AIMS: This study reports the first documented cases of Castellaniella spp. infection in dogs, describing associated clinical and pathological findings and characterizing a novel species within this genus.
METHODS AND RESULTS: Pleural effusions from two dogs presenting with acute respiratory distress and systemic illness were evaluated via cytology, bacterial culture, and next-generation sequencing. Both cases exhibited neutrophilic-macrophagic inflammation with intracellular Gram-negative rods, primarily within macrophages. Bacterial culture failed to identify the organisms. Metagenomic analy
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study presents a comprehensive genomic and preclinical evaluation of Lactococcus cremoris FBMS_5810, establishing its taxonomic identity, genomic uniqueness, and safety profile. Genomic analyses identified strain-specific genes linked to adhesion, colonization, and pathogen exclusion, aligning with previously observed in vitro probiotic properties. In vivo studies in healthy mice demonstrated that Lactococcus cremoris FBMS_5810 modulates gut microbiota composition. Specifically, the relative abundance of Muribaculaceae, Erysipelotrichaceae, and Streptococcaceae was significantly increased
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Migratory birds play an important role in the spread of antimicrobial resistance (AMR); however, gaps in surveillance data from vital regions along migratory flyways across China limit the detection of emergent threats. Here, we assembled 340 metagenomes from 52 bird species covering 11 provincial administrative districts in China, presenting a specialized migratory microbial genome and gene catalog to archive the genomic and functional diversity of gut microbiomes in wild birds. This comprehensive migratory bird microbial genome and gene (MBGG) catalog includes 5823 metagenome-assembled genom
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Streptacidiphilus sp. PAMC 29251 represents the first member of its genus isolated from an Antarctic fruticose lichen Sphaerophorus globosus. To elucidate its ecological, metabolic, and biosynthetic features, we performed comparative genomic analyses in combination with physiological assays. PAMC 29251 exhibited distinct ecophysiological features compared with previously described Streptacidiphilus species, including the ability to grow at 4°C and across a broad alkaline range (pH 6.5-10.0). Genome sequencing revealed a 10.11 Mb linear chromosome containing 9,547 coding sequences, including 31
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Metagenome-assembled genomes (MAGs) are routinely recovered from metagenomic studies, yet the population genetic information embedded within these datasets remains largely underutilized. Analyzing within-species genetic variation can reveal adaptive evolution, selection pressures, and ecological dynamics that are hidden when MAGs are treated as homogeneous entities. Existing tools address individual analysis steps in isolation, requiring manual integration and creating barriers for researchers without extensive bioinformatics expertise.
RESULTS: Here we present PopMAG, a Nextflow
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: SARS-CoV-2 has been deeply characterized. However, large-scale clinical sequencing remains unaffordable or is declining in many regions, threatening the detection of new viral variants. While clinical mutations can be identified by analyzing wastewater samples, the potential of this tool for diversity analyses remains underexploited. Additionally, current procedures for virus concentration and purification continue to undergo refinement.
METHODS AND RESULTS: This study presents a workflow integrating a high-purity laboratory procedure and an information theory-based R package to g
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The most commonly accepted scenario of early Earth includes: creation of the universe around 13.8 Ga (Giga-annus; or 109 years ago); establishment of our solar system ~ 4.60 Ga; and formation of Earth ~ 4.54 Ga. The earliest life forms on our planet so far observed to have existed, are microbes that left signals of their presence in rocks ~ 3.6 Ga - suggesting that Life forms existed within the first 940 million years after Earth's formation. However, an intriguing recent publication [1] infers that the last universal common ancestor (LUCA) likely existed by 4.2 Ga, and that the inferred LUCA
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neonatal meningitis Escherichia coli (NMEC) is the most common gram-negative microorganism to cause meningitis in newborns. Here, we report the complete genome sequences of 29 NMEC strains isolated from the cerebrospinal fluid of infants with meningitis in the Netherlands from 1989 to 1997.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
During the COVID-19 pandemic, wastewater-based epidemiology has progressively taken a central role as a pathogen surveillance tool. Tracking viral loads and variant outbreaks in sewage offers advantages over clinical surveillance methods by providing estimates not biased by testing practices and enabling early detection. However, wastewater-based epidemiology poses new computational research questions that need to be solved in order for this approach to be implemented broadly and successfully. Here, we address the variant deconvolution problem, where we aim to estimate the relative abundances
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Accurate annotation of germline immunoglobulin (IG) and T cell receptor (TCR) loci is critical for understanding adaptive immunity.
RESULTS: VDJ-Insights provides a user-friendly software package for characterizing these complex immune regions. In addition, it assesses gene segment functionality, identifies recombination signal sequences, and annotates complementarity-determining regions 1 and 2. VDJ-Insights achieved over 99% concordance with curated annotations from multiple species, outperforming existing annotation tools. When applied to 95 haplotypes from the Human Pangenome
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The spatial and temporal organization of nuclear processes is increasingly interpreted through principles associated with liquid-liquid phase separation (LLPS), whereby multivalent interactions among proteins and nucleic acids generate dynamic, membraneless assemblies. In DNA repair, such assemblies have been proposed to coordinate damage sensing, signaling, and repair pathway choice; however, their causal contribution in physiological immune contexts remains under active investigation. Antibody class switch recombination (CSR) provides a stringent immunological model in which to examine these
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Large B-cell lymphoma with interferon regulatory factor 4 (IRF4) rearrangement (LBCL-IRF4) predominantly affects children and young adults (CAYA) and presents as localized disease with excellent prognosis. Although most tumors harbor IRF4 rearrangement (IRF4-R), the existence of cryptic rearrangements has been suggested. Whether LBCL with IRF4-R in adults represents the same biological entity remains unclear. To address this question, 35 CAYA diagnosed with LBCL-IRF4 and 7 adults (aged >40 years) with LBCL with IRF4-R were investigated by an integrative molecular approach. Targeted sequencing
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The emergence and expansion of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) clones in healthcare facilities pose a significant public health concern due to their adaptability and resistance to commonly used antibiotics. In this study, the genomic and epidemiological characteristics of 81 MRSA isolates collected between February and June 2022 were analyzed. ST5 (25.9%) and ST6 (19.7%) emerged as the dominant sequence types, collectively accounting for 45.6% of infections. Whole-genome sequencing and phenotypic analyses revealed that ST5 clone exhibited a broader multidrug-resistant profil
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bacterial blight, caused by Xanthomonas citri pv. punicae (Xcp) is a significant threat to pomegranate cultivation in India. Although antibiotics such as streptomycin, streptocycline, and tetracycline are commonly used for its management, their effectiveness is declining due to the emergence of resistant Xcp strains carrying acquired resistance genes. Considering this growing concern, the present study aimed to investigate nine Xcp isolates obtained from pomegranate-growing regions of India by assessing their pathogenicity, followed by in vitro evaluation of their antibiotic sensit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Experimental evolution provides a reproducible testing ground for the study of adaptive evolution where the numerous degrees of freedom impacting the trajectory of evolution can be limited to their most controlled form. Evolution in a continuous culture device known as the chemostat further constrains the variables that introduce stochasticity by maintaining constant selective pressure and environmental conditions. Using a multiplexed miniature chemostat setup, we generated a highly parallel set of yeast evolution experiments in glucose-, phosphate-, and sulfate-limited media conditions with a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell types can be organized into related families, but the regulatory mechanisms that define and maintain these families across deep evolutionary time remain unknown. Here, combining single-nucleus multi-omic sequencing with deep learning to analyse the accessible genomes of two groups of vastly divergent animals including flatworms and vertebrates, we find that hundreds of accessibility-dictating sequence motifs partition into distinct yet conserved sets, or 'vocabularies', each associated with a specific cell type family. However, combinatorial relationships among these motifs preferred by i
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Orosanga japonica (Hemiptera: Ricaniidae) is an invasive, polyphagous planthopper established in Türkiye since 2007 that threatens economically important perennial and field crops across the Black Sea region. Although its establishment and rapid spread suggest considerable adaptive capacity, the genomic basis of this potential remains unexplored. We combined whole-genome sequencing with RNA-Seq data to generate a functionally annotated genome, recovering 92.5% of conserved single-copy orthologs. Utilizing these resources, we performed comparative genomic analyses across 20 additional hemiptera
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Advanced maternal age (AMA; > = 35 years) is associated with increased fetal chromosomal risk and is an important indication for invasive prenatal diagnosis. This study evaluates karyotyping and chromosomal microarray analysis (CMA) findings among AMA pregnancies in Tamil Nadu, India.
METHODS: In this prospective observational study, 2,200 pregnant women aged ≥35 years who underwent amniocentesis between July 2020 and June 2021 were enrolled. Conventional karyotyping was performed in all cases. CMA was performed as a reflex or complementary test when predefined clinical or cytogen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: All species of gibbons are endangered, with the Yunnan lar gibbons (Hylobates lar yunnanensis) officially declared extinct in th … The insights and resources generated from this study will boost the research in gibbon conservation genomics and assist in determining conservation priorities, evaluating, and improving conservation measures.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While genomic testing is increasingly utilised to personalise cancer treatment, its complexity creates challenges in achieving informed consent. Partnering with patients, carers, researchers and health professionals, we developed a Question Prompt List (QPL) aiming to support communication and informed consent for tumour profiling and genomic research in oncology. Participants (n = 38) included cancer patients participating (or not) in genomic research, carers, researchers and clinicians. Two rounds of interviews elicited information needs and suggested questions, followed by feedback on the d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования