Chemotherapy resistance is the primary barrier to improving survival in osteosarcoma (OS), yet reliable predictive biomarkers remain limited. Here, we developed and validated a 13-gene signature via weighted gene coexpression network analysis (WGCNA) of chemotherapy-resistant and sensitive OS transcriptomes. The risk model demonstrated robust prognostic value across four independent cohorts (TARGET-OS, GSE21257, GSE16091, and GSE39055). Multiscale analysis revealed that high-risk tumors exhibit proliferative hyperactivation, genomic instability with elevated TMB, and a paradoxical immune-cold
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Systemic lupus erythematosus (SLE) is a chronic autoimmune disease that affects multiple organ systems. In SLE, T-cell subsets are closely associated with autoimmunity and organ inflammation. Detecting T-cell exhaustion (TEX)-related biomarkers is crucial for early SLE diagnosis and offers new insights into disease mechanisms. Transcriptomic data for SLE were collected from public databases, and TEX-related genes were obtained from the literature. Biomarkers were identified using analyses such as differential expression analysis and machine learning algorithms. The potential mechanisms of acti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intervertebral disc degeneration (IVDD) is a major contributor to chronic low back pain and involves extracellular matrix degradation, inflammation, oxidative stress, and immune cell infiltration. This study integrated transcriptomic analysis, network pharmacology, molecular docking, molecular dynamics (MD) simulation, and ADMET prediction to explore potential mechanisms of Coptidis rhizoma (CR) in IVDD. Bioactive CR compounds and predicted targets were identified from TCMSP, SwissADME, and SwissTargetPrediction, and IVDD-related differentially expressed genes were obtained from two GEO datase
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Aortic stenosis (AS) is a common cardiovascular condition marked by progressive narrowing of the aortic valve and is associated with substantial morbidity and mortality. Although its clinical impact is well recognized, the molecular mechanisms driving AS progression remain incompletely defined, particularly with regard to the contributions of non-coding RNAs and immune–metabolic interactions. METHODS: High-throughput RNA sequencing combined with integrative bioinformatics analyses was performed on human aortic valve tissues from patients with AS to identify differentially expressed
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Postural Orthostatic Tachycardia Syndrome (POTS) is a chronic autonomic disorder characterized by chronic (> 3 months) orthostatic intolerance and an increase in heart rate (HR) of ≥ 30 beats per minute (bpm) without orthostatic hypotension. Traditional diagnostic approaches, such as the active standing or tilt-table test, are typically conducted under controlled clinical conditions, limiting their ability to capture the natural variability of symptoms and the intricate physiological responses occurring in daily life. These tests may cause patient discomfort, dizziness, nausea, or syncope. Fur
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Atherosclerosis (AS) and Alzheimer disease (AD) are globally prevalent chronic diseases with challenges of difficult early diagnosis and a lack of effective combined therapies. This study explored their shared molecular mechanisms, potential diagnostic biomarkers, and immune microenvironment disorders. Using AS dataset GSE100927 and AD dataset GSE97760, key differentially expressed genes (key DEGs) were identified via bioinformatics (differential expression analysis, protein-protein interaction network, machine learning). A risk prediction model was built and validated with receiver operating
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: This study aims to define the core transcriptomic signatures of thyroid tissue damage in Hashimoto's thyroiditis (HT), with a specific focus on identifying regulatory hub genes critical for macrophage polarization.
METHODS: We performed an integrated analysis of bulk RNA-seq data from a public dataset (GEO: GSE165724), comparing thyroid tissues from HT patients with those from normal controls. The bioinformatic analysis included differential gene expression analysis, functional enrichment analysis, protein-protein interaction (PPI) network construction, and immune cell infiltration
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Type 2 diabetes mellitus (T2DM) significantly elevates the risk of tuberculosis (TB); however, early detection in T2DM patients is still insufficient. This study aimed to identify immune-based early-warning biomarkers, develop robust prognostic models, and elucidate the immune-metabolic circuitry underlying the comorbidity of type 2 diabetes and tuberculosis (T2DM-TB).
METHODS: A prospective cohort study (n = 198; HC 71, T2DM 67, T2DM-TB 60) was conducted, involving whole-transcriptome and plasma-proteome profiling. Differential expression analysis, weighted gene co-expression net
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Host metabolic programs are increasingly recognized as key modulators of tuberculosis (TB) immunopathology, yet manganese metabolism-related transcriptional signatures with diagnostic and immunological relevance remain insufficiently characterized. We aimed to identify manganese metabolism-linked biomarkers for TB diagnosis and to delineate their immune and regulatory context.
METHODS: Three Gene Expression Omnibus microarray datasets were analyzed. A curated Mn metabolism gene set was retrieved from GeneCards. Candidate diagnostic genes were prioritized by integrating Least Absol
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG) is a rare and fatal pediatric brainstem malignancy for which effective treatment options are lacking. Cerebrospinal fluid (CSF) analysis can reveal intrinsic alterations and characteristic metabolic profiles of the tumor microenvironment. In this study, the proteome and metabolome of CSF from DIPG patients were comprehensively analyzed to identify potential biomarkers and the pathways involved. Functional annotation and pathway enrichment analyses were performed using the GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) databases. Bi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: MicroRNAs are key post-transcriptional regulators of gene expression and contribute to cancer progression, tumor heterogeneity, and context-dependent regulatory rewiring. However, most computational approaches rely on sequence-based target prediction or bulk expression association and are not designed to jointly model regulatory priors, expression context, and heterogeneous cancer states, particularly when matched single-cell microRNA/mRNA co-profiling data are scarce. Methods: We developed a context-aware graph transformer framework for microRNA-gene regulatory analysis across bio
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To provide a novel direction for the diagnosis of gastric cancer (GC). The differentially expressed blood microRNAs (miRNAs) in gastric carcinoma were screened through SangerBox using the datasets GSE113486, GSE112264, and GSE113740. The miRNA-target genes prediction, conduct Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) functional enrichment analyses were performed with the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) 6.8. STRING analysis was further investigated with Cytoscape. The correlations among the expression levels of key miRNAs and p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Acute myeloid leukemia (AML) is a highly aggressive hematologic malignancy with dismal survival outcomes, where dysregulation of regulated cell death (RCD) pathways plays a pivotal role in leukemogenesis and therapeutic resistance.
METHODS: Differential expression analyses were performed comparing AML samples with healthy bone marrow. Diagnostic differentially expressed genes (DEGs) were then intersected with curated gene sets representing apoptosis, pyroptosis, autophagy, necroptosis, and ferroptosis to derive an RCD-based gene signature. Prognostic markers were identified by uni
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mitophagy has been implicated in the pathogenesis of acute myeloid leukemia (AML), yet its precise molecular mechanisms remain poorly understood. Understanding the roles of mitophagy-related genes (MRGs) may provide new insights into AML classification, prognosis, and therapeutic response.
METHODS: We analyzed 72 MRGs using three independent AML datasets (TCGA-LAML, GSE24395, and GSE146173). Consensus clustering based on MRG expression was used to identify AML molecular subtypes. Differentially expressed genes (DEGs) common to AML subtypes and GSE24395 were identified. Prognostic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Autoantibodies against tumor-associated antigens (TAAs) are promising biomarkers for early immunodiagnosis of cancers. This study was designed to screen and verify tumor-associated autoantibodies (TAAbs) in sera as diagnostic biomarkers for pancreatic cancer (PC).
METHODS: Bioinformatics-based data mining and the customized proteome microarray based on cancer driver genes were used to identify the potential TAAs. Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) was adopted to assess the expression levels of the corresponding autoantibodies in 457 serum samples, followed by a diagnostic m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cryoablation induces antitumor immune responses. Spatial transcriptomic landscape technology has been used to determine the micron-level panoramic transcriptomics of tissue slices in situ.
METHODS: The effects of cryoablation on the immune microenvironment in non-small cell lung cancer (NSCLC) were explored by comparing the Whole Transcriptome Atlas (WTA) panel of immune cells before and after cryoablation using the spatial transcriptomic landscape.
RESULTS: The bioinformatics analysis showed that cryoablation significantly affected the WTA of immune cells, particularly genes rel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Yudantong decoction (YDTD) is a therapeutic prescription for cholestatic liver disease (CLD) and is clinically effective in our medical institution. However, the exact constituents and mechanisms of YDTD in treating CLD remain unknown. This project aimed to explore the primary constituents and mechanism of YDTD in the treatment of CLD through ultra-performance liquid chromatography-high resolution mass spectrometry (UPLC-HRMS), network pharmacology, molecular docking technology, and in vivo experiments.
MATERIALS AND METHODS: The chemical constituents of YDTD were identified via U
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thyroid cancer (TC) is the most common endocrine malignancy, with a rapidly increasing global incidence. Scutellariae Barbatae Herba (SBH) exhibits significant antitumor activity; however, its mechanism against TC remains unclear. This study aims to explore the immunotherapeutic mechanism of SBH in treating TC through network pharmacology, bioinformatics analysis, and experimental validation. In the TCMSP database, the active components and potential targets of SBH were screened to construct a drug-component-target-disease network. TC targets were then filtered, and common targets were selecte
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Anaplastic thyroid carcinoma (ATC) is among the most lethal thyroid malignancies, with poor clinical outcomes and limited treatment strategies. To gain insights into the molecular mechanisms involved in its progression, we performed an integrative bioinformatic analysis.
METHODS: We analyzed five microarray datasets from the GEO database to compare gene expression profiles between ATC samples and normal thyroid tissues. Differentially expressed genes (DEGs) were identified using GEO2R, and overlapping genes across datasets were detected through Venn diagram analysis. Functional en
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
STUDY DESIGN: An integrated bioinformatics data study.
OBJECTIVES: This study uses bioinformatics analysis to map the microglial landscape, investigate key signaling pathways, and reveal the molecular mechanisms that facilitate SCI recovery.
SETTING: Beijing Tsinghua Changgung Hospital, School of Clinical Medicine, Tsinghua University.
METHODS: In this study, we performed an integrative bioinformatics analysis of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), spatial transcriptomic (ST), and bulk RNA-seq datasets from the Gene Expression Omnibus (GEO), utilizing R packages (Seurat, DESeq2, limma,
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования