Single cell transcriptomics has recently seen a surge in popularity, leading to the need for data analysis pipelines that are reproducible, modular, and interoperable across different systems and institutions.To meet this demand, we introduce scAN1.0, a processing pipeline for analyzing 10X single cell RNA sequencing data. scAN1.0 is built using the Nextflow DSL2 and can be run on most computational systems. The modular design of Nextflow pipelines enables easy integration and evaluation of different blocks for specific analysis steps.We demonstrate the usefulness of scAN1.0 by showing its abi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Since the approval of ibrutinib for relapsed/refractory mantle cell lymphoma (MCL), the treatment of this rare mature B-cell neoplasm has taken a great leap forward. Despite promising efficacy of the Bruton tyrosine kinase inhibitor, resistance arises inevitably and the underlying mechanisms remain to be elucidated. Here, we aimed to decipher the response of a sensitive MCL cell line treated with ibrutinib using time-resolved single-cell RNA sequencing. The analysis uncovered five subpopulations and their individual responses to the treatment. The effects on the B cell receptor pathway, cell c
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gastrointestinal microbiota and immune cells interact closely and display regional specificity; however, little is known about how these communities differ with location. Here, we simultaneously assess microbiota and single immune cells across the healthy, adult human colon, with paired characterization of immune cells in the mesenteric lymph nodes, to delineate colonic immune niches at steady state. We describe distinct helper T cell activation and migration profiles along the colon and characterize the transcriptional adaptation trajectory of regulatory T cells between lymphoid tissue and co
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Nifedipine-induced gingival overgrowth (NGO) is a multifactorial pathogenesis with increased extracellular matrix including coll … ival overgrowth, gingival overgrowth caused by nifedipine, and healthy normal gingiva. We conducted RNA-Seq on these four groups of fibroblasts and analysed the differentially expressed genes (DEGs).
RESULTS: Fibroblasts derived from NGO patients had higher proliferation and migration abilities than those of the other groups. Protein-protein interaction …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND & AIMS: Colorectal cancer (CRC) remains a major cause of cancer-related morbidity and mortality worldwide. Although the adenoma-carcinoma sequence and associated genetic alterations are well characterized, the earliest cellular and molecular events that initiate tumorigenesis within histologically normal colonic epithelium remain poorly defined. This study aims to identify tumor-initiating cells (TICs) and early transcriptional markers of neoplastic transformation using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) from paired normal-appearing and transformed human colonic tissues.
METHOD…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: To identify the mutation for Volkmann cataract (CTRCT8) at 1p36.33.
METHODS: The genes in the candidate region 1p36.33 were Sanger and parallel deep sequenced, and informative single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified for linkage analysis. Expression analysis with reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) of the candidate gene was performed using RNA from different human tissues. Quantitative transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR) analysis of the GNB1 gene was performed in affected and healthy individuals. Bioinformatic analysis of the linkage r
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Despite the success of HER2-targeted therapy in achieving prolonged survival in approximately 50% of treated individuals, treatment resistance is still an important challenge for HER2+ breast cancer (BC) patients. The influence of both adaptive and innate immune responses on the therapeutic outcomes of HER2+BC patients has been extensively demonstrated.
METHODS: Long non-coding RNAs expressed in non-pathological complete response (pCR) HER2 positive BC were screened and validated by RNA-seq. Survival analysis were made by Kaplan-Meier method. Cell death assay and proliferation ass…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ETHNOPHARMACOLOGICAL RELEVANCE: The Xianlian Jiedu Decoction (XLJDD) is a traditional Chinese medicinal formulation commonly used in the cli … protein expression of Ki-67, Bcl-2, and Caspase-3 was evaluated by immunohistochemistry (IHC). Bulk RNA-seq coupled with transcriptome and GO/KEGG enrichment analyses revealed alterations in key signaling pathways, which were further validated at the protein level by Western blotting. Collectively, these experiments elucidated that XLJDD exerted anti-colo …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Epstein-Barr virus (EBV) latent infection is causally linked to several epithelial cancers, including endemic forms of undiffere … (patient-derived xenograft C15, C666-1, and SNU719). We integrate EBNA1 ChIP-seq and transcriptomic RNA-seq analyses to identify the cell cycle-dependent kinase CDC7 and a stem cell transcription factor POU2F1 as direct functional targets of EBNA1 in each of these epithelial cancer models. EBNA1 binding to the CDC7 promoter and POU2F1 intron promotes RNA …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cancer stem cells (CSCs) drive recurrence and drug resistance in hepatocellular carcinoma (HCC), but their origin remains controversial: are they tumour-initiating cells or late-stage dedifferentiation products? Direct human single-cell evidence linking bipotent progenitors (BPs) and CSCs has been lacking.
METHODS: We integrated single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data from 109 samples (44 patients; 410,608 cells) across five public cohorts and generated EpCAM-enriched scRNA-seq from two additional HCC patients. Single-cell somatic mutations were inferred from the transcriptomi…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Lipedema is a common, female-predominant disorder characterized by disproportionate, painful lower-limb adipose tissue, and it s … THODS: From a theory-neutral standpoint, we reprocessed the largest publicly deposited adipose bulk RNA-seq dataset of lipedema (14 women with lipedema versus seven controls, paired by depot) with Salmon (College Park, MD: University of Maryland) and DESeq2 (Seattle, WA: Bioconductor Project), estimated cell-type composition by single-sample gene-set enri …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hirschsprung disease (HSCR) is a congenital disorder characterized by the aganglionosis, which remains disputable and limited biomarkers about pathogenesis.
METHODS: This study employed a multidimensional approach to explore the potential new targets and molecular mechanism for HSCR, including proteome-wide Mendelian randomization (MR) analysis, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), bioinformatics, and experimental validation through cellular and tissue studies.
RESULTS: Our results confirmed RET and AGRN as key proteins implicated in HSCR genesis and development, further under…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The miR156/SPL module via BpSPL2 activates BpGSTF3 and BpASA1 to enhance drought tolerance in birch through ROS scavenging and auxin-induced … ic plants overexpressing bp-miR156c and BpSPL2 as experimental materials and employed GUS staining, RNA-seq, yeast one-hybrid assay, ChIP-PCR and dual-luciferase reporter assays to investigate the mechanism by which the miR156/SPL module regulates drought tolerance in birch. GUS staining results indicated that BpSPL2 is a target gene of bp-miR156c and sub …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Selective IgA deficiency (sIgAD) is the most common primary antibody deficiency in Western populations and is associated with … healthy controls. Purified CD19⁺ B cells from adults with sIgAD and controls were profiled by bulk RNA-seq at baseline and after 48 h TLR9 stimulation with CpG ODN 2006. Unsupervised analyses, differential expression, and correlation networks integrated clinical, serologic, and transcriptional data.
RESULTS: Clinically, adults with sIgAD had an airway-p …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS/HYPOTHESIS: Regenerating endogenous pancreatic beta cells is a potentially curative yet currently elusive strategy for diabetes therapy … ministration and withdrawal were analysed using quantitative RT-PCR and immunostaining. Single-cell RNA-seq was used to investigate the effects on the islet cells' transcriptome and perform pathway enrichment analysis. RIP-rtTA;TetO-GFP mice were studied in parallel to assess the dependency of cell cycle induction on vessel manipulation. Additionally, in …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Transforming growth factor-beta (TGFβ)-superfamily signaling has been implicated in the regulation of hepatocyte growth and rege … d with transcriptomes from Smad7-overexpressing livers. To broaden the analysis, publicly available RNA-seq datasets from TGFβ-treated hepatic stellate cells and hepatocellular carcinoma lines were meta-analyzed. Finally, human liver tissues from cirrhotic and healthy individuals were examined for fibrosis and ribosome biogenesis markers to validate murin …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Myocardial ischemia-reperfusion injury (MIRI) remains a significant challenge in treating cardiovascular diseases, contributing … T, and cTnI were measured, and myocardial injury was examined by TTC, HE, and Masson staining. Bulk RNA-seq was performed to analyze gene expression profiles. The chemical composition of XBTYF was characterized by UPLC-MS/MS, followed by molecular docking to assess interactions between key compounds and Hoxb4. In vitro, H9C2 cardiomyocytes were subjected …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We previously reported that glucose-regulated protein 78 autoantibodies (GRP78 Ab) cause breakdown of the blood-brain barrier (BBB) in neuromyelitis optica spectrum disorder (NMOSD) patients. Objective of the present study is to identify novel antibodies associated with the breakdown of the BBB in NMOSD patients negative for anti-GRP78 Ab. Human brain microvascular endothelial cells (BMECs) were incubated with purified NMOSD-IgG from 4 patients. RNA-seq, a high-content imaging, living cell-based antibody binding assay, and mass spectrometry were used to evaluate molecular changes and identify …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Despite achieving complete remission (CR) through surgery, chemoradiotherapy, targeted therapy, and other treatment modalities, … e performed to elucidate detailed impacts of LIPUS or combination treatment on anti‑tumor immunity. RNA-seq was used to preliminarily explore the biological mechanism of LIPUS.
RESULTS: LIPUS inhibited the growth of 4T-1 xenografted, and the irradiation time was the main factor. In 4T-1 low tumor burden model, further studies had shown that LIPUS of sple …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Chronic pancreatitis (CP) is characterized by significant pancreatic exocrine dysfunction, with limited targeting therapeutic st … lysis of pancreatic tissue (via HE staining, IHC, IF), molecular assays (Western blot, RT-PCR), and RNA-seq were performed. LC-MS/MS identified chemical components in the serum of DCHD-treated mice, and network pharmacology predicted potential targets. Mouse pancreatic acinar cells (266-6) exposed to caerulein and PI3K inhibitor LY294002 were treated with …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования