Phylogenetic networks and, more generally, directed acyclic graphs (DAGs) represent hierarchical structure beyond trees, for instance in the presence of reticulate evolutionary events such as hybridization or horizontal gene transfer. A central question is which parts of such graphs are essential with respect to leaf-observable information, and which parts can be removed without changing this information. Resolving this question can lead to principled simplification methods for phylogenetic networks, such as the recent normalization approach of Francis et al. In this paper, we study this quest
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sulfur-containing heterocycles such as thiophene, thiazole, and thiadiazole frequently appear in biologically active molecules, although the intrinsic nature of their S···O chalcogen-bonding (ChB) interactions in protein-ligand complexes is yet to be completely understood. In this work, a comprehensive survey of the Protein Data Bank (December 2024 release) was carried out, identifying more than 3,000 crystal structures in which these heterocycles engage in chalcogen-bonding interaction. Among those, 1547 unique structures show S···O close contacts with the oxygen atom of the protein carbonyl
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Apolipoprotein E4 (ApoE4), one of the three common isoforms of ApoE, differs from ApoE3 and ApoE2 by just one amino acid substitution each. Yet these changes in ApoE4 profoundly impact protein structure and function to make it the strongest genetic risk factor for late-onset Alzheimer's disease (AD). ApoE4 exhibits a tendency to form oligomers (e.g., tetramers) that complicate high-resolution structural characterization in aqueous environments. Very little is known about the self-associated oligomeric structures. In this study, we employed ultracentrifugation, native mass spectrometry (MS), an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AMPA receptors (AMPARs) facilitate excitatory neurotransmission and are implicated in neurological and neuropsychiatric disorders. Binding of the neurotransmitter glutamate triggers AMPAR activation, which is modulated by potentiating and inhibitory auxiliary subunits. While modulation by potentiating auxiliary subunits has been studied extensively, activation involving inhibitory subunits has not been examined. Here, we present structures of the activated GluA2 AMPAR alone and in complex with inhibitory subunits GSG1L or γ5. Our results suggest that gating kinetics strongly depend on auxiliar
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
GPR18, a class A G protein-coupled receptor once considered an orphan with unclear links to the endocannabinoid system (ECS), is increasingly recognized as a pharmacologically relevant component of the extended ECS. Structural, pharmacological, and functional evidence increasingly support the positioning of GPR18 within the extended ECS, with closer alignment to cannabinoid receptor 2 (CB2R) than to cannabinoid receptor 1 (CB1R) at the levels of signaling, tissue distribution, and lipid-mediated pharmacology. This review provides an updated overview of GPR18 biology through distinctive analyti
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: The HerA-NurA complex reportedly functions in DNA end resection in archaea. End resection is important to start homologous recombination by forming a single-stranded DNA region with an overhanging 3'-end, which invades double-stranded DNA (dsDNA) with a homologous sequence to form a D-loop. Here, we studied the structure and functions of HerA-NurA from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis. Our analyses demonstrated that NurA is a non-directional and single-stranded specific nuclease, but the HerA-NurA complex cleaves both strands of dsDNA in an exonucleolytic m
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate protein-ligand affinity prediction typically depends on precise 3D coordinates, limiting robustness when structures are low-resolution or predicted. We introduce E-CloudBind, a framework that fuses electron-density point clouds with intrinsic molecular graphs to model non-covalent and covalent interactions without relying on sub-ångström accuracy. Ligand electron densities are obtained by semi-empirical quantum calculations, whereas protein pockets are represented by van der Waals-guided Gaussian point clouds, a physically motivated proxy that preserves interaction geometry while tole
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Standard probabilistic models of coding sequence evolution effectively identify where and when selection acts but remain agnostic to the mechanistic realization of these forces. We introduce PRIME (PRoperty Informed Models of Evolution), a framework of codon-level maximum likelihood methods-including global (G-PRIME), episodic (E-PRIME), and site-specific (S-PRIME) implementations-that explicitly model amino acid exchangeability as a function of physicochemical properties. By parameterizing attributes such as molecular volume, hydropathy, and secondary structure propensities, PRIME aims to res
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cable bacteria are multicellular bacteria capable of centimeter-scale conduction through a regular fiber network embedded in their cell envelope. The conductivity of these fibers is extremely high for biological materials and rivals that of the best synthetic conductive polymers, but the underlying electron transport mechanism remains elusive. Recent microscopic and spectroscopic evidence indicates that each fiber embeds a bundle of intertwined nanoribbons as the conductive conduit. Each nanoribbon consists of a one-dimensional nickel-organic framework, built from stacked nickel bis(1,2-dithio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tick-borne negative-sense single-stranded RNA nairoviruses represent a significant global public-health threat. Over the past decade, discoveries of new orthonairoviruses and norwaviruses have surged. Many of these have been observed to cause febrile illness in humans or have been found in vectors that carry other human diseases. All orthonairoviruses encode a viral homologue of the ovarian tumor protease (OTU) superfamily, which is part of the l-protein, and the OTU is conserved in the Norwavirus genus. OTUs exhibit varying levels of deubiquitinating (DUB) and deISGylating activities that fac
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Monoclonal antibodies are the cornerstone biopharmaceuticals whose safety and efficacy critically depend on their higher-order structure (HOS). Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy has emerged as a promising tool for HOS evaluation, yet its application has largely relied on fingerprinting approaches without residue-level interpretation. Here, we report site-specific assignments of methyl resonances in the Fc region of human IgG1, established through amino acid-selective labeling and correlation with backbone resonances using scalar coupling and NOE connectivities, further supported by
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nitric oxide synthase (NOS) is a widely studied multidomain redox enzyme that produces the key signaling molecule and cytotoxic agent nitric oxide (NO) for functions that range from mammalian vasodilation to prokaryotic antibiotic resistance. NOS enzymes from metazoans and cyanobacteria rely on dynamic associations of their oxygenase and coupled diflavin reductase domains that have largely evaded detailed structural characterization. Cryo-electron microscopy studies of a representative dimeric six-domain Synechococcus NOS reveal the architecture of the full-length enzyme, which contains an unu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacteriophages are increasingly considered viable alternatives to antibiotics for controlling aquaculture pathogens, yet the structural basis of siphophage infection in aquatic bacteria remains largely unexplored. Here, we present the near-atomic-resolution cryo-electron microscopy structure of Avs-1, a siphophage infecting the freshwater aquaculture pathogen Aeromonas veronii. The capsid reconstruction at 2.98 Å and spike structure at 3.58 Å reveal a virion architecture broadly conserved among lambda-like siphophages, including an HK97-fold capsid, a canonical portal-neck complex, and a tail
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Inflammasomes are high-molecular-weight complexes that play integral roles in the innate immune system, triggering an inflammatory cascade to protect against cellular stresses such as pathogenic bacteria. Both canonical and non-canonical inflammasomes have been described in the literature and detailed structural studies of many components of the more complex and larger canonical versions have been reported. In contrast, corresponding structures of the non-canonical inflammasome have not emerged even though it consists of only two components: lipopolysaccharide (LPS) from Gram-negative bacteria
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Allosteric regulation enables fine-tuned control of enzyme activity in response to cellular signals, yet its molecular basis often remains unclear. Phosphofructokinase-1 (PFK), the highly conserved, rate-limiting glycolytic enzyme, is a paradigm for Monod-Wyman-Changeux allosteric kinetics. However, X-ray crystal structures of bacterial PFK orthologs in distinct ligand-bound states do not show the consistent, concerted structural rearrangements expected for classical "relaxed" and "tense" states, revealing a decades-long disconnect between structure and function. We resolve this paradox by int
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Store-operated calcium entry (SOCE) is a crucial pathway that aids in restoring depleted calcium levels in the endoplasmic reticulum (ER), consequently regulating cellular calcium homeostasis. When calcium stores are low, two key proteins are activated: STIM1, which senses the calcium levels in the ER, and ORAI1, the pore-forming subunit of calcium release-activated calcium (CRAC) channels. ORAI1 is overexpressed in triple-negative breast cancer (TNBC) and regulates the transcription of genes that regulate cancer progression. The complete atomic structure of human ORAI1 (hORAI1) remains unknow
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methyl-coenzyme M reductase (MCR) is a crucial enzyme for methanogenesis and harbors several unusual post-translational modifications. Recent studies have identified glutamine C-methyltransferase (QCMT), as a B12-dependent radical SAM enzyme responsible for methylating a glutamine residue within the MCR active site. B12-dependent radical SAM enzymes have the remarkable ability to alkylate unactivated Csp2- and Csp3-atoms in a stereoselective manner. However, the factors influencing the stereo-selectivity and catalytic properties of this emerging superfamily of enzymes remain poorly understood.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enzyme activity and stability are strongly modulated by pH, making the catalytic pH optimum (pHopt) a key parameter in enzyme development and biotechnological applications. Experimental determination of pHopt is, however, labor-intensive and time-consuming, motivating the development of accurate computational prediction methods. Here, we introduce pHoptNN, an E(n)-equivariant graph neural network designed to predict enzyme pHopt directly from three-dimensional protein structures. pHoptNN was trained on a curated data set comprising nearly 12,000 enzymes with experimentally determined pHopt val
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cryo-electron microscopy (CryoEM) has revolutionized structural biology, establishing itself as a versatile and powerful technique for determining protein structures at near-atomic resolution. Compared to X-ray crystallography and nuclear magnetic resonance (NMR), it enables the study of proteins across a broad molecular weight range in their native state and captures multiple conformational states without requiring crystallization or large amounts of sample. The protocol described herein focuses on the eukaryotic chaperonin CCT (Chaperonin Containing TCP-1), a 1 MDa protein complex whose flex
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vibrio parahaemolyticus, a halophilic pathogen, contaminates seafood and high-salt foods, posing significant health risks such as gastroenteritis and fatalities. With increasing seafood consumption, developing effective control strategies is imperative. The type VI secretion system, a common molecular weapon in Vibrio that mediates cross-domain interactions, is a contractile nanomachine that deploys antibacterial effectors, each paired with a cognate immunity protein to form effector-immunity (E-I) modules. Here, we present the first structural and functional characterization of this complex.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования