Kalidium caspicum belongs to the genus Kalidium (Amaranthaceae). We assembled and annotated its chloroplast genome for the first time. The chloroplast genome exhibits a circular quadripartite structure, with a total length of 153,693 bp and a GC content of 36.3%. It contains 130 genes, including 85 protein-coding genes, 37 tRNA genes, and eight rRNA genes. Phylogenetic analysis consistently recovered K. caspicum, K. foliatum, and K. gracile, Salicornia bigelovii, and S. fruticosa as a well‑supported clade. This study clarifies the chloroplast genome characteristics and phylogenetic position of
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Investigating the evolution of functional genes in non-model plants is often hindered by the lack of reference genomes and transcriptomic resources, especially for taxa inhabiting extreme environments. Here, focusing on the salidroside biosynthesis pathway in the medicinal alpine genus Rhodiola, we investigated whether genome skimming data could be used to test three a priori predictions: predominant purifying selection across most pathway genes, lineage-specific shifts in selective constraint under heterogeneous environments, and corresponding differences in predicted protein bind
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The plant ecosystem harbours diverse symbiotic microorganisms with plant growth promoting and biocontrol activities. The gram- negative endophytic bacterium PM1 strain, isolated from the nodal region of pomegranate. The strain PM1 was studied through whole-genome sequencing, functional annotation, and plant growth-promoting trait (PGPT) gene analysis. Phylogenetic tree analysis and 16S rDNA sequencing confirmed its classification within the genus Brucella. The assembled genome size was 5,200,895 bp with a G + C content of 56.4 %. The average nucleotide identity (ANI) analysis revealed a 97.62
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudomonas sp. strain L10.10 (=DSM 101070) is a psychrotolerant bacterium which was isolated from Lagoon Island, Antarctica. Analysis of its complete genome sequence indicates its possible role as a plant-growth promoting bacterium, including nitrogen-fixing ability and indole acetic acid (IAA)-producing trait, with additional suggestion of plant disease prevention attributes via hydrogen cyanide production.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR), found in the rhizospheric region of plants, not only suppress plant disease, but also directly improve plant health by improving the availability of nutrients and by providing phytostimulants. Herein, we report the high-quality genome sequence of Serratia fonticola strain AU-P3(3), a PGPR of the pea plant, which confers phosphate solubilization, indole-3-acetic acid production, ammonia production, hydrogen cyanide (HCN) production, and siderophore production and also confers activity against Rhizoctonia species. The 5.02-Mb genome sequence contains
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Taxillus sutchuenensis var. duclouxii, a shrub-like hemiparasitic plant with medicinal value. This study sequenced, assembled, and annotated the chloroplast genome of T. sutchuenensis var. duclouxii using Illumina high-throughput sequencing. The genome exhibits a typical circular quadripartite structure, with a total length of 122,537 bp and a GC content of 37.3%. It contains 104 genes, including 64 protein-coding genes, 32 tRNA genes, and 8 rRNA genes. Phylogenetic analysis shows that T. sutchuenensis var. duclouxii forms a clade with T. nigrans and T. sutchuenensis, indicating a close relati
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The genus Silene is an important model system for fields as diverse as sex chromosome evolution, speciation, and disease ecology. However, genomic resources remain scarce in the genus. Here, we present a near chromosome-scale genome assembly and high-density linkage map for S. uniflora, a hermaphroditic/gynodioecious species which is an important model for rapid adaptation to anthropogenic disturbance and the role of phenotypic plasticity in adaptive evolution. Using a combination of long-read and Hi-C sequencing technologies, we generated a 1,268 Mb genome assembly with a scaffold N50 of 40.7
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Albino mutant tea tree is a germplasm resource with distinctive characteristics, having high amino acids and low tea polyphenol content, as well as significant ornamental value. Grasping the molecular underpinnings of 'Huangjinya' leucism is crucial for enhancing its quality consistency and boosting its production. Among the progeny of 'Huangjinya,' green and albino mutant plants were previously discovered. To pinpoint the genetic factors linked to the whitening trait in 'Huangjinya', whole-genome resequencing was conducted on two phenotypic groups: extreme albino mutant plants and extreme gre
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chamaemelum nobile L. (Asteraceae), commonly known as Roman chamomile, is a perennial herb with branched rhizomes and multiple leafy stems. The length of the complete cp genome is 149,827 bp, and it comprises 128 genes, including 83 protein-coding genes, 8 ribosomal RNA genes, and 37 transfer RNA genes. By conducting phylogenetic analyses based on chloroplast genomes, we found that C. nobile was more closely related to Matricaria chamomilla var. recutita within the chamomile species. This finding contributes to a better understanding of the phylogenetic relationship between C. nobile and other
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Insights into the application of endophytic bacilli in sustainable agricultural practices have opened up new avenues for the inhibition of soil-borne pathogens and the improvement of plant health. Bacillus subtilis K1, an endophytic bacterium originally isolated from aerial roots of Ficus benghalensis is a potential biocontrol agent secreting a mixture of surfactins, iturins and fengycins. The current study extends the characterization of this bacterium through genomic and comparative genomics approaches. The sequencing of the bacterial genome at Illumina MiSeq platform revealed that it posses
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BackgroundSinapis alba is a wild member of the Brassicaceae family reported to possess genetic resistance against major biotic and abiotic stresses of oilseed brassicas. However, the resistance nature of S. alba was not exploited generously due to the unavailability of usable genome sequences in public databases. Therefore, the present study was conducted to assemble the first draft genome from raw whole genome shotgun sequences with annotation and develop simple sequence repeat markers for molecular genetics and marker-assisted breeding.ResultsThe raw genome sequences had 96x coverage on the
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bacillus velezensis is an endospore-forming, free-living soil bacterium with potential as a biopesticide against a broad spectrum of microbial pathogens of plants. Its potential for commercial development is enhanced by rapid replication and resistance to adverse environmental conditions, typical of Bacillus species. However, the use of beneficial microbes against phytopathogens has not gained dominance due to limitations that may be overcome with new biopesticidal strains and/or new biological knowledge.
RESULTS: Here, we isolated B. velezensis strain 9D-6 and showed that it inhi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudomonas aeruginosa PGPR2 is a mung bean rhizosphere strain that produces secondary metabolites and hydrolytic enzymes contributing to excellent antifungal activity against Macrophomina phaseolina, one of the prevalent fungal pathogens of mung bean. Genome sequencing was performed using the Ion Torrent Personal Genome Machine generating 1,354,732 reads (6,772,433 sequenced bases) achieving ~25-fold coverage of the genome. Reference genome assembly using MIRA 3.4.0 yielded 198 contigs. The draft genome of PGPR2 encoded 6803 open reading frames, of which 5314 were genes with predicted functio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Environmental factors that damage DNA have various lengths of exposure and intensity levels. Although the results of increasing the intensity of a DNA damaging agent is often predictable, it is not clear whether the stage during development when the exposure is received has any influence on the amount of DNA damage. In this paper we analyzed the influence of UVB on the stability of Arabidopsis thaliana and the Nicotiana tabacum genomes. Our experiments showed that the acute exposure to UVB produces a significantly greater increase in homologous recombination frequency (HRF) and recombination r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epimedium grandiflorum C.Morren 1834 is a herbaceous perennial medicinal plant native to Japan. Here, we sequenced and assembled its first complete chloroplast genome. The chloroplast genome is 157,151 bp with a total GC content of 38.7%, containing a large single-copy region (89,464 bp), a small single-copy region (17,219 bp), and a pair of inverted repeat regions (25,234 bp). We identified 112 unique genes, including 78 protein-coding genes, 30 transfer RNA genes, and four ribosomal RNA genes. Phylogenetic analysis shows that E. grandiflorum formed a clade with E. trifoliolatobinatum (Koidz.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Reproductive Meristem (REM) family, a subfamily of the B3 gene family, plays important regulatory roles in plant reproductive development and stress responses. This gene family has not been comprehensively identified and genetically characterized in tea plants. This study identified 34 REM genes in tea plants, which are unevenly distributed across seven chromosomes. Phylogenetic analysis categorized the CsREM genes into four groups, all with B3 domains and promoters containing abiotic stress- and hormone-related cis-responsive elements. The genes displayed nuclear localization and tissue-s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rehmannia glutinosa, an extensively utilized Chinese herbal medicine, is highly valued for its medicinal properties. In this study, the complete mitochondrial genome (mitogenome) of R. glutinosa was sequenced and assembled for the first time. The mitogenome is 547,032 bp in length, with an overall GC content of 44.97%. The mitogenome contains 67 unique genes, comprising 43 protein-coding, three rRNA, and 21 tRNA genes, with six protein-coding and nine tRNA genes being chloroplast-derived. The phylogenetic analysis, based on the maximum-likelihood criterion, demonstrated that R. glutinosa is cl
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Previously, we developed a technique to introduce a superfolder green fluorescent protein (sGFP) fusion protein directly into plant cells using atmospheric-pressure plasma. In this study, we attempted genome editing using CRISPR/Cas9 (clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR associated protein 9) system using this protein introduction technique. As an experimental system to evaluate genome editing, we utilized transgenic reporter plants carrying the reporter genes L-(I-SceI)-UC and sGFP-waxy-HPT. The L-(I-SceI)-UC system allowed the detection of successful genome editin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To characterize environmental antimicrobial resistance (AMR) in urban areas, extended-spectrum β-lactamase- (ESBL)/carbapenemase-producing bacteria (EPB/CPB, respectively) from urban wastewater treatment plant effluents in Tokyo were isolated on CHROMagar ESBL plate. Complete genome sequence analysis, including plasmids, indicated that 126 CTX-M-positive isolates (31%) were identified among the 404 obtained isolates. The CTX-M-9 group was predominant (n = 65, 52%), followed by the CTX-M-1 group (n = 44, 35%). Comparative genome analysis revealed that CTX-M-27-positive E. coli O16:H5-ST131-fimH
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования