A DNA duplex can be recognized sequence-specifically in the major groove by an oligodeoxynucleotide (ODN). The resulting structure is a DNA triple helix, or triplex. The scientific community has invested significant research capital in the study of DNA triplexes because of their robust potential for providing new applications, including molecular biology tools and therapeutic agents. The triplex structures have inherent instabilities, however, and the recognition of DNA triplexes by small molecules has been attempted as a means of strengthening the three-stranded complex. Over the decades, the
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dilated cardiomyopathy (DCM) is a major cause of heart failure (HF) defined by ventricular dilatation and systolic dysfunction. Although microRNAs (miRNAs) are known to affect HF development, little is known about the contribution of genetic variants in miRNAs or their precursors to the susceptibility or pathogenesis of DCM. We screened 1640 DCM cases for variants in cardiac miR-208a and miR-208b and their precursors. We identified four variants in the miR-208a pre-miRNA, which are present at very low frequencies in the general population. Two of these variants (+42G > T and +68G > T) alter a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The construction of functionalizable branched DNA (bDNA) relies on the designing of oligonucleotides and exploitation of their complementary chemistries. The stability of these structures largely depends on the hybridization specificity of the contributing oligonucleotides. However, most of the bDNA structures are not found suitable for in vivo application due to poor yield owing to uncharacterized hybridization efficiency and instability in biological fluids. In this report, our group has explored a mechanistic way for studying the hybridization pathway of genomic sequence derived oligonucleo
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A flow fluorometric analysis (using a commercial flow cytometer) of individual cationic lipoid-DNA complexes is presented. Such single lipoplex studies have the advantage of providing detailed characterization of heterogeneous ensembles of lipoplex preparations that cannot be obtained with methods that provide only population averages. Specifically, the composition (amount of lipoid and the lipoid-DNA ratio) was determined for statistically large ensembles (10 (3)-10 (4) particles) under a variety of conditions, including DNA:lipoid mixing ratio, lipoid dispersion method (extruded, vortexed),
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This work investigates the direct-type action of radiation (involving electron addition and electron abstraction) on DNA. Specifically, the effects of DNA hydration, conformation and packing on free radical yields are examined. The fact that these variables are interdependent complicates the analysis of how each variable affects free radical yields. The hydration dependence of free radical yields in films of both Li and Na DNA was examined. At low levels of DNA hydration (less than 25 waters per nucleotide), the relatively high free radical yields and the lack of water-derived radicals are evi
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA molecules are known to form complex secondary structures including pseudoknots. A systematic framework for the enumeration, classification and prediction of secondary structures is critical to determine the biological significance of the molecular configurations of RNA. Chord diagrams are mathematical objects widely used to represent RNA secondary structures and to analyze structural motifs, however a mathematically rigorous enumeration of pseudoknots remains a challenge. We introduce a method that incorporates a distance-based metric τ to analyze the intersection graph of a chord diagram
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The advent of single-molecule nanopore sequencing established a powerful platform for modern genomics by using static biological pores to report the translocation of canonical nucleic acids, enabling rapid, accessible nucleic acid analysis. However, extending this strategy to single-molecule proteomics has stalled against a fundamental biophysical bottleneck. Current efforts in nanopore proteomics attempt to retrofit these static, spatial "caliper" biological nanopores (e.g., α-hemolysin, MspA, CsgG, aerolysin) for protein sequencing despite the immense steric, charge, and conformational heter
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cold-shock proteins (CSPs) are highly conserved nucleic acid-binding proteins that act as chaperones during cellular adaptation to low temperatures. Here, we present a comprehensive structural and dynamic characterization of Escherichia coli CspA using high-resolution NMR spectroscopy. The solution structure of CspA (PDB ID: 30IB) is supported by extensive NMR experimental restraints, minimal violations, and favorable stereochemistry, establishing it as a well-converged NMR structure. Crucially, we investigated backbone dynamics across multiple timescales, with a particular focus on the micros
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
G-quadruplexes are nucleic acids structures stabilized by physiological concentration of potassium ions. Because low stability G-quadruplexes are hardly detectable by mass spectrometry, we optimized solvent conditions: isopropanol in a triethylamine/hexafluoroisopropanol mixture highly increased G-quadruplex sensitivity with no modification of the physiological G-quadruplex conformation. G-quadruplexes/G-quadruplex-ligand complexes were also correctly detected at concentration as low as 40 nM. Detection of the physiological conformation of G4s and their complexes opens up the possibility to pe
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cysteine oxidation of the two RNA recognition motifs (RRM1 and RRM2) of TDP-43, a multi-domain protein involved in neurodegenerative diseases, results in loss of function and accumulation of insoluble aggregates under both in vitro and in vivo conditions. However, the molecular mechanisms linking cysteine oxidation to protein aggregation and functional aberration remain unknown. We report that oxidation of cysteines in RRM1, but not in other domains, induced conformational changes which subsequently resulted in protein aggregation and loss of nucleic acid-binding activity. Thus, oxidation-indu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Homothymine oligonucleotides with a single 5-mercuricytosine or 5-mercuriuracil residue at their termini have been synthesized and their capacity to form triplexes has been examined with an extensive array of double-helical targets. UV and circular dichroism (CD) melting experiments revealed the formation and thermal denaturation of pyrimidine⋅purine*pyrimidine-type triple helices with all oligonucleotide combinations studied. Nearly all triplexes were destabilized upon mercuration of the 3'-terminal residue of the triplex-forming oligonucleotide, in all likelihood due to competing intramolecu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: In the present study, we investigated donor-derived cell-free DNA dynamics and assessed the diagnostic efficacy of 2 tests: the sequencing of cytomegalovirus-derived cell-free DNA and the quantitative nucleic acid amplification test in cytomegalovirus infection following liver transplant.
MATERIALS AND METHODS: We first examined 6 patients who were identified with active cytomegalovirus DNAemia by both quantitative nucleic acid amp-lification test and next-generation sequencing of cytomegalovirus-derived cell-free DNA and then performed a receiver operating characteristic analysis
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bioassays for cellular differentiation and tissue morphogenesis were used to design methods for isolation of bioactive redox- and metalloregulated nucleic acids and copper ion complexes with proteins from extracellular, circulating, wound, and supernatant fluids of cultured cells. In extracellular biospheres, diversities of nucleic acids were found to be secreted by cells upon activation. They may reflect nucleic acid biolibraries with molecular imprints of cellular history. After removal of protein components, eRNA prototypes exuded by activated cells were sequenced. They are small, endogenou
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A solution phase synthesis of peptide nucleic acid monomers and dimers was developed by using microwave-promoted Ugi multicomponent reactions. A mixture of a functionalized amine, a carboxymethyl nucleobase, paraformaldehyde and an isocyanide as building blocks generates PNA monomers which are then partially deprotected and used in a second Ugi 4CC reaction, leading to PNA dimers. Conformational rotamers were identified by using NMR and MD simulations.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA tetrahedra are versatile programmable nanostructures that can assemble into higher-order architectures through sticky-end hybridization. Here, we use coarse-grained molecular dynamics simulations with the oxDNA model to examine dissociation of hybridized sticky-end linkers in finite linear (1D), looped (2D), and multiply connected (3D) tetrahedron assemblies containing 4-9-bp linkers at 300-330 K. Increasing sticky-end length systematically stabilized linker hybridization, increased hydrogen-bond occupancy, and generally increased the effective activation energy for dissociation. Increasin
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biomolecular condensates, formed through phase separation of multivalent biomolecules, play essential roles in cellular processes such as stress response, RNA processing, transcriptional control, and genome organization. Nucleic acids are increasingly recognized as important drivers and regulators of condensate formation and dynamics. This review examines recent advances in coarse-grained molecular simulations of dynamic nucleic acids and their phase transitions. We survey established computational frameworks validated against experimental data and discuss emerging applications that address in
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ribozymes, widely found in prokaryotes and eukaryotes, target nucleic acids and can be engineered as biotechnical tools or for gene regulation or immune therapy. Among them, hammerhead is the smallest and best characterized ribozyme. However, the structure and biochemical data of ribozymes have been disagreed on, making the understanding of its catalysis mechanism a longstanding issue. Particularly, the role of conformational dynamics in ribozyme catalysis remains elusive. Here, we use single-molecule magnetic tweezers to reveal a concerted catalysis mechanism of mechanical conformational sele
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oligonucleotides containing a methylene bridge between N1 or N9 of the heterocyclic base and C1' of the pentofuranosyl ring (homo-N-oligonucleotides) were synthesized. Melting curves revealed that such homo-type oligomers could cross-pair with complementary homo-type or natural oligomers. Circular-dichroic studies provide evidence that the homo-type dimers have a left-handed stacked conformation and further suggest that single-stranded and double-stranded homo-type oligomers adopt a left-handed conformation, while duplexes with natural oligomers or nucleic acids form RNA-like right-handed heli
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Metabolic diseases are characterized by persistent disturbances in glucose, lipid, and energy homeostasis and include obesity, type 2 diabetes mellitus (T2DM), metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease (MASLD), and related cardiovascular complications. Chronic inflammation, mitochondrial dysfunction, and dysregulated cell death contribute substantially to their progression. Identifying molecular sensors that connect metabolic stress with inflammatory tissue injury may therefore reveal new targets for disease intervention. Z-DNA-binding protein 1 (ZBP1) is a conformation-selectiv
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The influence of a change in DNA-ligand complex stoichiometry in the process of denaturation on temperature and temperature range width of helix-coil transition (Tm, delta T) has been considered. The stoichiometry is characterized by two parameters: by the number of base pairs covered with one ligand (m) and by the number of base pairs per one binding centre (r). It is shown that the change of r and m during denaturation strongly influences the DNA melting process. If the product rm doesn't change during denaturation, the melting temperature shift caused by a ligand concentration growth has a
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиОригинал на русском
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования