Liver hepatocellular carcinoma (LIHC) is a leading cause of cancer-related mortality worldwide, with limited therapeutic options and poor prognosis, particularly at advanced stages. Identifying key molecular drivers involved in LIHC progression is critical for improving diagnosis and treatment strategies. In this study, we performed an integrated bioinformatics analysis using four independent GEO datasets (GSE19665, GSE54236, GSE55092, and GSE84598) to identify differentially expressed genes (DEGs) associated with LIHC. A total of 147 common DEGs were identified, and protein-protein interactio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heart failure (HF) is an end stage of cardiovascular diseases. Tongmai Qiangshen Medicinal Liquor (TMQSJ) is an over-the-counter traditional Chinese medicinal liquor, but its efficacy-related material basis and mechanisms in HF remain unclear. In this study, UPLC-Q-TOF-MS/MS was used to characterize TMQSJ constituents and prototype compounds in rat plasma. HPLC fingerprinting, spectrum-effect relationship analysis, single-compound activity evaluation, and integrative bioinformatics were combined to screen efficacy-related candidate quality markers and HF-associated candidate genes. A total of
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA binding proteins (RBPs) are essential components of the transcriptomic regulome. Understanding the RBP regulome in cancer cells is crucial for uncovering carcinogenesis mechanisms and identifying novel therapeutic targets. In this study, we aimed to reveal the regulome of liver cancer upon specific perturbations. To achieve this, we applied a consensus Gene Regulatory Network (GRN) approach using knockdown data focusing on the liver cancer cell line HepG2. By integrating multiple GRNs inferred from diverse computational methods, we constructed a comprehensive regulatory network. To validat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Although human papillomavirus (HPV) vaccines effectively prevent cervical cancer, the HPV vaccination rates in Japan remain low because of concerns about alleged neurological adverse events. Darja Kanduc proposed a flawed hypothesis that molecular mimicry between HPV and human proteins could induce cross-reactive antibodies, causing autoimmune organ damage, even when only the portions of amino acid (AA)-sequences of the epitopes were identical between HPV and human proteins.
METHODS: In this study, we conducted the same computational data analysis as Kanduc, using 22 linear epitop
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Retinoblastoma (RB) is typically associated with highly penetrant pathogenic sequence variants (PSVs) in the RB1 gene; however, some families exhibit low penetrance RB (LPRB). We aimed to determine the penetrance rate and identify genetic and clinical characteristics of LPRB. To that end two cohorts were analyzed: 250 genetically confirmed LPRB cases identified through systematic literature review and 78 classical germline RB (CGRB) from three international centers- Thailand, Korea, and Israel. Penetrance rate was estimated as the proportion of affected individuals among RB1 PSV carriers. Mult
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is a major cause of dementia, and this paper explores the unclear roles of mitochondrial dysfunction and programmed cell death in AD. Differentially expressed genes (DEGs) were identified using AD datasets GSE63061 and GSE63060 from the Gene Expression Omnibus. DEGs were intersected with mitochondria-related genes and programmed cell death-related genes to obtain DEGs (in AD) intersected with mitochondrial-related genes and DEGs (in AD) intersected with programmed cell death-related genes. Correlation analysis of these DEGs was used to identify candidate genes. Machine
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Identifying recurrent genetic mutations is crucial for advancing the understanding and treatment of hepatocellular carcinoma (HCC). The chromatin regulator ARID1A is frequently mutated in cancers, but its integrated impact on prognosis and the tumor immune microenvironment (TIME) in HCC is unclear.
METHODS: Somatic mutation and transcriptome data from TCGA and ICGC databases were analyzed. Associations with tumor mutation burden (TMB) and prognosis were evaluated. Immune infiltration was estimated using CIBERSORT/ssGSEA. Pathway and immunomodulator analyses were performed. ARID1A
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hepatocellular carcinoma (HCC) is a malignant tumour with high global incidence and mortality, featuring limited therapeutic options and poor prognosis, which necessitates novel prognostic biomarkers. The immune checkpoint molecule CD274 (Programmed Death-Ligand 1, PD-L1) correlates with poor prognosis in most solid tumours, yet its prognostic value in HCC remains controversial, and circulating levels are unclear. This study aimed to multi-dimensionally investigate CD274's expression patterns and clinical significance in HCC.
METHODS: Bioinformatics analyses were performed on The
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The role of Bisphenol A (BPA) in endometrial cancer (EC) remains uncertain. In this study, we integrated toxicological prediction, network toxicology, gene expression profiling, survival analysis, and molecular docking to explore potential BPA-associated molecular features in EC. Toxicological predictions from ADMETLAB 3.0 and ProTox-3 suggested a potential affinity of BPA for estrogen receptor α (ERα), along with possible involvement in oxidative stress and mitochondrial dysfunction. Integrative database analysis identified 129 putative BPA–EC–related genes, and GO/KEGG enrichment analyses in
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adaptive resistance limits durable benefit from immune checkpoint blockade (ICB) in the majority of cancer patients, yet the transcriptomic dynamics of the broader checkpoint landscape during treatment remain poorly characterized across tumor types. Here we present CheckDyn, a multi-cohort computational framework that profiles paired pre- and post-treatment transcriptomes to quantify treatment-induced changes across 38 immune checkpoint and exhaustion-associated genes and to predict adaptive resistance. We integrated publicly available RNA-seq and scRNA-seq data from 64 paired tumor samples sp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The cellular origin and molecular mechanisms underlying therapeutic resistance in colorectal cancer remain largely unclear.This study integrates single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, molecular docking, and multi-cohort public databases to systematically elucidate the epithelial cell-driven drug resistance mechanism, and combines clinical pathological paraffin samples to evaluate the clinical significance and prognosis of the key protein TMEM184A. Integrated single-cell datasets underwent quality control and PCA/UMAP clustering, followed by annotation verified through spatial tr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clinical AI systems' lack of interpretability limits their adoption in evidence-based medicine. To address this challenge, we propose a computational framework that harnesses generative AI's medical knowledge to create interpretable structural causal models (SCMs) for clinical decision support, quality improvement evaluation, and population health management. We evaluated our approach through a case study using data from the Midwest Healthcare Conference Causal Diagram Challenge, where we compared transformer-based large language models against human performance on a complex causal reasoning t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Palmitoylation may represent a new therapeutic target for psychiatric disorders. However, the specific role of palmitoylation in major depressive disorder (MDD) remains unclear. Therefore, this study aimed to explore biomarkers related to palmitoylation-related genes (PRGs) in MDD using bioinformatics methods. In this study, we used GSE52790, GSE38206, and PRGs for analysis. First, we performed weighted gene co-expression network analysis and differential expression analysis between MDD and control samples to obtain key module genes and differentially expressed genes (DEGs). These genes were o
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell RNA sequencing provides an unprecedented resolution for cellular heterogeneity and gene regulation, fostering cross-species comparative analyses with increasing interspecies data. However, integrating single-cell transcriptomic data faces challenges, including gene selection, evolutionary distance, and batch effects, with varying method performances. We utilized single-cell transcriptomic data from hippocampal tissues of seven mammals (e.g. mouse, human), evaluating 13 mainstream integration methods across 27 tasks with 11 metrics. To compare the performance of different methods, w
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aimed to screen genes associated with drought adaptation in Cerasus humilis and analyze their sequence characteristics and evolutionary relationships. The results could provide a theoretical basis for exploring the molecular basis underlying drought adaptation of Cerasus humilis. Two-year-old wild Cerasus humilis plants were cultivated in a greenhouse, and irrigation was completely withheld for 20 consecutive days. Leaves were sampled and a cDNA library of wild Cerasus humilis was constructed. By utilizing high-throughput screening in yeast combined with mannitol-induced simulated d
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polychlorinated biphenyls (PCBs) are persistent organic pollutants of global concern, yet their associations with predicted cardiovascular risk remain unclear. In this prospective Wuhan-Zhuhai cohort study, concentrations of seven serum PCBs (PCB-28, 52, 101, 118, 138, 153, and 180) were measured using GC-MS/MS. The validated China-PAR equation was used to calculate predicted 10-year atherosclerotic cardiovascular disease (ASCVD) risk, and urinary 8-iso-prostaglandin F2α (8-iso-PGF2α) served as a marker of oxidative stress. Multivariable linear and logistic regression models were fitted to eva
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Female infertility diseases such as polycystic ovary syndrome (PCOS), endometriosis, diminished ovarian reserve (DOR), and recurrent implantation failure (RIF) have different clinical phenotypes. However, they might be epigenetically convergent, and thus the therapeutic targets may be potential. This study utilized transcriptome data, microRNA (miRNA), and DNA methylation data from the granulosa cells of four Gene Expression Omnibus (GEO) datasets, GSE138518, GSE105765, GSE232306, and GSE92324, to conduct integrated bioinformatics analysis. We focused on differentially expressed genes (DEGs),
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: This study aimed to elucidate chemerin's role in gestational diabetes mellitus (GDM)-related fetal endothelial dysfunction and its association with non-invasive hemodynamic parameters.
METHODS: We integrated bioinformatics (GSE87295 dataset, n = 5/group), a prospective clinical cohort (30 GDM, 31 controls), and functional in vitro experiments. Chemerin and von Willebrand factor (vWF) were quantified by ELISA. Fetal aortic pulse wave velocity (APV) was assessed by Doppler ultrasound. Human umbilical vein endothelial cells (HUVECs) were treated with recombinant chemerin (0-40 nM).
R
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ONSEN is a heat-activated Ty1/copia retrotransposon in Arabidopsis thaliana controlled by heat shock factors (HSFs) and epigenetic silencing. Heat shock element (HSE)-like sequences in ONSEN long terminal repeats (LTRs) contribute to heat responsiveness, but relationships among sequence architecture, basal DNA methylation and natural variation remain unclear. We combined transcription-factor motif prediction, transposable-element comparisons, methylome and RNA sequencing (RNA-seq) data, and Arabidopsis genome assemblies. In silico disruption of five HSE cores eliminated HSF-family motif compat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bladder cancer prognosis is a critical factor in determining optimal treatment strategies. However, the heterogeneity of multi-omics data and the high dimensionality of gene features pose significant challenges for accurate survival prediction. Traditional single-omics or naive integration methods often struggle to capture complex inter-omics relationships and are vulnerable to noise from redundant genes. To address these issues, a novel deep learning framework--AAE-Cox-M, is proposed to integrate mRNA, miRNA, DNA methylation, and CNV data for survival analysis. This method features a two-stag
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования