Brucella is an intracellular bacterium that causes the zoonotic infectious disease, brucellosis. Brucella species are currently intensively studied with a view to developing novel global health diagnostics and therapeutics. In this context, small RNAs (sRNAs) are one of the emerging topical areas; they play significant roles in regulating gene expression and cellular processes in bacteria. In the present study, we forecast sRNAs in three Brucella species that infect humans, namely Brucella melitensis, Brucella abortus, and Brucella suis, using a computational biology analysis. We combined two
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fibromuscular dysplasia (FMD) is a poorly understood disease affecting 3-5% of adult females. The pathobiology of FMD involves arterial lesions of stenosis, dissection, tortuosity, dilation and aneurysm, which can lead to hypertension, stroke, myocardial infarction and even death. Currently, there are no animal models for FMD and few insights as to its pathobiology. In this study, by integrating DNA genotype and RNA sequence data from primary fibroblasts of 83 patients with FMD and 71 matched healthy controls, we inferred 18 gene regulatory co-expression networks, four of which were found to a
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The objective of this paper was to investigate hub genes of postmenopausal osteoporosis (PO) utilizing benchmarked dataset and gene regulatory network (GRN).
MATERIALS AND METHODS: To achieve this goal, the first step was to benchmark the dataset downloaded from the ArrayExpress database by adding local noise and global noise. Second, differentially expressed genes (DEGs) between PO and normal controls were identified using the Linear Models for Microarray Data package based on benchmarked dataset. Third, five kinds of GRN inference methods, which comprised Zscore, GeneNet, context
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lung development depends on endodermal Sonic Hedgehog (Shh) signaling to mesodermal Wingless/int/beta catenin (Wnt/betacatenin), followed by parathyroid hormone-related protein (PTHrP) signaling from endoderm to mesoderm. Fluid distension of fetal rat lung explants up-regulates PTHrP signaling and down-regulates Shh/Wnt/betacatenin signaling, marked by decreases in Patched, Gli, Frizzled, and Dishevelled, inducing fibroblast triglyceride uptake, type II cell saturated phosphatidylcholine, and surfactant protein-B expression. Bumetanide, which inhibits fluid distension, blocked down-regulation
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sphingolipids (SLs) are bioactive lipids involved in various important physiological functions. The SL pathway has been shown to be affected in several brain-related disorders, including Alzheimer's disease (AD). Recent evidence suggests that epigenetic dysregulation plays an important role in the pathogenesis of AD as well. Here, we use an integrative approach to better understand the relationship between epigenetic and transcriptomic processes in regulating SL function in the middle temporal gyrus of AD patients. Transcriptomic analysis of 252 SL-related genes, selected based on GO term anno
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Disruptions in gene regulatory networks (GRNs), driven by multiple deleterious variants, potentially underlie complex traits and diseases. Hirschsprung disease (HSCR), a multifactorial disorder of enteric nervous system (ENS) development, is associated with at least 24 genes and seven chromosomal loci, with RET and EDNRB as its major genes. We previously demonstrated that RET transcription in the ENS is controlled by an extensive GRN involving the transcription factors (TFs) RARB, GATA2 and SOX10 and other HSCR genes. We now demonstrate, using human and mouse cellular and animal models, that E…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene-regulatory networks (GRNs) offer a mechanistic framework for dissecting the complex molecular and genetic architecture of coronary artery disease and for identifying new therapeutic opportunities. Here, we present a GRN-driven drug-repurposing strategy that integrates transcriptional signatures induced by silencing key drivers of the human arterial wall foam cell regulator GRN 42 with drug-induced gene expression profiles from the NIH LINCS program. In vitro screening of top candidate compounds validates the computational predictions, identifying candidate foam cell modulators and showing
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gonadal sex determination and differentiation are controlled by somatic support cells of testes (Sertoli cells) and ovaries (granulosa cells). In testes, the epigenetic mechanism that maintains chromatin states responsible for suppressing female sexual differentiation remains unclear. Here, we show that Polycomb repressive complex 1 (PRC1) suppresses a female gene regulatory network in postnatal Sertoli cells. We genetically disrupted PRC1 function in embryonic Sertoli cells after sex determination, and we found that PRC1-depleted postnatal Sertoli cells exhibited defective proliferation and c
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ferroptosis is a newly discovered type of cell death mainly triggered by uncontrolled lipid peroxidation, and it could potentially have a significant impact on the development and progression of tetralogy of Fallot (TOF). Our project aims to identify and validate potential genes related to ferroptosis in TOF. We obtained sequencing data of TOF from the GEO database and ferroptosis-related genes from the ferroptosis database. We employed bioinformatics methods to analyze the differentially expressed mRNAs (DEmRNAs) and microRNAs between the normal control group and TOF group and identify DEmRNA
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The balance of contralateral and ipsilateral retinogeniculate projections is critical for binocular vision, but the transcriptional programs regulating this process remain ill defined. Here we show that the Pou class homeobox protein POU3F1 is expressed in nascent mouse contralateral retinal ganglion cells (cRGCs) but not ipsilateral RGCs (iRGCs). Upon Pou3f1 inactivation, the proportion of cRGCs is reduced in favor of iRGCs, leading to abnormal projection ratios at the optic chiasm. Conversely, misexpression of Pou3f1 in progenitors increases the production of cRGCs. Using CUT&RUN and RNA seq
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcriptome analysis of a persimmon population segregating for an astringency trait in fruit suggested central roles for a limited number of transcriptional regulators in the loss of proanthocyanidin accumulation. Persimmon (Diospyros kaki; 2n = 6x = 90) accumulates a large amount of proanthocyanidins (PAs) in its fruit, resulting in an astringent taste. Persimmon cultivars are classified into four types based on the nature of astringency loss and the amount of PAs at maturity. Pollination constant and non-astringent (PCNA)-type cultivars stop accumulating PAs in the early stages of fruit de
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Numerous genes including Irf6 have been revealed to contribute to cleft lip with or without cleft palate (CL/P). In this study, we performed a systematic bioinformatics analysis of Irf6-related gene regulatory network involved in palate and lip development by using GeneDecks, DAVID, STRING, and GeneMANIA database. Our results showed that many CL/P candidate genes have relation with Irf6, and 9 of these genes, including Msx1, Pvrl1, Pax9, Jag2, Irf6, Tgfb3, Rara, Gli2, and Tgfb2, were enriched into the CL/P gene group. Some of these 9 genes also were commonly involved in different signaling pat
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Disease reprograms cells through changes in gene regulation, yet identifying these changes remains a major challenge. We introduce NetDes-Duo, a computational method that jointly infers transcription factor regulatory network models for two related conditions using scRNA-seq data. The networks are optimized to have minimal topological differences, while the associated ODE models recapitulate single-cell gene expression trajectories for both conditions. On synthetic benchmarks, NetDes-Duo outperformed methods that infer each network independently. NetDes-Duo was applied to neutrophil reprogramm
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent findings suggest that the orphan nuclear receptor 4A (NR4A) can regulate cellular energetics and epithelial defenses, contributing to a resilient, disease-resistant phenotype. To further examine the effects of NR4A on intestinal epithelial, stromal, and immune cell homeostasis, we performed single-cell transcriptomics and differential gene network analysis in wild-type and whole-body Nr4a1 knockout mice. Here we observed a widespread effect of Nr4a1 deletion on intercellular communication involving intestinal stem cells, macrophages, T and B cells, and fibroblasts, indicating a complex
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute myeloid leukaemia (AML) is a genetically heterogeneous disease, driven by diverse mutations and epigenetic alterations that disrupt normal haematopoiesis. Understanding how this heterogeneity manifests at the gene regulatory level can provide insight into disease mechanisms and uncover potential targets for personalized treatment strategies. In this study, single-cell RNA sequencing data from AML patients and healthy controls were used to infer patient gene regulatory networks (GRNs) for progenitor, monocyte, and dendritic cells. Consensus networks were constructed using four inference m…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Honeybees are key pollinators of flowering plants, and their health is closely associated with gut function. The function is regionally specialized, with nutrient absorption distributed across distinct gut compartments and influenced by the gut microbiota. Here, we constructed a single-nucleus transcriptomic atlas of the honeybee gut under microbiota-free and conventional (CV) conditions and uncovered a microbiota-dependent mechanism regulating intestinal homeostasis. We characterized major intestinal cell types in the honeybee, including intestinal stem cell/enteroblast (ISC/EB), enterocyte (
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Most, if not all, thyroid disorders are more prevalent in females than males. However, sex differences in thyroid disease risk va … lated changes in gene regulation in healthy thyroid and disease, we constructed individual-specific gene regulatory networks using a two-step approach. First, we estimated gene-gene co-expression networks for each individual using BONOBO. Second, we integrated these networks with sex-specific transcription factor (TF) motif data and protein-protein interaction priors usin …
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Psoriasis (PS) is a chronic inflammatory skin disease with a long course and tendency to recur, the pathogenesis of which is not fully understood. This article aims to identify the key differentially expressed genes (DEGs) and microRNA (miRNAs) of PS, construct the core miRNA-mRNA regulatory network, and investigate the underlying molecular mechanism through integrated bioinformatics approaches. Two gene expression profile datasets and 2 miRNA expression profile datasets were downloaded from the gene expression omnibus (GEO) database and analyzed by GEO2R. Intersection DEGs and intersection di
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Whole-genome duplication (WGD) is a recurrent feature of plant evolution and crop improvement, yet its direct contribution to abiotic stress tolerance remains difficult to disentangle from hybridization effects. Using full-sibling diploid (2x) and neotetraploid (4x) Medicago sativa genotypes generated through bilateral sexual polyploidization, we investigated how WGD alone reshapes physiological performance and gene-miRNA regulatory networks under salt stress. Neotetraploid plants displayed enhanced tolerance to salinity, maintaining higher chlorophyll content, stomatal conductance, and shoot
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurodegenerative diseases are complex disorders characterised by progressive neuronal loss and widespread transcriptomic dysregulation. However, understanding the molecular interactions among coding and non-coding RNAs, especially lncRNAs and miRNAs, contributing to disease progression remains elusive. In this study, RNA-Seq datasets from disease-relevant neuronal populations and different brain tissues representing Alzheimer's disease (AD), Parkinson's disease (PD) and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) are analysed using an integrative network-based framework. Differential expression analy
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования