The spike (S) polypeptide of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) consists of the S1 and S2 subunits and is processed by cellular proteases at the S1/S2 boundary that contains a furin cleavage site (FCS), 682RRAR↓S686 Various deletions surrounding the FCS have been identified in patients. When SARS-CoV-2 propagated in Vero cells, it acquired deletions surrounding the FCS. We studied the viral transcriptome in Vero cell-derived SARS-CoV-2-infected primary human airway epithelia (HAE) cultured at an air-liquid interface (ALI) with an emphasis on the viral genome stability
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The loss of LOXL1 expression reportedly leads to the prolapse of pelvic organs or to exfoliation syndrome glaucoma. Increasing ev … ingle-cell mass cytometry, was developed. A body-wide organ transcriptomic (BOT) map was created by RNA-Seq of tissues from 17 organs from both Loxl1 knockout (KO) and wild-type mice.
RESULTS: The BOT results indicated the systemic upregulation of genes encoding proteins associated with the immune response and proliferation processes in multiple tissues …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Monocytes/macrophages play a central role in chronic inflammatory disorders, including rheumatoid arthritis (RA). Activation of these cells results in the production of various mediators responsible for inflammation and RA pathogenesis. On the other hand, the depletion of macrophages using specific antibodies or chemical agents can prevent their synovial tissue infiltration and subsequently attenuates inflammation. Their plasticity is a major feature that helps the switch from a pro-inflammatory phenotype (M1) to an anti-inflammatory state (M2). Therefore, understanding the precise strategy ta
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Friedreich ataxia (FA) is caused by GAA repeat expansions in the first intron of FXN, the gene encoding frataxin, which results in decreased … ental period. These frataxin-deficient adults are short-lived and present strong locomotor defects. RNA-Seq analysis identified deregulation of genes involved in amino-acid metabolism and transcriptomic signatures of oxidative stress. In particular, we observed a progressive increase of Tspo expression, fully rescued by adult frataxin expression. Thus, Ts …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neuroinflammation commonly accompanies neurodegeneration, but the specific roles of resident and infiltrating immune cells during degeneration remains controversial. Much of the difficulty in assessing myeloid cell-specific functions during disease progression arises from the inability to clearly distinguish between activated microglia and bone marrow-derived monocytes and macrophages in various stages of differentiation and activation within the central nervous system. Using an inducible model of photoreceptor cell death, we investigated the prevalence of infiltrating monocytes and macrophage
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Skeletal muscle contributes to roughly 40% of lean body mass, and its loss contributes to morbidity and mortality in a variety of pathogenic conditions. Significant insights into muscle function have been made using cultured cells, in particular, the C2C12 myoblast line. However, differentiation of these cells in vitro typically yields immature myotubes relative to skeletal muscles in vivo. While many efforts have attempted to improve the maturity of cultured myotubes, including the use of bioengineered substrates, lack of molecular characterization has precluded their widespread i
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adrenocortical carcinoma (ACC) is a rare but aggressive malignancy. Localized tumors can be treated successfully with surgical excision, but the presence of micrometastases, recurrence, and advanced disease are associated with high mortality rates, despite the use of chemotherapy with etoposide, doxorubicin, cisplatin (EDP), and mitotane. During the past decade, the characterization of ACC using genomic profiling and next-generation sequencing (NGS) has resulted in the proposed new targeted therapies for patients with advanced ACC. In 2018, the European Society of Endocrinology in collaboratio
СтатьяНаблюдательное исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: M2 macrophages are closely associated with an immunosuppressive tumor microenvironment (TME) and may influence drug response, but their clinical relevance in osteosarcoma (OS) remains to be comprehensively elucidated. This study developed an M2-related model to predict the risk, immune response, and drug sensitivity for patients with OS.
METHODS: Bulk RNA-seq data (TARGET-OS), microarray data (GSE21257), and scRNA-seq data (GSE162454) were obtained and analyzed. Single-cell data were processed using the Seurat package for cell annotation and cellular heterogeneity characterizati…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cancer cells, such as non-small cell lung cancer (NSCLC) cells, exhibit remarkable phenotypic plasticity and undergo epigenetic … (G4) structures by Cleavage Under Targets and Tagmentation sequencing (CUT&Tag-seq). Combined with RNA-seq and ATAC-seq analysis, we performed functional validation using overexpression, RNAi, qPCR, western blot, immunofluorescence, sphere formation, and flow cytometry. High-resolution microscopy revealed that oxidized base lesions and repair complexes o …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The important roles of T cells in tumor progression support the development of a T cell-associated prognostic model for Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (HNSCC).
METHODS: The single-cell RNA-seq (scRNS-seq) data from GSE181919 were processed via the Seurat package for quality control and cell annotation. hdWGCNA was used to identify T cell-associated co-expression modules. Key genes were screened by univariate and LASSO Cox regression in TCGA to build a RiskScore model, followed by validation in the GSE41613 and GSE117973 datasets. The correlations of the RiskScore with the…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcription-factor involvement in drug-adaptive chromatin remodelling is often inferred from motif enrichment in differential ATAC-seq peaks, but such analyses can be distorted by sequence composition, peak length, baseline accessibility and redundant motif models. We reanalysed 105,048 consensus ATAC-seq peaks from an olaparib-adapted Kuramochi ovarian-cancer continuum using HOMER-calibrated AP-1/bZIP models with coordinate-level de-duplication. At T320, 27,154 peaks gained and 30,050 lost accessibility. AP-1 motif-occurrence density remained higher in gained chromatin under complementary a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Concanavalin A (ConA)-induced acute hepatitis is a widely used murine model for studying immune-mediated liver injury, characterized by T-cell activation and pro-inflammatory cytokine production. Mesenchymal stem cells (MSCs) have shown promise in mitigating liver injury through immunomodulation, but the precise cellular and molecular mechanisms remain unclear. This study leverages single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) to elucidate the role of MSCs in reshaping the hepatic immune microenvironment during acute liver injury.
METHODS: Single-cell suspensions were isolated from liver…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cell-cell communication (CCC) mediated by ligand-receptor (L-R) interactions is fundamental to deciphering tissue development and disease mechanisms. While single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has advanced this field, existing computational methods for inferring CCC often suffer from limitations such as dependence on static databases and a failure to capture the sequential dependency of amino acids within proteins, which restricts their generalizability and predictive accuracy. Therefore, the primary objective of this study was to develop a robust computational framework capable …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Ulcerative colitis (UC) is a chronic inflammatory disease that seriously endangers human health. Shaoyao Decoction (SYD) has been widely used in clinical practice to treat UC; however, its active components and molecular mechanisms remain unclear.
OBJECTIVE: To elucidate the pharmacological mechanisms by which SYD and its active constituents ameliorate UC using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq).
METHODS: We first assessed the therapeutic efficacy of SYD in a dextran sulfate sodium (DSS)-induced UC mouse model. We then applied scRNA-seq to identify the potential cell populati…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The stromal compartment of the developing kidney arises from forkhead box D1 (Foxd1)-expressing progenitors and gives rise to diverse cell types essential for nephrogenesis, including the renal stroma, capsule, mesangial cells, renin cells, pericytes, and vascular smooth muscle cells (VSMCs). However, the molecular mechanisms guiding their fate specification remain incompletely defined. Here, we identify the basic helix-loop-helix transcription factor Tcf21 as a critical determinant of stromal cell identity during kidney development. We performed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) on Foxd1…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella is a major foodborne pathogen that causes approximately 1.35 million infections annually in the US and remains a leading cause of … ritidis) challenge using a combination of spectral flow cytometry and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq). Fifty specific-pathogen free (SPF) chicks were reared to 21 days of age and then assigned to S. Enteritidis-challenged (SE; 1.62 × 108 CFU/bird, oral gavage) or control (CN; PBS) groups (n = 25/group). On day 2 post infection (2 dpi) and 6 dpi, ei …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cytotrophoblast (CTB) of the early gestation human placenta are bipotent progenitor epithelial cells, which can differentiate into invasive extravillous trophoblast (EVT) and multinucleated syncytiotrophoblast (STB). Trophoblast stem cells (TSC), derived from early first trimester placentae, have also been shown to be bipotential; however, their cell-of-origin has not been identified. In this study, we set out to probe the transcriptional diversity of early and late first trimester villous CTB (vCTB) and compare these to TSC. To this end, we performed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) on …
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Greater than a hundred genetic risk factors for Alzheimer’s disease (AD) have been identified by genome-wide association studies (GWAS), man … ed down were then interrogated in CROP-seq experiments, where CRISPRi was combined with single cell RNA-sequencing (scRNA-seq). These analyses identified 9 unique microglial clusters, including a poly(I:C)-driven inflammatory cluster (2). Emerging evidence supports a pathogenic role of viral infections in AD and our scRNA-seq showed significant overlap wi …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Diffuse midline glioma (DMG) and glioblastoma (GBM) are aggressive brain tumors with limited treatment options. Macrophage phago … l blood mononuclear cell-derived and bone marrow-derived macrophages. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) was used to analyze transcriptional changes in macrophage subsets that phagocytosed ("eaters") or did not phagocytose ("non-eaters") glioma cells. In vivo, efficacy of combination therapy was assessed using orthotopic xenograft and syngeneic mouse …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Heart failure with preserved ejection fraction (HFpEF) is a poorly understood, multi-system disease with high morbidity and mortality. To improve our understanding of its underlying biology, we used single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) to characterize cell-specific gene expression patterns in human HFpEF myocardium.
METHODS: Septal myocardial biopsies (2-3 mg) from 30 HFpEF patients and 29 non-failing donor controls were analyzed using the 10X Genomics platform, with nuclei isolated from combined samples (6 patients/pool). Genotype-based demultiplexing was performed with soup…
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования