Salmonella enterica serovar Typhi (S. Typhi) is a leading cause of typhoid fever, significantly impacting morbidity and mortality in Ghana. However, genome-resolved data on circulating typhoidal strains remains scarce. We conducted this study to explore the genetic diversity, virulence, and antimicrobial resistance (AMR) profiles of S. enterica strains isolated from clinically diagnosed typhoid patients to inform targeted management and surveillance strategies. Twenty-eight S. enterica isolates recovered from stool and blood cultures were confirmed by PCR targeting 211 bp amplicon of the bcfD
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tuberculosis (TB) remains a major global health burden, yet the mechanisms by which Mycobacterium tuberculosis (Mtb) adapts to host environments to drive disease pathology are incompletely defined. A key limitation has been reliance on axenic culture systems that fail to recapitulate the complex, host-imposed stresses encountered by Mtb in vivo. Here, we report the first microarray-based genome-wide transcriptomic profiling of Mtb in rabbit lungs with active TB, which closely mirrors human disease features, including granuloma heterogeneity, necrosis, and cavitation. Using Mtb RNA isolated fro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Culture-independent techniques are playing a major role in exploring unique and novel microbial communities from complex ecosystems, leading to an outstanding impact on our basic understanding of the tree of life. Microbial communities are not extensively studied in layer chicken housing environments, particularly from the point of view of taxa carrying antimicrobial resistance genes, virulence genes and their functional potential. This study aimed to extract metagenomic-assembled genomes (MAGs) from the Illumina short-reads shotgun metagenomics sequenced data that originated from an Alberta p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Iron is an essential component of cellular biology. Thus, iron's low bioavailability is a key evolutionary pressure guiding microbial dynamics in the marine environment. Among marine bacteria, Microbulbifer is a chemically underexplored and functionally versatile bacterial genus, which is commonly associated with sponges, algae, corals, and sediments. Previously, genome analyses have revealed that Microbulbifer spp. can degrade polymers and synthesize natural products. Despite their recognized potential to produce secondary metabolites, siderophores are yet to be identified in Microbulbifer, a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Since its introduction as a genome-editing tool, CRISPR-based technology has undergone rapid refinement, with precision emerging as a central focus of development. Early CRISPR-Cas9 systems demonstrated unprecedented ease and efficiency in targeting specific DNA sequences, but concerns over off-target effects and variable editing outcomes limited their broader application. This review outlines the progression of CRISPR from its discovery in prokaryotes to its application as a versatile tool in precision medicine, where it supports targeted therapies for genetic disorders in various ways. Altho
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While esters are known to provide fruity and floral characteristics, their production is often insufficient to meet consumer preferences. In this study, Saccharomyces cerevisiae N9 isolated from Korean nuruk (fermentation starter) was engineered using Cas9-based genome editing and applied to the production of Korean rice wine (makgeolli). URE2, coding for a transcriptional regulator of nitrogen catabolite repression, was deleted to increase the secretion of savory amino acids. ATF1, coding for alcohol acetyltransferase 1, was overexpressed to intensify the production of ester-based flavor comp
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Shigellosis, caused by Shigella bacteria, is a leading cause of diarrhoeal disease globally. In the last two decades, Shigella circulation in high-income countries has expanded from being a sporadic travel-associated illness to also being an endemic sexually transmissible illness among men who have sex with men (MSM). We aimed to characterise the nature and drivers of this multimodal Shigella transmission in a high-income setting.
METHODS: In this genomic epidemiology study, we used Shigella sonnei isolates referred for national surveillance from 138 laboratories across 15 UK heal
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Ovarian carcinosarcoma (OCS) is a rare, aggressive tumor composed of both carcinomatous and sarcomatous components, typically associated with poor prognosis. Due to its rarity, the molecular characteristics, immune microenvironment, and optimal treatment of OCS remain unclear. This study aimed to characterize the genomic profiles, Trop-2 expression, and immune microenvironment of the carcinomatous and sarcomatous components of OCS separately, and to explore candidate therapeutic targets for this rare and aggressive tumor.
CASE: This retrospective, single-institution study analyzed
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 5' untranslated region (5' UTR) of messenger RNAs (mRNAs) plays a central role in regulating protein synthesis initiation, particularly through the Kozak sequence and upstream open reading frames (uORFs). Genetic variants within these regulatory elements could affect translation, altering gene expression and contributing to clinical phenotypes in humans. We developed a computational method called 5ULTRA (5' Untranslated Region Annotation) for analysis of whole-exome sequencing and whole-genome sequencing data to detect, annotate, and prioritize 5' UTR variants with potential translation im
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple sclerosis (MS) is a chronic inflammatory and neurodegenerative disease. Previous genetic studies have identified susceptibility loci that primarily impact immune cells and microglia. Here we performed a multi-ancestry genome-wide association study of 20,831 MS cases and 729,220 controls and identified 236 susceptibility variants outside of the major histocompatibility complex, including four novel genomic loci. We also derived a polygenic score for MS; while optimized for European ancestry, it is informative for African American and Latino individuals. Integrating single-cell data fro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multidrug-resistant (MDR) bacteria commonly harbor highly complex genomes enriched with mobile elements and resistance islands, which are challenging to resolve using short-read sequencing. Here, we evaluated CycloneSEQ, a newly developed Chinese nanopore sequencing platform, for MDR genome reconstruction. Long-read-only assemblies generated near-complete genomes, while hybrid assemblies achieved accuracy exceeding 99.99%. CycloneSEQ effectively resolved complex structures, including tandem repeats within ARG-bearing regions. Notably, updated sequencing chemistry improved single-read accuracy
Письмо в редакциюПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Optical genome mapping (OGM) is a novel, high-resolution technology for genome-wide detection of structural variants, offering clear advantages over conventional cytogenetics in hematologic malignancies. We applied OGM to a large cohort of patients with acute myeloid leukemia (AML), myelodysplastic syndromes (MDSs), and B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL) to evaluate its clinical utility. In AML and MDS, it revealed high-risk alterations such as deletions in 5q31-5q32 and 7q22, and cryptic fusions like NUP98::NSD1 that were missed by karyotyping or FISH. It also identified chromoanagen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The prevalence of viral diseases has posed significant challenges to the sustainable development of large yellow croaker (Larimichthys crocea) aquaculture, with megalocytivirus being one of the primary viral pathogens affecting this species. There have been two proteomic and genomic studies regarding two members of the genus Megalocytivirus: the spotted knifejaw iridovirus (SKIV) and the infectious spleen and kidney necrosis virus (ISKNV). However, both studies were conducted more than 10 years ago. To further investigate the pathogenesis of megalocytivirus, we sequenced the geno
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Type 2 diabetes (T2D) is characterized by relative insulin deficiency due to pancreatic beta cell dysfunction and insulin resistance in different tissues. Not only beta cells but also other islet cells (alpha, delta, and pancreatic polypeptide [PP]) are critical for maintaining glucose homeostasis in the body. In this overarching context and given that a deeper understanding of T2D pathophysiology and novel molecular targets is much needed, studies that integrate experimental and computational biology approaches offer veritable prospects for innovation. In this study, we report on single-cell
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Defensin beta 1 (DEFB1) is a key immune response gene, but its role in cancer remains unclear. This study aims to explore DEFB1 expression, genetic alterations, immune infiltration, and prognostic significance across various cancer types.
METHODS: We analyzed DEFB1 expression and its association with cancer prognosis using data from public platforms, including The Cancer Genome Atlas (TCGA), Genotype-Tissue Expression (GTEx), and Human Protein Atlas (HPA). Additionally, we examined DEFB1 genetic alterations, immune cell infiltration, and its molecular partners using various bioinf
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Abnormal placentation drives many pregnancy-related pathologies and poor fetal outcomes, but the underlying molecular causes are understudied. Here, we show that persistent replication stress due to mutations in the MCM2-7 replicative helicase disrupts placentation and reduces embryo viability in mice. MCM-deficient embryos exhibited normal morphology but their placentae had a drastically diminished junctional zone (JZ). Whereas cell proliferation in the labyrinth zone (LZ) remained unaffected, JZ cell proliferation was reduced during development. MCM2-7 deficient trophoblast stem cells (TSCs)
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reproduction in vertebrates usually involves egg-laying (oviparity) or live-bearing (viviparity). Oviparity is the ancestral trait from which viviparity has independently evolved more than 100 times in squamate reptiles. This transition involves a series of physiological and structural changes, including the degeneration of eggshell and the evolution of a placenta and differences in the temporal and spatial expression patterns of some functional genes that drive the structural transformation. Long non-coding RNAs (lncRNAs) play important roles in the regulation of gene expression, yet it remai
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Profiling circulating cell-free DNA (cfDNA) has become a fundamental practice in cancer medicine, but the effectiveness of cfDNA at elucidating tumor-derived molecular features has not been systematically compared to standard single-lesion tumor biopsies in prospective cohorts of patients. The use of plasma instead of tissue to guide therapy is particularly attractive for patients with small cell lung cancer (SCLC), due to the aggressive clinical course of this cancer, which makes obtaining tumor biopsies exceedingly challenging.
METHODS: In this study, we analyzed a prospective c
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lung cancer is a major cause of cancer-related deaths globally. Targeted therapies, specifically attacking cancer cells based on genetic mutations, offer promising alternatives. ALK (anaplastic lymphoma kinase) fusions result in aberrant proteins that drive cancer growth. Drugs like crizotinib and ceritinib have shown efficacy in treating ALK-positive NSCLC. Accurate detection of ALK fusions is crucial for guiding these therapies. We conducted a retrospective analysis of a Chinese cohort of 131 ALK rearrangement-positive patients detected by DNA NGS between January 2017 and December 2021. Amon
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present "Active-Seq" (azide click tagging for in vitro epigenomic sequencing), a base-conversion-free technology that enables the isolation of DNA containing unmodified CpG sites using a mutated bacterial methyltransferase enzyme and a synthetically prepared cofactor analog. Active-Seq is a robust epigenomic profiling platform with a simple and streamlined workflow, performed in tandem with sequencing library preparation and compatible with DNA input quantities as low as 1 ng. We establish a baseline for the performance of Active-Seq using model DNA oligos and further validate it against go
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования