. In this study, we aimed to characterize the underlying biology of Ki67-enriched tumors.
METHODS: Clinical and transcriptional data from PDAC patients were obtained from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and three Gene Expression Omnibus (GEO) datasets. Mutational analy
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study evaluates the effectiveness of Illumina-based genome skimming for barcoding myxomycete herbarium collections ranging from 29 to 91 years in age. We successfully retrieved partial sequences of the standard marker gene (nucSSU) in all cases, as well as additional markers (mtSSU, EF1a, and COI) for certain collections. Altogether, 28 genes were recognized in the studied material. In a 33-year-old specimen of Lindbladia tubulina, the assembly reached an N50 of 4.19 kb, enabling the recovery of extended functional loci. The input genomic DNA quantity emerges as the primary determinant of
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although gene editing offers durable therapeutic potential for genetic disorders such as hypercholesterolemia, widely used adenine base editors (ABEs) face translational obstacles due to potential off-target effects inherent in gene-editing systems. ABE8e has strong clinical potential owing to its high efficiency and rapid editing kinetics, but its genome-wide off-target effects remain poorly characterized. Here, we uncovered substantial genome-wide off-target edits of ABE8e using the GOTI (Genome-wide Off-target analysis by Two-cell embryo Injection) assay, including in oncogenes and tumor su
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Domestic cat hepatitis B virus (DCHBV) is a member of the Hepadnaviridae family and has been associated with hepatocellular carcinoma (HCC) in cats. This study aimed to determine the prevalence of DCHBV and associations with feline immunodeficiency virus (FIV), feline leukaemia virus (FeLV) and feline coronavirus (FCoV) infections in cats in Serbia, and to characterise the detected DCHBV genomes. Whole blood, serum and liver samples from 308 animals were screened by real-time (RT-)PCR for DCHBV, FIV, FeLV, and FCoV. The prevalence of DCHBV was 2.60%, with no significant associations observed b
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As one of the most widely cultivated edible mushrooms in the world, Pleurotus mushrooms are popular among people for their delicious taste a … research on Pleurotus spp., and to provide systematic technical support and insights for functional genomics research and the analysis of molecular mechanisms of complex traits in Pleurotus mushrooms.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Characterizing genomic diversity and population structure is essential for the conservation and sustainable utilization of indigenous sheep genetic resources. Anatolia represents an important center of sheep diversity, harboring multiple populations shaped by diverse breeding histories, ecological conditions, and management practices. In this study, we performed a comprehensive genome-wide assessment of fifteen Anatolian sheep populations using SNP-based data to investigate their genomic diversity, population structure, and genetic relationships.
RESULTS: Genetic diversity indices
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The DNA damage response (DDR) encompasses a multitude of interconnected pathways that serve as a cellular defense to protect genome integrity. Dysregulation or failure of these pathways results in cancers and genetic disease. DNA viruses, including the herpesvirus cytomegalovirus (CMV), activate DDR signaling during their replicative program. The mechanisms by which they commandeer these responses for replication of their genome remain unclear. Here, we define a viral protein, UL138, that modulates the activity of host DDR pathways. The loss of UL138 results in structural variants, including i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The Picornaviridae family is a large group of viruses comprising 68 genera. Duck-origin picornaviruses are categorized into four genera, however, the taxonomic status of some recently identified strains remains to be determined.
METHODS: In this study, two virus strains isolated from breeding ducks experiencing reduced egg production were identified and characterized through viral metagenomic analysis.
RESULTS: Two viral strains (NC0246 and PX0394) exhibiting the typical picornavirus-like genomic structure were identified and characterized. Notably, both strains exhibit extende
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N. cadamba is a fast-growing and economically important tree species with significant industrial and medicinal values. Its spherical capitulum comprises hundreds of sessile florets densely aggregated on a receptacle. How this unique floral structure shapes the mating system of this species remains unknown, as this structure enhances the probabilities of both selfing and outcrossing. Here we clarify this question by investigating a natural population. We randomly sampled 11 half-sib families and 6 progenies per half-sib family and assayed samples with whole-genome resequencing. Population genom
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HCT116 is a colorectal cancer cell line frequently used in anti-tumor drug development experiments as well as in studies of the molecular machinery of eukaryotic cells. It is well characterized by the presence of several single-nucleotide and short mutations in multiple oncogenes and tumor suppressor genes, including KRAS, PIK3CA, MLH1, CTNNB1, CDKN2A, TGFBR2, and BRCA2. However, its landscape of large genomic rearrangements (LGRs) and copy number variants (CNVs) is still far from being fully understood. Therefore, the aim of this study was to identify LGRs and CNVs in several HCT116 cell line
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Table olives are among the most important fermented vegetables in the Mediterranean region, with fermentations largely driven by Lactiplantibacillus species. While Lactiplantibacillus pentosus has been extensively studied at the genomic level, genomic information on olive-associated Lactiplantibacillus plantarum remains scarce. To expand current knowledge, three novel L. plantarum strains isolated from table olive fermentations in Spain (Lpl15 and LPT703) and Greece (B282) were subjected to whole-genome sequencing and comparative genomic analysis. Genome assemblies ranged from 3.25 to 3.50 Mb
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Induced pluripotent stem cells (iPSCs) have revolutionized neuroscience, providing an approach to generate patient-specific neurons for modeling of neurological diseases. However, it remains unclear how closely iPSC-derived neurons replicate the chromatin architecture of authentic brain neurons. Here, we uniformly processed newly generated Hi-C data from iPSC-derived neurons and neurons isolated from the human postmortem brain, together with previously published data sets comprising 228 human and 89 mouse Hi-C and snm3C-seq samples from different cell subtypes. These data were merged into 96 h
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования