Transposon insertion sequencing (Tn-seq) is a powerful method for genome-scale forward genetics in bacteria. However, inefficient transposon delivery or stochastic loss of mutants due to population bottlenecks can limit its effectiveness. Here we have developed 'InducTn-seq', where an arabinose-inducible Tn5 transposase enables temporal control of mini-Tn5 transposition. InducTn-seq generated up to 1.2 million transposon mutants from a single colony of enterotoxigenic Escherichia coli, Salmonella typhimurium, Shigella flexneri and Citrobacter rodentium. This mutant diversity enabled more sensi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vitamin A deficiency (A-) increases morbidity and mortality to gastrointestinal (GI) infection. Blocking retinoid signaling (dominant negative retinoic acid receptor, dnRAR) in intestinal epithelial cells (IEC, IECdnRAR) had no effect on vitamin A absorption, the expression of tight junction proteins or the integrity of the barrier. Immune cells in the gut were present in normal frequencies in the IECdnRAR mice, with the exception of the T cell receptor (TCR)αβ+/CD8αα cells, which were significantly lower than in wildtype littermates. Challenging the IECdnRAR mice with dextran sodium sulfate t
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bacterial gastroenteritis causes morbidity and mortality in humans worldwide. Murine Citrobacter rodentium infection is a model for gastroenteritis caused by the human pathogens enteropathogenic Escherichia coli and enterohaemorrhagic E. coli. Mucin glycoproteins are the main component of the first barrier that bacteria encounter in the intestinal tract.
METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: Using Immunohistochemistry, we investigated intestinal expression of mucins (Alcian blue/PAS, Muc1, Muc2, Muc4, Muc5AC, Muc13 and Muc3/17) in healthy and C. rodentium infected mice. The majority of
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Group 3 innate lymphoid cells (ILC3s) are innate immune effectors that contribute to host defense. Whether ILC3 functions are stably modified after pathogen encounter is unknown. Here, we assess the impact of a time-restricted enterobacterial challenge to long-term ILC3 activation in mice. We found that intestinal ILC3s persist for months in an activated state after exposure to Citrobacter rodentium. Upon rechallenge, these "trained" ILC3s proliferate, display enhanced interleukin-22 (IL-22) responses, and have a superior capacity to control infection compared with naïve ILC3s. Metabolic chang
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human innate immune system is equipped with multiple mechanisms to detect microbe-associated molecular patterns (MAMPs) to fight bacterial infections. The metabolite short-chain fatty acids (SCFAs) acetate, propionate and butyrate are released by multiple bacteria or are food ingredients. SCFA production, especially acetate production, is usually essential for bacteria, and knockout of pathways involved in acetate production strongly impairs bacterial fitness. Because host organisms use SCFAs as MAMPs and alter immune reactions in response to SCFAs, interventions that modulate SCFA levels
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A PCR test based on the amplification of an eae-specific sequence was designed and evaluated for its ability to directly detect homologous sequences in enteropathogenic Escherichia coli and Citrobacter spp. (amplification of eae open reading frame, 178 bp) in sections of the intestines of humans and animals with colonic lesions. Positive PCR results were observed with eae-positive reference strains of E. coli and Citrobacter rodentium (Citrobacter freundii biotype 4280). Known eae-negative reference strains of E. coli and other laboratory strains of enteric bacteria were negative by the amplif
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Enteric pathogens such as enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) and Citrobacter rodentium, which is largely used as a surrogate EHEC model for murine infections, are exposed to several host neurotransmitters in the gut. An important chemical exchange within the gut involves the neurotransmitters epinephrine and/or norepinephrine, extensively reported to increase virulence gene expression in EHEC, acting through two bacterial adrenergic sensors: QseC and QseE. However, EHEC is unable to establish itself and cause its hallmark lesions, attaching and effacing (AE) lesions, on muri
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enterohemorrhagic Escherichia coli causes watery to bloody diarrhea, which may progress to hemorrhagic colitis and hemolytic-uremic syndrome. While early studies suggested that antibiotic treatment may worsen the pathology of an enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) infection, recent work has shown that certain non-Shiga toxin-inducing antibiotics avert disease progression. Unfortunately, both intestinal bacterial infections and antibiotic treatment are associated with dysbiosis. This can alleviate colonization resistance, facilitate secondary infections, and potentially lead to more sever
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Attaching and effacing (A/E) lesions and actin polymerization, the hallmark of enteropathogenic Escherichia coli (EPEC), enterohemorrhagic E. coli (EHEC) and Citrobacter rodentium (CR) infections, are dependent on the effector Tir. Phosphorylation of Tir(EPEC/CR) Y474/1 leads to recruitment of Nck and neural Wiskott-Aldrich syndrome protein (N-WASP) and strong actin polymerization in cultured cells. Tir(EPEC/CR) also contains an Asn-Pro-Tyr (NPY(454/1)) motif, which triggers weak actin polymerization. In EHEC the NPY(458) actin polymerization pathway is amplified by TccP/EspF(U), which is recr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Steroid receptor coactivator 3 (SRC-3) is a transcriptional coactivator that interacts with nuclear receptors and some other transcription factors to enhance their effects on target gene transcription. We reported previously that SRC-3-deficient (SRC-3-/-) mice are extremely susceptible to Escherichia coli-induced septic peritonitis as a result of uncontrolled inflammation and a defect in bacterial clearance. In this study, we observed significant upregulation of SRC-3 in colonic epithelial cells in response to Citrobacter rodentium infection. Based on these findings, we hypothesized that SRC-
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is a major cause of diarrheal disease in young children, yet symptoms and duration are highly variable for unknown reasons. Citrobacter rodentium, a murine model pathogen that shares important functional features with EPEC, colonizes mice in colon and cecum and causes inflammation, but typically little or no diarrhea. We conducted genome-wide microarray studies to define mechanisms of host defense and disease in C. rodentium infection. A significant fraction of the genes most highly induced in the colon by infection encoded CXC chemokines, particularly
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intestinal oxygen gradients influence both gut homeostasis and pathogen colonization. Although oxygen release can promote infections like those caused by Citrobacter rodentium, it was unknown whether oxygen directly controls bacterial virulence systems. In this study, we demonstrate that enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) senses oxygen via the metabolic two-component system ArcAB to regulate its type 3 secretion system (T3SS). Under low oxygen, phosphorylated ArcA binds the promoter of ler, which encodes the T3SS master regulator, to repress its expression. When oxygen increases, ArcB k
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND & AIMS: Prior intestinal inflammation can leave durable immune and epithelial alterations, yet how these changes influence responses to subsequent injury remains unclear. Infectious and sterile colitis share core features, including barrier disruption and cytokine secretion. We therefore investigated whether the nature of the initial inflammatory event shapes protection or susceptibility during later intestinal insult.
METHODS: We used reciprocal mouse models of Citrobacter rodentium infection and dextran sodium sulphate-induced colitis to define how prior infectious vs sterile col
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Citrobacter rodentium models infection with enteropathogenic Escherichia coli and ulcerative colitis (UC). While C57BL/6 (C57) mice recover, C3H/HeN (C3H) mice succumb to infection, partially due to increased colonic neutrophil elastase activity, also seen in UC patients; however, the underlying cause was unknown. Here, we found that bone marrow, blood, and colonic C57 neutrophils expressed (CD)11bHi and reached the infected colonic lumen, where they underwent productive NETosis. In contrast, while the number of C3H neutrophils increased in the bone marrow, blood, and colon, they remained CD11
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tumor necrosis factor receptor-associated factor 6 (TRAF6) plays a pivotal role in the induction of inflammatory responses not only in innate immune cells but also in non-immune cells, leading to the activation of adaptive immunity. Signal transduction mediated by TRAF6, along with its upstream molecule MyD88 in intestinal epithelial cells (IECs) is crucial for the maintenance of mucosal homeostasis following inflammatory insult. The IEC-specific TRAF6-deficient (TRAF6ΔIEC) and MyD88-deficient (MyD88ΔIEC) mice exhibit increased susceptibility to DSS-induced colitis, emphasizing the critical ro
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enteric pathogens navigate distinct regional microenvironments within the intestine that cue important adaptive behaviors. We investigated the response of Citrobacter rodentium, a model of human pathogenic Escherichia coli infection in mice, to regional gastrointestinal pH. We found that small intestinal pH (4.4-4.8) triggered virulence gene expression and altered cell morphology, supporting initial intestinal attachment, while higher pH, representative of C. rodentium's replicative niches further along the murine intestine, supported pathogen growth. Gastric pH, a key barrier to intestinal co
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tir, the translocated intimin receptor of enteropathogenic and enterohaemorrhagic Escherichia coli (EPEC and EHEC) and Citrobacter rodentium, is translocated into the host cell by a filamentous type III secretion system. Epithelial cell culture has demonstrated that Tir tyrosine phosphorylation is necessary for attaching effacing (A/E) lesion formation by EPEC and C. rodentium, but is not required by EHEC O157:H7. Recent in vivo work on C. rodentium has reported that Tir translocation, but not its phosphorylation, is necessary for colonization of the mouse colon. In this study we investigated
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Two Gram-negative bacilli strains, designated BP-1(T) and BP-2, were recovered from two different Intensive Care Unit surfaces during a longitudinal survey in Pakistan. Both strains were unidentified using the bioMerieux VITEK MS IVD v2.3.3 and Bruker BioTyper MALDI-TOF mass spectrometry platforms. To more precisely determine the taxonomic identity of BP-1(T) and BP-2, we employed a biochemical and phylogenomic approach. The 16S rRNA gene sequence of strain BP-1(T) had the highest identity to Citrobacter farmeri CDC 2991-81(T) (98.63%) Citrobacter amalonaticus CECT 863(T) (98.56%), Citrobacter
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Host immunity and commensal bacteria synergistically maintain intestinal homeostasis and mediate colonization resistance against pathogens. However, the molecular and cellular mechanisms remain unclear. Here, with a mouse infection model of Citrobacter rodentium, a natural mouse intestinal pathogen that mimics human enteropathogenic Escherichia coli and enterohaemorrhagic Escherichia coli, we find that group 3 innate lymphoid cells (ILC3s) can protect the host from infection by regulating gut microbiota. Mechanistically, ILC3s can control gut dysbiosis through IL-22-dependent regulation of int
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The gut-brain axis is crucial to microbial-host interactions. The neurotransmitter serotonin is primarily synthesized in the gastrointestinal (GI) tract, where it is secreted into the lumen and subsequently removed by the serotonin transporter, SERT. Here, we show that serotonin decreases virulence gene expression by enterohemorrhagic E. coli (EHEC) and Citrobacter rodentium, a murine model for EHEC. The membrane-bound histidine sensor kinase, CpxA, is a bacterial serotonin receptor. Serotonin induces dephosphorylation of CpxA, which inactivates the transcriptional factor CpxR controlling expr
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования